Malmenés par plusieurs siècles d’endiguement et menacés par les effets du changement climatique, les marais intertidaux européens font aujourd’hui l’objet, comme nous l’avons vu, d’un nombre croissant de restaurations volontaires par rétablissement plus ou moins contrôlé des submersions tidales (Wolters et al., 2005b). La trajectoire d’évolution des marais dépoldé-risés reste peu documentée en Europe. S’agissant du necton, les principaux travaux ont porté sur la description des communautés (e.g. Hampel et al., 2003 ; Colclough et al., 2005) et sur la fonction d’alimentation (e.g. Fonseca et al., 2011 ; Van Liefferinge et al., 2012), dans les sites restaurés et dans un ou plusieurs sites naturels de référence proches.
De nombreuses « lois » et concepts écologiques (e.g. le concept d’écotone ou de succes-sion écologique) sont mis à mal par les spécificités des milieux estuariens, naturellement stres-sés par de fortes contraintes abiotiques (paradoxe de la qualité estuarienne ; Elliott et Quintino, 2007). Dans le même temps, les domaines de l’écologie de la restauration et de l’écologie estuarienne ont rencontré peu d’occasions de s’enrichir mutuellement (voir néanmoins Borja et al., 2010). La restauration des marais intertidaux représente, pour ces deux domaines, une opportunité de « fertilisation croisée ».
L’objectif général de cette thèse est de décrire la trajectoire de restauration des ma-rais dépoldérisés à partir des communautés de necton.
L’originalité de ce travail est d’aborder la restauration à des échelles spatiales et tempo-relles inédites, ou peu explorées, et d’appliquer des modèles théoriques issus de la théorie des successions et de la théorie des assemblages à la restauration d’habitats estuariens. Dans l’estuaire de la Gironde, deux sites d’importance (> 100 ha) se prêtent à l’étude de la dé-poldérisation sous l’angle de la restauration écologique : le marais de Mortagne (dépoldérisé accidentellement en 1999) et la partie nord de l’île Nouvelle (dépoldérisation accidentelle en 2010). Les assemblages de poissons et de décapodes ont été échantillonnés sur ces deux sites, ainsi que sur une dizaine de sites associés (vasières, chenaux de marée, marais endi-gués), dans les premiers temps (île Nouvelle) ou plusieurs années (marais de Mortagne) après le rétablissement des submersions tidales.
Notre contribution à l’étude de la trajectoire de restauration des marais dépoldérisés s’or-ganise autour de trois axes principaux faisant chacun l’objet d’un chapitre spécifique de cette thèse (Chapitres 4 à 6 ; Fig. 1.14).
1. Description de la trajectoire taxonomique des communautés de necton dans les marais dépoldérisés, à partir d’une approche synchronique au sein de la mosaïque des habitats estuariens (Chapitre 4).
L’approche synchronique à large échelle (estuaire de la Gironde) permet d’évaluer l’attracti-vité de différents types d’habitats – dont les marais dépoldérisés – pour les espèces du necton. Par ailleurs, la mosaïque des habitats estuariens est caractérisée par des conditions envi-ronnementales variées qui permettent de tester l’importance des facteurs abiotiques dans la
Figure 1.14 – Organisation du manuscrit.
structuration des communautés du necton, et d’identifier les éventuelles spécificités des marais dépoldérisés.
En complément de l’approche taxonomique classique, la structure de taille des espèces renseigne sur les fonctions écologiques assurées par les habitats : accueil de juvéniles, ali-mentation (juvéniles et adultes), reproduction, ou autre. Les espèces du necton peuvent être
associées à des nuisances (espèces exotiques invasives, e.g., poisson-chat, écrevisse de Loui-siane) ou au contraire à des services rendus aux sociétés humaines (e.g. la pêche récréative et commerciale). En utilisant des indices synthétiques de biodiversité, trois services écosysté-miques (i.e. la conservation de la biodiversité, la lutte contre les espèces invasives et l’intérêt pour la pêche) ont été évalués et comparés entre les marais dépoldérisés et les autres habitats estuariens (chenaux de marée, vasières intertidales, marais endigués).
2. Approche corrélative entre la structure fonctionnelle des communautés de pois-sons et le degré de naturalité des habitats de la mosaïque estuarienne (Chapitre 5). En utilisant la naturalité des habitats comme un proxy du temps de restauration et en carac-térisant les écophases de poissons à partir d’une sélection de traits fonctionnels, la trajectoire de la structure fonctionnelle des communautés peut être décrite. L’importance relative des filtres écologiques dans l’assemblage des communautés peut être évaluée le long du gradient de na-turalité en recourant à des modèles nuls. En s’inscrivant dans un cadre théorique combinant les successions écologiques et l’assemblage des communautés (Chang et HilleRisLambers, 2016), il est possible d’examiner les changements d’importance relative des filtres au regard des évolutions attendues le long d’une trajectoire successionnelle.
3. Approche diachronique portant sur l’abondance des principales espèces et la struc-ture fonctionnelle des communautés, dans les premiers temps de la dépoldérisa-tion de l’île Nouvelle (Chapitre 6).
Cette approche consiste à mettre en évidence la cinétique de changement des communau-tés de necton dans les premiers temps de la dépoldérisation, à travers la composition spécifique du necton (toutes espèces confondues dans un premier temps, puis séparément pour chaque espèce) et la structure fonctionnelle des communautés de poissons.
De plus, les marais intertidaux sont des milieux complexes caractérisés par l’extrême varia-bilité de leur environnement abiotique et de leurs communautés biologiques. Ainsi, un chapitre entier (Chapitre 2) est consacré à leur fonctionnement écologique et à leur biocénose. Dans ce dernier, les connaissances relatives au necton des marais européens font l’objet d’une attention particulière. Le contexte écologique et humain dans lequel s’inscrivent nos travaux – estuaire de la Gironde et marais dépoldérisés notamment – est présenté dans le Chapitre 3, de même que les données d’échantillonnage et les méthodes d’analyse mobilisées.