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Master M2 TD de Modélisation multi-échelle

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Academic year: 2021

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Master M2

TD de Modélisation multi-échelle

Voici des extraits de fichiers d’entrée de programme de dynamique moléculaire.

Pour chaque extrait identifier (si pertinent):

- Le type de simulation (minimisation ou dynamique) - la durée du temps de pas

- la durée de la dynamique

- Le nombre de pas pour l’ensemble de la dynamique

- Tous les combiens de pas les coordonnées, vitesses et énergies sont stockées.

- L’ensemble thermodynamique dans lequel est fait le calcul - La taille de la boite d’eau

- Le nombre d’atomes - Le champ de force utilisé

- Les contraintes et thermostats utilisés - Les rayons de coupure utilisés

- Quelles sont les unités par défaut de temps et de longueur pour chaque logiciel ? Exemple d’un fichier d’entrée du programme Tinker : input.key

(2)

Exemple d’un fichier d’entrée du programme Gromacs :

Exemple d’un fichier d’entrée Gromacs :

Exemple d’un fichier Amber :

(3)

Exemple d’un fichier Amber :

Exemple d’un fichier d’entrée du programme LAMMPS :

Références

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