Plusieurs flores du poisson impliquées dans la réduction de l’OTMA

Comme cela a pu être noté dans le paragraphe précédent, plusieurs genres bacté- riens possèdent un système OTMA réductase avec notamment des flores ayant été décrites comme de potentielles flores d’altération du poisson d’eau de mer : Shewanella, Photobacte- rium ou simplement présentes au sein de l’environnement du poisson comme Vibrio.

Le système OTMA réductase a été bien décrit en ce qui concerne Shewanella (Dos Santos et al. 1998) allant même jusqu’à l’obtention de la structure cristallisée de l’enzyme (Czjzek et al. 1998). Les données concernant les systèmes de Vibrio et Photobacterium sont

moins importantes dans la littérature bien qu’une activité OTMA réductase ait été décrite pour ces deux genres bactériens (Unemoto et al. 1965; Proctor & Gunsalus 2000; Gram & Dalgaard 2002).

Ce gène est donc, pour plusieurs raisons, une cible d’intérêt pour suivre ces diffé- rentes souches dans le cadre de l’altération du poisson. Une première raison de ce ciblage préférentiel est que malgré des organisations génétiques différentes, il est retrouvé pour l’ensemble des genres bactériens d’intérêts présents dans l’environnement du poisson ou participant à son altération (figure 4-1, figure 4-10 et figure 4-12). Une seconde raison est que ce gène codant directement pour la triméthylamine réductase, il peut donc revêtir le rôle de marqueur indirect de l’état d’altération du poisson, partant du principe que plus le poisson est altéré, plus la charge bactérienne d’altération est importante et donc de facto plus le nombre de copies du gène présent au sein de la chair du poisson est important. En outre, la détection du gène torA au sein de la chair de poisson a déjà fait l’objet de différents travaux (cf. point II.3.). En revanche, suivre l’expression de ce gène en cours d’altération paraîtrait de prime abord moins intéressant compte tenu du fait qu’il a été montré que le niveau d’expression de torA n’est pas uniforme tout au long de la croissance bactérienne. En effet, comme l’ont illustré Ansaldi et al. (2007) le niveau d’expression est maximal durant la phase exponentielle, alors que les niveaux en fin de phase de latence et en début de phase sta- tionnaire sont nettement plus faibles. Le Tableau IV-I recense des résultats de comparaison des séquences du gène torA issues de deux espèces pour chacun des genres d’intérêts. Ces résultats sont une image de la variabilité observée et ne se veulent pas une représenta- tion exhaustive de la variabilité intra et inter-genre. Néanmoins, ils montrent que les sé- quences sont relativement différentes entre les espèces bactériennes, mais également au sein d’un même genre. Ainsi la comparaison de deux séquences de Vibrio donne un pour- centage d’identité de séquence de 86,3% lorsque ce pourcentage n’est que de 81,8% pour deux séquences de Photobacterium. En comparant deux séquences issues de genres diffé- rents les différences s’accroissent puisque Shewanella partage entre 67,2% et 68,7% d’identité avec les séquences de Vibrio et Photobacterium. Ces mêmes genres possèdent des identités de séquences plus importantes ceci pouvant s’expliquer par le fait qu’il s’agit de membres de la même famille bactérienne : celle des Vibrionaceae. A plus grande échelle, la

Figure 4-13 : Alignement de 2290 nucléotides provenant de 62 séquences du gène torA issues de trois genres bactériens, par la méthode du maximum de vraisemblance en utilisant le modèle de Kimura à deux paramètres. Le pourcentage indiqué représentant la vraisemblance des groupes formés après un test de bootstrap. Avec  représentant les Photobacterium,  les Vibrio,  les Shewanella et  la souche de E.coli servant de groupe externe. La distance indiquée par la barre illustre 10% de différence entre deux séquences.exponentielle, alors que les niveaux en fin de phase de latence et en début de phase stationnaire sont nettement plus faibles.

Vibrio albensis VL426 (ACHV01000001) Vibrio cholerae TMA 21 (ACHY01000017) Vibrio cholerae 12129 (ACFQ01000010)

Vibrio cholerae O395 (CP000627) Vibrio cholerae M66-2 (CP001233) Vibrio cholerae HE39 (AFOQ01000009)

Vibrio cholerae CT 5369-93 (ADAL01000239) Vibrio cholerae HE48 (AFOR01000015)

Vibrio cholerae HC-02A1 (AFOT01000135) Vibrio cholerae TM 11079-80 (ACHW01000019) Vibrio cholerae V51 (EAZ50851)

Vibrio cholerae CP1037 (ALDB01000139) Vibrio cholerae MZO-3 (AAUU01000010) Vibrio cholerae HE-25 (ALEC01000007) Vibrio cholerae HC-41B1 (AJRP01000052) Vibrio cholerae HE-45 (ALED01000026) Vibrio cholerae BJG-01 (AFOU01000213) Vibrio cholerae 1587 (AAUR01000023) Vibrio sp. RC341 (ACZT01000023)

Vibrio sp. RC586 (ADBD01000013) Vibrio mimicus VM223 (ADAJ01000008) Vibrio mimicus MB451 (ADAF01000001) Vibrio mimicus VM603 (ACYU01000186)

Vibrio mimicus VM573 (ACYV01000012) Vibrio furnissii CIP 102972 (ACZP01000013) Vibrio anguillarum 775 (NC 015633) Vibrio vulnificus CMCP6 (NC 004459) Vibrio vulnificus CMCP6 (AE016795)

Vibrio vulnificus MO6-24/O (CP002469) Vibrio orientalis CIP 102891 (ACZV01000005)

Vibrio parahaemolyticus Peru-466 (ACFM01000025) Vibrio parahaemolyticus AQ3810 (AAWQ01000016)

Vibrio sp. Ex25 (CP001805)

Vibrio alginolyticus 40B (ACZB01000065) Vibrio campbellii HY01 (AAWP01000118)

Vibrio sp. HENC-01 (AJSQ01000143) Vibrio harveyi 1DA3 (ACZC01000014) Vibrio sp. HENC-03 (AJSS01000095) Vibrio coralliilyticus ATCC BAA-450 (ACZN01000018) Photobacterium profondum SS9 (CR35453)

Photobacterium damselae CIP 102761 (ADBS01000001) Photobacterium angustum S14 (AAOJ00000000)

Photobacterium sp. SKA34 (AAOU01000021) Photobacterium profondum SS9 (CR378670)

Photobacterium leiognathi subsp. mandapamensis (GAA03869)

Photobacterium damselae subsp. damselae CIP 102761 (ADBS01000001)(2) Shewanella baltica OS185 (NC 009665)

Shewanella baltica OS223 (NC 011663) Shewanella massilia (AJ006085) Shewanella oneidensis MR-1 (AE014299) Shewanella putrefaciens (AJ005974)

Shewanella pealeana ATCC 700345 (NC 009901) Shewanella halifaxensis HAW-EB4 (NC 010334) Shewanella woodyi ATCC 51908 (NC 010506)

Shewanella loihica PV-4 (NC 009092) Shewanella violacea DSS12 (AP011177) Shewanella sediminis HAW-EB3 (NC 009831)

Photobacterium damselae subsp. damselae CIP 102761 (ADBS01000001) Photobacterium damselae subsp. piscicida (HQ599848)

Escherichia coli (F11AAJU02000014)

100 100 89 100 100 100 80 86 82 100 100 100 100 99 100 100 100 100 100 83 100 100 100 95 93 100 99 100 100 96 62 72 100 99 88 100 74 100 99 100 98 98 84 68 74 98 0.1

Détection du gène torA, potentiel marqueur d’altération du poisson

figure 4-13 propose un arbre phylogénétique de torA. Il apparaît que les séquences sont glo- balement regroupées par genre bactérien. Deux sous-groupes apparaissent au sein de Vi- brio dont un est composé de V.cholerae et V.mimicus. Les séquences du gène torA au sein de Vibrio semblent être plus conservées que celles des genres Shewanella et Photobacte- rium. Ainsi, comme le montre la figure 4-13, les distances séparant les séquences des gènes torA des souches de ces genres bactériens sont plus importantes que celles observées au sein de Vibrio. Ce dernier point va à l’encontre de ce qui a été conjecturé sur la conservation des séquences de torA au sein du genre Shewanella (Dos Santos 1999). En outre l’ensemble des dissimilarités de séquence est répartie de façon relativement homogène tout au long de la séquence du gène torA.

Après avoir introduit le fonctionnement du système OTMA réductase et compte tenu du fait que le gène torA pourrait constituer un marqueur d’altération, il convient désormais de présenter les enjeux de la détection de gènes au sein de matrices alimentaires, ceci sera l’objet du prochain développement.