Nous chercherons dans un premier temps à répertorier les études d’évaluation des performances diagnostiques de tests réalisées chez les ovins, mais certains résultats ob- tenus dans l’espèce bovine sont aussi présentés, la littérature étant beaucoup plus fournie pour cette espèce.
Les performances des tests pour le diagnostic ou le dépistage de la paratuberculose sont extrêmement variables. Elles dépendent de l’espèce étudiée, de la trousse et/ou de la technique employées, du modèle statistique utilisé, et également de la cible définie par les auteurs. Nous nous intéresserons ici aux examens de laboratoire ante-mortem qui sont de loin les plus couramment utilisés pour le dépistage de la paratuberculose (ELISA, qPCR et
4. PERFORMANCES DIAGNOSTIQUES DES TESTS BIOLOGIQUES isolement par culture fécale). Les performances des tests seront comparées en fonction du statut des animaux selon la classification proposée par Nielsen and Toft (2008). Ces auteurs décrivent quatre statuts possibles vis-à-vis de la paratuberculose :
— Animal affecté : qui exprime des signes cliniques; — Animal infectieux : qui excrète Map dans les fèces;
— Animal infecté : dont des tissus (en particulier digestifs) contiennent Map; — Animal sain : qui n’appartient à aucun des trois statuts précédents.
Les quatre statuts, présentés à la figure 11, ne sont pas exclusifs, un animal infectieux n’étant pas nécessairement infecté par Map (cas des animaux excréteurs passifs). Le sta- tut d’animal au stade clinique de la maladie pourrait être une cible plus convenable en terme d’homogénéité de statut des animaux, contrairement au statut d’animal infectieux. Cependant, étant donné la longue période d’incubation durant laquelle l’animal peut être infectieux, l’identification des seuls animaux en phase clinique présente moins d’intérêt; ils sont par ailleurs en plus petit nombre dans un élevage infecté.
4.3.1 Sérologie
Dans leur revue sur les performances diagnostiques des tests pour le diagnostic de la paratuberculose, Nielsen and Toft (2008) rapportent une SeDde l’ELISA sérologie à partir du sérum pour la détection des ovins infectés variant de 16 à 45% dans cinq études. La SeDaugmente entre 36 et 85% lorsque les tests sont utilisés pour détecter les ovins affec- tés. La SpDvarie selon les études incluses dans cette revue de 95% à 99%. Angelidou et al. (2016) ont évalué, par une approche bayésienne, les performances de la sérologie ELISA pour le diagnostic des ovins infectés par la paratuberculose dans un troupeau ovin laitier en Grèce. Les auteurs ont estimé la SeDen fonction du stade de lactation, obtenant des moyennes estimées de SeDentre 46% (intervalle de crédibilité à 95% (PCI 95%) : [27 - 67]) pendant la phase colostrale, et 49% (PCI 95% : [32 - 74]) en fin de lactation. La SpD aux mêmes stades de lactation a été estimée à 94% (PCI 95% : [88 - 97]). Robbe-Austerman et al. (2006) ont également évalué les performances diagnostiques de l’ELISA par une ap- proche bayésienne et ont obtenu des valeurs estimées plus faibles que celles présentées précédemment (moyenne : 8,3%; IC 95% : [6,0 - 10,4]). La SpD était estimée dans cette
FIGURE11 – Représentation des quatre statuts selon la classification proposée par Nielsen and Toft (2008)
Le schéma montre la relation entre les quatre statuts vis-à-vis de la paratuberculose. Il est important de noter que les animaux affectés sont aussi infectieux et infectés. Les animaux infectieux sont généralement infectés, à l’exception des animaux excréteurs passifs.
La part de chaque groupe n’est représentée qu’à titre indicatif et il n’existe pas à notre connaissance d’étude sur la part relative de ces statuts à l’échelle d’un élevage.
étude à 99,3% (IC 95% : [98,4 - 99,9]). Les variations observées entre les études peuvent s’expliquer par des différences de méthodes statistiques, de trousses ELISA utilisées ainsi possiblement que de la souche de Map circulant dans les populations étudiées.
4.3.2 Isolement en culture fécale
Deux études récentes traitent des performances diagnostiques de la culture fécale chez les ovins infectés. Kostoulas et al. (2006c) ont évalué en parallèle la culture fécale sur milieu solide HEYM et la sérologie ELISA dans un modèle bayésien à classes latentes. Les tests étaient considérés comme conditionnellement indépendants dans le modèle choisi par les auteurs. La SeDde la culture fécale a été estimée à 16% (PCI 95% : [2 - 48]) avec une SpDde 97% (PCI 95% : [95 – 99]). Les performances de la culture fécale ont également été évaluées par Bauman et al. (2016). Dans le cadre d’une analyse bayésienne, les auteurs ont évalué en parallèle la culture fécale et une qPCR ciblant le gène hsp-X sur fèces pour le diagnostic de la paratuberculose sur 397 ovins infectés. Le modèle dans lequel les tests
4. PERFORMANCES DIAGNOSTIQUES DES TESTS BIOLOGIQUES étaient considérés comme conditionnellement indépendants a été retenu, et deux esti- mations des performances ont été produites : la première en respectant un temps d’in- cubation de 49 jours pour la culture sur milieu liquide BACTEC, la seconde en allongeant le temps d’incubation à 240 jours. Les valeurs estimées de SeDétaient de 5,8% (PCI 95% : [2,3 - 12,4]) pour l’incubation courte et de 19,0% (PCI 95% : [11,9 - 28,9]) pour l’incubation de 240 jours. La SpDvariait peu entre les deux protocoles d’incubation : 98,8% (PCI 95% : [97,8 - 99,4]) et 98,9% (PCi 95% : [97,8 - 99,5]).
4.3.3 qPCR
La PCR sur fèces pour la détection de Map chez les ovins a tout d’abord été évaluée par rapport à d’autres méthodes. Kawaji et al. (2011) ont comparé les performances d’une qPCR ayant pour cible le fragment IS900 de Map à celles de la culture tissulaire et de la culture fécale pour la détection d’animaux infectés expérimentalement. Trente-huit ovins inoculés et 20 témoins ont été évalués à l’aide de la culture fécale et de la qPCR, au bout de quatre, huit et 13 mois après inoculation, une autopsie avec analyse histopathologique étant réalisée à la fin du suivi. De manière similaire à ce qui a été observé pour la sérologie ELISA, les auteurs ont constaté une augmentation de la SeD relative avec l’avancée des lésions histologiques, de 80% de détection en l’absence de lésions (10 animaux) jusqu’à 100% de détection dans le cas d’animaux avec des lésions multibacillaires (10 animaux). Les performances de la qPCR pour la détection des animaux infectés qui ne présentaient pas encore de lésions (80% de détection) étaient supérieures à celles de la culture fécale (0%) ou tissulaire (10%). La culture fécale n’a permis de détecter que 33% des animaux ayant des lésions paucibacillaires, contre 83% pour la culture tissulaire et la qPCR. La SeD globale, tous types lésionnels confondus, calculée à partir des données obtenues chez 38 animaux inoculés était de 87% pour la qPCR réalisée sur les fèces.
Á notre connaissance, il n’existe qu’une seule étude, présentée précédemment, ou Bauman et al. (2016)évaluent les performances de la qPCR sur fèces pour la détection de la paratuberculose chez les ovins de manière absolue. La SeDestimée était significati- vement plus élevée que celle de la culture fécale suivant un protocole court (42,6%; PCI 95% : [8,8 - 63,3]). La différence devenait non significative en comparaison avec la culture
fécale en suivant le protocole long (35,3%; PCI 95% : [24,7 - 49,8]). La SpDde la qPCR était évaluée entre 97,8% (PCI 95% : [93,0 - 99,9]) et 97,4% (PCI 95% : [93,5 - 99,7]).
Au bilan, les sensibilités diagnostiques des tests les plus couramment utilisés sont va- riables, en fonction des antigènes cibles des trousses de sérologie ELISA, du milieu de culture, du gène cible de la qPCR, mais aussi de la souche de Map circulant et du stade de l’infection (asymptomatique/clinique) chez les animaux échantillonnés. Toutefois nous pouvons conclure de l’ensemble des études disponibles que la SeD de la sérologie est globalement faible (dans tous les cas inférieure à 50%, voire 30%) pour la détection des animaux en phase subclinique, elle est plus élevée pour les animaux en phase clinique. Les spécificités diagnostiques de la culture et de la qPCR sur fèces sont proches, et leurs valeurs estimées sont homogènes entre les études, entre 97% et 99%. Pour l’ELISA, la SpD estimée varie de 94% à 99% en fonction des études. Ainsi aucun des tests biologiques couramment utilisés ne peut être considéré comme parfait, ni en terme de SpD, ni encore moins en terme de SeD, ce qui rend le diagnostic de l’infection par Map incertain, et ce d’autant plus si l’on cherche à détecter des animaux à la phase subclinique de l’infection.