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Test génétique et parodontites

Test génétique et parodontites

NOM : ROUSSET Ghislain 2014-TOU3-3010 TITRE : TEST GENETIQUE ET PARODONTITES RESUME EN FRANÇAIS : La maladie parodontale est une infection polymicrobienne et multifactorielle initiée par la présence de bactéries dans le sulcus gingival. La destruction du parodonte est autant liée à la virulence bactérienne qu’à un déséquilibre de la réponse de l’hôte. Les études montrent que le polymorphisme génétique a un impact important sur l’importance de ce déséquilibre. De ces constations, des tests génétiques ont été mis en place pour dépister ce facteur de risque chez nos patients. Notre étude cherche à mettre en évidence l’existence d’un lien entre le polymorphisme de l’IL-1 et certains paramètres comme le sexe du patient, le type de parodontite, le stress, les antécédents familiaux, les pathologies générales.
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Et vous, souhaiterez-vous réaliser un test génétique ? L'acceptabilité de réaliser un test génétique chez le public français

Et vous, souhaiterez-vous réaliser un test génétique ? L'acceptabilité de réaliser un test génétique chez le public français

Les 32 scénarios ont été proposés aux participants et ce, de façon aléatoire, afin d’éviter l’effet de succession des différents facteurs et de leurs modalités. Quel(s) facteur(s) a(ont) le plus d’impact dans le fait d’accepter la réalisation d’un test génétique ?

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Avis concernant l’annonce de la commercialisation prochaine d’un test génétique de diagnostic précoce de l’autisme

Avis concernant l’annonce de la commercialisation prochaine d’un test génétique de diagnostic précoce de l’autisme

même possible, sous réserve de vérification, que ce pourcentage est moins élevé (que les 90% à 98% de faux positifs du test génétique) pour des enfants présentant des signes cliniques suggérant la possibilité d’un syndrome autistique. La seule différence – mais là est justement le risque – en cas de résultat positif du test génétique serait qu’il soit considéré, à tort, comme ayant plus de valeur prédictive qu’un symptôme clinique, étant donné le caractère binaire du résultat d’un test génétique : positif ou négatif. Ce caractère binaire, cette réponse qualitative en termes de tout ou rien – « normal » ou « anormal » – tend à donner a priori beaucoup plus de valeur à un test génétique qu’à une symptomatologie clinique ou à des résultats de tests biologiques qui expriment des données sous une forme quantitative. Or, en l’absence de confirmation, en l’occurrence clinique, une suspicion – un facteur de risque, une probabilité – demeure en tout état de cause, une suspicion. En d’autres termes, si la décision était prise de débuter un traitement précoce, en l’absence de diagnostic clinique, que ce traitement soit débuté à partir d’une suspicion clinique ou à partir d’une suspicion génétique ne changera rien au fait qu’il s’agira d’un « traitement préventif » débuté à l’aveugle, dans une visée préventive des complications, mais en l’absence de certitude quant l’existence du handicap. De fait, quitte à débuter un « traitement préventif » à l’aveugle, il vaudrait probablement mieux s’appuyer sur l’existence de symptômes cliniques – même si l’enfant n’aurait jamais développé handicap, il a en tout état de cause, des problèmes de comportement qui pourront peut-être bénéficier d’un accompagnement éducatif et relationnel – que sur la simple présence de données génétiques qui ne se traduiraient, dans l’immense majorité des cas, par aucun problème de comportement. Dans le premier cas, on rend – peut-être dans tous les cas – service, d’un point de vue thérapeutique, à l’enfant ; dans le deuxième cas, on ne lui rend – dans l’immense majorité des cas – aucun service. La conjonction de symptômes cliniques ne permettant pas d’établir le diagnostic et d’un test génétique positif pourrait-elle avoir une plus grande valeur prédictive que la seule présence de ces symptômes cliniques ? On n’en sait rien pour l’instant.
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Évaluation pharmacoéconomique d'un test de prédisposition génétique aux effets secondaires musculaires reliés aux statines

Évaluation pharmacoéconomique d'un test de prédisposition génétique aux effets secondaires musculaires reliés aux statines

prolongation de sa propre vie grâce à un traitement peut se rapprocher de l’estimé qu’en fait le payeur (gouvernement). En bref, le modèle développé dans le cadre du présent projet a permis de tenir compte d’une grande partie des facteurs pouvant influencer la valeur d’un test de prédisposition génétique aux ESMIS. Bien que les valeurs attribuées à plusieurs de ces facteurs ne pouvaient s’appuyer sur des données probantes provenant de la littérature, des analyses de sensibilité furent effectuées afin d’évaluer leur impact sur l’estimation monétaire du test. La valeur du test n’était pas significativement influencée par le risque de MCV des patients, par l’âge des patients et l’efficacité des statines. Elle était légèrement affectée par la sensibilité du test de même que par sa spécificité. Il en était de même pour le degré d’observance des patients à leur traitement et pour les coûts des statines et ceux associés aux traitements des MCV. L’influence de ces variables était toutefois faible et un plus grand échantillon aurait été nécessaire pour atteindre le seuil de signification statistique. Il est à noter enfin que seules des analyses de sensibilité à une variable furent réalisées. Des analyses multivariées auraient pu également mettre en évidence un impact plus ou moins important des différents paramètres lorsqu’ils sont combinés ensemble, mais ce type d’analyses était au-delà des exigences requises dans le cadre du présent type de mémoire.
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Goliate : un nouveau test d'association génétique combinant le processus de coalescence et les modèles linéaires mixtes

Goliate : un nouveau test d'association génétique combinant le processus de coalescence et les modèles linéaires mixtes

Dans ce mémoire nous présentons un nouveau test d'association génétique qui per- met d'analyser simultanément un ensemble de SNPs d'une région chr omosomique, tout en tenant compte d'un[r]

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Rôle du test génétique dans la cardiomyopathie arythmogène du ventricule droit. Étude sur une cohorte prospective unicentrique

Rôle du test génétique dans la cardiomyopathie arythmogène du ventricule droit. Étude sur une cohorte prospective unicentrique

1.3 Méthodologie Dans cet article, nous avons effectué une analyse génétique et clinique de 23 patients de façon consécutive ayant un diagnostique confirmé ou suspect pour ARVC/D. De plus, nous avons effectué une corrélation phénotype-génotype des cas-index positifs (avec mutation). Le processus de validation lors de l’identification d’un variant chez un patient-index commençait par un reséquençage à partir d’une nouvelle réaction PCR. Si ce variant était confirmé, nous testions simultanément tous les membres de famille disponible. Nous nous assurions ainsi que tous les membres malades possédaient ce même variant, si un membre malade ne possédait pas le variant c’était que celui-ci n’était pas la cause directe d’ARVC/D. Parallèlement, si ce variant n’était pas connu de la littérature, il était testé dans une cohorte de 200 personnes et ce variant devait être absent de ces contrôles. Toutes les séquences ont été analysées à l’œil sans logiciel pour la gestion de séquences. La référence génomique utilisée provient de l’UCSC Genome Browser, http://genome.ucsc.edu/.
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Étude de la performance d’un test d’association génétique pour des données familiales de survie en présence d’un biais de sélection

Étude de la performance d’un test d’association génétique pour des données familiales de survie en présence d’un biais de sélection

useful in the case of families with more than one proband. However, variances and covariances, obtained through simulation, were still lower than the expected values obtained through the theoretical calculations. The final method retained was implemented using the rmvnorm function from the mvtnorm library in R. With this function we generate values from multivariate Gaussian distributions. Again, censoring variables are generated first and then, with a while loop we repeatedly ge- nerate complete families with the rmvnorm function until a family for which probands have smaller values than the censoring variables are obtained. Execution times are long, especially when the censoring variable value was very small compared to the expected value of the va- riable of interest. The execution times are also greatly increased when multiple probands are used. However, this method resulted in adequate results when compared to the theoretical results. Thus, we decided to keep this simulation method for its simplicity to implement the more complex case of the association test and its accurate results in the generation of biased data.
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L'apport de la génétique en orthodontie

L'apport de la génétique en orthodontie

La génétique bucco-dentaire occupe une place importante au sein de l’orthodontie (sans parler particulièrement des syndromes et maladies rares); le rôle de l’hérédité et la part « génétique » devraient être analysés et pris en considération d’une façon systématique. A long terme, un test de dépistage familial pourrait être proposé par l’orthodontiste chez les personnes ayant des membres de leurs familles qui présentent une affection donnée, et qui risqueraient de la développer à leur tour. La réalisation de ces tests et des consultations génétiques n’est pas nécessaire chez tous les patients qui consultent un orthodontiste (aspect éthique, légal, financier). Un test de dépistage pourrait être proposé dans des cas familiaux de défaut primaire d’éruption et de résorption radiculaire externe apicale liée au traitement orthodontique, mais ne sera pas indiqué par exemple chez les patients qui présentent simplement un diastème maxillaire médian associé à une classe I squelettique.
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Ostéoimmunologie des parodontites

Ostéoimmunologie des parodontites

70 3.3.6. Complément Le complément joue un rôle important dans la pathogenèse de la parodontite. Il est impliqué dans de nombreuses maladies inflammatoires associée à une perte osseuse sévère (polyarthrite rhumatoïde, ostéomyélite). Le complément pourrait être suractivé dans la parodontite. L’activation se fait majoritairement par la voie alterne. Il peut être déréglé ou suractivé à cause d’un facteur génétique ou d’un facteur de virulence microbien. Le fluide gingival de patients atteints de parodontite montre en effet une augmentation de la quantité de protéines du complément et de produits de clivage (C3, C3d, C3c), par rapport aux patients sains. Le clivage des produits est corrélé à la sévérité et à l’agressivité de la parodontite (81). Il pourrait se produire une interaction synergique entre le complément et les TLR qui contribuerait de façon importante à l’induction et à l’amplification de l’inflammation parodontale (voir Figure 33) . L’activation de C3 génère C3b, C3a et C5a et le MAC. Les fragments C3a et C5a activent respectivement C3aR et C5aR1 qui activent ensuite les leucocytes en synergie avec les TLR. De plus, les TLR augmentent l’expression de C3aR et C5aR1. L’inflammation induite par le dialogue entre les TLR et le complément induit la destruction tissulaire parodontale et perpétue la dysbiose. Les études chez les souris montrent que le complément favorise la dysbiose et l’alvéolyse lors de la parodontite. Au contraire la faible activation du complément n’entraine pas un mauvais contrôle de la flore parodontal. Par ailleurs, chez des primates, l’inhibition de C3 par Cp40 (analogue de compstatin) permet de moduler la réponse immunitaire et de traiter la parodontite (82). Les bactéries, notamment Pg, pourraient exploiter le complément et les TLR : Pg peut cliver C3 et C5 grâce à la gingipaïne-1 et manipuler les neutrophiles grâce à C5a. Elle peut aussi dégrader C5b et éviter la formation du MAC (81).
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Prise en charge des parodontites apicales aiguës en urgence : description des pratiques professionnelles au sein des chirurgiens-dentistes de Nouvelle-Aquitaine

Prise en charge des parodontites apicales aiguës en urgence : description des pratiques professionnelles au sein des chirurgiens-dentistes de Nouvelle-Aquitaine

2.1.2.   Choix de molécule et posologie Une flore poly-microbienne est retrouvée au niveau apical des dents infectées. La quantité et virulence des bactéries présentes, un éventuel synergisme bactérien et la formation d’un biofilm sont des variables pouvant modifier l’efficacité des antibiotiques.(22,37) L’idéal avant toute prescription serait donc de réaliser un test bactérien d’un prélèvement au niveau canalaire. Cependant pour des raisons de temps notamment, celui-ci est rarement utilisé.(37) Il est donc utile d’avoir des « consensus » de prescriptions. Des études telles que celle de Baumgartner et al. (2003) ont évalué l’efficacité des principaux antibiotiques utilisés en chirurgie dentaire afin de contrer les bactéries présentes dans le pus d’abcès péri-apicaux. Il en ressort que l’antibiothérapie de choix afin d’éradiquer une infection en première intention est l’amoxicilline.
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L’hépatite C : Génétique et épidémiologie

L’hépatite C : Génétique et épidémiologie

20 10. Découverte du virus de l’hépatite C En 1974, des tests sérologiques furent développés pour détecter la présence du virus de l’hépatite A (VHA) ou de l’hépatite B (VHB) chez les patients atteints d’hépatite. L'année suivante, Feinstone et son équipe testèrent la présence d’anticorps dirigés contre divers virus dans le sang de patients ayant contracté une hépatite après transfusion. Il s’avéra que certains patients ne produisaient pas d’anticorps dirigés ni contre les virus des hépatites A (VHA) ou B (VHB), ni contre le Virus Epstein Barr (VEB). Ils mirent donc en évidence l’existence d’un ou de plusieurs nouveaux agents inconnus causant des hépatites, baptisés « Hépatites Non A Non B » ou « HNANB » (Feinstoneet al. 1975). L’avancée majeure fut la caractérisation du génome du virus en 1989 par Choo et son équipe (Choo et al. 1989) grâce aux techniques de biologie moléculaire. Ils utilisèrent du sérum de chimpanzés infectés par l’agent causal des« HNANB » pour produire une large banque d’ADNc qui fut clonée dans un bactériophage λgt11. Cette banque d'expression fut alors criblée par des sérums de patients humains atteints de « HNANB ». Les auteurs isolèrent le clone 5.1.1, codant un antigène reconnu par les sérums de plusieurs patients. Par ailleurs, Choo et son équipe montrèrent que l’ADNc correspondant ne dérivait pas d'un ARN codé par le génome de primate, démontrant ainsi son origine virale. L'agent causal des « HNANB » ainsi identifié, prit alors le nom de VHC (Virus de l’hépatite C). À la cour de la même année, Kuoet al (1989) misent au point un test ELISA pour détecter la présence du VHC chez des patients CHAPITRE I Hépatite C 4 et montrèrent que ce virus était la principale cause des « HNANB » transfusionnelles à travers le monde (Kuo et al.1989). (Figure 04)
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en
                                                                    fr

en fr In situ forming implants for the treatment of periodontitis Implants se formant in situ pour le traitement des parodontites

25) with severe chronic periodontitis. For test groups, antibiotics were administered at the dose of 375 mg amoxicillin and 250 mg metronidazole, three times a day for 7 days. The outcome parameters were evaluated after 3 and 6 months of treatment. Significant clinical improvements were observed for both the test and control group. At 6 months post- treatment, the test treatment resulted in significantly lower bleeding on probing (BOP) and an additional reduction (0.83 mm) in probing depth (PD) (p < 0.05). Moreover, percentage of sites with PD ≥ 5 mm exhibiting relative attachment level (RAL) gain ≥ 2 mm was higher (58.03 % in test patients versus 43.52 % in control patients) (p < 0.05). Nevertheless, no improvement in the microbiologic or immunologic outcomes was observed with the adjunctive use of systemic amoxicillin and metronidazole. With the same objective to figure out efficacy of amoxicillin/metronidazole therapy as an adjunct to full-mouth scaling in patients with chronic periodontitis, Cionca et al. [28] designed a study on 47 patients for 6 months, with the administration of 500 mg metronidazole and 375 mg amoxicillin, three times a day for 7 days on the test group. Interestingly, positive clinical outcomes have been observed with significantly lower mean number of persisting pockets > 4 mm (0.4 ± 0.8 pockets in the test group versus 3.0 ± 4.3 pockets in the control group) and bleeding on probing that required further treatment (p = 0.005). Recently, a systemic review was accomplished aiming at testing the efficacy of systemic amoxicillin/metronidazole as an adjunctive therapy to full-mouth scaling and root planing (FMSRP) in the treatment of aggressive periodontitis. Meta-analysis results of six randomized clinical trials showed significant clinical attachment level gain and reduction in probing depth (p < 0.05) in favor of FMSRP + amoxicillin/metronidazole. These findings seem to support the efficacy and the clinical safety of FMSRP + amoxicillin/metronidazole [17]. In general, amoxicillin/metronidazole therapy in adjunction with FMSRP was proved to be efficient in the treatment of both aggressive and chronic periodontitis. However, considering the small number of included studies, future studies with larger sample size and standardized study designs are needed to confirm these results.
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Prédiction génétique des caractères complexes

Prédiction génétique des caractères complexes

The first objective of this study was to estimate the heritability of average daily gain and faecal egg count from experimental observations, together with the gen- etic correlations between them. We report the results of an analysis performed on 1004 phenotypic records of growth traits and faecal egg counts collected on geno- typed (50 k SNPchip) back-cross lambs (25% Martinique black belly and 75% Romane), following two experi- mental infestations with H. contortus. The genetic pa- rameters have been estimated both by using pedigree information only and pedigree and SNP (single nucleo- tide polymorphism) chip information jointly. Computing the relatedness between individuals using pedigree infor- mation only is based on expectation and results in an es- timate corresponding to the average number of alleles shared by two individuals, for example: all the individuals belonging to the same full-sibs group would have a coef- ficient of 0.5 between each other, which means that it does not take into account the deviation from this aver- age caused by segregation and recombination. However, including molecular information makes it possible to compute the relatedness between individuals by identify- ing on a relatively dense map the actual number of alleles they share, which provides a more detailed estimate of the relatedness between individuals [35]. Since the obser- vations used in this study were collected on four large groups of half-sibs, the second objective of the study was to test whether including SNP information could help reach more precise estimates than using pedigree infor- mation only when the pedigree of the population is poorly informative. Although previous studies have already explored the amount of genetic variability for parasite resistance traits, this study features several novelties: the genetic parameters reported here are estimated from phe- notypes collected in experimental settings rather than nat-
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Connexionisme et génétique pour la recherche d'information

Connexionisme et génétique pour la recherche d'information

– la couche d’entrée, celle qui reçoit l’entrée du réseau, – la couche de sortie : celle qui indique le résultat du réseau. Le premier modèle connexioniste pour la recherche d’information a été présenté par Belew [BEL 89]. D’autres modèles basés sur une architecture à couches [CRO 94] ou implémentant l’approche probabiliste [CRE 94] ont été développés et expérimentés sur des collections de test moyennes. Dans le but d’illustrer l’application des concepts du modèle connexioniste à la recherche d’information, nous détaillons

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Application de la génétique multifactorielle

Application de la génétique multifactorielle

tion de la prise en charge n’en découlera. L’existence d’un autre allèle à risque, TOX3, pourra augmenter encore ce risque et l’amener à 22,6 % ; cette consta- tation n’est pas non plus susceptible de modifier de manière importante la prise en charge. Elle concernerait 1,5 % des femmes testées. Il convient donc de carac- tériser d’autres locus. Mais il y a déjà 9 combinaisons génotypiques avec 2 locus alors qu’il n’y en a que 3 avec un seul. La connaissance précise du risque asso- cié à chacun de ces 9 génotypes nécessite des études épidémiologiques de très grande envergure, non encore réalisées. Le génotypage de 6 locus offre 729 combinai- sons, et les 9 connus actuellement presque 20 000. Il n’est donc pas réaliste d’évaluer un risque individuel en dehors d’un modèle. Le modèle de risque le plus simple est de considérer les risques associés à chaque allèle, d’un même locus ou de locus distincts, de manière indé- pendante, sans interaction. Le risque maximum associé à la présence de 6 allèles à risque est d’environ 33 %. Il concerne 2 femmes sur 10 000. Il sera donc néces- saire de faire 10 000 tests pour observer 2 femmes qui auraient ce risque, et noter le développement ou non d’un cancer du sein. Pour le cancer de la prostate, les constatations sont identiques, avec un proportion de 3 hommes sur 1 000 dont le risque cumulé serait d’au moins 40 % par la présence de 6 allèles à risque. Dans ce dernier cas, peut-être pourrait-on trouver une jus- tification médicale au test. Mais c’est faire l’hypothèse que le modèle est juste…
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Génétique et pathologie moléculaire

Génétique et pathologie moléculaire

Si aucune deletion ou duplication n’a été trouvée, le diagnostic Clinique ne peut être ni confirmé ni exclu. Si les caractéristiques cliniques, les antécédents familiaux et/ou les résultats d’analyse de la biopsie musculaire laissent suggérer une dystrophinopathie, d'autres tests peuvent être envisagés pour rechercher des mutations pathogènes. De nombreuses méthodes peuvent ainsi être utilisées pour analyser de petits changements nucléotidiques dans le gène DMD (SSCP pour "Single Strand Conformation Polymorphism", dHPLC pour "denaturing High Performance Liquid Chromatography", PTT pour "Protein Truncation Test", ...), offrant une alternative moins coûteuse que le séquençage de tous les 79 exons du gène DMD. Le séquençage du gène DMD, peut quant à lui, être effectuée par RT-PCR d'ADNc dérivées de l'ARN du muscle (à condition de disposer de ce materiel génétique ou à partir d’AND génomique.
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Pépite | Physiopatohologie des parodontites apicales primaires infectieuses : état actuel des connaissances

Pépite | Physiopatohologie des parodontites apicales primaires infectieuses : état actuel des connaissances

L’état actuel des connaissances montre que la parodontite apicale primaire d’origine endodontique est principalement causée par des bactéries présentes dans le canal radiculaire [53].Les microorganismes principalement des bactéries, organisées en biofilm se logent dans le système endocanalaire ce qui assure leur survie et leur virulence (capacités intrinsèques à échapper aux systèmes de défense et à se multiplier chez l’hôte), ainsi que l’expression de leur pouvoir pathogène (capacité de provoquer des lésions tissulaires secondaires à la réaction inflammatoire engendrée liée à la libération et à l’activation de différents composants de l’agent pathogène)[23]. Dans cette complexe relation hôte-pathogène, de très nombreux composants bactériens sont capables de moduler les réponses inflammatoires et les réponses immunes de l’hôte et ces propriétés modulatoires diffèrent d’une souche bactérienne à une autre. Le polymorphisme génétique bactérien associé au polymorphisme génétique humain et aux différents sites d’infection, rendent ainsi extrêmement complexe l’étude des mécanismes physiopathologiques des états septiques [43], en particulier concernant les états septiques de la région péri-apicale dentaire.
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La génétique des paragangliomes et des phéochromocytomes

La génétique des paragangliomes et des phéochromocytomes

(Figure 3) . Un dépistage génétique rationnel devrait désormais être basé sur la combinaison de l’examen clinique détaillé et de l’enquête familiale, de l’analyse minutieuse des données biochimiques, et de l’évaluation immunohistochimique précise du tissu tumoral après son exérèse chirurgicale. Avec l’apparition des nouvelles techniques de séquençage et la diminution tout aussi rapide des coûts de ces nou- velles technologies, les méthodes de séquençage nouvelle génération (next generation sequencing ou NGS) vont probablement remplacer les techniques classiques de diagnostic des mutations. Ainsi, dans un futur proche, une procédure ciblée par étapes telle qu’elle se pratique aujourd’hui pour le test génétique du PGL/PCC sera probablement obsolète. De nouvelles stratégies devront alors être mises en œuvre pour faire face à un grand nombre de nouveaux variants de signifi- cation inconnue qui seront probablement identifiés par ces nouvelles méthodes. Le NGS pourrait aussi aider à détecter des mutations rares qui n’ont pas été diagnostiquées par les outils moléculaires utilisés en routine. En effet, malgré l’intensité des recherches menées avec succès au cours de la dernière décennie, le dépistage reste négatif chez une proportion non négligeable de patients (jusqu’à 10 %), alors qu’ils sont vraisemblablement porteurs d’une mutation dans un gène de prédisposition au PGL/PCC. L’utilisation et l’intégration des données génomiques issues de l’analyse du transcriptome, du miRnome, de la cartographie détaillée des pertes et des gains chromosomiques par SNP (single nucleotide polymorphism) array et/ou du statut de méthy- lation de l’ADN permettront sûrement aussi de découvrir d’autres gènes de susceptibilité au PGL/PCC. Les années futures permettront sans doute une prise en charge personnalisée des patients, chez qui le suivi et les stratégies thérapeutiques pourront être adaptés (à la carte), à leur statut moléculaire constitutionnel et/ou somatique. ‡
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La génétique est-elle encore une discipline ?

La génétique est-elle encore une discipline ?

gique » [9] . Johannsen récuse donc toute interprétation matérielle du gène. Il est vrai que dans des textes assez confidentiels destinés à un public philosophique local, Johannsen a déclaré que les gènes étaient selon lui des formes aristotéliciennes [10] . Mais dans ses publica- tions professionnelles, cet auteur s’en est tenu à une interprétation résolument instrumentaliste du concept théorique fondamental de la génétique. Le gène de la génétique mendélienne est une unité de fonction, qui n’est révélée comme telle que par le phénotype corres- pondant à une combinaison génotypique donnée. Lorsque la génétique est devenue chromosomique, la plupart des généticiens ont maintenu cette vision instru- mentaliste et non matérielle du gène. Certes le gène était situé sur une structure morphologique définie, le chro- mosome, et il devenait possible de situer les gènes d’un chromosome les uns par rapport aux autres. Mais dans les années 1930, le gène demeurait une entité hypothé- tique, dont les biologistes admettaient ne connaître ni la signification matérielle (molécules ? assemblages de molécules ? organites subcellulaires ? cycles physiolo- giques récurrents?), ni le mode d’action physiologique. Thomas Hunt Morgan a bien résumé l’état d’esprit de la majorité de ses collègues dans son discours de réception du prix Nobel en 1933: « Au niveau où se situent les expé- riences génétiques, cela ne fait pas la moindre différence que le gène soit une unité hypothétique ou une particule matérielle. Dans les deux cas, l’unité est associée à un chromosome spécifique et peut être localisée par une
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Métabonomique et cartographie génétique

Métabonomique et cartographie génétique

Gènes candidats pour le contrôle de traits métabonomiques Une fois effectuée l’annotation métabolique des QTL, une relation de cause à effet entre métabolites et gènes candidats au locus peut être recherchée grâce aux infor- mations génomiques du QTL et aux outils de génomique fonctionnelle interrogeant d’autres niveaux d’ex- pression des gènes (transcriptome, protéome). Le locus associé au signal RMN δ7.86 correspondant au ben- zoate (δ7,86, LOD = 13,7) (Figure 2) contient plusieurs gènes codant pour des UDP-glucuronosyl transférases qui conjuguent le benzoate en acide glucuronique dans le foie. Des don- nées de transcriptome hépatique et de séquençage démontrent que l’ex- pression très réduite de l’un de ces gènes (Ugt2b) chez le rat GK, expli- cable par la délétion d’une portion du gène, peut rendre compte de l’accu- mulation de benzoate identifiée par liaison génétique [7] . Cette stratégie est applicable aux autres QTL et les modèles congéniques décrits plus loin sont des outils efficaces de vali- dation.
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