B. Démarches expérimentales
IX. Annexes
6. Annexe#6 : Liste des abréviations et des gènes
Convention d’écriture :
Les gènes sont écrits en italique, les protéines en normal.
Les gènes et protéines humains sont écrits tout en majuscule. L’équivalent murin est en minuscule avec une majuscule en premier caractère.
Abréviations
µH : chaine lourde µ des immunoglobulines 7-AAD : 7-Aminoactinomycin D
ADN : Acide désoxyribonucléique ADNc : ADN complémentaire A-NHEJ : NHEJ alternatif ARN : Acide ribonucléique ARNm : ARN messager
B6C3F1 : lignée de souris ostéopétrotiques issue d'un croisement entre une femelle C57BL/6 et un male C3H BAC : Chromosome artificiel bactérien
BCR : B-cell receptor
BM : de grade biologie moléculaire BSA : bovine serum albumin
BSAP : B-cell specific activator protein C57BL/6 : lignée consanguine de souris ChIP : immuno-précipitation de chromatine CLS : chaines légères de substitution C-NHEJ : NHEJ classique
CORNR : Corepressor of nuclear receptor motif CotDNA : Concentration/time deoxyribonucleic acid CSH : Cellule souche hématopoïétique
CSH-CT : Cellule souche hématopoïétique de court terme CSH-LT : Cellule souche hématopoïétique de long terme CSR : commutation de classe isotypique
Cy 5.5 : Cyanine 5.5 (groupement fluorescent) Cy 7 : Cyanine 7
DEPC : eau traitée au diethylpyrocarbonate à 0,1% - eau pour expériences de biologie moléculaire DNase : Désoxyribo nucléase
DTT : Dithiothreitol
EDTA : ethylene-diaminetétraacetic acid FACS : flow analysis cell sorting FISH : fluorescent in situ hybridization FITC : fluorescein isothiocyanate FSC : forward Scatter
FSC-A : FSC-area FSC-W : FSC-width
GRAAL : groupe de recherche sur les leucémies aiguës lymphoblastiques de l'adulte H3K9m2 : double méthylation de la lysine 9 de l'histone H3
HAT : histone acetyl transferase HD : homéodomaine
HR : homologous recombination HRM : high resolution melting ID : inhibitory domain
ID2 : domaine inhibiteur de la liaison à l'ADN IgA : Immunoglobuline A
IgE : Immunoglobuline A IP : iodure de propidium
IRES : internal ribosome entry site LAL : leucémie aiguë lymphoblastique LAM : leucémie aiguë myéloblastique LDGC : lymphome diffus à grandes cellules LLC : leucémie lymphoïde chronique LMC : leucémie myéloïde chronique
LSK : population cellulaire de phénotype Lin-/c-Kithi/Scahi LTR: long terminal repeats
MACS : magnetic analysis cell sorting Mb : méga base
miARN : micro-ARN MIE : MSCV-IRES-eGFP
MSCV : Moloney murine stem cell virus NHEJ : non homologous end joining NLS : nuclear localization signal OP : octapeptide
OP9 : stromal cells derived from macrophage colony-stimulating factor (M-CSF)-deficient osteopetrotic mice PBD : paired box domain
PCR : polymerase chain reaction PE : phycoerythrin
PEM : Progéniteur érythro-mégacaryocytaire PGM : Progéniteur granulo-monocytaire PLB : Progéniteur lymphoïde B
PLC : Progéniteur lymphoïde commun PLP : Progéniteur lymphoïde précoce
PMAL : Progéniteur multipotent amorcé vers la différenciation lymphoïde PMC : Progéniteur myéloïde commun
PML : promyelocytic leukemia PMP : Progéniteur multipotent
PRC2 : Polycomb repressive complex-2, mediates histone H3 methylation Pré-B : lymphocyte précurseur B
Pré-BCR : précurseur du BCR
Pré-pro-B : précurseur du lymphocyte progéniteur B Pro-B : lymphocyte progéniteur B
PTL : Progéniteur de toutes les lignées lymphoïdes RACE : Rapid Amplification of cDNA Ends RCA : rolling circle amplification
RP11 : Roswell Park 11 collection RSS : séquences signal de recombinaison SHM : hyper recombinaison somatique SNC : système nerveux central
SNP-CGH : single nucleotide polymorphism-comparative genomic hybridization SSC : side scatter
SSC-A : SSC-area SSC-W : SSC-width ssDNA : single strand DNA
SUMOylation : ajout d'un groupement Small Ubiquitin-related Modifier TAD : domaine de transactivation
TdT : désoxyribonucléotidyl transferase TK : tyrosine kinase
UTR : untranslated region
V(D)J : recombinaison des segments VDJ (IgH) et VJ (IgL) des immunoglobulines
Gènes
ABL : tyrosine kinase Abelson
AID : cytydine désaminase induite par activation du BCR Aïolos : IKAROS family zinc finger 3
ATM : Ataxia telangiectasia mutated AUTS2 : Gene de susceptibilité à l'autisme 2 B220 : isoforme de 220KDa de T200
Bcl11a et b : B-cell CLL/Lymphoma 11 a et b Bcl6 : B-cell lymphoma 6
Blimp1 :B lymphocyte induced maturation protein Blnk : B-cell linker protein
Brg1 : matrix associated actin-dependent regulator of chromatin C/EBPα : CCAAT/enhancer-binding protein
Cµ: segments constants de la chaine lourde µ des immunoglobulines C20orf112 : 112ème origine de réplication du chromosome 20 Cbfβ : Core binding factof β
CCR2: coil-coiled chemokine receptor 2
CD19 : B-lymphocyte cluster of differentiation 19
CD24 : cluster of differentiation 24, heat stable antigen (HSA) CD25 : cluster of differentiation 25, chaine α du récepteur à l'IL-2 CD28: cluster of differentiation 28, T specific surface glycoprotein CD43 : cluster of differentiation 43, leukosialin
Cd47 : cluster of differentiation 47, lymphocyte marker
Cd79a et b : cluster of differentiation 79, Igα et Igβ, BCR and pre-BCR coreceptors CD93 : cluster of differentiation 93, complement component 1q receptor
CH: segment constant du locus IgH
c-Kit : tyrosine kinase stem cell factor receptor c-Met : Met oncogene
c-myc : myelocytomatosis virus proto oncogene homolog Cre : Cre recombinase
CREB : cAMP response element binding protein CRLF2 : thymic stromal derived lymphopoietin receptor CXCL12 : stromal derived factor 1 (cytokine)
DACH : Daschund homolog DH : segment diversity du locus IgH
E2A : alias TCF3; transcription factor 3 (E2A immunoglobulin enhancer binding factors E12/E47) EBF1 : early B-cell factor 1
eGFP : enhanced GFP ELN : élastine
Emb : embigin
Ets : v-ets erythroblastosis virus E26 oncogene homolog ETV6 : alias TEL; ets variant 6
Ezh2 : enhancer of zeste homolog 2 Flt3 : fms-related tyrosine kinase 3 FOXP1 : forkhead box P1
GABP : GA binding protein transcription factor GAL-1 : galectine 1
GATA1 : GATA binding protein 1
G-CSF : Granulocyte colony stimulating factor GFP : green fluorescent protein
GM-CSF : granulocyte-macrophage colony stimulating factor GPx1 : glutathione peroxidase 1
Id2 : inhibitor of differentiation 2, dominant negative helix-loop-helix protein IgH : immunoglobuline heavy chain
IgL : immunoglobuline light chain Igκ : immunoglobuline kappa light chain Ikaros : transcription factor encoded by Ikzf1 Ikzf1 : Ikaros gene
IL-[nombre] : interleukine de type [nombre] Il2rγ : IL-2 receptor gamma chain
IL-7R : IL-7 receptor
IL7Rα : IL-7 receptor alpha chain
IRF-4 et 8 : interferon regulatory factor 4 and 8 Jagged 1 : ligand du récepteur Notch
JAK : Janus kinase
JH : segment joining du locus IgH
Lat2 : linker for activation of T cells family 2 Lcp1 : lymphocyte cytosolic protein 1 (L-plastin) Lef1 : lymphoid enhancer-binding factor 1
MCL-1 : myeloid cell leukemia sequence 1 (BCL2-related) M-CSF : macrophage colony stimulating factor
Mef2c : myocyte enhancer factor 2C
Mi-2β : main component of the nucleosome remodeling and deacetylase complex MLL : multi lineage leukemia
N-cadherin : neural cell adhesion molecule, adhésion cellule-cellule NCoR1 : nuclear corepressor 1
NFκB : nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells Notch1 : T-cell specific transmembrane receptor
NRAS : neuroblastoma RAt Sarcoma viral (v-ras) oncogene homolog
p14arf : alternate reading frame (ARF) product of the CDKN2A locus involved in cell cycle regulation p16ink4A : alternate reading fram product of CDKN2A locus, inhibitor of CDK4
PTPN11 : protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 11
p27kip1 : alternate splicing of CDKN1B, inhibitor of cyclin D and CDK4 (Cip/kip family) P53 : tumor protein p53
Pax5 : paired box gene 5
PBX1 : pre-B-cell leukemia homeobox 1
Pim1 :proto-oncogene serine/threonine-protein kinase pim POM121 : Nuclear envelope pore membrane protein 121KDa PTN : pleiotrophin, heparin binding growth factor
PU.1 : transcription factor PU.1, se lie aux séquences riches en purines (PU-Box) de ses promoteurs cibles Rac-GTPase : GTPase de ras-related C3 botulinum toxin substrate
Rag : recombination activating gene Ras: rat sarcoma viral oncogene homolog Rb : retinoblastoma
RHOH : ras homolog gene family, member H
Runx1 : alias Aml1, runt-related transcription factor 1
SAGA : Spt-Ada-Gcn5-Acetyltransferase, complexe qui facilite la liaison des TBP SCF : stem cell factor
Sdc4: syndecan 4, Cell surface proteoglycan
SDF-1 : alias CXCL12, chemokine (C-X-C motif) ligand 12
Sfpi1 : alias PU.1, spleen focus forming virus (SFFV) proviral integration oncogene 1 SpiB : transcription factor of the Ets subfamily (Spi-1/PU.1 related),
STAT5 : signal transducer and activator of transcription 5 TBP : TATA-Box bing protein
TCF3 : alias E2A; transcription factor 3 (E2A immunoglobulin enhancer binding factors E12/E47) Tcfe2a : alia E2A
TGF-β : transforming growth factor beta
Tmsb10 : thymosin beta 10, migration-inducing gene VCAM : vascular cell adhesion molecule 1
VH : segment variable du locus IgH
VLA4 : very late activation protein 4, integrin, alpha 5 (fibronectin receptor, alpha polypeptide) VpreB1 : immunoglobulin iota chain, pré-BCR surrogate light chain
Wnt : Wg (wingless) and Int-1 oncogene
XRCC4 : X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 4, NHEJ component ZNF521 : Early hematopoietic zinc finger protein 521