Résistance de l’Alexa fluor 555 et des modèles d’enzyme à l’aérosolisation, à

5.2.1. Résistance de l’Alexa fluor 555 et des génomes viraux

Dans la littérature, il est reconnu que la quantification des génomes viraux par RT- PCR en temps réel ou par RT suivie d’une qPCR utilisée en parallèle avec d’autes méthodes de détection des virus peuvent s’avérer efficaces (9, 16, 43, 50, 63, 64, 69, 75, 76, 91, 98, 104, 107, 112, 137, 138, 141, 146, 154). En effet, de telles méthodes permettent de déterminer le nombre de total de génomes viraux contenus des échantillons d’air, peu importe dans quel état se retrouvent les virus, et de les comparer avec d’autres paramètres qui sont plus sensibles

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tels que l’infectivité de ces dernier. Cependant, même si les génomes viraux ont fréquemment été utilisés dans de précédentes études pour comparer la différence d’activité neuraminidase et d’infectivité avant et après les expériences (15, 43, 78, 112, 141, 143, 145), il faut les utiliser avec précaution dans les calculs et faire des contrôles pour vérifier que leur intégrité n’est pas affectée et qu’ils n’ont pas subit de dégradation. En effet, des études telles que celle réalisée par Chen et ses collègues ont démontrées que dans certaines conditions, les génomes viraux d’ARN peuvent être dégradés (29). Étant donné que les taux de récupération relatifs sont sensiblement les mêmes pour le traceur Alexa fluor 555 et pour les génomes au cours des expériences d’aérosolisation et d’échantillonnage de ce projet (Figure 16 et Figure 17), cela a permis de démontrer qu’ils n’ont pas été dégradés dans cette étude et que leur utilisation pour les calculs de comparaison de l’activité enzymatique et de l’infectivité avant et après les expériences était fiable. Le sel Alexa fluor 555 est d’ailleurs connu pour sa grande stabilité et est utilisé dans de nombreuses études faisant appel à des techniques d’imagerie en fluorescence. Cependant, puisqu’il a été documenté que la détection des menaces virales à l’aide du matériel génétique a ses limites et que l’activité enzymatique des virus s’est avérée résistante aux conditions testées dans cette étude, cela renforce l’hypothèse que la neuraminidase serait un meilleur outil que les génomes pour l’identification de leur présence dans l’air.

5.2.2 Résistance de la neuraminidase purifiée de Clostridium perfringens

Les résultats obtenus pour l’étude de l’effet de l’aérosolisation, de l’échantillonnage et du séjour dans les échantillonneurs suite à la collecte des particules dans l’air ont permis de démontrer que le SKC Biosampler® _{et le Coriolis µ n’affectent pas l’activité enzymatique} de l’enzyme purifiée, contrairement aux échantillonneurs à sec (Figure 15 et Figure 18). De plus, les résultats montrent que pour un volume de 250 L d'air prélevés, le SKC Biosampler® conserve l'activité de cette enzyme près de dix fois plus que les filtres (p = 0,0053) (Figure 15). Ces observations correspondent à ce qui a déjà été observé dans la littérature, c’est-à- dire que les échantillonneurs liquides sont moins dommageables pour la collecte des particules dans l’air (16, 45, 50, 63, 64, 69, 91, 143, 146, 154, 155). Pour des périodes d’échantillonnage avec les filtres variant entre 25 et 200 minutes, il a de même été observée que l’activité neuraminidase des modèles d’enzyme n’est pas davantage affectée (Figure 16).

Un même résultat est observable dans le cas d’un séchage à long terme de ces échantillonneurs pendant des périodes de 0 à 32 heures suite à l’échantillonnage, c’est-à-dire que l’activité de la neuraminidase purifiée n’est pas davantage affectée (Figure 17). Bien que l’activité enzymatique de ce modèle soit affectée par certains des processus d’aérosolisation, d’échantillonnage et suite à l’échantillonnage, elle demeure tout de meme détectable et a permis d’optimier les expériences de cette étude. Cependant, malgré que l’activité d’une enzyme seule dans l’air soit affectée, cela n’est pas problématique pour la détection des menaces virales dans l’air. Au contraire, cela constitue un avantage si l’activité enzymatique détectée provient majoritairement de virus entiers et de peu de fragments de ceux-ci. Il est toutefois important de considérer le fait qu’elle provenait d’une bactérie, ainsi son comportement dans l’air n’est pas nécessairement représentatif de celui d’une neuraminidase virale. Afin de prouver qu’une neuraminidase seule se trouvant dans l’air serait endommagée suite à sa récolte, une enzyme purifiée à partir d’un virus devrait être utilisée.

5.2.3. Résistance de la neuraminidase des virus influenza

Les résultats obtenus suggèrent que, même s'il a été démontré que l’activité de la neuraminidase purifiée est affectée lors des processus d’aérosolisation et d'échantillonnage et lors du séjour dans les différents échantillonneurs, l'activité de celle présente à la surface du virus influenza A H1N1 et des souches du vaccin vivant FluMist® _{ne semble pas l’être,} même après plusieurs heures de collecte (

Figure 16, Figure 17, Figure 17 et Figure 18). Des résultats similaires avaient d’ailleurs observés pour le NDV dans une précédente étude menée par notre équipe en utilisant l’échantillonneur SKC Biosampler® _{(143). Pour expliquer cela, une hypothèse} pourrait être que le réseau constitué de protéines, de lipides et de glucides présents à la surface des virus jouent un rôle protecteur pour les enzymes et préserve l’activité neuraminidase (124). Comme les cassettes contenant des filtres en polycarbonate de porosité 0,8 µm permettent d’échantillonner la neuraminidase virale pendant des périodes allant jusqu’à 200 minutes sans l’endommager (Figure 16) et que l’activité de l’enzyme est résistante à un séchage de plus de 32 heures (Figure 17), cela démontre qu’ils peuvent être utilisés sur de longues périodes de temps. Les filtres permettent ainsi d’échantillonner un très grand volume d’air et de concentrer les particules présentes dans l’air. Ils constituent donc un bon choix

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pour la détection d’une menace virale dans l’air, comparativement aux échantillonneurs liquides qui ne peuvent être qu’utilisés sur une période restreinte en raison de l’évaporation graduelle du liquide qu’ils contiennent en cours d’échantillonnage.