Identification des ARNm immunoprécipités avec la protéine TIAR

La protéine TIAR lie les séquences ARE de la partie 3’ non traduite de plusieurs ARNm in vitro.

C’est le cas, par exemple, de l’ARNm du TNF-a (Gueydan et al., 1999), de l’ARNm de cMyc (Liao et al., 2007) ou encore de l’ARNm de l’HMMP13 (Yu et al., 2003). En outre, une étude par biopuces a montré que la protéine TIAR liait de manière spécifique de nombreux transcrits porteurs d’ARE codant pour des facteurs de la machinerie traductionnelle. Ainsi, elle contribuerait à l’inhibition de la traduction observée suite à un stress génotoxique (Mazan- Mamczarz et al., 2006). D’autre part, la protéine TIAR semble aussi capable de lier d’autres séquences présentes dans les parties 3’ non traduites de certains ARNm et notamment une séquence riche en cytidine (Kim et al., 2007). Nous avons donc voulu identifier les ARNm liés par la protéine TIAR dans les macrophages RAW 264.7 avant et après traitement au LPS. Nous avons utilisé la méthode appelée RNA-binding protein immunoprecipitation-microarray profiling ou RlP-Chip (Baroni et al., 2008). Cette technique consiste à utiliser une méthode de lyse cellulaire qui permet de maintenir les complexes ribonucléoprotéiques dans leur intégralité. Une fois les cellules lysées, les extraits protéiques sont incubés en présence de billes couplées à un anticorps reconnaissant spécifiquement une protéine du complexe afin d’immunoprécipiter celui- ci (RIP). Enfin, le complexe est élué des billes et les ARNm sont extraits de l’éluat pour être analysés par une approche globale à l’aide de puces à ADN (Chip). Nous avons extrait puis immunoprécipité les complexes ribonucléoprotéiques contenant la protéine TIAR marquée par un épitope Flag à son extrémité carboxy-terminale à l’aide de billes d’agarose couplées à l’anticorps anti-Flag. En parallèle, nous avons extrait les ARNm totaux de ces mêmes cellules afin de les utiliser comme échantillon référence dans l’analyse par biopuce. En vue de limiter les artefacts de

tacessb* NM 010509 jfiiv2 NM 0136æ |rrf NM_138594 DCWwlO NM 010W7 jjil NM 016«g kdd» NM 007569 laUil NM 02«^iMErtB9e ~010238 Wd2 .011121 NM_172301 Coibl SyiMinle Hmn ÎMBri«roiitaWo3ndbBlairecg|Hof2___________________ IhimiirncoosctaelPf_________________ __________

DNAsegment, ChrG,Wayne State UniiKraly lG3,expres«l Buiiatedriiydiutenaæl (HA0P<'),sjuluble

^SKDda» bMtag imiein

tniKtacalùn gene 1, antifraCterilM DNAsoBinent, OirN, ERAIO Doili9,eqiresnd bioino(toiiMiBaMlainiHg2_____________

t>olotte lôase 1 prosophia)

qfcliBl _______ __________

CÈne en alBence |Ëne en riPTV»flagenrP7MRft«en ;

delPS «ésencedelPS ataenoedetPS HésencedelPS]

_____ _ 4«_ QüQ JS- 2JHj 0.43! _{0« _} 335 0691 0,40 0,44 235 2,93i 0,40 039 _2.93 ^ OM _ 2fi__ OJh 035i 3.33 SJMl 020 _0.4< LUU/SM I O07S34 NM O^TSÏawiâB J mt^l NM 011636 Pfacfl NM_0076S1 CdS3 NM_UU/.US Hrttalc NM_1S3287 Axudl NM_153791 Flywchl ON 1N68S Zc3hl2c N|i_Q086S4 Mydll6 / mt-NM / mt-Nd41 NM_O117S0 Zfpl62 017466 Ccrt2 NH_019948 OecsH

7Br fteger prrNiàn 36, ( 3H lypMb! 1

B<el 7 reUed prolein Alb

trawmembraiw pcotein 33

HAOHdehydrogenKl,inNi)diondrâ|_______________ _ nhosDhobiJscfainfatasel______________________________ COSlandeai

H<pl kaikisniVlyinpIinnn 7 rebtnd pratem Air AXINlu|MegublB(il

Musmusculus FLYWCH typcziKfingcrl earVgrowtii response 2

Musmusculus znc fnger CCCH type contaninR 12C myeUddHerentiation primaiyiesponsegenell6 NAOH dehydrogmaseA, miloctHindràl NAOH dehydrogenase 41, mtochondrâl zinclingcr prolEin 162

chemoUnelC-CmotiQ receptor-fte 2

C-typelcakium dépendent. caibuliydhdeieuJKnitiunduniaii) (eUâi, supnrfamly memtaer 9 T 2,45 2,23! jm S / 1200015M12Ri[nKBIcONA120a015M12gene m 0,41 U,3X 0,37 0,36 03S 0,35 0,35 0,29 0> 0,25 0,22 (U9 OJfl 2-W opo o,«i 2,84 0,00 0,00 0,00 2^ 0,00 0,00 0,00 0,00 0,00 0,00

KM 1298IB MMl mniAubub ntcracting and Oanspoit, domain oonlaiiing 1 2A7 / 3,36

NM 008873 Pbu pfasnwogen actwator, utolniase 2,35 / 4,59

NM 010578 Itgbl ntegiii beb 1 (fbonedii receiiliir beta) 2,29 _/ 2.88

NM 009787 Cai calduinbMii« proœin, htestbial 2,21 / 2,41

NM Ü7S96!> Ssrl signal æquence recepinr, alpha 2JV / 3,26

NM 172410 NupS3 nudaDporin93 2,19 _/ 8,15

NM 173368 Chde Musmusculus chromodomain hcicasc DNA bading protein 6 2,10 / 3,31

SI 354675 Arid4a ATrich nteractive dontaii 4A (Rbpl ic^ 0,45 / 2,84

NM 015753 znnlb zndinger boonobcK Ib 0,43 _/ 3,40

NM 0290» DdH DNAdamage-inducUe transcripc 4 0,31 / 5,08

NM_Ü736U> IMWsubüe UNAsegment, Chr4,Wayne State Uniwersily S3,expressed 0,21 / 3,62

Tableau 1: Analyse par biopuces des gènes dont l’expression est régulée par TIAR et dont l’ARNoi est immunoprécipité avec la protéine TIAR-Flag. Les nombres repris dans ce tableau représentent le facteur d’enrichissement par rapport à l’échantillon référence dont la valeur est fixée arbitrairement à 1. Pour toutes ces valeurs, p-value < 0,05. Le gène du TNF-a est indiqué en jaune. Colonne 1: Code d’entrée Genbank; Colonne 2: Symbole du gène; Colonne 3: Nom du gène; Colonne 4: Taux d’expression des gènes dans des cellules RAW 264.7 surexprimant TIAR-Flag non stimulées au LPS par rapport au taux d’expression dans des cellules RAW 264.7 sauvages non stimulées au LPS; Colonne 5: Taux d’expression des gènes dans des cellules RAW 264.7 surexprimant TIAR-Flag et stimulées par lOOng/ml de LPS pendant 2h par rapport au taux d’expression de cellules RAW 264.7 sauvages stimulées par lOOng/ml de LPS pendant 2h; Colonne 6: Taux d’enrichissement des ARNm dans le culot de l’IP TIAR-Flag réalisée sur des extraits protéiques de cellules RAW 264.7 surexprimant TIAR-Flag en absence de LPS par rapport au transcriptome total de ces mêmes cellules; Colonne 7: Taux d’enrichissement des ARNm dans le culot de l’IP TIAR-Flag réalisée sur des extraits protéiques de cellules RAW 264.7 surexprimant TIAR-Flag et stimulées par lOOng/ml de LPS pendant 2h par rapport au transcriptome total de ces mêmes cellules.

liaison aux billes mais aussi pour focaliser l’analyse sur les capacités de liaison du domaine RRM2 de TIAR, nous avons procédé à l’immunoprécipitation (IP) du mutant TIARARRM2 comme contrôle négatif. Nous avons réalisé les IP à partir de cellules stimulées ou non par le LPS. Les résultats de deux expériences indépendantes effectuées sur des extraits protéiques de la lignée monoclonale 1 surexprimant TIAR-Flag (Figure 2A) sont présentés (la lignée monoclonale

I exprimant T1ARARRM2 (Figure 2B) a servi de contrôle négatif)- Nous avons ainsi identifié 779 ARNm immunoprécipités spécifiquement avec la protéine TIAR entière en condition de stimulation par le LPS contre seulement 351 en absence de LPS (Figure 5A et annexe 3.3 a et b). II est à noter que dans les cellules RAW 264.7 non stimulées au LPS, seuls 18 des 647 (2,8%) gènes dont l’expression est modulée par une surexpression de TlAR-Flag semblent liés par la protéine (Figure 5B). Il en va de même après stimulation par le LPS: 26 gènes sur les 231 (11%) dont l’expression est modulée dans les macrophages surexprimant TIAR sont enrichis par l’IP de la protéine TIAR-Flag (Figure 5C). Ces résultats confirment que la majorité des effets observés sur l’expression des gènes suite à une surexpression de TIAR-Flag sont indirects (voir chapitre

1.2.1). En outre, le taux d’ARNm de la grande majorité des candidats immunoprécipités avec la protéine TIAR-Flag en absence de stimulation ou après stimulation par le LPS ne varie pas suite à une surexpression de TIAR. Ces observations indiquent donc que la liaison de TIAR à ces transcrits ne semble pas modifier leur demi-vie (Figure 5B et 5C). Le tableau 1 reprend tous les ARNm immunoprécipités avec la protéine TIAR-Flag et dont les quantités sont modulées par sa surexpression. De manière particulièrement intéressante, l’ARNm du TNF-a fait partie des rares candidats liés par TIAR et dont l’expression est modulée par sa surexpression. Il reste cependant à établir si la protéine TIAR est capable d’exercer une fonction stabilisatrice ou déstabilisatrice sur les ARNm des candidats présents dans ce tableau ou si les effets observés sont transcriptionnels ou encore liés à la présence d’une protéine recrutée par TIAR au sein du complexe ribonucléoprotéique. De manière générale, nous pouvons conclure que la protéine TIAR n’affecte pas l’accumulation de ses ARNm cibles. En outre, la plupart des effets observés sur l’expression des gènes dans les cellules surexprimant TIAR-Flag (v. chapitre 1.2.1) sont très probablement indirects puisque les transcrits de la plupart de ces gènes ne sont pas liés par la protéine TIAR-Flag.

Accession Number Symbole Nom Enrichissement IPS* Enrichissement

LPS-NM 025985 ube2Kl ubiquitin-conjugating enzyme E2G1 <UBC7 homolog, C. elegans) 6,12

NM 009174 Si4h2 sevcn in absentia2 5,34

NM 016797 Stx7 syntAxin 7 6,62

NM 009173 Siahlb seven in absentia IB 6,31

NM 025321 Sdhc suMinate dehydro£enase complex, subunit C, intégral membrane protem 5,46

NM 001003717 OsbpIS oxysterol btnding protein-like 8 c,oc

NM 133900 Psph phosphosenne phosphatase 0,00

NM 016904 Cksl CDC28 protem kinese 1 C,00

NM 007996 Fdxl ferredoxm l c,oc

NM 011740 Ywhaz tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein, zêta polypeptide o,oc

Tableau 2 : Echantillon de gènes dont l’expression n’augmente pas en réponse au LPS (lOOng/ml de LPS pendant 2h) dans des cellules RAW 264.7 sauvages et pour lesquels l’enrichissement dans TIP TIAR-Flag en condition de stimulation par le LPS (lOOng/ml pendant 2h) est supérieur à l’enrichissement en absence de LPS (p-value<0.05). En rouge: taux d’enrichissement de l’ARNm dans le culot de TIP TIAR-Flag réalisée sur des extraits protéiques de cellules RAW 264.7 surexprimant TIAR-Flag et stimulées par lOOng/ml de LPS pendant 2h par rapport au transcriptome total de ces mêmes cellules. En jaune : Taux d’enrichissement des ARNm dans le culot de TIP TIAR- Flag réalisée sur des extraits de cellules RAW 264.7 surexprimant TIAR-Flag en absence de LPS par rapport au transcriptome total de ces mêmes cellules.

a) Identification des ARNm dont la liaison à TIAR est induite par le LPS

Une des questions à laquelle nous voulions répondre est de savoir si la liaison de la protéine TIAR à ses ARNm était due à l’augmentation de leur concentration suite à la stimulation par le LPS ou si la protéine TIAR était recrutée à l’ARNm par un mécanisme régulé. Nous avons par conséquent cherché des candidats immunoprécipités avec TIAR-Flag après stimulation des cellules par le LPS et dont l’enrichissement dans le culot de l’IP est plus important en présence qu’en absence de LPS, et ceci indépendamment d’une variation dans la quantité de transcrits. Afin d’être certains que ces ARNm ne sont pas induits par le LPS, nous avons comparé le transcriptome total de cellules RAW 264.7 stimulées et non stimulées au LPS par biopuces. 547 candidats sur les 779 ARNm immunoprécipités avec TIAR-Flag ne sont enrichis dans le culot de l’IP qu’en condition de stimulation par le LPS ou y présentent un enrichissement significativement plus important qu’en absence de stimulation. Parmi ces 547 gènes, seuls 27 voient leur expression augmenter en réponse au LPS. Le tableau 2 reprend quelques candidats dont la quantité d’ARNm n’augmente pas en réponse au LPS mais qui néanmoins présentent des taux d’enrichissement plus importants dans le culot de l’IP TIAR-Flag en condition de stimulation par le LPS qu’en absence de stimulation. Ces résultats suggèrent que, pour la grande majorité des ARNm immunoprécipités avec la protéine TIAR-Flag après stimulation par le LPS (520 ARNm sur les 779), la protéine pourrait soit subir une modification post-traductionnelle en réponse au LPS favorisant son recrutement au niveau de ces ARNm, soit être recrutée par un facteur dont l’expression ou l’activité dépendrait de la stimulation des cellules par le LPS.

b) Analyse de la liaison de TIAR à des ARNm porteurs d’ARE

La protéine TIAR étant capable de lier des séquences ARE, nous avons cherché parmi les ARNm précipités par celle-ci des candidats qui portent une telle séquence. Nous avons donc comparé nos listes d’ARNm immunoprécipités à la banque de données ARED afin de déterminer parmi ceux- ci le nombre d’ARNm porteurs de séquences ARE (voir introduction pour la classification complète des ARE dans la banque de donnée ARED et figure 6A). Nous avons ainsi identifié 130

ARE de classe 2: AUUUAUUUAUUUAUUUA

ARE de classe 3: AUUUAUUUAUUUA

ARE de classe 4; (A/U)(A/U)[AUUUAUUUA](A/U)(A/U)

ARE de classe 5: (A/U)(A/U)(A/U)U[AUUUA]U(A/U)(A/U)(A/U)

B C

Représentation des classes d'ARE au sein du transcriptome de cellules RAW 264.7 non stimulées

1%1% ■ ARE de classe 1 ■ ARE de classe 2 ■ ARE de classe 3 ■ ARE de classe 4 ■ ARE de classe 5

Représentation des classes d'ARE au sein des candidats liés par TIAR dans des cellules RAW 264.7

non stimulées 2% 2% ■ ARE de classe 1 ■ ARE de classe 2 ■ ARE de classe 3 ■ ARE de classe 4 ■ ARE de classe 5

Figure 6: A) Motifs spécifiques des différentes classes d’ARE selon la banque de donnée ARED B) Proportion des classes d’ARE représentées au sein du transcriptome de cellules RAW 264.7 non stimulées. Les données concernant le transcriptome total de cellules RAW 264.7 non stimulées proviennent de la banque GEO (Gene Expression Omnibus). Ces données sont issues d’une étude d’expression réalisée sur des RAW 264.7 non stimulées à l’aide de puces Afiymétrix (Shell et al., 2005). Nous avons croisé ces données avec la banque ARED pour calculer la proportion d’ARNm porteurs d’ARE au sein de ces cellules. C) Proportion des classes d’ARE représentées parmi les ARNm liés par la protéine TIAR-FIag dans des cellules RAW 264.7 non stimulées.

ARNm porteurs d’ARE parmi les 779 ARNm immunoprécipités avec la protéine TIAR à partir de cellules stimulées au LPS contre 59 sur les 351 identifiés dans des cellules non stimulées au LPS. Tous les ARNm porteur d’ARE présents dans le culot de l’IP en absence de stimulation le sont aussi en réponse au LPS, à l’exception de l’ARNm Frs 3 (fibroblast growth factor receptor substrate 3) exclusivement précipité à partir de cellules non stimulées. Ce résultat suggère que la plupart des ARNm porteurs d’ARE liés par la protéine TIAR en condition de stimulation par le LPS (plus de 80% d’entre eux) jouent un rôle important dans la réponse au LPS. 11 est à noter que plus de 75% des ARNm liés par TIAR possèdent une séquence ARE de classe 5 (Figure 6B) (classification selon Bakheet et al., 2001). Cette classe est caractérisée par la présence du motif (A/U)(A/U)(A/U)UAUUUAU(A/U)(A/U)(A/U). 11 n’est cependant pas surprenant de retrouver une majorité d’ARNm porteurs d’ARE de classe 5 dans les complexes ribonucléoprotéiques contenant la protéine TIAR, cette classe étant de loin la plus représentée au sein du transcriptome des cellules RAW 264.7 (Figure 6C). Par conséquent, bien que les ARE de classe 5 soient légèrement surreprésentés parmi les ARNm immunoprécipités avec TIAR-Flag, on peut conclure que la protéine TIAR n’a pas de spécificité marquée pour une classe d’ARE particulière dans les macrophages.

c) Identification des processus biologiques associés aux ARNm immunoprécipités avec la protéine TIAR-Flag

Nous avons procédé à une analyse informatique des ARNm enrichis par l’IP TIAR-Flag afin de déterminer les processus biologiques faisant intervenir cette protéine dans des cellules stimulées ou non au LPS. Nous avons utilisé la plateforme DAVID (Huang et al., 2009) pour déterminer des groupes fonctionnels de gènes parmi les ARNm immunoprécipités avec la protéine TIAR- Flag ou dont l’expression varie lors de sa surexpression (http://david.abcc.ncifcrf.gov/home.jsp). Ce programme utilise notamment la banque de données Gene Ontology (GO) permettant d’associer les gènes identifiés à des termes définissant au sein du génome des sous-groupes fonctionnels liés à des processus biologiques. On peut ainsi constater que de nombreux gènes dont l’expression est modulée par une surexpression de TIAR-Flag sont associés à des processus de la réponse immune (Figure 7). Toutefois, l’effet de la surexpression de la protéine TIAR-Flag

LPS-G0i00069b5 immune response

60:0019882 antigcn Processing and présentation 00:0009607 responsc to biotic stimulus

00:0006955 immune responsc 00:0045321 leukocyte activation 00:^1009607 responseto biotic stimulus

LPS+

A/B

A/B

00:0006055 immune responsc G0:0001816cytokine production 00:0009607 response to bkitk: stimulus 00:0007249 IkB kinase/NrsB cascade 00:0006511 ubiquitin dépendent protein cataboHcprocess

00:0008380RNA splicing 00:0006915apoptosis 00:0007049cdl cyde

00:0030099 myeloid ccH différentiation 00:000/243 protein kinase cascade

A/D

OOXXI06511 ubiquitin deperwlent protein cataboiicprocess 00:0008380RNA splicing

00:0006915apoptosis 00:0007049ceH cyde

00:0030099 myeloid <æli différentiation 00:0007243 protein kinase cascade 00:0007249 iKB kinase/NFxB cascade

OOXI031098stress-activated protein kinasesignalingpathway 00:0009607 response to biotic stimulus

A/B

Oènes dont Texpression est modulée positivement par unesurexpression de la protéine llAKHag Gènes dont rexpression est nradulée négativement par une surexpression de la protéine IIAR-Ftag AKNmimmunoprécipitésavec la protéine liAKHag

Figure 7: Termes de la banque Gene Ontology (GO) enrichis parmi les gènes régulés par une surexpression de TIAR-Flag^ (boîtes vertes et rouges) ou parmi les gènes dont l’ARNm est immunoprécipité avec celle-ci (boîtes bleues). A: Nombre de gènes identifiés lors de l’analyse par biopuce qui sont associés au terme GO. B: Nombre de gènes que l’on aurait du trouver si les proportions de gènes identifiés par biopuce et associés au terme GO avait été les mêmes que dans l’ensemble du génome. Le rapport A/B représente l’enrichissement du terme GO par rapport au génome (p-value enrichissement ajustés selon la procédure de Benjamini & Hochberg <0.05). 14 977 gènes étaient

sur ces gènes serait souvent indirect (voir chapitre 1.2.3). Il est par conséquent délicat de tirer des conclusions quant à l’effet de TIAR sur les groupes fonctionnels associés à ces candidats. Nous nous sommes donc particulièrement intéressés aux ARNm immunoprécipités avec la protéine TIAR-Flag. Contrairement aux résultats obtenus par l’analyse des transcriptomes totaux des macrophages surexprimant la protéine TIAR-Flag, les termes associés à la réponse immune ne sont pas les plus enrichis parmi les ARNm présents dans l’IP. Ainsi, d’autres groupes fonctionnels sont bien mieux représentés, suggérant que la protéine TIAR joue un rôle important dans l’épissage des ARNm (00:0008380), les mécanismes de catabolisme dépendant des ubiquitines (00:0006511), le cycle cellulaire (00:0007049) ou encore l’apoptose (00:0006915)De manière intéressante, trois groupes fonctionnels directement liés à la production des cytokines, et en particulier du TNF-a, ne sont enrichis qu’en condition de stimulation par le LPS. Il s’agit de la voie de signalisation aboutissant à l’activation du facteur

transcriptionnel NFkB (00:0007942), de la voie de signalisation de la MAPK p38

(00:0031098) et des mécanismes de réponse aux stimuli d’organismes vivants tels les bactéries ou les champignons (00:0009607). Les macrophages produisent de grandes quantités de cytokines et les ARE-BPs sont connues pour réguler l’expression d’un grand nombre d’entre elles, et de manière plus générale, de protéines impliquées dans la réponse inflammatoire (Pour revue: Anderson, 2008). Les protéines TIAR et TIA-1 lient par exemple la partie 3’ non traduite de F ARNm du TNF-a (Oueydan et al., 1999) ainsi que celle de l’ARNm de Cox-2 (Gok et al., 2003) et probablement de l’ARNm de l’IL-8 dans le cas de TIAR (Suswan et al., 2005). Nous nous sommes donc particulièrement intéressés aux voies de signalisation activées par le LPS. Nous avons ainsi pu constater que des ARNm codant pour des facteurs clés des voies de signalisation dépendant des TLR (Toll-like receptor) sont immunoprécipités avec la protéine TIAR-Flag. Il semblerait ainsi que la protéine TIAR puisse réguler l’expression de protéines qui interviennent dès l’initiation du signal de stimulation. C’est le cas, par exemple, du récepteur TLR4 dont l’ARNm est enrichi 2,5 fois dans l’IP TIAR-Flag (voir annexe 3.3 b) réalisée à partir de cellules stimulées par le LPS. D’autres facteurs intervenant en aval dans les voies de signalisation activées par les TLR sont aussi concernés par une potentielle régulation de leur ARNm par la protéine TIAR. On trouve ainsi une kinase de la famille des phosphoinositide 3- kinases (PI3K) dont on sait qu’elles jouent un rôle important dans la réponse inflammatoire (Pour

LP5+ IP5- •t Ifi

V____J Sw-_—> 1 M* J

revue; Chen et al., 2005; Rommel et al., 2007) et dont la phosphorylation aboutirait à l’inactivation de la protéine KSRP (Gherzi et al., 2006), des phosphatases telle MKP-1, voire une protéine comme c-Fos qui forme avec le facteur de transcription c-Jun un complexe se liant sur la séquence régulatrice AP-1 présente au niveau du promoteur de nombreux gènes exprimés au cours de la réponse immune (Pour revue: Maciàn et al., 2001) (Figure 8). Nous pouvons en conclure que la protéine TIAR n’est pas seulement un régulateur traductionnel des ARNm de cytokines mais qu’elle interviendrait à plusieurs étapes des voies <le signalisation aboutissant à leur production. 11 reste cependant à déterminer l’effet régulateur qu’exerce la protéine TIAR sur chacun de ses ARNm cibles. En effet, le contexte nucléoprotéique dans lequel TIAR se trouve lorsqu’il lie un ARNm varie probablement d’une cible à l’autre et l’association de TIAR avec différents facteurs de liaison à l’ARNm pourrait lui conférer différentes fonctions régulatrices.

1.3) Etude de la régulation de l’expression du TNF-a et de MKP-1 par la protéine TIAR

Parmi les gènes candidats dont les ARNm sont immunoprécipités avec la protéine TIAR-Flag, nous avons identifié la cytokine TNF-a ainsi que la phosphatase MKP-1. Leurs taux d’enrichissement dans le culot de l’IP TIAR-Flag réalisée à partir de cellules stimulées au LPS sont parmi les plus élevés. En outre, ces deux protéines sont toutes deux impliquées dans la voie de signalisation de la MAP kinase p38 qui joue un rôle essentiel dans la stabilisation et le contrôle de la traduction des messagers porteurs d’ARE dans le cadre notamment de la réponse