Association entre VRN1 et la précocité

4.3.3.1 Analyses des autofécondations

Effets simples des sites polymorphes Le pourcentage d’explication totale du modèle (4.2) est de 91 %. L’effet de la population d’origine est significatif (Table

4.13). Les descendances issues d’autofécondation de plantes provenant de la popu-lation TE sont significativement plus précoces que les autres tandis que les descen-dances issues des populations MI et RI sont significativement plus tardives comme nous l’avons montré avec le modèle (4.1). Seul VRN-1Bint1 a un effet significatif sur la précocité : les descendances portant l’allèle 02 sont significativement plus précoces (1546˚J) que les descendances portant l’allèle 01 (1566˚J).

Bien que VRN-1Bint1 soit le seul à avoir un effet sur la précocité de floraison dans ce modèle complet, chaque locus a un effet sur ce caractère quand il est testé seul avec un effet population d’origine et un effet site. Cependant l’effet de VRN-1Aex7 est faible et celui de VRN-1Aprom est marginalement significatif. Pour les 3 sites polymorphes, l’interaction entre le site polymorphe et la population d’origine est très significative, celle entre le site d’expérimentation et le site polymorphe ne l’est jamais.

Effet de la combinaison des 3 sites polymorphes Les 3 haplotypes pris en compte dans cette analyse sont H3, H5 et H8. Le modèle (4.3) montre que la popula-tion d’origine et l’haplotype composé des 3 sites polymorphes ainsi que l’interacpopula-tion entre ces deux effets ont un effet significatif sur la précocité (Table 4.14). Dans ce modèle, 4,4% de la variabilité totale est expliqué par la combinaison des trois sites polymorphes deVRN-1 et 8,6 % par la population d’origine. Le site d’expérimenta-tion a aussi un effet significatif. Les descendances portant l’haplotype H3, associé au type Hiver, sont significativement plus tardifs (1571˚J) que les descendances portant l’haplotype H5 ou H8, tous deux associés au type Printemps (respectivement 1551 et 1556˚J).

L’interaction entre l’haplotype et la population d’origine se traduit par le fait que les différences entre haplotypes ne sont significatives que dans les deux popu-lations du Moulon et dans la population RE (Figure 4.6). Dans ces 3 populations, l’haplotype H3 est le plus tardif mais il n’est pas significativement différent de H8 dans MI et de H5 dans RE. Dans RI et dans les deux populations de Toulouse, les différences ne sont pas significatives.

4.3. Résultats

4.3.3.2 Analyse des effets de VRN-1 en croisement

Effet des doses des allèles de chaque site polymorphe Les résultats du modèle (4.4) montrent que le site d’origine de la plante mère a un effet significatif sur la précocité des descendances ainsi que le site d’expérimentation (Tableau4.15). Seul l’effet dose deVRN-1Bint1 a un effet significatif sur la précocité. L’allèle 01 de ce site polymorphe a un effet significativement tardifiant (coefficient de regression associé : 3,47). Aucun interaction entre les effets doses et l’origine de la plante mère ou le site expérimental n’a été trouvée par ailleurs (données non montrées).

Effet des haplotypes parentaux Tous les effets du modèle (4.5) sont significat-ifs (Table4.16). Comme dans les autres modèles, le site d’expérimentation et le site d’origine de la plante mère sont significatifs. De plus, les deux haplotypes parentaux ainsi que leur interacton ont un effet significatif sur la précocité. L’interaction entre l’effet des haplotypes parentaux avec le site d’origine de la plante mère ou le site d’-expérimentation a montré uniquement un effet faible d’interaction entre l’haplotype maternel et le site d’origine de la plante mère (données non montrées).

Dans ce modèle 0,6% de la variabilité est expliquée parVRN-1 alors que dans le modèle (4.4) prenant en compte les doses de chaque site polymorphes séparemment,

VRN-1 expliquait uniquement 0,06% soit dix fois moins de variabilité qu’expliquée par l’haplotype. Cette différence de variance expliquée parVRN-1 dans les 2 mod-èles indique l’importance des interactions entre les sites polymorphes deVRN-1. Les faibles part de variance expliquée par VRN-1 dans ces deux modèles s’expliquent par l’importance de variance environmentale présente entre sites expérimentaux. Un modèle prenant en compte uniquement un effet famille et un effet population d’orig-ine sur ces mêmes données montre que la part de variance génétique (effets famille et population) est de 10%. Les modèles prenant en compte un effet population, nous devons comparer l’effet deVRN-1 avec l’effet famille seul. Cet effet explique 7% de la variance totale soit 10 fois plus que la variabilité expliquée par l’haplotype.

4. Rôle dans l’adaptation locale de l’adaptation climatique et d’un gène impliqué dans la précocité de floraison,VRN-1

Table 4.13: Table d’ANOVA pour le modèle (4.2).

Source ddl SC F site 2 15006040 2942,25∗∗∗ Pop 5 240238 18,84∗∗∗ VRN-1Aprom 2 7888 1,55 VRN-1Aex7 1 603 0,24 VRN-1Bint1 2 29817 11,69∗∗ rep(site) 3 366443 47,90∗∗∗ Erreur 649 1624118

Table 4.14: Table d’Analyse de Variance pour le modèle 4.3.

Source ddl SC F rep(site) 3 350679 46,84∗∗∗ Pop 5 212958 17,07∗∗∗ Haplo 2 33238 6,66∗∗ Pop × Haplo 8 73846 3,70∗∗ site 2 9574639 1918,17∗∗∗ Haplo × site 4 7737 0,78

Pop × site × Haplo 26 43016 0,66

Erreur 534 1332741

Table 4.15: Table d’ANCOVA du modèle (4.4).

Source ddl SC F site 2 47033249 7213,50∗∗∗ rep(site) 3 771812 78,92∗∗∗ OrigineMère 2 219397 33,65∗∗∗ α₁ (VRN-1Aprom(02)) 1 1476 0,45 α₂ (VRN-1Aprom(05)) 1 544 0,17 β (VRN-1Aex7(01)) 1 1348 0,41 γ (VRN-1Bint1(01)) 1 29368 9,01∗∗ Erreur 1908 6220239

Table 4.16: Table d’ANOVA pour le modèle 4.5

Source ddl SC F rep(site) 3 755942 80,57∗∗∗ site 2 43393951 6937,17∗∗∗ SiteOriMère 2 213999 34,21∗∗∗ HaploMere 4 114165 9,13∗∗∗ HaploPere 5 75234 4,81∗∗ HaploMere × HaploPere 9 130973 4,65∗∗∗ Erreur 1745 5457732 108

4.3. Résultats

Figure 4.6: Moyennes ajustées de la précocité de floraison pour l’interactionP op× Haplotypedu modèle (4.3). Les lettres au dessus des barres représentent les groupes statistiques, les comparaisons de moyennes étant réalisées pour chaque population séparément. L’haplotype H5 n’est pas présent dans les populations ME et RI.

4. Rôle dans l’adaptation locale de l’adaptation climatique et d’un gène impliqué dans la précocité de floraison,VRN-1

4.4 Discussion