D‘ASSOCIATION GÉNOTYPE - PHÉNOTYPE
Les associations génétiques observées par Chung (2010) et Albagha (2010) de la MOP avec les loci 1p13 et 8q22 ont été répliquées dans la population canadienne-française. (Tableau )
Les quatre variants communs génotypés, soit rs484959, rs499345, rs10494112 (locus 1p13) et rs2458413 (locus 8q22), respectaient tous l’équilibre d’Hardy-Weinberg chez les témoins (résultats non montrés). Dans le groupe Paget Total et le sous-groupe Paget Non-Mutés, les fréquences alléliques et les distributions génotypiques des trois variants communs du locus 1p13 différaient de façon significative entre les individus atteints par la MOP et les témoins. (Tableau a) Pour le variant commun situé au locus 8q22, seule la distribution génotypique différait entre les individus atteints par la MOP et les témoins. (Tableau b)
Tableau 2. Réplication de l’association génétique des loci 1p13 et 8q22 avec la MOP dans la population canadienne-française a) Vérification de l’association allélique
Groupe Paget TOTAL Sous-Groupe Paget NON-MUTÉS
Chr proximité Gènes à Variants
Fréquence de l'allèle mineur p non corrigée RR [ IC 95 % ] Fréquence de l'allèle mineur p non corrigée RR [ IC 95 % ]
Atteints Témoins Atteints Témoins
(Na=550) (Na=594) (Na=480) (Na=594)
1 CSF1, EPS8L3 rs484959 G>A 0,31 0,42 0,00012 0,62 [0,49 - 0,79] 0,31 0,42 6,93x10-5 0,60 [0,47 - 0,77]
1 CSF1, EPS8L3 rs499345 C>A 0,41 0,33 0,0048 1,41 [1,11 - 1,80] 0,42 0,33 0,0019 1,48 [1,15 - 1,90] 1 CSF1, EPS8L3 rs10494112 A>G 0,29 0,22 0,0033 1,49 [1,14 - 1,95] 0,31 0,22 0,00069 1,61 [1,22 - 2,11] 8 TM7SF4 rs2458413 G>A 0,60 0,57 0,46 1,09 [0,86 - 1,39] 0,60 0,57 0,47 1,09 [0,86 - 1,40] Na : Nombre total d’allèles disponibles dans la cohorte. Le nombre réel d’allèles génotypés avec succès peut être inférieur.
b) Vérification de l’association génotypique (interclasse)
1/1 : Homozygote allèle mineur; 1/2 : Hétérozygote; 2/2 : Homozygote allèle majeur
Chr proximité Gènes à Variants
Groupe Paget TOTAL
Sous-groupe Paget
NON MUTÉS Témoins
p non corrigée Paget TOTAL versus témoins p non corrigée Paget NON MUTÉS versus témoins 1/1 1/2 2/2 1/1 1/2 2/2 1/1 1/2 2/2 1 CSF1, EPS8L3 rs484959 G>A 21 131 123 16 115 109 48 156 93 0,00032 0,00015 1 CSF1, EPS8L3 rs499345 C>A 37 149 88 33 134 72 29 136 132 0,0089 0,0028 1 CSF1, EPS8L3 rs10494112 A>G 23 115 137 21 106 113 18 93 186 0,0085 0,0015 8 TM7SF4 rs2458413 G>A 78 161 27 69 141 24 101 138 57 0,00097 0,0020 38
c) Vérification de l’association génotypique (comparaisons multiples)
Groupe Paget TOTAL Sous-groupe Paget NON-MUTÉS
Chr proximité Gènes à Variants Génotype
Génotypes (%) non p corrigée RR [ IC 95 % ] Génotype (%) non p corrigée RR [ IC 95 % ]
Atteints Témoins Atteints Témoins
(Ni=275) (Ni=297) (Ni=240) (Ni=297)
1 CSF1, rs484959 AA vs GG+AG 21 (7,6) 48 (16) 1,4-4 0,49 [0,29 - 0,85] 16 (6,7) 48 (16) 7,9-5 0,33 [0,18 - 0,60]
EPS8L3 G>A GG vs AA+AG 123 (45) 93 (31) 0 0,0022 1,77 [1,26 - 2,49] 109 (45) 93 (31) 0,0019 1,82 [1,28 - 2,59]
AG vs AA+GG 131 (48) 156 (53) 0,69 0,82 [0,59 - 1,14] 115 (48) 156 (53) 0,78 0,83 [0,59 - 1,17]
1 CSF1, rs499345 AA vs CC+AC 37 (14) 29 (9,8) 0,20 1,44 [0,86 - 2,41] 33 (14) 29 (9,8) 0,18 1,48 [0,87 - 2,51] EPS8L3 C >A CC vs AA+AC 88 (32) 132 (44) 7,6-4 0,59 [0,42 - 0,83] 72 (30) 132 (44) 2,0-4 0,54 [0,38 - 0,77]
AC vs AA+CC 149 (54) 136 (46) 0,0017 1,41 [1,01 - 1,96] 134 (56) 136 (46) 5,7-4 1,51 [1,07 - 2,12]
1 CSF1, rs10494112 GG vs AA+AG 23 (8,4) 18 (6,1) 0,019 1,41 [0,74 - 2,67] 21 (8,8) 18 (6,1) 0,014 1,48 [0,77 - 2,85] EPS8L3 A>G AA vs GG+AG 137 (50) 186 (63) 0,0045 0,59 [0,43 - 0,83] 113 (47) 186 (63) 7,3-4 0,53 [0,38 - 0,75]
AG vs AA+GG 115 (42) 93 (31) 0,025 1,57 [1,12 - 2,22] 106 (44) 93 (31) 0,0056 1,73 [1,22 - 2,47]
8 TM7SF4 rs2458413 AA vs GG+AG 78 (29) 101 (34) 0,33 0,80 [0,56 - 1,15] 69 (30) 101 (34) 0,37 0,81 [0,56 - 1,17] G>A GG vs AA+AG 27 (10) 57 (19) 0,0046 0,48 [0,29 - 0,78] 24 (10) 57 (19) 0,0078 0,48 [0,29 - 0,81]
AG vs AA+GG 161 (61) 138 (47) 2,2-4 2,65 [1,92 - 3,66] 141 (60) 138 (47) 6,9-4 1,73 [1,22 - 2,45]
La fréquence de l’allèle mineur A du rs484959 était significativement diminuée chez les individus atteints par la MOP des deux groupes investigués, par rapport aux témoins. Le risque relatif et l’intervalle de confiance à 95 % dénotent que les individus porteurs d’au moins un allèle A avaient un risque plus faible de développer la MOP comparativement à ceux qui n’en possédaient pas. Le génotype AA aurait un effet protecteur contre la MOP par rapport aux deux autres génotypes. Le génotype GG, quant à lui, était associé à un risque significativement plus élevé de développer la maladie. L’étude de l’association génotype – phénotype a démontré une association entre le sexe et le génotype AA pour le polymorphisme rs484959. Toutes proportions gardées, dans le groupe « Paget Total », les hommes atteints par la MOP étaient moins souvent porteurs du génotype AA pour ce polymorphisme que les femmes atteintes. En effet, seulement 7 hommes sur un total de 147 hommes atteints étaient porteurs du génotype AA, alors que 14 femmes sur un total de 106 femmes atteintes étaient porteuses de ce génotype. L’effet protecteur contre la MOP observé pour le génotype AA du polymorphisme rs484959 serait donc plus important chez les hommes que chez les femmes, puisque la proportion d’hommes atteints par la maladie qui portent le génotype AA est plus faible que la proportion de femmes porteuses de ce génotype. (AA (♂): 7 (33 %) versus AG+GG (♂): 140 (60 %); p = 0,016; RR : 0,34 [0,13 – 0,88]) Étonnamment, les individus du groupe « Paget total » ayant un génotype AA avaient, en moyenne, plus d’os atteints par la MOP que les individus porteurs d’au moins un allèle G (4,33 ± 4,05 versus 2,72 ± 2,69; p = 0,013). Considérant la taille importante des écarts-types correspondant aux moyennes du nombre d’os atteints, la prudence est de mise dans l’interprétation de ce résultat. Aucune association génotype-phénotype significative n’a été observée au sein du sous-groupe Paget Non-Mutés. Les résultats complets de toutes les analyses des associations génotype-phénotype qui ont été effectuées sont détaillés à l’annexe C.
Les fréquences des allèles mineurs A (rs499345) et G (rs10494112) étaient toutes deux significativement augmentées chez les individus atteints par la MOP des deux groupes étudiés par rapport aux témoins. La susceptibilité génétique à la MOP était augmentée chez les porteurs d’un de ces deux allèles mineurs par rapport à ceux qui n’en possédaient pas. Les individus homozygotes pour l’allèle majeur de ces deux polymorphismes (CC ou AA) avaient un plus faible risque de développer la maladie lorsqu’ils étaient comparés aux individus possédant un génotype contenant au moins un allèle mineur (AC / AA ou AG / GG). Le statut d’hétérozygote, quant à lui, conférait un risque significativement plus élevé de développer la maladie. La proportion d’hommes atteints par la MOP qui possédaient soit les génotypes AC ou AA pour le rs499345 ou les génotypes AG ou GG pour le rs10494112 était significativement plus élevée que la proportion des femmes possédant ces génotypes (rs499345; CC (♂): 34 (40 %) versus AC+AA (♂): 113 (67 %); p = 3,3 X 10-5; RR :
3,05 [1,78 – 5,24]; rs10494112; AA (♂): 61 (48 %) versus AG+GG (♂): 86 (67 %); p = 0,0019; RR : 2,22 [1,33– 3,70]) . Pour ces deux polymorphismes, les génotypes comportant au moins un allèle mineur seraient
chez les femmes. La présence d’au moins un allèle mineur au sein de chacun des deux génotypes était aussi plus fréquente chez les individus qui ne possédaient pas la mutation SQSTM1/P392L que chez les individus mutés. (rs499345; CC (mutés):18 % versus AC+AA (mutés): 8 %; p = 0,018; RR : 0,39 [0,18 – 0,87]; rs10494112; AA (mutés):16 % versus AG+GG (mutés): 6 %; p = 0,015; RR : 0,37 [0,16 – 0,87]). Les génotypes des variants communs rs499345 et rs10494112 comprenant au moins un allèle mineur seraient donc associés à une augmentation plus importante du risque de développer la MOP chez les individus non mutés.
Seule la distribution des génotypes du variant commun rs2458413 variait entre les individus atteints par la MOP et les témoins. Les hétérozygotes pour ce variant avaient un risque significativement plus élevé de développer la maladie par rapport aux individus homozygotes pour l’allèle majeur et homozygotes pour l’allèle mineur. Les homozygotes pour l’allèle majeur avaient un risque significativement plus faible de développer la MOP. L’étude de la corrélation génotype-phénotype suggère un âge moyen au diagnostic plus élevé chez les individus hétérozygotes par rapport à ceux possédant un des deux autres génotypes (AG : 61,63 ± 11,07 versus AA+GG: 64,76 ± 9,46; p = 0,025). Les fréquences de l’allèle mineur A étaient supérieures à 0,50 (50 %) chez les cas et chez les témoins de notre échantillon parce que l’allèle mineur de ce polymorphisme a été déterminé selon la MAF moyenne indiquée dans EntrezSNP qui considère toutes les MAFs rapportées pour ce polymorphisme et non pas seulement les MAFs observées dans des populations d’origine européenne. Lorsque toutes les populations investiguées dans EntrezSNP ou 1000 génomes étaient considérées, la fréquence de l’allèle A de ce variant commun était inférieure à 0,5, mais dans les populations d’origine européenne, cet allèle était plus fréquent que l’allèle G.