3.2 Méthodes
3.2.3 Détection de distorsions de transmission
Afin de détecter une distorsion de transmission (TD) sexe-spécifique, nous avons mis au point une nouvelle approche de balayage du génome. Cela nous a permis d’identifier dans un premier temps, pour chaque SNP, s’il existait une distorsion de transmission chez les fils, puis dans un second temps s’il existait une distorsion de transmission chez les filles, et enfin si les allèles préférentiellement transmis aux deux sexes étaient, ou non, les mêmes.
Détection de distorsion de transmission chez un sexe
Pour cette analyse, nous avons utilisé un test classique, le Transmission/Disequilibrium Test (TDT) (Spielman et al. 1993). Cette analyse a été effectuée SNP par SNP pour chaque sexe indépendamment, c’est-à-dire en considérant les trios avec des fils et les trios avec des filles séparément. Les SNP retenus étant bi-alléliques, les deux allèles ont été identifiés comme l’allèle A et B.
Cas autosomal
Seuls les couples où au moins un des parents est hétérozygote ont été sélectionnés. Pour chaque parent hétérozygote, l’allèle transmis a été identifié, et le nombre de fois où B a été transmis (T ) a été comparé au nombre de fois où A a été transmis (N T ) chez les filles et chez les fils indépendamment (voir tableau 3.1 pour un détail des génotypes possibles chez les individus des trios).
On a donc :
T = BAAB−AA+ ABAB−AB+ BAAB−AB+ 2BBAB−AB+ BBAB−BB
N T = AAAB−AA+ ABAB−AB+ BAAB−AB+ 2AAAB−AB+ ABAB−BB
Où, par exemple, BAAB−AA est le nombre d’enfants BA dans les trios où les parents
Génotypes des parents AB-AA AB-AB AB-BB Génotype
de l’enfant
si B transmis BA AB, BA, BB BB si A transmis AA AB, BA, AA AB
Table 3.1 – Génotype possible de l’enfant compte-tenu des génotypes de ses parents
si le parent hétérozygote a transmis A ou s’il a transmis B, pour un locus autosomal. Le premier allèle du genotype de l’enfant correspond à l’allèle transmis par le premier parent.
Un test de McNemar a ensuite été utilisé pour évaluer si T et N T étaient significa- tivement différents, c’est-à-dire si un allèle est préférentiellement transmis par le ou les parents hétérozygotes chez leurs enfants, en séparant les fils et les filles.
Sous l’hypothèse nulle d’une absence de TD, le critère du test est :
(T − N T )2
T + N T et suit une loi de χ
2
Ces tests seront appelés T Df ils et T Df ille.
Cas du chromosome X
La méthode utilisée est équivalente à celle des autosomes, mais est adaptée à l’hémi- zygotie des mâles pour le chromosome X. Seuls les couples où la mère est hétérozygote ont été sélectionnés. L’allèle transmis par la mère a été identifié, et le nombre de fois où B a été transmis (T ) a été comparé au nombre de fois où A a été transmis (N T ) chez les fils et chez les filles indépendamment (voir tableau 3.2 pour un détail des génotypes possibles chez les individus des trios).
Filles Fils
Génotypes des parents (mère-père) AB-A AB-B AB-A AB-B Génotype
de l’enfant
si B transmis BA BB B B
si A transmis AA AB A A
Table 3.2 – Génotype possible de l’enfant compte-tenu des génotypes de ses parents
si la mère a transmis A ou si elle a transmis B, pour un locus lié à l’X. Les génotypes des filles et des fils sont indiqués. Le premier allèle du genotype de l’enfant correspond à l’allèle transmis par la mère.
On a donc, pour les filles : T = BAAB−A+ BBAB−B
N T = AAAB−A+ ABAB−B
Pour les fils :
N T = AAB−A+ AAB−B
Où, par exemple, BAAB−A est le nombre de filles BA dans les trios où les parents ont
pour génotypes AB-A. L’approche statistique utilisée est identique à celle utilisée pour les autosomes et repose sur un test de McNemar. Ces tests seront également appelés T Df ils
et T Df ille.
Comparaison de l’allèle le plus transmis chez les fils et les filles
Après avoir effectué l’analyse de distorsion de transmission chez les fils et les filles, nous avons évalué si l’allèle le plus transmis était le même chez les deux sexes. Pour cela, nous avons comparé le nombre de fois où A et B ont été transmis chez les filles avec le nombre de fois où A et B ont été transmis chez les fils. Un tableau de contingence a été construit entre T et NT chez les fils et les filles (table 3.3). Un test de Fisher a été utilisé afin d’évaluer la significativité de la différence entre le nombre de fois où A et B ont été transmis chez chaque sexe. Ce test sera nommé pour la suite le test SDT ( pour Sexually Distorted Transmission).
Fils Filles T Tf ils Tf illes
NT N Tf ils N Tf illes
Table 3.3 – Tableau de contingence utilisé pour tester si l’allèle le plus transmis est le
même chez les fils et chez les filles.
Interprétation des résultats
Le tableau 3.4 résume les interprétations possibles des résultats des 3 différents tests. Ces tests vont nous permettre de différencier les cas où l’on detecte :
– pas de TD (cas 1)
– une TD limitée à un sexe, un seul des sexes va subir une TD (cas 2, 3, 6 et 7) – une TD chez les deux sexes dans le même sens, qui est la définition de la TD
classique (cas 4)
– une TD sexe-spécifique, qui a lieu chez les deux sexes mais dans des directions opposées (cas 5, 6, 7 et 8)
La puissance des tests utilisés est très dépendante de la taille de l’échantillon. De fait, les cas 6 et 7 peuvent être interprétés de différentes façons : soit il s’agit d’une TD sexe-spécifique car le test SDT (test de Fisher) est significatif, et il y a suffisamment de puissance pour détecter une TD chez un sexe mais pas chez l’autre sexe, soit il s’agit
d’une TD très importante limitée à un sexe, qui crée des écarts entre les T et NT entre les sexes suffisamment grands pour que le test SDT soit significatif. Ce dernier scénario devrait être rare car il impliquerait une TD très importante limitée à un seul sexe.
Cas T Df ils T Df ille SDT Interprétations
1 Pas de TD
2 × TD limitée à un sexe
3 × TD limitée à un sexe
4 × × TD
5 × TD sexe-spécifique
6 × × TD limitée à un sexe ou TD sexe-spécifique
7 × × TD limitée à un sexe ou TD sexe-spécifique
8 × × × TD sexe-spécifique
Table 3.4 – Interprétations des résultats des 3 tests effectués : le test T Df ils, le test
T Df illes et le test SDT. Une croix signifie que le test est significatif pour le SNP considéré.