ANALYSE DES PANGASIUS DE DIFFÉRENTS DISTRICTS DE LA MÊME RÉGION D’AN

Nous avons montré que la PCR-DGGE permettait de différencier des poissons élevés dans des zones géographiques relativement éloignées. Nous avons voulu savoir si cette différenciation était possible pour des poissons élevés dans des zones géographiques rapprochées. Les poissons utilisés pour cette étude, ont été élevés dans 5 étangs différents de 5 différents districts de la même région d’An Giang dans le delta du Mékong au Vietnam.

L’échantillonnage a été réalisé au mois d’octobre 2005, c'est-à-dire pendant la saison des pluies au Vietnam. Cinq poissons différents par localisation ont été analysés.

Sur les gels DGGE, des bandes nettes et bien distinctes sont observées (Figure III.9). Le nombre des bandes des profils DGGE des poissons des étangs

E. coli L.plantarum TC1-R TC2-R TC3-R TC4-R TC5-R PT 1-R PT 2-R PT 3-R PT 4-R PT 5-R E. coli L. plantar um E. coli L.plan tarum CP1-R CP2-R CP3-R CP4-R CP5-R

AP1-R AP2-R AP3-R AP4-R AP5-R CD1-R CD2-R CD3-R CD4-R CD5-R E. coli L. plant

arum

différents varie de 8 à 10 bandes. L’observation des gels DGGE permet de dire que des profils DGGE d’ADN bactériens extraits des poissons d’un même étang sont très similaires tant par la position des bandes que par leur intensité. Les poissons des étangs différents ont des profils DGGE différents.

L’analyse statistique des profils DGGE des poissons montre une similarité importante entre les différentes localisations de la même région où les poissons ont été collectés (Figure III.10). A 92% de similarité, 2 principaux clusters sont observés : le premier cluster contient des échantillons des districts de Chau Phu et Chau Doc ; le deuxième cluster contient les échantillons des districts d’An Phu, Tan Chau et Phu Tan. La communauté bactérienne des districts de Chau Doc et Chau Phu est étroitement liée avec 95% de similarité, ainsi que la communauté bactérienne des districts d’An Phu, Tan Chau et Phu Tan avec 93% de similarité.

L’analyse de similarité a montré une similarité de 92% pour toutes les fermes des districts de la même région d’An Giang. On peut dire qu’il existe un profil type des bactéries pour cette région. Ce profil peut servir d’identité pour cette région lors de la comparaison avec des autres régions.

.

Figure III.9. : Photo des gels de DGGE d’ADN bactériens extraits de Pangasius capturés dans 5 districts différents de la région d’An Giang

CP : district de Chau Phu ; AP: district d’An Phu ; CD : district de Chau Doc ; TC : district de Tan Chau ; PT : district de Phu Tan.

R : saison des pluies

CD-R CP-R AP-R TC-R PT-R 92 94 96 98 100 Similarité

Figure III.10. : Dendrogramme des profils DGGE d’ADN bactérien extraits de

Pangasius capturés dans 5 districts différents de la région d’An Giang.

La différence entre les profils d’un étang à l’autre peut être due aux aliments et aux types de pratiques aquacoles mais aussi à l’environnement de l’étang qui est modifié par les activités des villageois, comme le rejet des eaux usées dans les fleuves. A titre d’exemple, Gonzalez et al. (2001) ont trouvé une différence importante de prédominance des souches d’Aeromonas mésophiles dans la flore des poissons d’eau douce provenant de rivières urbaines soumises à la pollution humaine par rapport aux mêmes poissons élevés en aquaculture contrôlée dans la même région.

De plus, les antibiotiques sont utilisés de façon abusive pour traiter les maladies des poissons au Vietnam, alors même que cela ajoute un surcout de 5% au coût total de l’élevage. Il est cependant difficile de mesurer l’impact de cette pratique sur le développement des résistances aux antibiotiques chez les bactéries. Les travaux de Sarter et al. (2007) ont montré que cette pratique était sans nul doute liée à l’émergence de souches multi résistantes pathogènes susceptibles de poser des problèmes en santé humaine. D’autant plus qu’en raison de la diminution de l’efficacité thérapeutique des antibiotiques peu coûteux tel que l’oxytétracycline, durant la dernière décennie, beaucoup d’aquaculteurs asiatiques ont utilisé d’autres antibiotiques à larges spectres tels que le chloramphénicol et les dérivés du florfénicol. Bien que l’utilisation de ces antibiotiques en aquaculture ait récemment été interdite dans un certain nombre de pays asiatiques, ses résidus ont été détectés dans des produits exportés vers le marché européen. En addition au problème des résidus, la création d’antibiorésistance chez la flore microbienne aquacole peut contribuer à la modification voir à la dégradation de la biodiversité

CPR : district de Chau Phu ; APR : district de An Phu ; CDR : district de

Chau Doc ; TCR : district de Tan

Chau ; PTR : district de Phu Tan. R : saison des pluies

bactérienne dans les élevages et éventuellement à l’émergence de maladies humaines difficilement curables.

Les aliments préparés artisanalement sont encore utilisés dans quelques fermes vietnamiennes, mais ils sont de plus en plus remplacés par des granulés industriels. Ils peuvent influencer la diversité de la population bactérienne des poissons élevés. Parmi les 5 fermes étudiées, seule la ferme du district de Phu Tan utilise encore les aliments artisanaux. Les 4 autres fermes utilisent des aliments industriels. Avec les aliments, certains éleveurs ajoutent des additifs à faible concentration afin d’améliorer la santé et la croissance des poissons (Le et al., 2006). Ces additifs contiennent des vitamines, des minéraux, de la lysine, méthionine et des probiotiques qui peuvent réagir sur la diversité bactérienne de l’environnement ainsi que sur les flores microbiennes des poissons.

En fait, en regardant les différentes localisations de prélèvements d’échantillons sur la carte de la région d’An giang (Figure II.2 dans la partie Matériels et Méthodes), le Mékong se sépare en 2 principaux bras. Le district de Chau Phu et Chau Doc sont sur le même bras à l’ouest et les districts d’An Phu, Tan Chau et Phu Tan sont sur un autre bras à l’est du Mékong. On peut conclure qu’il y a suffisamment de différences de qualité de l’eau et d’environnement d’élevage pour influencer l’écologie microbienne.

III.2.4. Identification par séquençage des bactéries dominantes sur les