En cas d’infection urinaire, les taux d’hématies et de leucocytes augmentent et les résultats peuvent varier selon la méthode de comptage, automatisée ou non, utilisée dans le laboratoire l’interprétation se fait de la façon suivante :
- Renseignements cliniques :
Il est indispensable que toute demande d'ECBU soit accompagnée des renseignements cliniques nécessaires à son interprétation : modalités de prélèvements (milieu de jet, ponction sus-pubienne, sondage), contexte de prescription (IU, bilan pré-interventionnel), terrain (antécédents, grossesse, immunodépression grave), antibiothérapie récente. Dans l'optique des ≪ antibiogrammes restreints ≫, ces renseignements cliniques seront également nécessaires pour adapter la liste des antibiotiques testés pertinents à rendre aux prescripteurs.
61 - Examens direct :
- Leucocyturie
A l’état physiologique, l’urine contient moins de 10000 leucocytes par ml. La leucocyturie traduit la réponse Inflammatoire à la présence d’une infection du tractus urinaire.
Elle est considérée comme significative si >10⁴ /ml (soit > 10/mm3, cette unité ancienne, non reconnue internationalement, est encore utilisée par certains laboratoires).Ce seuil, valide depuis des années pour des déterminations de la leucocyturie par des techniques microscopiques peut actuellement varier légèrement en cas de lecture automatisée par cryométrie de flux. Il convient de prendre en compte le seuil de leucocyturie équivalent mentionne dans le compte-rendu. La leucocyturie peut cependant être absente au cours d’authentiques IU, quand l’ECBU est réalisé précocement (leucocyturie retardée de quelques heures), chez les patients neutroniques, ou si les urines ne sont pas traitées rapidement (lyse possible des leucocytes).
Une leucocyturie même importante n’est pas spécifique d'IU. En effet, il existe de nombreuses autres causes pouvant être à l’ origine d’une leucocyturie (vulvo-vaginite, maladie inflammatoire dont le syndrome de Kawasaki, urétrite, posthite [inflammation du prépuce], tuberculose...). Une leucocyturie isolée peut aussi traduire une IU ayant fait l'objet d'un ECBU après l'initiation d'une antibiothérapie (concept de l'infection décapitée≫).
Pour un malade sondé, la leucocyturie accompagne la bactériurie dans la grande majorité des cas, mais souvent elle est non infectieuse et due à l’intolérance de la sonde par la muqueuse ou au frottement de l’extrémité de cette sonde au niveau de ma muqueuse vésicale.
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Tableau 11 Seuils de bactériurie significative
Staphylococcus saprophyticus (S.saprophyticus) ; Corynebacterium urealyticum
(C.urealyticum) ; Pseudomonas aeruginosa (P.aeruginosa) ; Staphylococcus aureus (S.aureus)
La présence de bactéries à l’examen direct correspond le plus souvent à une bactériurie de l’ordre de 10⁵ UFC/ml pour les urines non centrifugées. Un examen direct négatif n'exclut donc pas le diagnostic d'IU.
La coloration de Gram peut aider à orienter le traitement antibiotique en décrivant les bactéries observées ou inciter à refaire le prélèvement selon le caractère mono-ou poly microbien de la bactériurie. Elle permet de plus d'objectiver la présence de cellules épithéliales qui, lorsqu'elles sont présentes en grande quantité, signent un prélèvement de mauvaise qualité et s'accompagnent généralement d'une contamination par la flore per urétrale.
Une bactériurie sans leucocyturie doit faire évoquer par ordre de fréquence une contamination (mauvaises conditions de prélèvements), une colonisation urinaire, une IU débutante, et plus rarement une IU chez le patient neutropéniques.
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La coloration de Gram n'est pas actuellement réalisée de façon systématique sur tous les ECBU. Elle doit être systématique en cas d'IU avec signe de gravite, et il est important qu'elle puisse être effectuée sur demande du clinicien (tableau clinique atypique, bandelette urinaire douteuse...).
En pratique, les seuils de bactériurie considères comme significatifs pour les espèces bactériennes les plus courantes, chez un patient symptomatique avec leucocyturie > 10⁴/ml sont :
Tableau 12 Interprétation d’une bactériurie et leucocyturie lors d’un examen (30)
Pour un malade sondé, chez 96% des cas une bactériurie même très faible (1 à
1000/ml), l’évolution se fait vers 105/ml dans les 24-72 heures. En conséquence, il est actuellement admis que toute bactériurie chez un malade porteur de sonde doit être considérée comme anormale, à moins que le prélèvement ne soit fait dans des conditions très rigoureuses.
- Culture:
La culture a une valeur de confirmation. Elle est toujours nécessaire pour préciser l'espèce bactérienne, quantifié la Bactériurie et effectuer un antibiogramme. Au-delà de deux types de colonies différentes, l'analyse n'est pas poursuivie (sauf situation très particulière, en concertation avec le clinicien).
En effet, les infections poly microbiennes d’origine communautaires sont rares. Les critères d’une bactériurie significative ont évolué avec le temps. La limite de quantification des bactéries et des levures urinaires par la méthode de culture usuelle est égale à 10 2
UFC/ml. En l’absence d’antibiothérapie en cours, une bactériurie inférieure à 10 3 UFC/ml est en faveur d’une absence d’infection Urinaire ou de colonisation.
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Selon un groupe de microbiologistes européens, la dernière conférence de consensus, ainsi que le Référentiel européen de microbiologie de la SFM et de l’ESCMID, le caractère pathogène d’un microorganisme et le seuil de bactériurie significative dépend du type de micro-organismes et de leur niveau d’implication dans l’étiologie des infections urinaires.
Quatre groupes ont été définis:
- Groupe 1: comprend des bactéries dotées de caractères particuliers de pathogénicité pour le tractus urinaire, et souvent isolées chez des patients ne présentant pas d'uropathie. Ces bactéries sont à considérer comme pathogènes lorsqu'elles sont isolées même en petite quantité, à partir de 103 UFC/ml: il s'agit de Escherichia coli et Staphylococcus
saprophyticus.
- Groupe 2: comprend l'essentiel des autres bactéries uropathogènes, qui peuvent être responsables d'IU communautaires (en particulier les entérobactéries), mais sont plus habituellement impliquées dans des IU nosocomiales ou lorsqu’il existe des facteurs anatomiques ou iatrogènes favorisants. Pour ces espèces bactériennes, le seuil de bactériurie considéré comme significatif en culture mono microbienne est 10⁴UFC/ml chez la femme et est abaisse à 10 3UFC/ml chez l’homme pour prendre en compte le cas d’IU masculine. Ce groupe comporte : Proteae, Klebsiella spp, Enterobacter spp, Serratia spp, Citrobacter spp.
Corynebacterium urealyticum, Enterococcus spp, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus. On notera, particulièrement pour Enterococcus spp, que ces seuils sont bien établis
pour une culture mono microbienne. En revanche, quand ce genre est retrouve en association avec E. coli, ce qui est fréquent en pratique clinique, le seuil est alors augmente a 10⁵ UFC/ml.
- Groupe 3, comprend les bactéries dont l’implication comme pathogène exige un niveau de bactériurie >10⁵ UFC/ml. Ce groupe comprend des espèces à coloration de Gram positive (Streptococcus agalactiae, les staphylocoques à coagulase négative autre que
Staphylococcus saprophyticus), à coloration de Gram négative (Acinetobacter spp, Stenotrophomonas maltophilia, autres Pseudomonaceae) ou les Candida spp.
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- Groupe 4: espèces considérées comme contaminants qui appartiennent habituellement a la flore urétrale ou génitale de proximité : lactobacilles, streptocoques alpha-hémolytiques,
Gardnerella vaginales, Bifidobacterium spp. Bacilles diphterimorphes (sauf Corynebacterium urealyticum).
L’imagerie (26) (31) (32)
L’imagerie est intéressante à plusieurs titres. Elle permet de détecter des anomalies de l’appareil urinaire, d’affirmer l’atteinte parenchymateuse et de rechercher d’éventuelles complications.
Pour chaque examen, les indications seront données dans les chapitres correspondant aux différentes pathologies.
1. ECHOGRAPHIE
L’échographie des reins et des voies excrétrices a pour avantages d’être un examen non invasif et facile d’accès. Elle permet de visualiser le contour des reins et d’apprécier l’échogénicité du parenchyme rénal et l’état des voies excrétrices. Elle est cependant peu sensible pour détecter un foyer de pyélonéphrite. Son intérêt principal réside dans la recherche d’une complication avérée : image directe de lithiase, image indirecte de dilatation des voies urinaires en amont d'un obstacle, suppuration intra-rénale ou péri-néphrétique.
Bien que sa valeur dépende du matériel utilisé et de la morphologie du patient, l’échographie détecte la plupart des atteintes nécessitant un geste chirurgical urgent.
Puisque son but est le dépistage de complications potentiellement graves qui ne sont pas nécessairement prédites par l'examen clinique, la logique est de réaliser cet examen rapidement : sans délai chez un patient en sepsis grave ou en insuffisance rénale aigue, dans les 24 h pour les autres situations.
Une radiographie de l’abdomen sans préparation (ASP) était classiquement associée à l’échographie, à la recherche de calculs radio-opaques. Sauf cas particuliers, l’ASP ne doit plus être réalisé, l’irradiation procurée n’étant pas négligeable pour un rendement diagnostique faible.
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Dans les pyélonéphrites aiguës, sauf cas particuliers, il n’y a plus lieu de réaliser un ASP en plus de l’échographie pour rechercher un calcul radio-opaque.
L’échographie prostatique par voie end rectale permet de visualiser les anomalies intra prostatiques, en particulier les abcès ou les calcifications. Quoique d’un bon rapport sensibilité/spécificité, cette exploration est difficilement supportable en période aiguë car très douloureuse.
Par ailleurs, elle est susceptible de déclencher une bactériémie. Il n’est donc pas recommandé de l’effectuer en phase aiguë.
TOMODENSITOMETRIE (TDM)
Elle est réalisée avec un scanner multi barrettes. Elle permet une étude morphologique et « fonctionnelle » de l’appareil urinaire. L’injection de produit de contraste rend en effet possible l’analyse de l’aspect des lésions parenchymateuses rénales aux différents temps de la néphrographie et représente la technique d’imagerie la plus sensible pour détecter un foyer de pyélonéphrite aiguë
(PNA) chez l’adulte [75]. Au temps tubulaire, la PNA apparaît sous forme d'hypodensité. Au temps tardif, la PNA apparaît hyperdense. Les reformatages multi plans de coupes épaisses permettent d'obtenir des images de l'arbre urinaire bien supérieures à celles de l'urographie intraveineuse (UIV).
La TDM a une sensibilité élevée (> 90 %) pour le diagnostic de PNA et la recherche d’abcès du rein.
Par contre elle ne permet pas de rechercher un reflux vésico-urétéral, dont le diagnostic repose sur l’urétrocystographie rétrograde et mictionnelle.
L'UIV n'a plus aucune indication dans le champ de l'infection urinaire. Elle doit être remplacée dans tous les cas par le scanner multi barrettes.
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IMAGERIE PAR RESONNANCE MAGNETIQUE (IRM)
Dans l’évaluation des infections rénales aiguës, cet examen n’a pas fait la preuve de sa supériorité par rapport au scanner.
L’IRM a par contre une place dans l’exploration de la prostate et devrait représenter l’examen de première intention dans les prostatites dont l’évolution est défavorable. Il se pose toutefois en pratique des problèmes d’accès à cet examen.
URETROCYSTOGRAPHIE RETROGRADE ET MICTIONNELLE
Elle est utile pour rechercher un reflux vésico-urétéral qui pourrait être suspecté devant la récidive d’épisodes infectieux ou la découverte de cicatrices rénales. Cet examen ne doit être réalisé que sur urines stériles et ne doit donc pas être réalisé à la phase aiguë de l’infection.
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