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B) Les maladies auto-immunes et les perturbations éventuelles du microbiote

2) La polyarthrite rhumatoïde

2,1) Caractéristiques générales de la polyarthrite rhumatoïde

La polyarthrite rhumatoïde (PR) est une maladie auto-immune qui touche environ 1% de la population humaine.

Elle est caractérisée par une inflammation articulaire et une destruction osseuse entrainant une destruction articulaire, une atteinte fonctionnelle et une augmentation de la mortalité. La PR est une maladie systémique chronique caractérisée par une polyarthrite symétrique et la présence d’auto-anticorps. Parmi, les auto-Ac, il y a des anticorps anti- kératine, les anticorps anti-périnucléaire, les anticorps anti-filaggrine, protéine qui joue un rôle dans l’assemblage des filaments intermédiaires des kératinocytes mais aussi d’autres plus connus tels que le facteur rhumatoïde qui est une immunoglobuline de type IgM le plus souvent, dirigée contre les immunoglobulines G, et les anticorps anti-protéine citrullinée (ACPA) qui sont à la fois des témoins immunologiques de la PR débutante et des facteurs prédictifs des formes agressives de la maladie. Les ACPA reconnaissent de nombreuses protéines citrullinées, y compris la filaggrine, la vimentine, l'α-énolase, le fibrinogène, le collagène de type II, l'histone et les peptides citrullinés des protéines nucléaires EBNA1 et EBNA2.

La maladie parodontale et le tabagisme font partie des facteurs de risque connus pour le développement de la PR, et les deux peuvent être liés à la production d'ACPA. La présence d'auto-anticorps, tels que les ACPA, signifie une perte de tolérance immunitaire aux auto-antigènes, c’est l'une des premières étapes vers l'inflammation qui conduit à des manifestations de la maladie. Les ACPA apparaissent jusqu'à 10 ans avant l'apparition des manifestations cliniques de la PR. Les ACPA présentent une spécificité élevée pour la PR et sont associées à une destruction articulaire et à une maladie progressive. Mais des personnes atteintes de la PR, peuvent ne pas exprimer d’ACPA.

2,2) Impact sur le microbiote

Les sites muqueux, tel que le parodonte, exposés à une charge élevée d'antigènes bactériens peut représenter le site initial de la génération auto-immune.

Malgré des différences étiologiques, la PR et la parodontite sont similaires en termes de pathogenèse; les deux maladies impliquent une inflammation chronique alimentée par des cytokines pro-inflammatoires, la dégradation du tissu conjonctif et l'érosion osseuse. Les deux maladies partagent également des facteurs de risque tels que le tabagisme et le vieillissement, et ont de fortes associations épidémiologiques, sérologiques et cliniques. Porphyromonas gingivalis (P. gingivalis), un agent causal des MP (Maladie Paradontale), peut contribuer au développement de la PR de deux manières apparentes.

C’est un membre d'un groupe pathogène appelé «bactérie complexe rouge» qui comprend également Treponema denticola et Tannerella forsythia, qui ont été largement démontrés comme étant des agents responsables de la parodontite.

De plus, P. gingivalis est le seul à exprimer une enzyme peptidylarginine desaminases (PAD) qui peut provoquer la citrullination de protéines bactériennes et humaines. P. gingivalis exprime également une protéase spécifique de l'arginine, l'arginine gingipaïne qui crée une arginine C-terminale. Cette caractéristique peut avoir des conséquences pathogéniques. L'arginine gingipaïne est nécessaire pour la citrullination du fibrinogène humain et de l'α-énolase par la P.gingivalis peptidylarginine desaminase. Les anticorps dirigés contre le peptide α-énolase citrullinée présentent une réactivité croisée avec l'α- énolase recombinante de P. gingivalis et sont fréquemment détectés chez les patients atteints de PR, confirmant ainsi l'hypothèse selon laquelle la réponse immunitaire à un produit bactérien peut briser la tolérance dans la PR(56).

P. gingivalis peut également contribuer à l’inflammation par la persistance microbienne en induisant la production de cytokines pro-inflammatoires des monocytes (IL-1, IL-6, TNF-α), via TLR9. L'ADN bactérien de P. gingivalis est plus retrouvé chez des patients atteints de PR que chez les témoins. Cet ADN bactérien, très probablement porté par les monocytes, fournit des stimuli persistants à d'autres cellules dans les tissus synoviaux. Les maladies parodontales peuvent également aggraver l'arthrite. En effet, expérimentalement chez une souris ayant une arthrite, la parodontite provoquée par P. gingivalis et Provotellanigrescens a exacerbé l'arthrite par la réponse immunitaire Th17 spécifique de l'antigène TLR2-dépendante(57).

Les espèces Prevotella et Leptotrichia étaient les seuls taxons caractéristiques observés chez les patients atteints de PR débutante, quelle que soit la gravité de la maladie parodontale alors que la présence et l'abondance d'Anaeroglobus geminatus étaient en corrélation avec la présence d'ACPA / facteur rhumatoïde(58).

Une autre étude comprenant 153 492 participants a montré une association significative entre la parodontite et la polyarthrite rhumatoïde. Deux bactéries spécifiques ont été impliquées dans le déclenchement du processus inflammatoire sous-jacent : P. gingivalis et Aggregatibacter actinomycetemcomitans(48).

Dans une revue(60), on peut lire que les patients atteints de PR avaient une prévalence plus élevée de parodontite, par rapport aux contrôles sains avec un risque significatif et légèrement élevé de parodontite chez les patients atteints de PR (risque = 1,13, p = 0,006). Il y a une corrélation entre taux d’ACPA et paradontite. En effet, les patients atteints de PR et les patients ayant des anticorps anti-protéine citrullinée (ACPA) ont une parodontite avec une fréquence significativement plus élevée que les personnes en bonne santé, et les taux d'ACPA étaient significativement plus élevés chez les personnes atteintes d’inflammation sous-gingivale.

Dans une autre étude (59), les chercheurs ont effectué un séquençage par métagénomique d'échantillons fécaux, dentaires et salivaires provenant d'une cohorte de personnes atteintes de polyarthrite rhumatoïde (PR) et de témoins sains. Une concordance a été observée entre les microbiomes intestinaux et buccaux, suggérant un chevauchement de l'abondance et de la fonction des espèces à différents sites corporels.

Chez les personnes atteintes de PR aux trois sites, la bactérie Haemophilus spp est moins présente et elle est négativement corrélée avec les taux d'autoanticorps sériques, tandis que la bactérie Lactobacillus salivarius est surreprésentée chez les personnes atteintes de PR aux trois sites et elle est présente en plus grande quantité dans les cas de PR très

Les altérations dans le microbiome intestinal, dentaire ou salivaire distinguaient les individus atteints de PR des témoins sains. En effet, l'environnement redox, le transport et le métabolisme du fer, du soufre, du zinc et de l'arginine ont été modifiés dans le microbiote des individus atteints de PR. Ces altérations sont corrélées aux mesures cliniques et pouvaient être utilisées pour stratifier les individus en fonction de leur réponse au traitement. Cela suggère d'utiliser la composition du microbiome pour le pronostic et le diagnostic.

3) Les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI)