Tableau I: Critères de classification des agents pathogènes d’après l’arrêté du 18 juillet 1994 modifié par les arrêtés du 17 avril 1997 et du 30 juin 1998 et la directive 2000/54/CE du 18 septembre 2000 ... 31 Tableau II: Exemple de classement des bactéries (Extrait de la directive 2000/54/CE du 18 septembre 2000) ... 32 Tableau III: Exemple de classement de virus, de parasites et de champignons (Extrait de la directive 2000/54/CE du 18 septembre 2000 ... 33 Tableau IV: Conduite à tenir en cas d’accident d’exposition au sang ... 58 Tableau V: Mesures de confinement suivant la directive CE 2000/54 du Conseil de l’Europe du 18 septembre 2000 ... 68 Tableau VI: Techniques de dépoussiérage du solet des surfaces ... 71 Tableau VII: Techniques de lavage et d’entretien vapeur ... 73 Tableau VIII : Principales caractéristiques des trois types de postes de sécurité microbiologique ... 75 Tableau IX : Précautions « standard » adaptées suivant la circulaire DGS/DH – N° 98/249 du 20 avril 1998 relative à la prévention de la transmission d’agents infectieux véhiculés par le sang ou les liquides biologiques lors des soins dans les établissements de santé ... 81 Tableau X : Choix du masque en fonction des circonstances ... 87 Tableau XI: Modalités de conditionnement des déchets d’activité de soin à risque infectieux ... 94
INTRODUCTION ...1 I. GENERALITES ...5 1. Historique ...5 2. Définitions ...6 2.1 Laboratoire de biologie médicale ...6 2.2 Risque ...6 2.3 Risque infectieux ...6 2.4 Agent biologique pathogène ...7 2.5 Danger biologique ...7 2.7 Bonnes pratiques de laboratoire ...7 2.8 Bonnes pratiques microbiologique...7 2.9 Confinement, bio confinement ...7 II. CONCEPTION D’UN LABORATOIRE DE BIOLOGIE MEDICALE ...9 1. Principales phases de travail dans un laboratoire ...9 1.1 Accueil ... 10 1.2 Secrétariat ... 11 1.3 Prélèvements d'échantillons ... 11 1.4 Tri des échantillons ... 11 1.5 Analyses ... 12 1.5.1 Microbiologie ... 12 1.5.2 Biochimie, immunologie, hématologie ... 13 1.5.3 Biologie moléculaire ... 14
1.6 Nettoyage du laboratoire ... 14 2. Laboratoires d'analyses de biologie médicale ... 14 2.1 Local de réception des patients ... 15 2.2 Salle d'attente ... 16 2.3 Espace de prélèvements ... 17 2.4 Salles techniques ... 19 2.4.1Superficie ... 20 2.4.2 Plafonds et murs ... 21 2.4.3 Sols ... 21 2.4.4 Portes ... 21 2.4.5 Éclairage ... 22 2.4.6 Ventilation ... 22 2.4.7 Insonorisation ... 22 2.4.8 Exigences en cas de dysfonctionnement ... 23 2.5 Salle de tri des échantillons ... 23 2.6 Salles techniques hors microbiologie ... 25 2.7 Salles techniques de microbiologie ... 26 2.8 Salle d'entreposage des déchets ... 27 III. EPIDEMIOLOGIE ... 30 1. Agents pathogènes ... 30 1.1 Classification des agents pathogènes ... 30 1.2 Principaux agents pathogènes ... 34 1.2.1 Bactéries ... 34
1.2.2 Virus ... 40 1.2.3 Champignons/Levures ... 46 1.2.4 Parasites ... 48 2. Modes de transmission ... 49 2.1 Transmission par voie respiratoire ... 49 2.2 Transmission par voie orale ... 51 2.3 Transmission par voie cutanéo-muqueuse... 51 3. Facteurs favorisants ... 51 3.1 Facteurs endogènes ... 51 3.2 Facteurs exogènes ... 52 4. Aspects épidémiologiques... 52 IV. ACCIDENT D’EXPOSITION AU SANG ... 56 1. Définition ... 56 2. Conduite à tenir ... 56 2.1 Soins immédiats ... 56 2.2. Recherche du statut sérologique des virus de l’immunodéficience humaine, l’hépatite B et l’hépatite C du patient ... 56 2.3. Evaluation du risque de contamination ... 57 3. Démarche médico-légale ... 58 V. PREVENTION ... 61 1. Aspects réglementaires ... 61 2. Evaluation des risques biologiques au laboratoire ... 62 2.1 Évaluation du danger ... 62 2.2 Évaluation de l’exposition ... 62
3. Locaux ... 64 3.1 Aspect législatif et réglementaire ... 64 3.2 Zones de confinement ... 67 3.3 Entretien des locaux ... 69 3.3.1 Etapes ... 69 3.3.2 Modes opératoires ... 70 3.3.2.1 Dépoussiérage ou balayage humide ... 70 3.3.2.2 Lavage ... 70 3.3.2.3 Entretien à la vapeur ... 70 4. Postes de sécurité microbiologique ... 74 5. Personnel ... 76 5.1 Aspect législatif et réglementaire : responsabilité de l’employeur ... 76 5.2 Surveillance médicale du personnel ... 77 5.3 Vaccinations du personnel de laboratoire ... 79 5.4Formation du personnel ... 80 6. Règles élémentaires d’hygiène au Laboratoire ... 81 6.1 Précautions standard ... 81 6.2 Hygiène des mains ... 82 6.2.1 Lavage simple des mains ... 82 6.2.2 Lavage hygiénique des mains (ou antiseptique) ... 82 6.2.3 Désinfection des mains ... 82 6.2.4 Points clés... 83 6.2.5 Port de gants ... 84
6.2.6 Élimination des gants après utilisation ... 85 6.3 Masques et lunettes de protection ... 86 6.3.1 Choix d’un équipement ... 86 6.3.2 Masques médicaux... 87 6.3.3 Appareils de protection respiratoire... 87 6.3.4 Bonnes pratiques d’utilisation ... 88 6.4 Equipements de protection individuelle contre la fièvre hémorragique virale à virus Ebola ... 88 7. Déchets de soins à risque infectieux ... 91 7.1 Déchets infectieux ... 92 7.2 Déchets piquants, coupants, perforants ... 92 7.3 Déchets de soins à risque infectieux produits par les laboratoires d’analyses médicales ... 93 7.4 Différentes étapes de la gestion des déchets de soins à risque infectieux ... 93 CONCLUSION ... 95 RESUMES... 97 ANNEXES ... 101 REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES ET WEBOGRAPHIQUES ... 104
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Les laboratoires de biologie médicale (LBM) représentent un secteur d’activité où la manipulation de très nombreux échantillons biologiques expose particulièrement les professionnels au risque infectieux, comme en attestent les données épidémiologiques.
De nombreux agents biologiques sont susceptibles d’être présents dans ces échantillons, qu’il s’agisse de ceux faisant l’objet des examens pratiqués (diagnostics de microbiologie) ou qu’il s’agisse de microorganismes présents dans un prélèvement destiné à un autre type d’analyse (tous types d’examens biologiques).
La perception du risque biologique s’avère d’ailleurs très différente selon que les personnes travaillent en microbiologie où elles sont par définition sensibilisées au potentiel infectieux, ou dans des unités telles que biochimie ou hématologie, et ce alors même qu’elles travaillent sur des prélèvements issus des mêmes patients. En pratique, l’appréhension qualitative et quantitative du risque biologique est relativement complexe.
L’infectiosité des prélèvements est très variable selon la nature des produits biologiques traités, leur provenance, leurs modalités de conservation, leur concentration en micro-organismes.
Cette infectiosité dépend également des voies de transmission des agents pathogènes présents et des conditions d’exposition générées par leur manipulation.
Les infections acquises au laboratoire (IAL) peuvent être dues à de nombreux micro-organismes. Le risque individuel après exposition est difficile à déterminer car à ce jour, il n’existe pas de recensement exhaustif des IAL. La majorité des IAL sont d’origine bactérienne et résultent le plus souvent de contaminations respiratoires ou orales. Ces IAL bactériennes surviennent principalement en bactériologie et en salle d’autopsie. Les infections virales, essentiellement post-accident exposant au sang (AES), surviennent dans tous types de laboratoires, en particulier lorsqu’ils pratiquent des prélèvements veineux. Néanmoins, leur incidence régresse avec l’optimisation des pratiques et la couverture vaccinale hépatite B.
L’évaluation des risques constitue désormais une obligation réglementaire qui s’applique au risque infectieux en laboratoire. Ses résultats doivent permettre l’instauration de mesures de prévention et de maîtrise de ces risques dans les différentes situations professionnelles concernées.
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Notre travail présentera dans une première partie les généralités sur les IAL avec leurs symptômes, épidémiologie et facteurs favorisants
Puis nous développerons dans une seconde partie la méthodologie diagnostique ainsi que les mesures de prévention et de maitrise des risques infectieux dans les laboratoires de biologie médicale.
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I. Généralités
1. Historique
Le cas, historique de Gaston Bourret, directeur de l’institut Pasteur de Nouméa, qui meurt le 24 avril 1917 alors qu’il travaillait sur le bacille pesteux [1].
L’étude historique de Pike qui prend en compte plus de 5000 laboratoires dans le monde de 1949 à 1979 (dont des laboratoires de biologie) et recense 4079 cas dont 168 mortels aux USA: les infections décrites sont, pour près de la moitié, bactériennes (essentiellement brucellose, typhoïde, tularémie et tuberculose) et les causes sont des accidents dans 18 % des cas (plus de la moitié par éclaboussures ou piqûres, près d’un tiers par coupures ou morsures et plus de 10 % par pipetage buccal) et l’exposition à des aérosols dans 13 % des cas ; [2]
Des infections parasitaires reliées à de mauvaises pratiques ou à des inoculations accidentelles de Plasmodium ou de Trypamosoma cruzi [3].
Des cas d’exposition à Francisella tularensis dans un laboratoire de Boston qui ont entraîné la prescription de traitement préventif aux 12 personnes concernées [4]
Des cas de méningites probablement reliés à une contamination de laboratoire sont également décrits [5].
A noter aussi 6 cas de brucellose rapportés en 2006 dans les données épidémiologiques de l’Institut de veille sanitaire (INVS) qui concernent des techniciens ou des biologistes travaillant dans des LBM et pour lesquels l’exposition professionnelle était le seul facteur de risque [6]
Les virus ne sont pas en reste :
• Un technicien de laboratoire s’est inoculé accidentellement le virus de la vaccine et, bien qu’il ait été vacciné, il a présenté de sévères lésions au doigt [7];
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• Des cas de syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) ont été imputés à une contamination de laboratoire [9];
• Un cas de contamination par virus de l’immunodéficience humaine (VIH) pouvant être transmis au laboratoire a été décrit en 1992 au Canada [10];
• Un rapport de l’institut de veille sanitaire (INVS) fait état, au 31 décembre 2005, de 4 contaminations par VIH et de 3 séroconversions vis-à-vis du virus de l’hépatite C (VHC) pour le personnel de laboratoire en France [11]
2. Définitions [12-14]
2.1 Laboratoire de biologie médicale
Un laboratoire de biologie médicale ou, anciennement, laboratoire d’analyses médicales, est un lieu où sont analysés divers fluides biologiques d’origine humaine ou animale sous la responsabilité des biologistes médicaux, qui en interprètent les résultats dans le but de participer au diagnostic et au suivi de certaines maladies.
2.2 Risque :
Le risque est défini comme la combinaison de la probabilité d’occurrence d’un événement redouté et la gravité de ses conséquences sur une cible donnée
2.3 Risque infectieux :
Le risque infectieux (RI) résulte de l’exposition de l’hôte à un danger, le micro-organisme, et du résultat de la relation hôte-micro-organisme qui peut aboutir à une infection. Le RI peut-être défini comme la probabilité de survenue d’une infection suite à l’exposition à un micro-organisme potentiellement pathogène. Ce risque dépend de l’importance de l’inoculum et de la virulence du micro-organisme et des capacités de défenses de l’hôte contre ce micro-organisme. Il peut être résumé par l’équation : Risque infectieux = Inoculum x virulence du micro-organisme résistance de l’hôte Pour gérer ce RI, il faut d’abord se préoccuper du risque microbiologique associé aux soins, et à l’environnement des soins. Ceci revient, dans bien des cas, à identifier et à maîtriser le niveau de bio contamination de l’environnement des soins, puis à éviter le transfert de contamination au cours des soins.
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2.4 Agent biologique pathogène
Un agent biologique pathogène est un virus, un micro-organisme, une culture cellulaire ou une toxine susceptible de provoquer une infection, une allergie ou une intoxication chez son hôte.
2.5 Danger biologique
Le danger biologique est le danger résultant de la capacité pour tout organisme ou substance dérivée d’un organisme (déchets médicaux, micro-organismes, virus ou toxines d’origine biologique) de déclencher une pathologie, de perturber le fonctionnement physiologique des êtres vivants (effet pathogène ou toxique) ou de perturber l’équilibre biologique de l’environnement par leur potentiel de pénétration (dissémination).
2.7 Bonnes pratiques de laboratoire
Les bonnes pratiques de laboratoire (BPL) constituent l’ensemble des aspects organisationnels et opérationnels mis en œuvre pour garantir la qualité, la reproductibilité et l’intégrité des données générées afin que celles-ci puissent être reconnues au niveau international sans qu’il soit nécessaire de reproduire les études.
2.8 Bonnes pratiques microbiologique
Les bonnes pratiques microbiologiques (BPM) consistent en un code de pratiques de base ayant pour objectifs la prévention de la contamination microbiologique d’employés de laboratoire et de l’environnement ainsi que la prévention de la contamination des échantillons et de l’expérience.
2.9 Confinement, bio confinement
Le confinement (niveau de -) est l’ensemble de mesures appliquées à la conception et à la construction de laboratoires ou d’établissements, à leur équipement scientifique et technique, aux pratiques et aux procédures opératoires. Ces mesures, requises pour manipuler des agents biologiques, sont basées sur l’évaluation du risque biologique
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