Répartition des populations en classes homogènes par une Classification

Les données récoltées sur tous les individus de chaque parcelle source sont traitées afin de les classer par groupe homogène avec la méthode de la Classification Ascendante Hiérarchique. Cela permet de regrouper les individus en plusieurs classes homogènes.

i. Parc à lapins

Au vu de la forte hétérogénéité et du nombre important d’individus, il est plus intéressant de paramétrer une CAH avec une partition en 5 classes afin d’affiner l’homogénéité de chaque groupe. Dans le cas de la parcelle « Parc à lapins », on peut aisément caractériser les classes à l’aide des barycentres (voir Tableau 4).

Classe 1 : individus caractérisés par une phénologie tardive, peu coulards, moyennement vigoureux et au rendement relativement élevé (grosses grappes et fertilité importante)

Classe 2 : individus caractérisés par un débourrement moyennement précoce et une véraison tardive : ces individus ont un cycle phénologique particulièrement long. Les pampres sont présents en nombre relativement important malgré une vigueur des rameaux moyenne. La coulure est ici supérieure à la moyenne.

Classe 3 : individus caractérisés par une forte précocité, une vigueur modérée, et un rendement modéré (taille des grappes inférieure à la moyenne et fertilité moyenne).

Classe 4 : individus caractérisés par une importante précocité, une vigueur moyenne, une coulure faible et un rendement supérieur à la moyenne (grappes moyenne et fertilité supérieure à la moyenne).

Classe 5 : individus caractérisés par une précocité moyenne, une vigueur faible, et un rendement inférieur à la moyenne (petites grappes et fertilité inférieur à la moyenne).

Tableau 4 : barycentres des classes issues de la CAH pour les individus de la parcelle « Parc à lapins »

Classe Effectifs Vigueur des rameaux Taille des baies Taille des grappes Compacité des grappes

Véraison Coulure Floraison Fertilité Vigueur des pampres Débourrement 1 27 3,204 1,741 2,241 3,148 2,333 0,852 4,926 2,806 0,963 12,593 2 33 3,091 1,545 2,000 2,848 2,727 1,303 4,697 2,795 2,197 13,364 3 27 2,556 2,019 1,852 2,889 4,815 1,111 5,704 2,787 1,315 13,981 4 47 3,011 1,819 2,351 3,404 4,319 0,851 4,957 2,798 1,053 13,043 5 40 2,338 1,988 1,725 2,700 3,875 1,750 5,375 2,500 0,550 13,113

Afin de visualiser les différents groupes de la CAH avec les données de l’ACP, il a été représenté chaque individu sur un graphique biplot issu de l’ACP avec des axes simplifiés (voir Figure 20). On observe que les individus des classes 3 et 4 se situent dans la moitié supérieure du graphique, plutôt positionnés à gauche par rapport à l’axe F2. Cela vient confirmer les caractérisations par les barycentres des classes décrits précédemment. Ces deux classes seront conservées pour la suite de l’étude car ce sont celles qui répondent le plus aux objectifs de la sélection. Par ailleurs, on observe dans le dendrogramme de la CAH que ces deux classes sont très proches l’une de l’autre ce qui se confirme en observant la distance entre leurs barycentres, qui est la plus faible (1,607 contre 2,134 en moyenne). Cela traduit une certaine proximité de ces classes. Les deux classes représentent 74 individus sélectionnés pour cette parcelle.

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Figure 21 : graphique Biplot issu de l’ACP représentant les individus de la parcelle « Vieux Verdots » selon leur classe issue de la CAH

Compacité des grappes

Véraison

Coulure Vigueur des pampres

-3 -2 -1 0 1 2 3 4 -5 -4 -3 -2 -1 0 1 2 3 4 5 6 F 2 ( 2 3 ,8 8 % ) F1 (51,11 %) Biplot (axes F1 et F2 : 74,98 %)

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ii. Vieux Verdots

De la même façon, une CAH est réalisée pour distinguer 5 groupes homogènes. On distingue ainsi 5 classes :

Classe 1 : individus caractérisés par un débourrement tardif et une véraison moyennement tardive, peu sujets à la coulure, moyennement vigoureux et au rendement moyen

Classe 2 : individus à débourrement précoce, à floraison précoce et à véraison légèrement précoce. Ils sont caractérisés par une forte vigueur, et un rendement moyen.

Classe 3 : individus à débourrement moyennement précoce, à floraison légèrement tardive et à véraison très tardive. Les individus sont sujets à la coulure et présentent un rendement légèrement inférieur aux autres classes.

Classe 4 : débourrement moyennement précoce, floraison moyennement précoce, et véraison excessivement tardive. Ces individus présentent un fort retard de maturité ou une hétérogénéité dans leur véraison.

Classe 5 : individus à débourrement moyennement précoce, à floraison moyennement précoce et à véraison très précoce. Le rendement est supérieur à la moyenne (fertilité moyenne et grappes de taille supérieure à la moyenne). Individus peu sujets à la coulure et à compacité moyenne.

Tableau 5 : barycentres des classes issues de la CAH pour les individus de la parcelle « Vieux Verdots »

Classe Effectifs Vigueur des rameaux Taille des baies Taille des grappes Compacité des grappes

Véraison Coulure Floraison Fertilité Vigueur des pampres Débourrement 1 _{22 3,205 1,818 1,727 3,364 2,273 0,909 3,591 2,625 1,091 12,795} 2 10 3,400 1,900 1,500 2,600 2,800 1,300 4,900 2,625 2,700 14,300 3 _{42 3,357 1,857 1,464 1,810 1,119 2,429 3,738 2,369 1,833 13,000} 4 27 3,204 1,222 1,944 3,370 0,778 0,963 4,148 2,481 1,204 13,056 5 _{40 3,200 2,100 2,163 3,150 3,900 0,925 4,525 2,506 1,275 13,038}

Les différentes classes ont été représentées sur un graphique biplot avec des axes simplifiés (voir Figure 21). On observe que les individus remplissant les critères de sélection se trouvent dans la partie gauche du diagramme, qui sont les individus qui appartiennent à la classe 5. On retrouve ce que l’on a pu observer sur les coordonnées des barycentres des classes. Néanmoins, on observe une certaine hétérogénéité au sein de cette classe avec une variance intra-classe de 3,606 (pour une moyenne de 3,463 pour l’ensemble des classes. Il serait judicieux d’éliminer les individus trop différents du reste du groupe afin d’homogénéiser ce dernier.

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Figure 22 : graphique Biplot issu de l’ACP représentant les individus de la parcelle « Devant » selon leur classe issue de la CAH

Vigueur des rameaux

Véraison Coulure Débourrement -3 -2 -1 0 1 2 3 -5 -4 -3 -2 -1 0 1 2 3 4 5 F 2 ( 2 9 ,3 2 % ) F1 (32,14 %) Biplot (axes F1 et F2 : 61,46 %)

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iii. Devant

De la même façon, une CAH est réalisée pour distinguer 5 groupes homogènes. On distingue ainsi 5 classes :

Classe 1 : individus caractérisés par un débourrement très précoce, une floraison précoce et une véraison précoce. Le rendement est supérieur à la moyenne, les individus sont peu sujets à la coulure, et présentent une vigueur légèrement supérieure à la moyenne.

Classe 2 : individus caractérisés par un débourrement précoce, une floraison très précoce et une véraison précoce. Cette classe semble très similaire à la classe 1 mais présente une vigueur légèrement inférieure et des grappes plus petites mais plus nombreuses.

Classe 3 : individus présentant un débourrement légèrement précoce, une floraison précoce, mais une véraison tardive. Le rendement est moyen et les individus ne sont pas sujets à la coulure.

Classe 4 : individus caractérisés par un débourrement tardif, une floraison légèrement tardive, et une véraison légèrement tardive. Ils présentent une vigueur inférieure à la moyenne et un rendement inférieur à la moyenne (petites à très petites grappes et fertilité inférieure à la moyenne). La coulure est présente sur ces individus.

Classe 5 : individus caractérisés par un débourrement tardif, une floraison tardive, et une véraison très tardive. Ils présentent une coulure très importante et un rendement inférieur à la moyenne à cause d’une taille de grappe faible.

Tableau 6 : barycentres des classes issues de la CAH pour les individus de la parcelle « Devant »

Classe Effectifs Vigueur des rameaux Taille des baies Taille des grappes Compacité des grappes

Véraison Coulure Floraison Fertilité Vigueur des pampres Débourrement 1 43 3,140 2,070 2,535 3,163 4,209 0,814 5,512 2,599 1,733 14,267 2 82 2,951 1,793 2,329 2,829 4,268 0,829 6,610 2,701 1,372 14,000 3 44 3,091 1,682 2,295 3,000 1,864 0,864 5,636 2,307 1,466 13,909 4 47 2,904 1,426 1,872 2,447 3,191 1,234 5,532 2,665 1,372 13,511 5 16 3,313 1,625 1,719 1,313 1,313 2,250 5,500 2,563 1,281 13,688

Afin de visualiser les groupes de la CAH, les différentes classes ont été représentées sur un graphique biplot avec des axes simplifiés (voir Figure 22Figure 21). On observe que les individus répondant le plus aux critères de sélection se situent dans la partie droite du graphique, et appartiennent aux classes 1 et 2. Ces deux classes sont par ailleurs très proches (distance entre les barycentres de ces deux classe faible). Ces deux classes représentent un effectif de 125 individus sélectionnés pour la suite de l’étude.

iv. Conclusion de la sélection par le regroupement en classes homogènes

Suite aux analyses statistiques par parcelle et au regroupement en classes homogènes des individus, 239 individus sont sélectionnés pour la suite de la sélection massale. Cela permet d’une part de réduire le nombre de pieds sur lesquels seront effectuées les analyses œnologiques, qui sont coûteuses et demandent beaucoup de temps (prélèvement, préparation et analyse). Il convient aussi de confirmer l’intérêt des individus à travers les analyses sur leurs potentialités œnologiques afin de réduire le nombre d’individus qui seront multipliés pour la collection d’étude. Ces analyses seront effectuées après la rédaction de ce rapport et seront présentés lors de la soutenance orale de celui-ci.

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