Moisissueres d’intérêt médical Etude récente prospective au laboratoire de parasitologie et mycologie à l’hpital d’enfants de rabat : (A propos de 133 prélevements

Introduction

L'émergence au côté des levures, de nouveaux champignons pathogènes d'aspect filamenteux (moisissures) représente aujourd'hui un véritable défi pour les cliniciens peu familiarisés à ces nouvelles espèces et pour les biologistes confrontés à leur identification.

Les onychomycoses sont habituellement dues à des dermatophytes, parfois des levures et dans certains cas à des moisissures. L’incidence des onychomycoses à moisissures est sous-estimée du fait de la difficulté d’affirmer le diagnostic. Ainsi la qualité du prélèvement et la rigueur dans l’approche diagnostique sont nécessaires pour établir la causalité de la moisissure dans la survenue de l’onychomycose. La vigilance s’impose vis-à-vis de certains micromycètes, véritables pseudodermatophytes qui semblent poursuivre une évolution phylogénique semblable aux vrais dermatophytes.

Notre étude prospective menée entre 29/11/06 et 01/03/07 avait pour but d’établir le profil mycologique des moisissures isolées au Laboratoire de Parasitologie et de Mycologie médicale à l’Hôpital d’Enfants de Rabat, tout en faisant la distinction entre les moisissures incriminées en pathologie et celles contaminantes de cultures.

I. DEFINITIONS

1) Définition de champignon [1, 2]

Un champignon est un organisme eucaryote uni ou pluricellulaire, dépourvu de chlorophylle, il est constitué d’un thalle unicellulaire (comme pour certaines levures) ou pluricellulaire (mycélium) comme la plupart des micromycètes ou des macromycètes.

C’est le thalle ou le filament mycélien qui assure la nutrition, celle-ci se fait par absorption et non par phagocytose.

Les champignons sont des organismes hétérotrophes, vivant principalement en saprophyte aux dépens de matières organiques en décomposition.

Certains champignons vivent aussi en symbiose avec bien des espèces appartenant au règne végétal, mais aussi parfois en parasite avec tous les composants du monde vivant. Les champignons sont des êtres immobiles qui vont à l’instar du règne végétal compenser cet handicap par la production d’un nombre considérable de spores. Les champignons sont capables de produire d’énormes quantités de spores leur assurant ainsi un pouvoir de dispersion très important [2].

L’identification des champignons est fondée principalement sur des critères morphologiques liés aux modes de reproduction. Classiquement on distingue chez les champignons, en dehors du bouturage, deux types de reproduction, l’une étant appelée asexuée car la cellule fongique se divise par simple mitose, l’autre appelée sexuée car elle intègre un processus de fusion cytoplasmique, de caryogamie et de méiose. Chez une même espèce, on peut donc observer une multiplication de type sexué issue d’un stade morphologique particulier appelé

téléomorphe et une multiplication asexuée issue d’un autre développement appelé stade anamorphe.

2) Définition de moisissure [2]

Le terme de "moisissure" n'a pas réellement de signification systématique; il désigne tous les champignons microscopiques qui intéressent l'économie et l'environnement humains, de façon bénéfique ou néfaste.

Elles sont hétérotrophes car elles ne peuvent pas, comme les plantes vertes, synthétiser la matière organique à partir du gaz carbonique atmosphérique. Elles doivent donc puiser dans le milieu ambiant l'eau, les substances nutritives et les éléments minéraux nécessaires à la synthèse de leur propre matière. Elles les absorbent à travers la paroi de leur appareil végétatif. On dit qu’elles sont absorbotrophes.

Toutes les moisissures sont des saprophytes, se développant au détriment de matériaux inertes très variés (papiers, bois, aliments...). Certaines peuvent être opportunistes, et puissent dans certains cas se comporter en parasites, se développer sur des organismes vivants animaux ou végétaux et humains dont les défenses sont affaiblies. Le développement normal d’une moisissure comprend une phase végétative de croissance et de nutrition, et presque simultanément, une phase reproductive au cours de laquelle se forme des spores qui assurent la dispersion. La germination des spores est à l’origine de la forme végétative.

II. CLASSIFICATION [2]

La classification (ou taxinomie) des champignons est en constante évolution. Pendant longtemps en mycologie médicale, elle s’est appuyée sur celle de Hawksworth, Sutton et Ainsworth qui est basée sur des caractères morphologiques simples et elle a longtemps fait référence.

1) Principe de classification de champignons [2, 4, 5]

Le règne des champignons (Fungi) comprend des sous-ensembles appelés divisions ou phylums (tableau I).

Le nom de chaque division se termine par –mycotina, les phylums se divisent en classes, le nom de ces dernières se termine par –mycètes. Ensuite le suffixe « ale » est utilisé pour désigner les ordres, le suffixe « aceae » pour les familles. Chaque famille renferme les genres et les espèces qui représentent la base de la classification. Chaque champignon est identifié ainsi par un nom binomal qui débute par le genre et qui se termine par l’espèce, comme tout autre constituant du monde vivant.

Cependant en tenant compte des études ultrastructurales, biochimiques et génétiques, cette classification a été modifiée dernièrement par Kwon chung et Bennet (1992), puis par Hoog (1995) et devenue la plus utilisée actuellement (fig 1).

Champignons Champignons Inférieurs Supérieurs

*= champignons connus seulement par leur stade asexué, en attente de classification

** = actuellement les espèces issues de cette division ne sont plus classées parmi les vrais champignons

Figure 1 : Présentation générale des champignons [3].

2) Taxinomie [2, 5]

On différencie quatre divisions selon les modalités de reproduction sexuée : les Mastigomycotina, les Zygomycotina, les Basidiomycète, les Ascomycotina. En outre lorsque la reproduction sexuée n’est pas connue, la division est appelée

FUNGI Chytridiomycotina* (Champignons imparfaits) Basidiomycotina Ascomycotina Oomycotina** Zygomycotina Chytridiomycotina

La division des Mastigomycotina disparaît, seuls sont conservés les Chytridiomycètes qui occupent le rang maintenant d’une division chez les

Eufungi (vrais champignons). En pratique, les protistes fongoïdes sont souvent

étudiés par les mycologues car certains génèrent des lésions voisines des mycoses humaines ou animales occasionnées par les Eufungi.

2.1) Chytridiomycotina [2, 6,7]

Les Chytridiomycètes sont des champignons d’origine aquatique, Ce sont les seuls des « vrais champignons » qui possèdent des cellules mobiles au cours de leur cycle. Ils n’ont pas en pratique de rôle en pathologie humaine.

2.2) Zygomycotina [2, 4,5]

Deux ordres de Zygomycotina intéressent la pathologie humaine et animale : Mucorales et Entomophthorales (Tableau II).

Chez les Mucorales, les spores asexuées naissent à l’intérieur d’une sorte de sac fermé appelé sporange (ou sporocyste) contenant de nombreuses endospores. À l’inverse, chez les Entomophthorales, les spores asexuées naissent et sont éjectées de l’extrémité d’un filament spécialisé. Elles portent le nom de ballistospores.

Les Zygomycètes sont surtout des saprophytes du sol, des végétaux, parfois aussi ce sont des prédateurs de nématodes ou d’insectes. En pathologie humaine et/ou animale, ils sont également incriminés.

Tableau II : Présentation générale de Zygomycotina [2]. Division (phylum) Zygomycotina

Classe Ordres Familles Espèces

Stade

téléomorphe

Stade anamorphe Zygomycètes Mucorales Cunninghamellaceae

Mucoraceae - - - - - - - - - - - - - - - -Cunninghamella bertholletiae - Absidia corymbifera -Apophysomyces elegans - Chlamydoabsidia padenii - Mucor circinelloïdes - Mucor hiemalis -Mucor racemosus -Mucor ramosissimus - Rhizomucor miehei -Rhizomucor pusillus -Rhizomucor microsporus var. oligosporus -Rhizomucor microsporus var. rhizopodiformis -Rhizopus oryzae Rhizopus stolonifer

Mortierellaceae _- Mortierella wolfii

Saksenaeaceae _- Saksenaea vasiformis

Syncephalastraceae _- Syncephalastrum racemosum

Thamnidiaceae _- Cokeromyces recurvatus Entomophthorales Ancylistaceae _- Conidiobolus coronatus

Conidiobolus incongruus Basidiobolaceae _- Basidiobolus ranarum

2.3) Basidiomycotina [3, 6, 9]

Ils sont caractérisés par la production de spores sexuées (appelées basidiospores) formées par bourgeonnement à l’apex des cellules allongées. Les basidiomycètes ont un thalle cloisonné avec des boucles au niveau des cloisons. La division des Basidiomycotina comprend deux classes principales: (tableau III).

Les Hétérobasidiomycètes, champignons sans carpophore, et les

Holobasidiomycètes, macromycètes avec carpophore. Ils regroupent environ

quelque 20 000 espèces, soit en saprophyte dans le sol, soit en parasite de végétaux.

Trois phylums dans les basidiomycètes seraient actuellement proposés : les Ustilaginomycètes, les Urédiniomycètes et les Agaricomycètes. Cependant, en pratique médicale, rares sont les espèces qui parasitent réellement l’homme et l’animal (tableau III).

Tableau III : Présentation générale de Basidiomycotina [2]. Division (phylum) Basidiomycotina

Classe Ordres Familles Espèces

Stade téléomorphe Stade anamorphe Hétérobasidiomycètes Filobasidiales _- - -Cryptococcus albidus -Cryptococcus laurentii Filobasidiella neoformans -Cryptococcus neoformans var. neoformans Filobasidiella bacillospora -Cryptococcus neoformans var. gattii -Trichosporon asahii -Trichosporon cutaneum -Trichosporon inkin -Trichosporon mucoïdes -Trichosporon ovoïdes -Trichosporon cyanescens Ustilaginales Rhodosporidium spp. Rhodotorula rubra Rhodosporium diobovatum. Rhodotorula glutinis Rhodosporium sphaerocarpum. Rhodotorula glutinis Rhodosporium toruloïdes Rhodotorula glutinis Sporidiobolus salmonicolor Sporobolomyces salmonicolor

Holobasidiomycètes Aphyllophorales Schizophyllaceae Schizophyllum

commune

2.4) Ascomycotina [2,8]

Cette division regroupe, plus de la moitié de l’ensemble des champignons

répertoriés. C’est de loin le phylum le plus important, plus des trois quart des espèces observées chez l’homme proviennent des Ascomycètes. Les spores issues de la reproduction sexuée sont produites de manière endogène à l’intérieur d’un sac appelé asque.

La division des Ascomycotina comprend deux classes principales : a) Les Hémiascomycètes ou Endomycètes

Les champignons de cette classe ont des asques libres non protégés par une structure épaisse (ascocarpe). Cette classe regroupe toutes les levures dites ascosporées car pouvant révéler une forme sexuée.

Tableau IV : Présentation générale d’Ascomycotina (Endomycètes) [2]. Division (phylum) Ascomycotina

Classe Ordre Familles Espèces

Stade

téléomorphe

Stade anamorphe

Endomycètes Saccharomycetales Dipodascaceae Clavispora

lusitaniae Candida lusitaniae Dipodascus capitatus Geotrichum capitatum Geotrichum clavatum Galactomyces geotrichum Geotrichum candidum Endomycetaceae Debaryomyces hansenii Candida famata Hansenula anomala Candida pelliculosa Pichia guilliermondii Candida guilliermondii Pichia norvegensis Candida

norvegensis Pichia fermentans Candida lambica Stephanoascus

ciferii

Candida ciferii

Yarrowia lipolytica Candida lipolytica

Lipomycetaceae Kluyveromyces marxianus Candida kefyr Saccharomycetaceae Issatchenkia orientalis Candida krusei Saccharomyces cerevisiae

b) Les Euascomycètes ou Ascomycètes vrais

Toutes ces espèces possèdent des ascocarpes définissant des regroupements intitulés : prototuniqué (asque arrondi), unituniqué (asque avec une seule paroi) et operculé (avec ouverture), unituniqué sans opercule et bituniqué (asques à double paroi). Ces regroupements permettent de classer les différents ordres qui composent les Ascomycètes.

 Dothidéales [2]

Ils sont caractérisés par la structure de leur périthèce très résistant contenant des asques cylindriques bituniqués (tableau V et VI). Se sont des champignons noirs appelés aussi dématiés. La plupart d’entre eux vivent en saprophytes dans le sol. C’est dans ce groupe où l’on rencontre de nombreuses espèces adaptées à la vie parasitaire comme Leptosphaeria senegalensis classique agent de mycétomes en Afrique sahélienne, Piedraia hortae responsable de la piedra noire, ou encore Fonsecaea pedrosoi, Phialophora verrucosa principaux agents de la chromomycose. Mais beaucoup d’espèces sont de redoutables opportunistes impliqués dans des lésions de phaéohyphomycoses superficielles ou profondes [1, 2, 9,13], citons par exemple quelques anamorphes : Aureobasidium pullulans, Hortaea werneckii, Cladophialophora bantiana, Exophiala jeanselmei, Bipolaris hawaiiensis, Alternaria alternata et Exserohilum longirostratum…etc.

Tableau V: Présentation générale d’Ascomycotina (Euascomycètes) [2]. Division (phylum) Ascomycotina

Classe Ordre Familles Espèces

Stade télémorphe Stade anamorphe

Euascomycètes Dothidéales Botryosphaeriaceae Botryosphaeria rhodina Lasiodiplodia theobroma

Dothideaceae Aureobasidium pullulans Sydowia polyspora Hormonoma

dematioïdes Hortaea werneckii Herpotrichiellaceae Cladophialophora bantiana Cladophialophora boppii Cladophialophora carrionii

Capronia spp. Exophiala castellanii Exophiala dermatitdis Exophiala jeanselmei Exophiala moniliae Exophiala pisciphila Exophiala spinifera Fonsecaea compacta Fonsecaea pedrosoi Phialophora verrucosa Rhamichloridum mackenziei Rhinocladiella aquasp Leptosphariaceae Leptosphaeria coniothyrium Coniothyrium fuckelii Leptosphaeria senegalensis Leptosphaeria thompkinsii

Phyllachoraceae Colletotrichum coccodes Colletotrichum dematium Glomerella cingulata Colletotrichum

gleosporioides

Mycosphaerellaceae Cladosporium cladosporiodes

Mycospharella tassiana Cladosporium herbarum Cladosporium elatum Cladosporium

Tableau VI : Présentation générale d’Ascomycotina (Euascomycètes) [2].

Division (phylum) Ascomycotina

Classe Ordre Familles Espèces

Stade teléomorphe Stade anamorphe Euamycètes Dothidéales Pleosporaceae Cochliobolus geniculatus Curvularia geniculat

Cochliobolus lunatus Curvularia lunata Curvularia clavata Cochliobolus pallescens Curvularia

pallescens Cochliobolus verruculosum Curvularia

verruculosa Dissitimurus exedrus Cochliobolus hawaiiensis Bipolaris

hawaiiensis Cochliobolus spiciferus Biopolaris spicifera

Cochliobolus australiensis Biopolaris australiensis Cochliobolus cynodontis Biopolaris

cynodontis Alternaria alternata Alternaria chlamydospora Alternaria dianthicola

Lewia infectoria Alternaria infectoria Alternaria tenuissima Ulocladium chartarum Exserohilum mcginnisii Exserohilum longirostratum Setospharia rostrata Exserohilum

rostratum

Pyrenophora spp. Drechslera biseptata

Dydimosphaeriaceae Neostudina rosatii

 Eurotiales [2]

Cet ordre regroupe de nombreuses espèces saprophytes dont les anamorphes sont pour la plupart des Hyalohyphomycètes. La principale famille (Trichocomaceae) inclut les téléomorphes des Aspergillus et des Penicillium (tableau VII).

 Hypocréales [2,9]

Sont caractérisés par la coloration de leur périthèce (orange, jaune ou rouge). Leurs anamorphes sont des Hyphomycètes hyalins appartenant aux genres Acremonium, Fusarium, Cylindrocarpon et Trichoderma. Les principales espèces incriminées en pathologie humaine opportuniste sont Fusarium (F.

solani, F. oxysporum, F. moniliforme). Parmi Acremonium spp nous citons en

particulier A. falciforme et A. kiliense. Toutes ces espèces n’ont que rarement un téléomorphe connu (tableau VIII).

 Microascales [2,9]

La principale famille est celle des Microascaceae caractérisée par des ascospores ayant un ou deux pores de germination et un périthèce à col long. Parmi les espèces pathogènes de l’homme : Pseudoallescheria boydii, stade téléomorphe de Scedosporium apiospermum. Dans le genre Microascus, dont les anamorphes produisent des annélides, les espèces appartiennent au genre Scopulariopsis dont certaines comme S. brevicaulis sont impliquées comme agents de mycoses superficielles comme les onychomycoses ou même profondes (tableau VIII).

Tableau VII : Présentation générale d’Ascomycotina (Euascomycètes) [2].

Division (phylum) Ascomycotina

Classe Ordre Familles Espèces

Stade téléomorphe Stade anamorphe

Euascomycètes Eurotiales Eremomycetaceae Eremomyces langeronii Arthrographis kalrae

Pseudeurotiaceae Pseudeurotium ovale Sporothrix-like

Thermoascaceae Thermoascus crustaceus Paecilomyces crustaceus

Trichocomaceae Aspergillus candidus Aspergillus clavatus Aspergillus conicus Aspergillus deflectus Neosartorya fischeri Aspergillus fischerianus Neosartorya spinosa Aspergillus spinosus Fennellia flavipes Aspergillus flavipes Eurotium amstelodami Aspergillus hollandicus Emericella nidulans Aspergillus nidulans

Aspergillus niger Aspergillus ochraceus Aspergillus oryzae Aspergillus restrictus Aspergillus sydowii Aspergillus terreus Emericella quadrilineata Emericella unguis Aspergillus tetrazonus Aspergillusunguis Aspergillus ustus Aspergillus versicolor Aspergillus fumigatus Aspergillus fumosoroseus Paecilomyces javanicus Paecilomyces lilacinus Paecilomyces marquandii Paecilomyces varioti Paecilomyces viridis Penicillium chrysogenum Penicillium citrinum Penicillium commune Penicillium decumbens Penicillium expansum Penicillium griseofulvum Penicillium purpurogenum Penicillium spinulosum Penicillium marneffei

Tableau VIII : Présentation générale d’Ascomycotina (Euascomycètes) [2]. Division (phylum) Ascomycotina

Classe Ordres Familles Espèces

Stade télémorphe Stade anamorphe

Euascomycètes Hypocréales Hypocreaceae Nectria radicicola Cylindrocarpon destructans Cyclindrocarpon lichenicola Acremonium falciforme Acremonium hyalinulum Acremonium potronii Acremonium roseogriseum Acremonium strictum Acremonium kiliense Fusarium chlamydosporum Nectria episphaerica Fusarium aquaeductum

Fusarium dimereum Gibberella fujikuroi Fusarium moniliforme

Fusarium oxysporum Fusarium semitectum Fusarium proliferatum Nectria haematococca Fusarium solani

Fusarium verticillioides Nectria radicicola Cylindrocarpon

destructans Nectria spp. Gliocladium spp. Hypocrea ruf Trichoderma viride

Niessliaceae Niesslia spp. Monocillium spp. Microascales Microascaceae Microascus cinereus Scopulariopsis spp.

Microascus cirrosus Scopulariopsis spp. Microascus manginii Scopulariopsis candida

Scopulariopsis fusca Scopulariopsis koningii Scopulariopsis brevicaulis Scopulariopsis brumptii Pseudallescheria boydii Scedosporium

apiospermum

Scedosporium prolificans

 Onygénales [2,9]

Sur les quatre familles qui composent cet ordre, deux ont une importance considérable en pathologie humaine : les Arthrodermataceae avec le genre Arthroderma correspondant aux anamorphes Trichophyton spp., Microsporum spp. et Chrysosporium spp. (champignons kératinophiles), et les Onygenaceae avec le genre Ajellomyces dont les anamorphes sont des Histoplasma spp.,

Blastomyces dermatitidis et Paracoccidioides brasiliensis. immitis et les Onygenaceae. Il est intéressant de souligner que toutes ces espèces, déjà bien

adaptées au parasitisme, se révèlent être de redoutables agents de mycoses opportunistes. Il convient aussi de surveiller l’évolution de certains Chrysosporium kératinophiles, proches de dermatophytes classiques appartenant au genre Trichophyton et Microsporum.

 Ophiostomatales [2]

Les champignons qui composent cet ordre sont caractérisés par un ascocarpe en forme de périthèce avec un col très allongé de couleur marron à noir. Ce sont pour la plupart des saprophytes du milieu extérieur, parfois pathogènes de plantes. Seules les Ophiostomataceae ont une importance médicale à savoir le genre Ophiostoma (exemple : Ceratocystis) avec ses anamorphes : les Sporothrix. Une espèce est à retenir Sporothrix schenckii, agent de la sporotrichose (tableau VIII).

 Sordariales [2]

Elles sont toutes issues du sol de bois et de débris morts. Certaines, appartenant aux genres Sordaria et Neurospora, ont servi de modèles à des études sur la génétique et la reproduction sexuée des champignons, mais la

majorité de ces champignons ne sont pas impliqués en pathologie humaine. Comme exemple de champignons opportunistes, il faut retenir Chaetomium spp. impliqué dans des lésions de phaéohyphomycoses (tableau VIII).

Tableau VIII : Présentation générale d’Ascomycotina [2]. Division (phylum) Ascomycotina

Classe Ordres Familles Espèces

Euamycètes Stade télémorphe Stade

anamorphe

Ophiostomatales Ophiostomataceae Ophiostoma stenoceras Sporothrix spp. Sporothrix schenckii Sordariales Chaetomiaceae Chaetomium

atrobrunneum

Chaetomium globosum - Chaetomium

strumarium

Thielavia heterothallica Myceliophthora thermophila Thielavia terrestris Acremonium

alabamense

Lasiosphaeriaceae Apiospora spp. Apiospora spp.

Sordariaceae Neurospora sitophila Chrysonilia sitophila

Trichosphaeriales Trichosphaeriaceae Trichosphaeriaceae Nigrospora spp. - Nigrospora sphaerica

Xylariales Xylariaceae Hypoxylon sp. Xylaria sp. 

Rosellinia spp.

Nodulisporium spp.

2.5) Deuteromycotina [5,10]

Appelé aussi Fungi imperfecti (champignon imparfait), cet ensemble hétérogène est un problème contrariant pour les taxinomistes. En effet, les Deutéromycètes n’ont pas de forme sexuée connue et cette absence oblige à les classer à part en ne tenant compte que de leur stade anamorphe. Cet ensemble regroupe le plus grand nombre d’espèces médicales. Classiquement on distingue trois classes (fig1).

 Blastomycètes :

Ou micromycètes ayant une phase levure, ils se multiplient par simple bourgeonnement.

 Coelomycètes :

Ce sont des champignons filamenteux qui possédent des structures de

protection, pour leur conidiogenèse asexuée, appelées pycnides ou acervules selon les cas.

 Hyphomycètes :

Ces derniers regroupent tous les micromycètes filamenteux asexués, c’est un groupe très hétérogène, dont la biologie moléculaire étudie actuellement les possibles rapprochements et même rattachements à des genres ou à des espèces sexuées [11]. On y distingue principalement l’ordre des Moniliales.

Chez les Hyphomycètes, l’ordre des Moniliales se divise en deux principales familles selon la couleur des filaments et des spores asexués : Les Moniliaceae (Hyphomycètes clairs ou hyalins) appelées également hyalohyphomycètes et le

Dermatiaceae (Hyphomycètes foncés ou noirs) appelés aussi

Cette classification classique, tout en étant pratique, est aujourd’hui discutée. Actuellement les taxinomistes recherchent les liens ou les affinités avec des formes sexuées connues, permettant ainsi de réintégrer toutes ces espèces au sein de la classification générale des téléomorphes.

De même la biologie moléculaire représente, elle aussi, un outil remarquable pour révéler des parentés entre les organismes asexués et sexués

[12]

. Beaucoup de Hyalohyphomycètes appartenant au genre Aspergillus,

Fusarium et Penicillium possèdent des caractéristiques phylogénétiques proches

des Eurotiales. Il en est de même pour certains dématies ou Phaéohyphomycètes opportunistes qui sont actuellement intégrés parmi les Dothidéales dans la famille des Herpotrichiellacea.

En attendant que la plupart des Deutéromycètes puissent trouver leur équivalent parmi les trois phylums précédents, le maintien de cette division s’avère actuellement aussi nécessaire que complémentaire.

Deuteromycotina

Classe : Blastomycètes Coelomycètes Hyphomycètes

(Levures) (Pycnides ou acervules) (Filaments mycéliens)

Ordre : Sporobolomycétales Sphaéropsidales Moniliales

Genre : sporobolomyces, phoma, pyrénochaeta Bullera phomopsis

Cryptococcales Mélanconiales Genre : cryptococcus collectotrichum Rhodotorula Melanconium Candida,

Trichosporum

Malassezia Moniliaceae Dermaticaceae (Hyalohyphomycètes) (Phéohyphomycètes) Genre : Aspergillus Phialophora Penicilium Alternaria Acremonium Exophiala Poecilomyces Curvularia Fusarium Bipolaris Exserohilum Dreschlera

Figure 1: Présentation générale des Deuteromycotina [2].

III. PRINCIPALES MOISISSURES D’INTERET MEDICAL

1)

L'émergence au côté des levures, de nouveaux champignons pathogènes d'aspect filamenteux à mycélium clair (Mucorales et Hyphomycètes hyalins) ou foncé (Dematiés) représentent aujourd'hui un véritable défi pour les cliniciens peu familiarisés à ces nouvelles espèces et pour les biologistes confrontés à leur identification.

Les manifestations cliniques, de même que les signes radiologiques et les répercussions biologiques, sont rarement spécifiques. Le laboratoire, avec l'isolement et l'identification du champignon en cause, a donc un rôle essentiel dans le diagnostic de ces mycoses en pleine extension.

2) Conduite du diagnostic mycologique

2.1) Généralités [13,14]

L’examen mycologique est un outil indispensable dans le diagnostic d’une dermatomycose, qu’elle soit superficielle ou sous-cutanée, mais il doit être réalisé dans de bonnes conditions. Il comporte plusieurs étapes :

 Un interrogatoire et une prise de connaissance du dossier du patient ;

 Examen en lumière ultraviolette si celui-ci est utile ;

 Prélèvement ;

 Examen direct ;

 Culture ;

Compte tenu du contexte de survenue d'une mycose opportuniste nosocomiale ou communautaire, tout champignon filamenteux isolé en culture pure ou en plusieurs reprises d'un produit biologique (produits d'expectorations, LBA, LCR, urines, sérosités, pus, fragments de peau, de phanères et biopsies de tissus, ...) doit être a priori considéré comme un agent pathogène [20]. La notion de contaminant ou de colonisateur saprophyte ne sera retenue qu'après avoir écarter l'hypothèse d'une mycose opportuniste. En clair, la question posée au biologiste est le champignon isolé d'un prélèvement est-il impliqué dans un processus pathologique?

2.2) Démarche diagnostique au laboratoire

2.2.1) Réalisation du prélèvement [1,13, 15, 16, 17,18]

C’est l’étape capitale : de sa qualité découle la qualité de l’ensemble de l’examen mycologique (examen direct et culture).

Il doit être réalisé avec un grand soin. La technique doit être adaptée au type de lésion clinique. Il fait appel à une bonne connaissance de la clinique afin de sélectionner au mieux la zone à prélever, là où le champignon est bien vivant. Le matériel utilisé pour cet examen est simple et doit être stérile : instrument de grattage tel qu’un grattoir de Vidal, ciseaux, pince à ongle, pince à épiler, vaccinostyle ou instrument équivalent, boîte de Pétri. Le prélèvement est parfois désagréable mais il n’est pas traumatisant.

A partir d'un produit pathologique

Filaments irréguliers Filaments réguliers Peu septés : diamètre 5 à 15 µm septés : diamètre inférieur

Culture de croissance rapide culture blanche Brune à grisâtre envahissante noire ou colorée

Présence de sporocystes Organes de reproduction Présence de Présence avec endospores sexuées avec ascospores pycnides de conidies

Filaments hyalins Filaments foncés Hyalohyphomycètes Phaéohyphomycètes 2-Culture 1-Examen direct Macroscopie Microscopie Zygomycète s

L'identification de l'espèce responsable peut être parfois difficile, II est nécessaire, compte tenu de sa situation parasitaire et notamment en cas de mycose profonde, de la faire dûment identifier auprès de ses référents habituels. L'attitude thérapeutique dépend en effet de cette identification.

2.2.2)

Examen direct

L'examen direct est la première étape du diagnostic biologique en mycologie. On n'insistera jamais assez sur son intérêt pour affirmer la nature fongique d'une infection (filaments mycé1iens cloisonnés ou non, réguliers ou irréguliers...).

Un examen direct positif signe la présence du champignon dans le produit pathologique et permet bien souvent de s'orienter sur la nature de l'agent pathogène. Dans bien des situations, l'examen histopathologique est également très précieux. Comme I'examen direct, il permet d'affirmer la nature parasitaire, mais aussi d'apprécier la réponse cellulaire et tissulaire de I'hôte au contact du champignon.

L’examen direct est réalisé entre lame et lamelle dans une solution potasse à 30-40 % ou mieux de noir chlorazol E, qui colore la paroi fongique en bleu-vert, pour les squames cutanées de la peau glabre et les fragments de l’appareil unguéal. Les cheveux et les poils sont examinés dans une solution de chloral-lactophénol. La lecture se fait au microscope optique.

Les examens sérologiques et l'antigénémie, limités aujourd'hui au diagnostic de l'aspergillose, seront d'un complément utile au diagnostic.

2.2.3)

Culture

Elle est indispensable pour préciser le nom du champignon pathogène. La date de rendu de l’examen varie en fonction de la rapidité de pousse du champignon. Les milieux de culture recommandés sont :

 Le milieu de base en mycologie est le milieu de Sabouraud modifié : gélose glucosée à 2% et peptonée.

 Pour empêcher la croissance des bactéries, on peut ajouter le Chloramphénicol ou la Gentamycine.

 Pour limiter la croissance des champignons saprophytes, on peut ajouter la cycloheximide (Actidione®).

2.2.4) Interprétation [18]

Elle revient toujours au biologiste. Les critères de pathogénicité sont actuellement bien codifiés .Ils n'ont pas nécessairement besoin d'être tous présents pour affirmer le caractère pathogène de l'isolat.

 Présence, à 1'état parasitaire dans les liquides biologiques.

 Isolement à plusieurs reprises.

 Croissance en plusieurs points d'ensemencement.

 Absence d'un autre pathogène classique.

 Pathogénicité pour l'animal de laboratoire.

 Réponse immunitaire spécifique.

Dans toutes les situations, l'interprétation sera avantageusement facilitée après la lecture et l'analyse du dossier médical du patient. La confrontation clinico- biologique et le dialogue avec le praticien prennent ici toute leur valeur.

3) Clinique et diagnostic des principales moisissures d’intérêt médical

A

) Hyahyphomycètes

Se sont des micrpmycètes cosmopolites apparetnant à la famille des moniliaceae. Ils vivent pour la plupart en saprophyte, dans le sol ou sur les végétaux en décomposition, d’autres espèces colonisent plus volontiers des substrats telluriques divers.

A partir de leur habitat naturel, ces champignons dispersent leurs spores qui sont véhiculés par le vent et seront ainsi présentes dans l’air de manière permanente.

Le biologiste sera donc toujours confronté à ces champignons fréquents dans l’environnement comme « contaminants des cultures » mais ils peuvent

parfois être incriminés dans des pathologies humaines nommées :

hyalohyphomycose.

Les hyalphyphomycoses sont des mycoses habituellement opportunistes, cosmopolites, occasionnées par des champignons filamenteux autres que les Aspergillus, qui, dans les tissus et en culture, montrent des filaments à bords parallèles régulièrement cloisonnés à paroi claire ou hyaline. On assiste actuellement à une augmentation du nombre d’infections humaines dues à ces champignons opportunistes [13].

1)

ASPERGILLUS

Ce sont des champignons cosmopolites très abondants dans

l'environnement (dans le sol où ils se développent en saprophytes sur les matières organiques en décomposition et dans l’air), ils sont également des pathogènes opportunistes pour l’homme.

1.1) Manifestations cliniques

1.1.1)

Atteintes au niveau respiratoire

Aspergillus spp. est la première étiologie des mycoses respiratoires. Il est responsable de tableaux cliniques variés, de mécanismes physiopathologiques différents, dépendant principalement de facteurs favorisants locaux et généraux de l’hôte et de l’environnement.

a) Aspergillome [19, 20]

L’aspergillome est du à la colonisation par Aspergillus spp. d’une cavité pulmonaire, bronchique voire pleurale préexistante, du fait d’une diminution de l’immunité locale au niveau de la cavité pulmonaire, d’une modification de sa muqueuse et de la présence d’une bronche de drainage. Il peut être asymptomatique ou favorisé par des surinfections bactériennes, des hémoptysies, une altération de l’état général ou une aggravation de l’insuffisance respiratoire.

b) Manifestations d’hypersensibilité

 Asthme aspergillaire [19]

Il s’agit rarement d’une monosensibilisation à Aspergillus spp. Cet allergène est plus fréquent dans les asthmes du milieu agricole.

 Alvéolite allergique extrinsèque [19]

Les alvéolites allergiques extrinsèques sont dues à une exposition répétée à des concentrations importantes d’Aspergillus spp. Ces alvéolites allergiques extrinsèques sont souvent d’origine professionnelle : poumons du fermier, du compost, d’ouvriers du malt (A. clavatus), d’ouvriers du tabac (A. fumigatus)... Il peut s’agir également d’alvéolites domestiques favorisées par des locaux humides, des matériaux organiques en décomposition ou une contamination des systèmes de climatisation.

 Aspergillose bronchopulmonaire allergique [19]

L’aspergillose bronchopulmonaire allergique est due à une colonisation bronchique par Aspergillus, favorisée par des anomalies sévères de la clairance mucociliaire (asthme chronique, mucoviscidose...), qui va déclencher des réactions d’hypersensibilité de type I, III, voire IV, et un syndrome inflammatoire responsable de séquelles : bronchectasies, fibrose. Cette maladie évolue par exacerbations.

c) Aspergilloses bronchiques [19,21]

 Colonisation bronchique

La colonisation aspergillaire est fréquente au cours de la mucoviscidose. Elle est définie par l’isolement répété d’Aspergillus spp. dans l’expectoration

[21]

.

 Bronchite aspergillaire [19]

La bronchite aspergillaire est une infection rare, survenant chez des patients n’ayant pas toujours d’antécédents bronchiques, caractérisée par des

signes généraux une dyspnée, des douleurs thoraciques, une expectoration de moules bronchiques, des hémoptysies.

 Aspergillose trachéobronchique nécrosante ou pseudomembraneuse C’est une infection de la muqueuse plus ou moins invasive pouvant se compliquer d’aspergillose pulmonaire invasive, d’obstruction bronchique par les pseudomembranes, d’hémoptysies, de fistulisation dans le médiastin. Elle survient le plus souvent chez des patients immunodéprimés : transplantés pulmonaires, syndrome de l’immunodéficience acquise et hémopathies [19].

d) Infections pulmonaires aspergillaires

 Aspergillose pulmonaire invasive [19, 22, 23]

C’est une complication infectieuse majeure de l’immunodéprimé, responsable d’une mortalité de plus de 50 %. Ses facteurs favorisants sont la neutropénie profonde (< 500/mm3) prolongée (> 15 j) et les traitements immunosuppresseurs : corticoïdes... [22].

Elle touche principalement les malades traités pour hémopathies : 5 % des leucémies aiguës, 10 % des allogreffés de moelle osseuse, les greffés d’organe (rein < 2 %, coeur 5 %, foie 2 à 10 %, pulmonaires 8,4 %), les patients au stade

de SIDA évolué, des patients sous immunosuppresseurs pour

bronchopneumopathie chronique obstructive (BPCO) [23].

Le mécanisme physiopathologique de cette infection est particulier. Les spores aspergillaires inhalées vont se développer au niveau bronchique sous forme filamenteuse. Les filaments vont être responsables d’une nécrose bronchique, de l’envahissement du parenchyme contigu avec un tropisme pour l’artère pulmonaire adjacente. Les filaments vont entraîner une thrombose

artérielle et un infarctus pulmonaire, puis disséminer dans le parenchyme ou par voie hématogène vers d’autres organes : peau, os, cerveau, cœur…etc [19]

.

 Aspergillose pulmonaire chronique nécrosante [19]

Il s’agit d’une entité plus difficile à définir sur le plan clinique et anatomopathologique. Il s’agit d’une infection d’évolution prolongée favorisée par une immunodépression modérée (diabète, cirrhose, traitement par immunosuppresseurs, corticothérapie...) et par des facteurs locaux (BPCO, fibrose, pneumonie radique, sarcoïdose stade IV...). Les filaments mycéliens envahissent le parenchyme, provoquant des plages de nécrose avec formation de cavités sans envahissement vasculaire, une inflammation chronique avec présence inconstante de granulomes tuberculoïdes.

1.1.2)

Onyxis

Aspergillus spp. a un net pouvoir de colonisation de la kératine. De nombreuses espèces peuvent être isolées d'onyxis. Deux sont particulièrement fréquentes : A. versicolor et A. sydowii. D’autres sont également incriminées A.

candidus, A. unguis, A.flavus, A. terreus, A.ochraceus et A. sclerotiorum [24].

Dans certains cas, ces atteintes unguéales sont caractérisées par une leuconychie superficielles rencontrée également avec Acremonium spp. et Fusarium spp. (figure 3 )[25]. Il y avait des cas où Aspergillus spp a été isolé pathogène prés d’autres moisissures sur le même pied (figure 4).

Figure 4 : Onyxis à Scopulariopsis spp. (au niveau du gros orteil) et à Aspergillus sclerotiorum (ongle troisième orteil).

1.1.3)

Atteintes cutanées

Ces atteintes peuvent survenir soit après dissémination hématogène d’une aspergillose pulmonaire invasive, soit directement par une porte d’entrée cutanée [26].

1.2) Diagnostic mycologique [16, 19]

Le diagnostic des aspergilloses repose sur des méthodes histologiques, mycologiques et sérologiques. L’étude anatomopathologique des biopsies bronchiques et pulmonaires, facilitée par la coloration de Gomori-Grocott, met en évidence les lésions tissulaires et les filaments ramifiés septés. Elle doit être complétée par une étude mycologique, d’autres champignons filamenteux pouvant donner le même aspect (Fusarium spp., Scedosporium spp.).

Les examens mycologiques peuvent être réalisées sur des biopsies, un lavage bronchoalvéolaire, un brossage bronchique, une aspiration de sécrétions bronchiques, voire une expectoration.

1.2.1) Caractères culturaux [16]

Ces champignons présentent une croissance rapide sur milieux de Sabouraud additionné d’antibiotiques. Ils sont cependant, pour la plupart inhibés par le cycloheximide. Après 24 à 48h, on observe des colonies plates, formée de courts filaments aériens. C’est avec la maturation des structures conidiogènes (48 à 96h) que ces colonies vont prendre leur teinte caractéristique, brune, verte, jaune ou noire selon les espèces (figure 5).

La couleur de la culture permet ainsi une orientation rapide du diagnostic de l’espèce. Au recto, les colonies sont gris-vert pour A. fumigatus, vert-jaune pour A. flavus et A. glaucus, vert foncé à chamois pour A. nidilans ,brun cannelle pour A. terreus, chamois clair,jaune et rose pour A. versicolor, jaune puis noire pour A. niger. Le revers de la colonie reste incolore à jaune, il peut aussi rougir ou brunir avec l’âge. Aspergillus spp. pousse habituellement à 22, 25C° et à 37C° pour les espèces thermophiles.

1.2.2) Morphologie microscopique [16]

Aspergillus spp. est caractérisé par un thalle végétatif formé de filaments mycéliens hyalins, de diamètre fin et régulier, septés et ramifiés. L’identification d’Aspergillus spp. reposera sur la mise en évidence de tête aspergillaire à l’examen microscopique des colonies. Sur les filaments végétatifs, prennent naissance des filaments dressés, non cloisonnés ces derniers qu’on appelle conidiophores, se terminent par une vésicule de forme variable sur laquelle sont

déposées les cellules de conidiogènes ou phialides. La conidiogenèse s’effectue en effet sur le mode blastique phialidique où les conidies se forment par bourgeonnement à l’apex des phialides et restent accolées les uns aux autres en chaîne non ramifiée, la plus jeune étant à la base de la chaîne.

Les spores toujours unicellulaires de forme variable, globuleuse, subglobuleuse ou elliptique. Les phialides peuvent être directement insérées sur la vésicule (tête unisériée), ou portées par des articles insérés sur la vésicule : les métules (tête bisériées). L’ensemble vésicule (+ /- métule) + phialides et conidies constitue la tête aspergillaires qui caractérise le genre Aspergillus.

Quand au diagnostic d’espèce. Il sera porté sur un ensemble de critères macroscopiques et microscopiques :

Certaines espèces, apparaissent parfois en culture avec des formations sexuées (stade téléomorphe). Ce sont des coléistothèces contenant des asques arrondies renfermant chacun 8 ascospores.

Tableau X : Caractéristiques des quatre principales espèces d’Aspergillus spp. Espèces Caractéristiques Aspergillus niger Aspergillus flavus Aspergillus fumigatus Aspergillus terreus Culture Croissance rapide. Aspect granuleux noire. Revers pale Croissance rapide. Aspect granuleux vert-jaune. Revers pale. Croissance très rapide. Aspect granuleux blanc puis devient vert foncé. Revers pale Croissance rapide. Aspect poudreux, beige brun. Revers incolore Conidiophore Très long 1.5 à 3 mm, hyalin Long 1 mm, hyalin, verruqueux Court 0.3 mm incolore, lisse Court 0.1à 0.25 mm jaunâtre

Vésicule Globuleuse Sphérique Hémisphérique Globuleuse

Phialides Insérées par

des métules Directement insérées ou portées par des métules Directement insérées à la vésicule

Portées par des métules

Tête aspergillaire Radiée bisériée Radiée uni- ou bisériée Unisériée, compacte En colonne Bisériée, évasée en colonne Conidie Globuleuse, échinulée brune Globuleuse, échinulée, verte Globuleuse, verte échinulée Globuleuse, de petite taille, lisse

A.flavus

A.fumigatus

A .niger

d’Aspergilllus spp. [116,117]

2)

FUSARIUM

Ces champignons sont cosmopolites, on les isole du sol où ils persistent grâce à des chlamydospores ; ils parasitent de nombreuses variétés de plantes, en particulier les céréales. Les spores ou conidies peuvent également être isolées de l’air ambiant, mais beaucoup moins fréquemment que les spores aspergillaires puisqu’elles ne représentent que 1 ou 2 % des espèces fongiques isolées de l’air

[27]

.

2.1) Manifestations cliniques

Fusarium spp. peut être responsable de manifestations allergiques, toxiques et infectieuses locales ou généralisées.

2.1.1)

Allergies

L’hypersensibilité à Fusarium spp a été retrouvée dans 25 % des cas lors d’allergie aux moisissures démontrée par tests cutanés. Son rôle a été également reconnu dans les sinusites allergiques fongiques avec taux d’IgE élevé et un test cutané positif ainsi que dans des manifestations de bronchopneumonie allergique type aspergillose bronchopulmonaire allergique (ABPA) [27] .

2.1.2)

Mycotoxines

Le genre Fusarium est impliqué dans la synthèse de plusieurs mycotoxines (Les fumonisines) responsables de mycotoxicoses, où fumonisine B1 a été corrélée à une plus grande incidence du cancer de l’oesophage dans certains pays [27,29].

2.1.3)

Infections localisées

 Oculaires : kératites et endophtalmies [19, 30,31]

Les champignons filamenteux sont les agents le plus fréquemment responsables de kératites fongiques, en particulier en zone tropicale et subtropicale [30, 31]. Les kératites surviennent essentiellement chez des hommes jeunes, agriculteurs ou travailleurs d’extérieur. Le facteur prédisposant majeur, est un traumatisme, parfois minime, le plus souvent par un végétal ou de la poussière permettant la pénétration directe de spores dans la cornée. Le port de lentilles souples est également fréquemment retrouvé dans l’anamnèse. [40] Fusarium spp. et plus particulièrement Fusarium solani, est l’agent le plus fréquemment responsable avec Aspergillus spp.

Des kératites fongiques à Fusariums spp. ont également été signalées après transplantation de la cornée [32].

L’endophtalmie à Fusarium spp. est presque toujours d’origine exogène. L’évolution est souvent défavorable

 Onyxis [27, 33,34]

Ces agents surinfectent parfois un ongle préalablement dystrophique, associé à une malposition des orteils, à des troubles vasculaires, traumatisé ou déjà infecté par un dermatophyte [34].

Le type d’atteinte est variable : onychomycose sous-unguéale latérodistale, affectant principalement le gros orteil, leuconychie superficielle, plus volontiers du 3ème ou 4ème orteil, ou onychomycose sous-unguéale proximale (figure 6). L’association d’une onychomycose sous-unguéale proximale à une paronychie aiguë ou subaiguë peut orienter vers l’origine fusarienne de l’onychomycose.

Au niveau de la main, l’inflammation est fréquente et peut gagner la première phalange. Contrairement aux atteintes dermatophytiques, l’évolution semble plus rapide, de quelques semaines à quelques mois.

Figure 6 : Onychomycose à Fusarium spp. A : Aspect de leuconychie ; B : Onychomycose à Fusarium spp. avec inflammation périunguéale [27].

 Mycétomes à Fusarium spp. [27, 35,36]

Fusarium spp. est un agent fongique relativement rare des mycétomes à

grains blanc-jaune ; Hay et al.rapportent quatre cas contractés en Inde. Plusieurs auteurs en signalent également en Afrique.

 Brûlures [27,37]

Les infections à moisissures surviennent chez des patients avec plus de 50 % de surface corporelle brûlée, les agents fongiques les plus fréquemment isolés

sur l’importance de la précocité du diagnostic par biopsie et culture pour identification afin d’éviter l’amputation et la dissémination secondaire.

 Sinusites [27,38]

Quelques cas de sinusites à Fusarium spp. ont été signalés, en particulier chez les patients immunodéprimés et pouvant être à l’origine d’infections disséminées.

 Endocardites [27, 39,40]

Une dizaine de cas sont rapportés dans la littérature : infections aortiques secondaires à des implantations de prothèses chirurgicales.

 Péritonites [27,41]

Il s’agit essentiellement de péritonites survenant au cours de dialyses péritonéales ambulatoires continues. Une dizaine de cas ont été publiés.

 Ostéomyélites [27,42]

Des cas d’ostéomyélites ont été rapportés, notamment à l’occasion de fracture ouverte souillée, L’évolution est globalement satisfaisante après débridement chirurgical.

 Infections cutanées [27,43]

Deux types de lésions sont à différencier : celles qui surviennent chez l’immunocompétent qui sont des surinfections de plaies post-traumatiques compliquées parfois de cellulite, de lésions ulcérées ou érythémateuses d’évolution lente, et celles que l’on observe chez l’immunodéprimé.

2.1.4)

Infections profondes et disséminées

Ces infections surviennent essentiellement chez les patients atteints d’hémopathie (leucémie, lymphome, syndrome d’activation macrophagique, anémie réfractaire ou myélome) traités par chimiothérapie cytotoxique intense, avec ou sans greffe de moelle, et ayant entraîné une neutropénie ou une aplasie prolongée ; plus rarement lors de brûlures extensives, de tumeurs solides, d’infection à virus de l’immunodéficience humaine : huit cas en 2002 [54]

,chez des transplantés d’organe en particulier pulmonaires (six cas en 2001) [55]

.

Les principales espèces responsables sont Fusarium solani, Fusarium

moniliforme, et Fusarium oxysporum (tableau XI).

Dans les infections où le cathéter est considéré comme le point de départ, il n’existe en règle générale aucune inflammation locale [47]

.

La présence de moisissures dans les circuits hospitaliers de distribution d’eau : essentiellement Aspergillus spp. et Fusarium spp., s’intégrant dans le biofilm, peuvent expliquer, par un système d’aérosols, la persistance d’infections dans les services à risques malgré la présence d’un traitement d’air par filtre efficace [48].

2.2) Diagnostic mycologique

La détermination taxinomique usuelle au laboratoire se fait le plus souvent sur l’observation des caractères morphologiques de reproduction asexuée.

Le diagnostic des kératites se fait par un simple grattage à l’anse de platine ou une biopsie cornéenne, alors que celui des endophtalmies se fait par ponction de la chambre antérieure ou mieux du vitré [27].

Le diagnostic de mycétome se fait sur l’aspect anatomopathologique des grains : de consistance molle, de 0,5 à 2 mm de diamètre, de forme ronde ou réniforme, constitués de filaments mycéliens enchevêtrés sans ciment [36].

2.2.1)

Caractères culturaux

Le milieu de Sabouraud sans Actidione® (cycloheximide) est utilisé pour l’isolement, le champignon pousse à 37 °C. Les subcultures sont effectuées sur milieu potato dextrose agar (PDA), qui a le plus souvent permis leur description, et conservées à la lumière à 25 °C. Idéalement, elles sont observées à partir du 7e-10e jour, puis de façon séquentielle, certaines formations apparaissant plus tardivement.

Les colonies duveteuses ou cotonneuses ont souvent des couleurs vives ainsi que le revers de la colonie avec parfois un pigment diffusible (figure 7). Les couleurs sont un caractère important à observer mais elles peuvent varier d’une souche à l’autre et au cours de subcultures successives.

Figure 7 : Aspects macroscopique et microscopique de Fusarium oxysporum

[27]

2.2.2)

Morphologie microscopique

L’identification est basée sur l’aspect des conidies produites par des phialides ou cellules conidiogènes sans collerette. Fusarium spp. peut produire plusieurs types de spores : les macroconidies, les microconidies, les mésoconidies ou blastoconidies et les chlamydospores. Certaines espèces produisent les quatre variétés, d’autres non. L’aspect de ces conidies, la présence ou l’absence de certaines d’entre elles sont les caractères essentiels d’identification des Fusarium spp.(figure 8).

Microconidies Mésoconidies

Monophialides Polyphialides Macroconnidies Chlamydospores

Tableau XI: Caractéristiques des quatre principales espèces de Fusarium spp.

isolées en pathologie humaine [27]. Espèces Caractéristiques Fusarium solani Fusarium oxysporum Fusarium monilforme Fusarium dimerum Culture Croissance moyenne Aspect blanc– gris, revers marron Croissance moyenne Blanchâtre rosé, revers lie-de-vin Croissance rapide Duveteuse puis poudreuse Blanc-violet, revers violet-mauve Croissance lente Aspect floconneux Orangé recto/verso Macroconidies Macroconidies Moyenne 35-55 μm 0-8 septa Extrémités arrondies Plus ou moins abondantes 3 à 5 septa 30 à 70 μm Fusiformes 3 à 7 septa 25 à 60 μm Courtes 20-25 μm 1-2 septa Extrémités pointues

Sporodochiums Fréquents Inconstants Inconstants Inconstants

Microconidies Abondantes, en boule Abondantes, en boule Abondantes, en chaînes, absentes

Phialides Allongées Courtes Monophialides

et polyphialides Courtes et ventrues Chlamydospores Abondantes Isolées ou en chaînes Abondantes Isolées ou en chaînes Absentes Inconstantes Intercalaires

3)

SCEDOSPORIUM

L’espèce Scedosporium apiospermum est un champignon tellurique, présent principalement dans les sols enrichis de débris organiques (litières animales, fumiers) et dans les eaux boueuses et polluées, et présente un réel rôle pathogène.

3.1) Manifestations cliniques

Scedosporium spp. est un redoutable pathogène. Il arrive en troisième position (après les Aspergillus spp. et les Fusarium spp.) par ordre de fréquence dans les mycoses humaines [18].

3.1.1)

Mycétome fongique à Scedosporium spp

Les mycétomes fongiques sont dus à des champignons dont Madurella

mycetomatis, Leptosphaeria senegalensis, Scedosporium apiospermum. Ces

champignons sont des saprophytes du sol et des épineux des régions tropicales. Les mycétomes fongiques sont endémiques dans la zone nord-tropicale de part et d’autre du 15ème

parallèle nord : Sénégal, Mali, Mauritanie, Niger, Tchad, Somalie, Soudan, Inde, Mexique, Brésil. Ils sont plus rares en Asie du Sud-Est, en Afrique du Nord et du Sud. De rares cas ont été observés en Europe.

L’inoculation se fait à partir d’une lésion traumatique par une écharde ou épine souillée. Les champignons, qui ont un tropisme osseux important, se développent d’abord dans le tissu sous-cutané puis gagnent de proche en proche le périoste puis l’os. Ils forment des microabcès créant des géodes irrégulières, parfois très étendues. Ces lésions se fistulisent et laissent sourdre des grains qui sont formés d’agglomérats de filaments mycéliens. L’atteinte articulaire résulte

La forme clinique la plus caractéristique est le mycétome fongique du pied, ou pied de Madura. Après une incubation variable de quelques mois à quelques années, apparaît une tuméfaction nodulaire, indolore du pied qui augmente progressivement de taille pour former une volumineuse tuméfaction bosselée atteignant la face dorsale et plantaire, à partir de laquelle vont se développer les fistules laissant s’échapper un pus contenant des grains. L’extension osseuse lytique peut aboutir à des pertes de substance importantes.

D’autres localisations sont également possibles : membres, fesses, dos, cuir chevelu [51].

3.1.2)

Autres Infections

Des infections ostéoarticulaires isolées à Scedosporium spp. (Scedosporium

apiospermum, Scedosporium prolificans) ont été décrites. Les arthrites

apparaissent généralement après un traumatisme (plaie, piqûre), une injection intra-articulaire ou une intervention chirurgicale.

Les ostéites peuvent également se voir à la suite d’un traumatisme ou d’une amputation, exceptionnellement lors d’infection disséminée chez des patients immunodéprimés.

II est aussi incriminé dans des atteintes oculaires consécutives et un traumatisme (kératites et endophtalmies post-traumatiques) ou dans des localisations viscérales chez l’immunodéprimé (endocardites, méningites, ostéomyélites, abcès cérébraux). L’immunodépression n'est cependant pas toujours retrouvée dans ces formes systémiques [55].

Scedosporium spp. est également rapporté agent d’onychomycose dans plusieurs études [24].

Comme les Aspergillus spp., Scedosporium apiospermum peut aussi être à l'origine d'atteintes respiratoires (sinusites, tumeurs pulmonaires) [62] . Par ailleurs, il est de plus en plus fréquemment isolé dans la mucoviscidose.

3.2) Diagnostic mycologique

Le diagnostic différentiel du mycétome fongique est le mycétome actinomycosique d’origine bactérienne [54]

. Le diagnostic est confirmé par l’examen direct et la mise en culture sur milieu de Sabouraud, permettant d’identifier l’espèce responsable indispensable pour adapter le traitement.

3.2.1)

Caractères culturaux

Ce champignon pousse bien dans tous les milieux usuels en mycologie, mais sa croissance est souvent inhibée par la cycloheximide. Les colonies cotonneuses, laineuses de couleur blanchâtre au début, devenant grises en vieillissant ; le verso est foncé, presque noir (figure 9).

3.2.2)

Morphologie microscopique

- Reproduction asexuée : La reproduction asexuée peut s’effectuer selon deux modalités

distinctes :

 La conidiogenèse s’effectue essentiellement sur le mode thallique solitaire avec formation d’alleuries naissant directement sur les cotés des filaments végétatifs ou à l’extrémité des conidiophores fins dressés à angle droit sur le thalle végétatif. Les conidies sont ovoïdes ou claviformes, brunes, mesurent 6 à14µm de long sur 5 à 6µm de large.

 L’autre mode dec conidiogenèse fait intervenir des annélides groupées en corémie (stade Graphium) donnant naissance à des conidies hyalines, plus fines, allongées, mesurant 2à 3µm de large. - Reproduction sexuée : pseudallescheria boydii

Forme obtenue parfois après 3 semaines de culture ou sur des milieux pauvres, est caractérisée par cleistothèces bruns à jaunes, arrondis, contenant des asques sphériques octosporés de teinte cuivrée.

4)

PENICILIUM

Penicillium spp. est un champignons ubiquiste, dont le développement se fait à partir de substances organiques ou de végétaux en décomposition. De ces microcolonies naissent de multiples spores qui sont dispersées dans l’air ambiant. Le genre Penicillium occupe ainsi une place des plus importants parmis les moisissures isolées dans l’atmosphère et constitue de ce fait un des contaminants aériens majeurs au laboratoire. Il est aussi très utilisé dans l’industrie, notamment dans l’industrie agro alimentaire (affinage de fromage et de soucisson) et pharmaceutiques [56].

4.1) Manifestations cliniques

4.1.1)

Infections à Penicillium marneffei

P. marneffei est isolé pour la première fois par Segretain en 1959, il est

surtout rencontré en Asie du Sud Est, où il se trouve à l’état saprophyte dans le sol et où il est souvent isolé des terriers de certains rongeurs (rat de bambou). Il est endémique en Chine, en Indonésie, à Hong-Kong, en Thaïlande, au Vietnam, a été récemment découvert au Cambodge et il existe en France des cas d’importations [58]

. Les infections à P. marneffei sont liées à l’apparition et au développement du SIDA, en effet plus de 80 % des individus infectés sont immunodéprimés, ce qui en fait le 4ème agent infectieux opportuniste chez les sujets atteints du SIDA.

P. marneffei peut aussi bien être à l’origine d’infections localisées que

disséminées. La pénicilliose à P. marneffei est surtout une mycose systémique dont le tableau clinique est dominé par des symptômes pulmonaires