Comment combiner des données génétiques et épidémiologiques pour comprendre la dissémination d'un virus ?

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Comment combiner des données génétiques et

épidémiologiques pour comprendre la dissémination d’un

virus ?

Gael Thébaud

To cite this version:

Gael Thébaud. Comment combiner des données génétiques et épidémiologiques pour comprendre la dissémination d’un virus ?. 12èmes Rencontres de Virologie Végétale (RVV), Jan 2009, Aussois, France. �hal-02751067�

Résumés communications orales RVV Aussois 2009

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Comment combiner des données génétiques et épidémiologiques pour

comprendre la dissémination d'un virus ?

Gaël Thébaud

INRA, UMR BGPI, Cirad TA A-54/K, Campus de Baillarguet, 34398 Montpellier cedex 5, France

L’identification des événements de transmission successifs par lesquels un agent pathogène se propage peut être un objectif en soi ou un moyen de paramétrer précisément un modèle épidémiologique. Des informations génétiques (proximité phylogénétique entre isolats) ou épidémiologiques (dates probables d’infection, période infectieuse) peuvent être utilisées pour tendre vers cet objectif. En général, aucune de ces sources d’information n’est suffisante pour reconstituer l’historique des événements de transmission impliqués dans une épidémie ; en revanche, ces informations de nature différente devraient avoir un effet synergique si l’on parvient à les intégrer dans un cadre probabiliste commun. Du fait de leur taux de mutation très élevé, les virus à ARN sont un modèle idéal pour ce type d’étude. Lors de l’épidémie de fièvre aphteuse (causée par le FMDV) qui a sévi au Royaume-Uni en 2001, de nombreux échantillons viraux ont été collectés, ainsi que les données épidémiologiques correspondantes (date d’infection, date d’abattage, localisation spatiale des fermes infectées…). Les génomes complets des isolats de FMDV prélevés dans 15 fermes de l’un des foyers ont été séquencés et utilisés conjointement aux données épidémiologiques afin de définir les chaînes de transmission possibles. La structuration spatiale de l’arbre de transmission le plus vraisemblable obtenu pour ce foyer montre l’intérêt et les limites des enquêtes épidémiologiques de terrain.