Cinq variants rares ont été sélectionnés pour l’étude d’association génétique. TM7SF4_9, le seul variant rare prédit comme ayant un effet dommageable pour la fonction de la protéine par deux outils de prédiction in silico, a été inclus dans l’étude d’association. AMPD2_6 a été sélectionné puisqu’il était impossible d’affirmer qu’il ne ségréguait pas avec la MOP. Les trois autres variants, soit CTHRC1_2, EPS8L3_3 et GSTM4_12, ont été sélectionnés parce qu’ils semblaient spécifiques à la MOP dans notre échantillon de découverte; ils étaient présents chez plusieurs individus atteints par la MOP et absents chez tous les témoins.
L’équilibre d’Hardy-Weinberg était respecté chez les témoins pour tous les variants rares sélectionnés pour l’étude d’association.
Une association génétique a été observée entre le variant CTHRC1_2 et la MOP dans le sous-groupe Paget Non-Mutés. Une tendance d’association a été observée entre le variant TM7SF4_9 et la MOP dans le même sous-groupe. (Tableau)
Tableau 6. Résultats de l’étude d’association génétique par variant rare a) Association allélique
Groupe Paget TOTAL Sous-groupe Paget NON-MUTÉS
Chr Gènes_# Variants Fréquence de l'allèle mineur p non corrigée RR [ IC 95 % ] Fréquence de l'allèle mineur p non corrigée RR [ IC 95 % ]
Atteints Témoins Atteints Témoins
(Na=534) (Na=590) (Na=462) (Na=590)
1 AMPD2_6 c. 637 + 90 C>T 0,000 0,000 1,10 0,000 0,000 1,28
1 GSTM4_12 c.457-42 C>T (rs650985) 0,049 0,054 0,67 0,90 [0,53 - 1,52] 0,048 0,054 0,63 0,88 [0,50 - 1,53] 8 CTHRC1_2 c.372+259 A>G (rs35500845) 0,080 0,109 0,10 0,72 [0,48 - 1,08] 0,073 0,109 0,046 0,65 [0,42 - 1,00] 8 TM7SF4_9 c.1189 C>T (rs62620995) 0,026 0,014 0,13 1,91 [0,79 - 4,59] 0,028 0,014 0,09 2,06 [0,85 - 5,01] Na : Nombre total d’allèles disponibles dans la cohorte. Le nombre réel d’allèles génotypés avec succès peut être inférieur.
b) Association génotypique (interclasse)
Chr Gènes_# Variants
Groupe Paget TOTAL
Sous-groupe
Paget NON-MUTÉS Témoins
p non corrigée Paget TOTAL versus témoins p non corrigée Paget NON-MUTÉS versus témoins 1/1 1/2 2/2 1/1 1/2 2/2 1/1 1/2 2/2 1 AMPD2_6 c. 637 + 90 C>T 0 0 267 0 0 231 0 0 295
1 GSTM4_12 c.457-42 C>T (rs650985) 0 26 241 0 22 209 0 32 263
8 CTHRC1_2 c.372+259 A>G (rs35500845) 1 40 221 0 33 194 3 58 233 0,26 0,087 8 TM7SF4_9 c.1189 C>T (rs62620995) 0 14 253 0 13 218 0 8 287
c) Association génotypique (comparaisons multiples)
Groupe PAGET TOTAL Sous-groupe PAGET NON-MUTÉS
Chr Gènes_# Variants Génotype Génotypes (%) non P
corrigée
RR [ IC 95 % ] Génotypes (%) non P
corrigée
RR [ IC 95 % ]
Atteints Témoins Atteints Témoins
(Ni=267) (Ni=295) (Ni=231) (Ni=295) 1 AMPD2_6 c. 637 + 90 TT vs CC+CT 0 (0) 0 (0)
1,10
0 (0) 0 (0)
1,10
C>T CC vs TT+CT 267 (100) 295 (100)
0,91
231 (100) 295 (100)
0,78
CT vs CC+TT 0 (0) 0 (0)
1,10
0 (0) 0 (0)
1,10
1 GSTM4_12 c.457-42 C>T (rs650985) TT vs CC+CT 0 (0) 0 (0) 0,67 1,10
0 (0) 0 0,77 1,28
CC vs TT+CT 241 (90) 263 (89) 0,79 1,12 [0,65 - 1,94] 209 (90) 263 (89) 0,74 1,15 [0,65 - 2,04] CT vs CC+TT 26 (9,7) 32 (11) 0,88 0,89 [0,52 - 1,54] 22 (9,5) 32 (11) 0,83 0,87 [0,49 - 1,54] 8 CTHRC1_2 c.372+259 GG vs AA+AG 1 (0,38) 3 (1,0) 0,32 0,48 [0,049 - 4,62] 0 (0) 3 (1,0) 0,10 0,16
A>G AA vs GG+AG 221 (84) 233 (79) 0,14 1,41 [0,91 - 2,18] 194 (85) 233 (79) 0,079 1,53 [0,96 - 2,43] (rs35500845) AG vs AA+GG 40 (15) 58 (20) 0,19 0,74 [0,47 - 1,15] 33 (15) 58 (20) 0,14 0,70 [0,44 - 1,11] 8 TM7SF4_9 c.1189 TT vs CC+CT 0 (0) 0 (0) 0,058 1,10 0 (0) 0 (0) 0,044 1,28
C>T CC vs TT+CT 253 (95) 287 (97) 0,10 0,52 [0,21 - 1,25] 218 (94) 287 (97) 0,076 0,48 [0,19 - 1,17] (rs62620995) CT vs CC+TT 14 (5,2) 8 (2,7) 0,10 1,93 [0,80 - 4,69] 13 (5,6) 8 (2,7) 0,072 2,09 [0,85 - 5,13]Ni : Nombre total d’individus dans la cohorte. Le nombre réel d’individus génotypés avec succès peut être inférieur.
La MAF du variant CTHRC1_2 des individus atteints par la MOP non porteurs de la mutation SQSTM1/P392L était significativement inférieure à celle des témoins. Les porteurs de ce variant auraient moins de risque de développer la MOP. Par contre, l’allèle mineur était plus fréquent dans le groupe Paget Total que dans le sous-groupe Paget Non-Mutés (8,0 % versus 7,3 %), ce qui suggère que ce variant pourrait influencer le développement de la MOP chez les individus porteurs de la mutation SQSTM1/P392L. La différence entre les MAFs de ce variant dans les groupes Paget Total et Paget Non-Mutés était plus élevée que la différence observée pour les autres variants. Il est à noter que ce variant était plus fréquent dans notre échantillon contrôle composé d’individus appartenant à la population canadienne-française que dans l’échantillon de référence représenté dans la base de données EntrezSNP. Bien que ce variant soit défini comme un variant rare en vertu des critères énoncés précédemment, il était présent chez plus de 5 % des individus sains de notre échantillon. La valeur p significative obtenue lors de la comparaison entre le nombre d’individus porteurs du génotype homozygote pour l’allèle mineur (TT) du variant TM7SF4_9 par rapport aux deux autres génotypes (CC + CT) indique que la distribution des génotypes pour ce variant rare différait entre les individus atteints par la maladie et les individus sains. La présence d’au moins un allèle majeur (C) dans le génotype aurait un effet protecteur face à la MOP. Ce résultat doit être interprété avec prudence étant donné que le génotype TT était totalement absent de l’échantillon testé et que la probabilité statistique a été obtenue en considérant une distribution génotypique théorique qui respecterait parfaitement l’équilibre d’Hardy-Weinberg. Toutefois, le fait que le génotype hétérozygote était deux fois plus fréquent chez les individus atteints par la maladie que chez les individus sains est en faveur d’une distribution génotypique différente entre les cas et les témoins. Notons aussi que la fréquence de l’allèle mineur T était deux fois plus élevée chez les individus atteints par rapport aux individus sains. La faible fréquence de cet allèle dans notre échantillon explique probablement que cette différence ne respecte pas le seuil de la significativité statistique.
Ni l’analyse individuelle du variant GSTM4_12, ni l’analyse groupée des deux variants du locus 8q22 n’ont permis de mettre en évidence une association génétique avec la MOP. Puisque le variant AMPD 2_6 est complètement absent de l’échantillon qui a été génotypé, il n’a pas été possible d’effectuer l’étude d’association. En raison de sa rareté et de l’impossibilité de confirmer l’absence de ségrégation familiale, ce variant a été séquencé dans un autre échantillon composé de 169 individus (28 individus provenant de la population canadienne-française souffrant d’une forme familiale de la maladie non liée à la mutation SQSTM1/P392L, 74 individus de la population française et 67 individus américains de la région de New York) afin de vérifier s’il s’agissait d’une mutation. Cette hypothèse n’a pu être confirmée puisqu’aucun autre porteur de ce variant n’a été identifié dans l’échantillon supplémentaire. Le variant EPS8L3_3 n’a pas été génotypé par Sequenom dû à la présence d’un autre polymorphisme à proximité empêchant la production des données.
5. DISCUSSION
La MOP se transmet sur un mode autosomique dominant avec une pénétrance incomplète. Entre 15 et 40 % des individus souffrant de MOP ont une histoire familiale positive. (Michou, 2011) Actuellement, plusieurs mutations du gène SQSTM1 codant pour la protéine p62 ont été répertoriées. (Chung, 2011) Dans la population canadienne-française, la mutation P392L, a été identifiée chez 46 % des individus souffrant d’une forme familiale et 16 % des individus souffrant d’une forme sporadique de MOP, ce qui suggère l’implication d’autres gènes (Laurin, 2002). Selon Albagha et coll. (2011), 86 % des cas de MOP chez les individus non porteurs d’une mutation de SQSTM1 seraient expliqués par sept loci de susceptibilité à la MOP identifiés au moyen de deux études pangénomiques d’association.
Les objectifs de cette étude consistaient à répliquer et à caractériser les associations génétiques observées entre la MOP et les loci 1p13 et 8q22 dans la population canadienne-française, à identifier des variants génétiques rares au sein des meilleurs gènes candidats à la MOP situés dans une région de 500 kb de part et d’autre de CSF1 (1p13) et de 1 Mb de part et d’autre de TM7SF4 (8q22). Les objectifs secondaires de cette étude étaient de rechercher une association génétique entre certains variants rares de ces loci et la MOP grâce à une cohorte de 267 individus atteints par la MOP et de 295 individus sains appartenant à la population canadienne-française et de mettre au point une méthode efficace permettant d’optimiser l’utilisation des ressources nécessaires à l’exploration du rôle de variants génétiques rares dans la susceptibilité génétique à une maladie.