Autres proteines 2.3.3.1 La protéine P7 

C est  une  petite  protéine  hydrophobe  de    aa  environ    kDa   qui  est  localisée  à  la  jonction entre les protéines structurales et non structurales  Comme sa présence n était  pas requise pour la réplication dans le système réplicon  Blight et al    Lohmann et  al     ni  pour  la  formation  de  particules  dans  le  modèle  (CV LPs  Baumert  et  al    p  a longtemps été considérée comme une protéine à part  ni structurale  ni non structurale   

Elle  est  localisée  dans  le  RE  par  deux  domaines  transmembranaires  reliés  par  une  boucle cytoplasmique  et ses extrémités N et C terminales sont orientées vers la lumière  du RE  Carrere Kremer et al    Cette structure et les caractéristiques biologiques  qui s y rattachent ont permis de classer la protéine p  parmis  un groupe de protéines  appelées  viroporines   Ces  protéines  forment  des  canaux  ioniques  qui  pourraient  être  indispensables aux étapes d assemblage et ou de relargage des particules virales  Dans  le cas du (CV  il a été montré que p  était capable de s assembler en hexamères ou en  heptamères pour former un canal ionique sensible à l effet inhibiteur de l amantadine  

permettant l efflux de calcium de la lumière du réticulum vers le cytoplasme  Carrere Kremer  et  al     Clarke  et  al     Pavlovic  et  al     Enfin   bien  que  le  polypeptide p  ne soit pas nécessaire pour la réplication virale  il a été montré qu il est  essentiel  pour  l infection  du  (CV  chez  le  chimpanzé  Sakai  et  al     Elle  pourrait  constituer une cible potentielle pour le développement de traitements antiviraux   

2.3.3.2.   La protéine F ou ARFP 

En plus des   protéines traduites par le génome du V(C sous forme d une polyprotéine   l existence d une protéine additionnelle appelée ARFP  alternate reading frame protein   a  été  décrite  Walewski  et  al     Cette  protéine  est  localisée  dans  la  région  périnuléaire  du  RE  Roussel  et  al     Xu  et  al     ou  dans  le  noyau  Lo  et  al     Elle est codée par un cadre de lecture chevauchant celui de la protéine Core dans  la phase   Différents mécanismes ont été proposés pour expliquer le mode de synthèse  d ARFP  

Tout d abord  il a été suggéré que ARFP est produite suite à un événement de décalage  de cadre de lecture   à proximité du codon   de la polyprotéine  Cette observation  est  basée  sur  l existence  d une  protéine  de    kDa  traduite  in  vitro  à  partir  de  la  séquence  de  Core  alors  que  les  poids  moléculaires  des formes  matures  et  immatures  sont respectivement de   et   kDa  La caractérisation de la forme de   kDa a montré  qu elle possède la même partie N terminale que Core sur une dizaine d aa puis que leurs  séquences  divergent  Xu  et  al     Seul  un  mécanisme  de  décalage  de  cadre  de  lecture pouvait expliquer ce phénomène  Des éléments de structure ou l intervention de  facteurs viraux ou cellulaires sont nécessaires pour guider sélectivement la traduction  en phase   D autre part  de nombreux codons stop sont présents en aval de la région  riche en A dans la phase   indiquant que si la traduction de cette phase existe  elle est  rapidement abortive  

Une  étude  réalisée  par  McMullan  et  collaborateurs  a  montré  que  lorsqu on  éteint  l expression  de  la  protéine  F  chez  des  chimpanzés   une  pression  de  sélection  s exerce  pour  sélectionner  des  révertants  rétablissant  son  expression  McMullan  et  al     Cette  protéine  F  est  exprimée  lors  de  l infection  naturelle  chez  l homme   comme  en  témoigne  la  présence  d anticorps  spécifiques  dans  le  sang  périphérique  Bain  et  al  

 Walewski et al    Xu et al    Ceci indique que la réponse immunitaire  induite par ARFP est spécifique  Si ARFP induit une réponse anticorps c est qu elle est  effectivement  présente  lors  de  l infection   mais  aucune  étude  n a  pu  démontrer  son  existence  Cependant  elle ne semble pas essentielle à la réplication virale  Basu et al     Blight  et  al     Lohmann  et  al     mais  serait  plutôt  impliquée  dans  la  pathogénicité du virus  Fiorucci et al      

2.4.  Classification et variabilité du HCV 

Les génotypes du virus de l hépatite C sont distingués en fonction du degré d homologie  de séquence entre différents isolats  On parle de génotypes  isolats partageant   à    d identité de séquence  de sous types  isolats d un même génotype présentant   à    d homologie  et de quasi espèces  plus de   d homologie   Simmonds     

Des arbres phylogénétiques ont été modélisés  Plusieurs classifications ont été établies  jusqu à  présent   mais  n étaient  pas  encore  uniformisées   Une  nomenclature  largement  inspirée de celle de Simmonds  a été proposée par un groupe d experts  Simmonds et al    Six génotypes majeurs  numérotés de   à   et de nombreux sous types  identifiés  au sein de chaque type par une lettre minuscule et selon l ordre de leur découverte  a  

b  etc  ont été identifiés à ce jour  Figure 10   Robertson et al    

La  variabilité  génétique  du  virus  de  l hépatite  C  est  très  importante  et  résulte  de  la  coexistence  d une  forte  réplication  virale  et  de  l absence  d activité    exonucléase  correctrice Simmonds     Les  substitutions  s accumulent  au  cours  des  cycles  de  réplication successifs  Certaines de ces mutations conduisent à des particules défectives  car  la  plupart  des  mutations  survenant  au  hasard  sont  létales   Une  minorité  de  ces  mutations  sont  non  létales  et  seront  transmises  à  la  descendance   L accumulation  de  mutation est retrouvée presque sur la totalité du génome du (CV  mais prédomine au  niveau de la protéine d enveloppe E NS  en particulier au niveau des zones appelées   hypervariables    (VR   Simmonds    Weiner et al    Par contre  la région 

                  Figure 10: Arbre phylogénétique des différents génotypes du virus de l’hépatite C [Timm and  Roggendorf, 2007]  Il existe 6 génotypes majeurs (de 1 à 6) du visur de l’hépatite C (HCV) avec de nombreuxsous types (a ,  b, c…).  2.4.2.   Distribution géographique des genotypes   

Certains  génotypes  sont  largement  distribués  à  travers  tous  les  continents  a   b   a c   a   alors  que  d autres   comme  les  génotypes      ou    ne  sont  retrouvés  que  dans  des  régions  très  spécifiques   Ces  génotypes  utilisés  en  tant  que  traceur  épidémiologique  peuvent nous renseigner sur les modes de transmission du virus  mais  également sur les voies de transmission d un pays à un autre  ou d un continent à un  autre   La  répartition  des  sous  types  peut  être  estimée  schématiquement  de  la  façon  suivante  Figure 11     

• En Europe  le sous type  b est majoritaire en Europe du Nord et du Sud  puis les  génotypes  a   a   b   a  sont  les  plus  fréquents  avec  une  répartition  variable  selon les pays  Cheung    Dusheiko and Simmonds    Martinot Peignoux  et al    Pawlotsky et al    Reid et al    Zein and Persing     •  En  Amérique  du  Nord   les  sous types  a  et  b  sont  les  plus  représentés  et  en 

Amérique du Sud  les génotypes  a   b  mais aussi  a  particulièrement au Brésil   ont été identifiés  Cheung    Reid et al     

• Au Japon et en Chine  le génotype  b représente respectivement     à     des  infections virales C  De très nombreux sous types du type   sont rencontrés en  Asie  du  Sud Est  Vietnam   Thaïlande   )ndonésie   mais  le  type    y  est  prédominant   Les  types  intermédiaires   classés  dans  les  types    et    sont  également rencontrés dans  ces  régions  Tokita  et  al    Tokita et  al     Tokita et al    

• En  Afrique   le  génotype    est  fréquemment  observé  en  Égypte  et  en  Afrique  centrale  alors que de nouveaux sous types   ou   ont été décrits en Afrique de  l Ouest  Jeannel et al    Mellor et al    Ruggieri et al    En Afrique  du  Sud   le  génotype    est  le  plus  souvent  observé  Chamberlain  et  al     McOmish et al    Au Maroc  le génotype  b est prédominant      Benani 

et al       Figure 11: Distribution mondiale des génotypes (1 à 6) du HCV (Source: Clinical Gastroenterol    Hepatol 3: S97).    2.4.3.  Conséquences cliniques des génotypes du HCV    2.4.3.1.   Génotype et pathogenèse    

Plusieurs études suggèrent que le génotype  b serait associé à  une atteinte hépatique  plus  grave  cirrhose  avec  ou  sans  hépatocarcinome   Dusheiko  and  Simmonds    

Nousbaum et al    Pozzato et al    Silini et al    Cette plus grande gravité  pourrait être en partie expliquée par le fait que le sous type  b touche les sujets les plus  anciennement  infectés   soit  par  transfusion  sanguine   soit  par  un  mode  de  contamination  non  reconnu   La  durée  d évolution  de  l infection  est  également  plus  longue dans certaines études  Nousbaum et al    Pol et al    )l y a donc des  facteurs de confusion potentiels  ce qui incite à interpréter ces données avec prudence    Dans  d autres  études   il  n a  pas  été  montré  que  le  génotype  b  était  associé  à  une  maladie  plus  sévère  Prati  et  al     Takada  et  al     De  plus   les  différents  génotypes ont une incidence variable sur le développement de la stéatose  Asselah et al   b   En  l absence  de  système  de  culture  cellulaire  durable   l étude  du  modèle  que  constitue la transplantation hépatique suggère un effet cytopathogène différent selon les  souches virales  

2.4.3.2.  Génotype et réponse au traitement anti viral  

Le génotype est le facteur prédictif le plus puissant de la réponse virologique prolongée  quel que soit le schéma thérapeutique utilisé  )FN  avec ou sans ribavirine   Fried et  al     Lindsay     Manns  et  al     Mc(utchison  et  al     Poynard  et  al  

)l a été montré que les sujets infectés par le génotype    particulièrement le sous type  b   ont   en  Europe  comme  au  Japon   une  moins  bonne  réponse  au  traitement  par  interféron alpha par comparaison avec les sujets infectés par les autres types  a   b ou  a  Martinot Peignoux  et  al     Nousbaum  et  al     Lorsque  des  analyses  multivariées ont été effectuées  cette association était indépendante des autres variables  de  confusion  telles  que  l âge  des  malades   la  durée  de  l infection   ou  le  mode  de  contamination  Martinot Peignoux et al    )l a également été montré que la virémie  pré thérapeutique  était  un  facteur  prédictif  de  réponse  au  traitement  anti viral 

Martinot Peignoux et al    Nousbaum et al    

Ces deux facteurs viraux  le génotype et la virémie  étaient indépendamment associés à  la réponse  Cependant  les différences de réponse entre les génotypes ne s expliquaient  pas par une différence de charge virale  Cette comparaison s applique aux souches  a et 

b  vis à vis  des  sous types  a   b  et  a   )l  est  vraisemblable  que  d autres  génotypes  soient peu sensibles à l interféron  comme le type   en Egypte et en Afrique équatoriale    Les  mécanismes  en  cause  ne  sont  pas  encore  élucidés   mais  comme  ces  données  semblent  se  confirmer   le  génotypage  associé  à  l étude  de  la  charge  virale  aurait  un  intérêt  clinique  en  sélectionnant  les  patients  susceptibles  de  moins  bien  répondre  au  traitement pour leur proposer des protocoles thérapeutiques adaptés