Famille de DI-S présentant un phénotype proche du Cockayne

Nous avons étudié le cas d'un frère et d'une soeur (PSL_9730 et PSL_9731), nés de parents consanguins, présentant la même pathologie très sévère :

- retard de croissance anténatal (RCIU), s'aggravant en post-natal ;

- difficultés alimentaires apparues à l'âge de 4 mois (les 3 premiers mois de vie ayant été sans particularité sur le plan neurologique) ;

- régression des acquisitions dans la petite enfance (perte de la station debout) ; - microcéphalie post-natale, s'aggravant progressivement ;

- vieillissement prématuré ;

- énophtalmie ;

- lipodystrophie faciale et tronculaire ; - neuropathie périphérique démyélinisante ; - surdité de perception ;

- rétinopathie pigmentaire "poivre et sel" et opacités cornéennes ; - lésions squelettiques épiphyso-métaphysaires ;

- brachydactylie et enraidissement des articulations des membres ; - micropénis et cryptorchidie chez le garçon.

La sœur aînée est décédée à l'âge de 7 ans dans un tableau de choc septique. Le frère est âgé de 5 ans au moment de l'ACPA.

Les parents sont par ailleurs en bonne santé et ont un troisième enfant, également en bonne santé, ce qui évoque une pathologie autosomique récessive (figure 54).

Figure 54 : arbre de la famille dont le gène YWHAE a été séquencé

La première hypothèse a été celle d'un syndrome de Cockayne, malgré les lésions osseuses non classiques, l'absence de photosensibilité, l'IRM cérébrale normale et la dysmorphie un peu différente. Mais la réparation de l'ADN et le séquençage du gène CSB sont normaux.

Le bilan métabolique est par ailleurs normal, ainsi que le caryotype et l'étude des gènes LMNA et FACE1.

L'étude en puce SNP n'a pas permis de mettre en évidence d'anomalie chromosomique responsable de la pathologie. Mais une étude d'homozygotie n'a retrouvé que 3 régions d'intérêt, pour un total de 12 Mb, communes aux 2 atteints, et hétérozygotes chez le frère sain,

de formule chromosomique arr[hg19] 3p14.2p13(62,572,391-70,606,921)x2

hmz,11q23.3(116,139,120-118,740,864)x2 hmz,17p13.3(114,670-1,493,715)x2 (figure 55). Ces régions d'intérêt contiennent en tout 102 gènes dont aucun gène connu de Cockayne, ni de

Xeroderma Pigmentosum.

4.4.4.1.1. Séquençage du gène YWHAE

Parmi les 102 gènes dans les régions d'intérêts, nous nous sommes intéressés à YWHAE (tyrosine 3-monooxygenase / tryptophan 5-monooxygenase activation protein, epsilon

polypeptide).

Figure 55 : LOH commun aux 2 atteints, PSL_9730 et PSL_9731, contenant YWHAE

YWHAE est un gène de régulation de la transduction du signal intracellulaire. Il s'agit d'un des

en plus de celle de PAFAH1B1 (qui est responsable de lissencéphalie) pour entrainer le phénotype complet de syndrome de Miller-Dieker (Cardoso et al. 2013). En outre, des délétions hétérozygotes 17p13.3 incluant, YWHAE mais pas PAFAHB1, sont responsables d'un phénotype de DI modérée avec retard de croissance staturo-pondérale (Schiff et al. 2010).

YWHAE nous a donc semblé être un gène candidat possible pour expliquer ce DI-S familial,

sachant qu'on s'attend, en cas de mutation homozygote comme nous l'avons ici, à un phénotype plus sévère qu'avec des patients ayant une délétion hétérozygote comme on en trouve dans les cas rapportés jusqu'à présent.

Nous avons donc séquencé, en méthode de Sanger, les régions codantes de YWHAE (9 exons, 9 amplicons), chez le frère atteint (PSL_9731) mais n'avons trouvé aucune mutation délétère.

4.4.4.1.2. Séquençage de l'exome

Après avoir séquencé, sans succès, le gène YWHAE dans la famille précédente, nous avons fait effectuer un séquençage de l'exome chez le patient PSL_9731 au Centre National de Génotypage (CNG), en utilisant comme filtre principal, outre ceux décrits dans notre partie 2.5.3.3., une analyse limitée aux locus d'intérêt. Nous avons également éliminé les variants retrouvés chez d'autres individus du même run afin d'éviter les faux positifs.

Cette analyse a détecté 26 497 SNV (Single Nucleotid Variants) et 2 499 indel. Parmi ces variants, nous avons identifié une substitution nucléotidique homozygote G>A, en position 116633617, ce qui correspond à une mutation faux-sens dans l'exon 4 du gène BUD13 (transcrit NM_032725.3 dans la base de données refseq), selon la nomenclature HGVS : cDNA : NM_032725.3:c.688C>T, ADN génomique : Chr11(GRCh37):g.116633617G>A, Protéine : p.Arg230*.

Ce variant est rare puisqu'il n'est pas répertorié dans dbSNP, 1000 genomes, HapMap ou

Un séquençage selon la méthode Sanger a confirmé la mutation et déterminé que les parents et le frère sain sont hétérozygotes (figure 56).

Figure 56 : électrophorégrammes (logiciel Applied Biosystem Seqscape) montrant la mutation à l'état homozygote chez les 2 individus atteints (PSL_9730 et PSL_9731) et à l'état hétérozygote chez les parents et le frère sain (PSL_9728, PSL_9729 et PSL_10632).

BUD13 est exprimé sous la forme de deux isoformes d'après refseq (NM_032725 et

NM_001159736). La mutation retrouvée dans l'exon 4 ne touche que la première isoforme, qui est l'isoforme majeure (d'après les données d'annotation Aceview).

4.4.4.1.3. Séquençage du gène BUD13

Afin de rechercher d’autres patients avec des mutations du gène BUD13, nous avons séquencé, en méthode de Sanger, les régions codantes de ce gène (10 exons, 10 amplicons), dans une série de 27 patients présentant un syndrome de Cockayne sans mutation dans le gène

ERCC6 adressés par le Pr Vincent Laugel (CHRU Strasbourg, France). Ce séquençage n'a pas

détecté de mutation délétère dans cette série de patients.

4.4.4.1.4. Séquençage du gène RBMX2

Dans le cas de la levure, la protéine Bud13 fait partie du complexe de rétention du splicéosome, également appelé complexe RES. Ce complexe contient une autre protéine, Ist3, qui, lorsqu'elle est inactivée, produit le même phénotype sur la levure que l'inactivation de Bud13 (Dziembowski et al. 2004). Après discussion avec le Pr Bertrand Séraphin (IGBMC, Strasbourg, France), spécialisé dans l'étude de l'épissage chez la levure, nous avons donc décidé d'effectuer un séquençage du gène RBMX2 (6 exons, 5 amplicons), qui est l'homologue humain de Ist3 dans la série de patients avec syndrome de Cockayne sans mutation du gène ERCC6. Ce séquençage n'a pas détecté de mutation délétère.

4.4.4.2. Séquençage de l'exome dans une famille de DI-S présentant une agénésie du