Abp1 immunoprécipite la molécule qui porte l'empreinte

L'analyse du commencement des lectures permet donc de cartographier l'empreinte. J'ai utilisé cette analyse pour déterminer la liaison de la protéine Abp1 à la chromatide qui porte l'empreinte.

Nous avons constaté précédemment que la protéine Abp1 est recrutée à environ 150 pb du côté centromère distal de mat1, indépendamment de l'allèle présent.

Théoriquement, pour la ChIP-séq d'Abp1, les 5' comptes de chacun des deux brins d'ADN devraient être "enrichis" de part et d'autre du site de recrutement de cette protéine (figure 35A). Nous supposons ici que la probabilité d'avoir un fragment avec la protéine en son centre est plus élevée. En absence d'empreinte, les 5’ comptes enrichis du brin Watson devraient se répartir en une gaussienne du côté gauche du site de recrutement d'Abp1 et les 5’ comptes enrichis du brin Crick devraient se répartir en une gaussienne du côté droit du site de recrutement. Ces distributions devraient être à une distance du site de liaison d'Abp1 égale à la moitié de taille de la fragmentation des ADN (de 150 à 350 pb) (figure 35A). Les deux distributions devraient être à une distance égale à celle de la sonication. En présence de l'empreinte, la sonication casse l'ADN au niveau de l'empreinte. Les 5 'comptes du brin Watson devraient donc être enrichis au niveau du site de l'empreinte et ceux du brin Crick devraient former une gaussienne restreinte du côté droit du site de liaison d'Abp1 (figure 35B). Nous supposons que le fragment casse dans un premier temps au niveau de l'empreinte et dans un deuxième temps à une distance de 150 à 300 pb de celui-ci. Le site de la deuxième cassure est donc influencé par le premier. Dans les différents fonds génétiques capables de changer de type sexuel, environ la moitié des cellules auront une empreinte. Le résultat de l'analyse de l'IP d'Abp1 devrait donc être un mélange des deux types de distributions. Dans un fond génétique sans empreinte, comme h90 swi1∆, seule la distribution de la figure 35A devrait être observée.

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Figure 35 : Distributions théoriques des 5’ comptes de l'IP Abp1 en fonction de la présence de l'empreinte.

En noir, les 5' comptes du brin Watson et en gris ceux du brin Crick. La protéine Abp1 est représentée en vert. Les sites cassés au cours de la sonication sont marqués par une flèche rouge. A) Résultat théorique de l'analyse des 5' comptes de l'IP d'Abp1 sur une chromatide sans empreinte et en B) sur une chromatide avec empreinte.

Pour la représentation des données observées, j'ai utilisé les données d'alignement non normalisées des lectures de l'IP Abp1 (couverture). Cela me permet de les comparer aux 5' comptes.

J'ai dénombré les 5' comptes de la ChIP-séq de la protéine Abp1, puis j'ai normalisé le 5’ compte au site de l'empreinte en utilisant la taille de la banque et les 5’ comptes du WCE (figure 36B). La distribution des 5’ comptes des IP d'Abp1 dans les souches h90 et h90 swi1∆ est représentée figure 36. Les pistes vertes (claire et foncée) sont les couvertures des IP au locus sexuel. La distribution des 5’ comptes de l'IP Abp1 est proche de la distribution théorique. Tout d'abord, nous observons que le 5’ compte du brin Watson est enrichi au niveau du site de l'empreinte M et P (figures 36A et 36C). D'autre part quand je change l'échelle des 5' comptes afin qu'ils ne soient pas écrasés par le compte au site de l'empreinte, nous constatons que les 5' comptes enrichis sont distribués sur environ 400 pb sur le brin Watson et sur le brin Crick (figure 36B). Dans la souche sauvage, les deux distributions théoriques sont donc observées (figure 36D, panneau du haut). Dans la souche h90 swi1∆, la distribution des 5' comptes est similaire à celle de la souche h90 à l'exception du site de l'empreinte. Au niveau de ce site, nous n'observons pas d'enrichissement. Ceci corrèle avec l'absence d'empreinte détectable dans ce mutant. Dans

141 cette souche, seule la distribution théorique en absence d'empreinte est observée (figure 36D, panneau du bas). Ces résultats indiquent que la protéine Abp1 est recrutée du côté centromère distal de mat1M et mat1P, indépendamment de la présence de l'empreinte (figure 36B et 36C).

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Figure 36 : Analyse des 5’ comptes au niveau de l'empreinte dans l'IP d'Abp1.

A) Les lignes Couverture IP représentent la couverture des lectures d'ADN des ChIP-séq d'Abp1 dans le fond génétique h90 en vert clair et h90 swi1∆ en vert foncé. La séquence utilisée pour l'alignement est une région de 35 kb contenant l'allèle P à mat1. Les lignes nommées "Watson" sont les distributions des 5’ comptes du brin Watson et celle nommées "Crick" des 5’ comptes du brin Crick et cela pour chacune des ChIP-séq indiquées. Les flèches indiquent la position du 5’ compte du brin Watson enrichi au site de l'empreinte quand l'allèle à mat1 est P (P) ou M (M). B) Même qu'en A) avec une échelle différente pour les 5' comptes. Les lignes rouges indiquent les 5' comptes enrichis. C) Enrichissements normalisés du 5’ compte à l'empreinte de la ChIP-séq d'Abp1 dans une souche h90, quand l'allèle est M, en noir et quand l'allèle est P, en gris. La taille de la banque ainsi que le 5’ compte des WCE sont pris en compte dans la normalisation. D) Schéma représentant le résultat de l'analyse des 5' comptes de l'IP Abp1 dans les contextes h90 et h90 swi1∆. E) Schéma représentant le recrutement d'Abp1 en fonction de l'allèle présent à mat1 ainsi qu'en fonction de l'empreinte.

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