Evolution des ventes d’antibiotiques en productions ovine et caprine sur 10 ans

Compte tenu des variations de la masse d’ovins et de caprins potentiellement consommateurs d’antibiotiques, l’exposition de ces animaux aux antibiotiques reste stable sur les 10 dernières années. En 2010, l’exposition a atteint un niveau très bas non expliqué et en 2011 et 2012, l’exposition atteint un niveau voisin de celui de 2007 (Figure 18).

Les injectables et les prémélanges médicamenteux sont de moins en moins utilisés pour traiter les ovins et les caprins. En 2012, les ovins et caprins sont traités majoritairement avec des tétracyclines, puis avec des polypeptides, viennent ensuite les traitements à base de sulfamides et triméthoprime. Aucune exposition aux céphalosporines ou des fluoroquinolones n'est observée en raison de la non autorisation de ces antibiotiques sous forme orale ou injectable dans la production d’ovins et de caprins.

Figure 18 : Evolution de l’exposition des ovins et caprins aux différentes familles d’antibiotiques entre 2003 et 2012

4.4.7 Principales résistances aux antibiotiques

L’ensemble des données de résistance chez les bactéries pathogènes animales est disponible dans le rapport annuel du réseau Résapath (Anses, 2013b). Chez les ruminants, une tendance majeure domine, celle de l’augmentation de la résistance aux céphalosporines de troisième et quatrième générations, représentées par le ceftiofur et la cefquinome.

Les premières observations de résistance à ces molécules en élevage bovin en France ont été faites en 2005 (Meunier et al., 2006), et correspondaient à la diffusion de gènes BLSE (voir définition précédemment). Depuis 2006, le nombre de souches d’E. coli bovines résistantes aux

céphalosporines de 3ème et 4ème générations ne cesse d’augmenter (Figure 19). Au contraire, la

résistance aux céphalosporines de 3ème et 4ème générations chez Salmonella reste marginale

(Madec et al., 2011).

4.4.7.1 Entérobactéries

Les différents stades de production sont très différemment concernés. La résistance aux

céphalosporines de 3ème et 4ème générations est quasi-exclusivement retrouvée chez les souches

d’E. coli isolées de gastro-entérites néo-natales et atteint des niveaux proches de 10% (Valat et al., 2012). Au contraire, une étude récente chez les entérobactéries responsables de mammites bovines (E. coli très majoritaire) montre une prévalence de BLSE de 0,4% (Dahmen et al., 2013).

Années

A

LE

un chevreau (Dahmen et al., 2012). Ce résultat montre que les petits ruminants ne sont pas épargnés, en particulier au même stade de production que chez les bovins (veaux). Le gène BLSE (blaCTX-M-1) était, en outre, porté par un plasmide conjugatif (IncI1/ST3) abondamment décrit en

France chez des souches d’E. coli aviaires et de Salmonella Typhimurium bovines, aviaires et humaines. 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 2006 2007 2008 2009 2010 2011 % Tous bovins Veaux Bovins adultes

Figure 19 : Evolution des proportions de souches d’E. coli non-sensibles au ceftiofur (I+R) chez les bovins (2006-2011).

La notion de multi-résistance doit également être prise en compte chez les entérobactéries, dans la mesure où plusieurs gènes de résistance sont souvent co-localisés génétiquement, et donc que l’usage de certaines molécules permet de co-sélectionner la résistance à d’autres molécules. Le

tableau ci-dessous (Tableau 11), (Anses, 2013b) rappelle l’importance quantitative des co-

résistances chez les bovins. Sur le plan qualitatif, (toutes maladies confondues), par exemple parmi les souches résistantes au ceftiofur, 95% le sont aussi à la tétracycline (vs 73% de résistance à la tétracycline pour l’ensemble des souches), et 57% le sont aussi aux fluoroquinolones (vs 26% pour l’ensemble des souches). De plus, 74% des souches résistantes au ceftiofur et à la tétracycline le sont aussi à l’association triméthoprime-sulfamides (vs 33% de résistance à l’association pour l’ensemble des souches)

Tableau 11 : Nombre et proportions de souches résistantes (R+I) parmi une liste de 5 antibiotiques chez E. coli pour les bovins

Nombre de résistance(s) (R+I) Bovins N % 0 753 22,8 1 1158 35,0 2 624 18,9 3 411 12,4 4 285 8,6 5 73 2,2 Total 3304 100

Par ailleurs, si la résistance aux céphalosporines de 3ème et 4ème génération des entérobactéries

pathogènes bovines (dont principalement E. coli) évolue clairement à la hausse, d’autres situations sont beaucoup plus stables, tout en présentant des taux élevés. C’est le cas pour l’amoxicilline,

pour laquelle les proportions de souches d’E. coli résistantes issues de gastro-entérites néo- natales atteignent chaque année le taux d’environ 85 % des souches testées. C’est également le cas au sein des autres familles d’antibiotiques. Ainsi, depuis 2006, les taux de résistance aux fluoroquinolones, aux sulfamides ou aux tétracyclines apparaissent constants, et respectivement de l’ordre de 25-28% (fluoroquinolones), et de 80-85% (sulfamides et tétracyclines) (Anses, 2013b).

4.4.7.2 Salmonelles

En parallèle, le genre Salmonella, peu responsable d’infections chez les bovins, affiche depuis

plusieurs années une tendance constante à la réduction de son niveau de résistance aux antibiotiques, en cohérence avec la fin de l’épisode lié à la diffusion massive du clone de

Salmonella Typhimurium DT104. Ce clone épidémique a émergé au cours des années 1990 chez

les bovins et chez l’homme, et présentait un phénotype de penta-résistance généralement

uniforme, conférant la résistance à cinq familles d’antibiotiques (phénicolés, aminosides, béta-

lactamines, sulfamides, tétracyclines). Les gènes responsables étaient portés par une structure génomique appelée Salmonella Genomic Island (SGI1), essentiellement transmise par diffusion des souches bactériennes elles-mêmes, plutôt que par échange de matériel génétique entre souches différentes. Un état des lieux récent en filière bovine a montré que les souches de salmonelles sont, aujourd’hui, principalement sensibles aux antibiotiques et que, dans le cas contraire, ces souches portent l’ilôt SGI1 dans sa forme la plus classique, dans une tendance résiduelle de fin d’épidémie (Targant et al., 2010a). Quelques variants moléculaires de SGI1 sont parfois observés, au hasard des évènements de recombinaisons génétiques, mais ce phénomène reste rare (Targant et al., 2010b).

4.4.7.3 Pasteurelles

De même, les bactéries du groupe des pasteurelles au sens large (Pasteurella, Mannheimia…) conservent encore un très haut niveau de sensibilité aux antibiotiques. Les premières béta- lactamases hébergées par ces espèces bactériennes et décrites dans la fin des années 80, pouvaient faire craindre une évolution comparable à celle observée aujourd’hui chez E. coli. Cette situation n’a pas été constatée. La sensibilité au florfénicol est également restée quasi-complète, malgré l’usage important de cette molécule depuis sa mise sur le marché en 1995 pour lutter contre les infections respiratoires en élevage. A ce titre, la première (et la seule) pasteurelle bovine française hébergeant un gène de résistance au florfénicol (le gène floR) a été décrite en 2006 dans l’espèce Pasteurella trehalosi à partir d’une souche isolée d’une infection respiratoire bovine, montrant par là la dimension marginale de ce cas (Kehrenberg et al., 2006). En revanche, la résistance au florfénicol est détectable chez environ 23% des souches d’E. coli isolées de gastro- entérites néo-natales, malgré une absence d’indication de cette molécule pour cette affection.

4.4.7.4 Staphylocoques et streptocoques

S’agissant des pathogènes majeurs à Gram positif des bovins (staphylocoques, streptocoques), la tendance est également très stable. Le staphylocoque à coagulase positive pathogène des bovins est très essentiellement représenté par le staphylocoque doré (Staphylococcus aureus), qui reste majoritairement sensible à la plupart des antibiotiques. Environ 40% des souches de S. aureus possèdent néanmoins le gène blaZ, qui leur confère la résistance à la pénicilline G. La résistance à

la méticilline est exceptionnelle et l’un des seuls clones de S. aureus résistant à la méticilline

(SARM) isolé en France d’une infection bovine (mammite clinique) s’est révélé être un clone épidémique humain (clone Géraldine) (Haenni et al., 2011). Le clone CC398, très prévalent chez le porc, est quasi absent chez les bovins en France. Très récemment (juin 2011), une étude a décrit, au Royaume-Uni et au Danemark, des souches de SARM d’origines bovine et humaine présentant un nouveau variant du gène mecA (dénommé mecC), localisé au sein d’une nouvelle cassette SSCmec de type XI. Ces souches ont la particularité de présenter une résistance phénotypique à la méticilline ne pouvant être confirmée par l’amplification spécifique du gène mecA. Par ailleurs multi-sensibles aux autres classes d’antibiotiques, ces souches peuvent être considérées à tort comme n’étant pas des SARM, et donc être traitées avec des béta-lactamines, risquant ainsi de conduire à un échec thérapeutique. Deux souches bovines provenant du même département ont été identifiées fin 2011 en France par le Résapath (Laurent et al., 2012), et des études se poursuivent sur la distribution de ces clones chez l’animal en France.

Les streptocoques bovins (et donc très majoritairement Streptococcus uberis) sont également faiblement résistants et ce, de façon constante depuis 2006. Les principales résistances constatées le sont vis-à-vis des macrolides et lincosamides (Haenni et al., 2010) (20% des souches testées à l’érythromycine et la lincomycine en 2009 sont résistantes ou intermédiaires à ces antibiotiques).

4.4.7.5 Mycoplasmes

Enfin, dans le cadre d’un projet spécifique, l’antibiorésistance des deux mycoplasmes les plus délétères sur le territoire national : M. bovis pour les bronchopneumonies infectieuses et enzootiques (BPIE) chez le veau et M. agalactiae pour l’agalactie contagieuse des petits ruminants a été étudiée. Pour M. bovis, un glissement est observé vers des CMI élevées des souches récentes (>2010) comparées à des souches plus anciennes (1978-1979), et ce pour les principales familles d’antibiotiques : macrolides (tylosine, tilmicosine, tulathromycine), aminosides

(spectinomycine), tétracyclines (oxytétracycline) et fluoroquinolones (enrofloxacine,

marbofloxacine, danofloxacine). Pour le florfénicol, la population de souches anciennes présentait déjà une sensibilité diminuée. Le fait que ces résistances aient été acquises en 30 ans et de façon universelle (toutes les souches et la plupart des familles antibiotiques) constitue un vrai critère d’alerte. L’hypothèse principale est que M. bovis soit victime de dommages collatéraux d’une antibiothérapie ne le ciblant pas spécifiquement. En effet, les BPIE sont souvent multifactorielles et les Pasteurellaceae font l’objet de traitements antibiotiques réguliers. Pour M. agalactiae, en filière ovine, où les pratiques antibiotiques sont différentes, la tendance à la perte de sensibilité est beaucoup plus modérée et touche essentiellement les macrolides.