HAL Id: tel-00559673
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Submitted on 26 Jan 2011
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Caractérisation de l’ubinucléine, partenaire cellulaire du transactivateur ZEBRA du virus d’Epstein-Barr
Julien Lupo
To cite this version:
Julien Lupo. Caractérisation de l’ubinucléine, partenaire cellulaire du transactivateur ZEBRA du virus
d’Epstein-Barr. Interactions entre organismes. Université de Grenoble, 2010. Français. �tel-00559673�
THÈSE
Pour obtenir le grade de
DOCTEUR DE L’UNIVERSITÉ DE GRENOBLE Spécialité Virologie Microbiologie Immunologie
Arrêté ministériel : 7 août 2006 Présentée et soutenue publiquement par
LUPO Julien le 13 décembre 2010
Caractérisation de l’ubinucléine, partenaire cellulaire du transactivateur ZEBRA du virus d’Epstein-Barr
Thèse dirigée par BOYER Véronique et codirigée par MORAND PAtrice
Thèse préparée au sein du Laboratoire UVHCI dans l' Ecole Doctorale Chimie et Sciences du Vivant
JURY
- Mr SEIGNEURIN Jean-Marie PU-PH, Grenoble Président
- Mme FAFI-KREMER Samira MCU-PH, Strasbourg Rapporteur
- Mr BUSSON Pierre DR2 CNRS, Paris Rapporteur
- Mme MANET Evelyne DR2 CNRS, Lyon Examinateur
- Mme BOYER Véronique CR1 INSERM, Grenoble Examinateur
THÈSE
Pour obtenir le grade de
DOCTEUR DE L’UNIVERSITÉ DE GRENOBLE Spécialité Virologie Microbiologie Immunologie
Arrêté ministériel : 7 août 2006 Présentée et soutenue publiquement par
LUPO Julien le 13 décembre 2010
Caractérisation de l’ubinucléine, partenaire cellulaire du transactivateur ZEBRA du virus d’Epstein-Barr
Thèse dirigée par BOYER Véronique et codirigée par MORAND PAtrice
Thèse préparée au sein du Laboratoire UVHCI dans l' Ecole Doctorale Chimie et Sciences du Vivant
JURY
- Mr SEIGNEURIN Jean-Marie PU-PH, Grenoble Président
- Mme FAFI-KREMER Samira MCU-PH, Strasbourg Rapporteur
- Mr BUSSON Pierre DR2 CNRS, Paris Rapporteur
- Mme MANET Evelyne DR2 CNRS, Lyon Examinateur
- Mme BOYER Véronique CR1 INSERM, Grenoble Examinateur
RÉSUMÉ
Le facteur de transcription ZEBRA (EB1) du virus d’Epstein-Barr joue un rôle essentiel dans l’initiation de l’infection lytique et la production virale. L’ubinucléine a été identifiée comme un partenaire cellulaire de ZEBRA, capable de l’empêcher de se fixer à ses séquences d’ADN cibles. Le rôle de l’ubinucléine dans la cellule demeure inconnu, ainsi que les conséquences de son interaction avec ZEBRA dans les cellules infectées par l’EBV.
Notre travail a permis, d’abord, de mieux caractériser l’ubinucléine dans la cellule épithéliale en l’identifiant comme une protéine des jonctions serrées. L’ubinucléine a été proposée comme un nouveau membre de la famille des protéines NACos (nuclear and adhesion complex components) possèdant une double localisation, les noyaux et les jonctions des cellules. Afin de mieux comprendre son rôle dans la cellule épithéliale, nous avons étudié par une approche protéomique couplée à la spectrométrie de masse les partenaires de l’ubinucléine et identifié les protéines LYRIC et RACK-1. Nos résultats suggèrent que l’ubinucléine est impliquée dans différents processus biologiques tels que la régulation de la prolifération et de l’adhésion cellulaires. Enfin, dans les cellules épithéliales infectées par l’EBV, les fonctions de l’ubinucléine semblent dépendre de sa localisation cellulaire. Au niveau nucléaire, l’ubinucléine régule négativement le cycle lytique et la production de particules virales en empêchant ZEBRA et d’autres facteurs cellulaires de se fixer à leurs promoteurs de type AP-1. Lorsqu’elle est séquestrée dans les jonctions serrées, l’inhibition de ZEBRA est levée permettant ainsi le bon déroulement du cycle lytique du virus.
Mots clés : Epstein-Barr Virus (EBV), ZEBRA/EB1, ubinucléine, jonctions serrées, protéomique
ABSTRACT
The ZEBRA (EB1) transcription factor of Epstein-Barr virus (EBV) is crucial for initiation of lytic infection and viral production. Ubinuclein (Ubn-1) has been identified as a cellular partner of ZEBRA enabling to prevent ZEBRA-DNA interaction. The role of Ubn-1 in the cell remains elusive as well as the consequences of its interaction with ZEBRA in EBV infected cells.
In our work, we have characterized Ubn-1 as a new protein of epithelial cells tight junctions (TJ) and a new member of NACos (nuclear and adhesion complex components) proteins with a dual cellular localisation, the nuclei and the junctions of the cells. Using a proteomic approach coupled to mass spectrometry, we have then studied interacting partners of Ubn-1 in order to get more insights on its role in epithelial cells and identified LYRIC and RACK-1 proteins. Our results suggest that Ubn-1 is involved in different biological processes such regulation of cells proliferation and cell-cell contacts. Finally, in EBV infected epithelial cells, Ubn-1 functions seem depend on its cellular localisation. Nuclear Ubn-1 regulates negatively lytic cycle and virus production interfering with ZEBRA and others cellular factors in the activation of AP-1 promoters. When Ubn-1 is sequestered in TJ, Ubn-1 can no longer act as a repressor of ZEBRA which is free to activate the EBV productive cycle.
Key words: Epstein-Barr virus (EBV), ZEBRA/EB1, ubinuclein, tight junctions, proteomic UVHCI (Unit of Virus Host Cell Interactions) BP181
UMI 3265 UJF-EMBL-CNRS
6, rue Jules Horowitz
F-38042 Grenoble cedex 9, France
Remerciements
D’abord je tiens à exprimer toute ma reconnaissance à l’égard des personnes qui ont dirigé mon travail et participé à mon jury de thèse :
A Madame le Docteur Véronique Boyer, directeur de thèse
Je te remercie vivement pour avoir encadré mon travail durant ces 4 années. J’ai vraiment apprécié ton dynamisme et ton esprit d’initiative, qualités importantes pour mener à bien un travail de recherche et avancer dans la vie. Je te souhaite beaucoup de réussite dans tes projets futurs et la vie associative auprès des malades.
A Monsieur le Professeur Patrice Morand, co-directeur de thèse
Merci de m’avoir motivé à poursuivre mon internat de biologie par un travail de thèse et de la confiance que tu m’as accordée au cours de ces années. Je te suis très reconnaissant de m’avoir aidé dans mon organisation personnelle afin de concilier à la fois mon travail de recherche et le travail hospitalier. Tant sur le plan professionnel que personnel, je te remercie pour ta disponibilité et ton soutien pendant cette période. Je souhaite vivement que mon travail au sein de l’équipe du laboratoire de virologie puisse s’inscrire dans la durée.
A Madame le Docteur Samira Fafi-Kremer
Je suis très honoré que vous jugiez mon travail en tant que virologue et ancien assistant du laboratoire de virologie de Grenoble, poste que j’occupe maintenant depuis une année.
A Monsieur le Docteur Pierre Busson
C’est un honneur que vous participiez à mon jury de thèse en tant que spécialiste de l’EBV et des cancers associés à ce virus.
A Madame le Docteur Evelyne Manet
Je vous remercie d’avoir accepté de participer à mon jury de thèse. La collaboration avec votre laboratoire fut déterminante pour la réalisation de mon travail.
A Monsieur le Professeur Jean-Marie Seigneurin
Je vous remercie de faire partie de mon jury de thèse et de m’avoir accueilli dans le laboratoire de
virologie dès mon internat en 2005.
Je tiens aussi à remercier toutes les personnes qui m’ont aidé à réaliser ce travail, chercheurs, biologistes, thésards, étudiants…
Je remercie le Docteur Stephen Cusack et le Professeur Rob Ruigrok pour m’avoir accueilli au sein du laboratoire UVHCI et d’une structure qui jouit d’un environnement privilégié sur le plan scientifique et technique.
Je remercie le Docteur Henri Gruffat pour son aide scientifique et sa collaboration précieuse dans mon travail.
Je remercie le Professeur Wim Burmeister et le Docteur Nicolas Tarbouriech pour leur aide scientifique.
Merci à Pierre Alain Coly avec qui j’ai travaillé au début de ma thèse au laboratoire et interagi par la suite à l’hôpital. Nous avons aussi partagé de merveilleux moments en dehors du contexte professionnel et nul doute que tu as beaucoup contribué à mon travail de thèse ainsi qu’à mon épanouissement personnel.
Merci à Charlotte Sueur et Audrey Conti qui abordent leur 2
èmeannée de thèse dans le laboratoire.
Je vous souhaite une grande réussite dans la poursuite de vos projets scientifiques et personnels.
Je remercie le Docteur Jacques Croizé pour sa disponibilité, sa bienveillance et ses encouragements au cours de l’intégralité de mon cursus hospitalo-universitaire.
Je remercie le Docteur Isabelle Pelloux pour la relecture de mon manuscrit et son expertise en orthographe.
Merci au Docteur Sylvie Larrat pour ses conseils précieux et son soutien pendant cette période.
Je remercie aussi vivement mes autres collègues biologistes du laboratoire de virologie de l’hôpital, en particulier les Docteurs Raphaële Germi, Monique Baccard-Longere, Christine Morel-Baccard et Anne Schmuck pour leur aide et leur soutien tout au long de ma thèse.
Merci à tous les thésards du laboratoire UVHCI avec lesquels j’ai pu échanger sur le plan scientifique
et personnel en particulier, Alexandre, Cédric, Nicolas, Céleste, Julien et Ivan. Merci aux internes qui
m’ont aidé et soutenu à l’hôpital en particulier, Bérangère, Stéphanie, David, Laetitia, Julie, Cécile et
Perrine.
Avant-propos
Petites considérations personnelles sur le travail de thèse…
Initier une thèse pour la gloire, l’ambition, les dîners mondains ou accéder à une moindre ignorance ? La thèse pour une vie intellectuelle réussie ? Mais, effectuer une thèse, n’est-ce- pas plutôt développer une étroitesse d’esprit au détriment d’une amplitude d’esprit ? « Il faut savoir peu de tout, car il est bien plus beau de savoir quelque chose de tout que de savoir tout d’une chose
1».
La thèse, c’est du travail accompli. Travailler pour travailler est une activité absurde. Le travail fécond qui élève l’homme, c’est celui qu’il s’approprie par une réelle prise de conscience autonome et adéquate. Être satisfait de son travail ou de sa vie personnelle, c’est juger de la validité de sa propre expérience et ne pas persévérer dans le déni de réalité…
Par-delà la thèse : les amis, la famille et le sentiment amoureux…
J’avais cru identifier certains des éléments qui joueraient sur mon sentiment de vie heureuse et de satisfaction de ma propre existence. Il suffisait d’organiser ma vie selon les bonnes exigences du travail, des disciplines sportives et de faire abstraction de tout événement que j’aurais pu juger susceptible d’interférer avec le bon cheminement de ma thèse. Vivre aussi un peu à l’image des Sénèque et Marc-Aurèle, dans la tempérance et la négation des affects. Une maîtrise de soi garante de ma réussite professionnelle et de mon bonheur ? Mais une vie heureuse ne pouvait dépendre uniquement de l’effort que je poursuivais à l’application de cette entreprise. Une vie basée seulement sur de tels principes conduisait irrémédiablement à une vie périssable.
Devant les difficultés, ma famille et mes amis
2se sont montrés présents pour me soutenir et je leur en suis infiniment reconnaissant. Ces moments ont été aussi l’occasion de me révéler sur le plan personnel et affectif. Un mal pour un bien.
A.
3, mon élan vital, ma force créatrice, mon cœur m’a permis de dépasser mes inquiétudes et mon anxiété et nul doute que ma raison ne peut qu’accompagner ce sentiment libérateur. Je te remercie de t’être montrée patiente avec moi, de m’avoir soutenu malgré mes humeurs. Tu es ma source de joie et de vie, ma prise de conscience du sentiment d’exister, mon accès pour l’éternité.
1Pascal, Les Pensées, 1662. Fragments 183 (Ed. de M Le Guern).
2 Je pense particulièrement à mes parents, à ma sœur Julie dont l’accouchement est prévu le jour de ma soutenance de thèse, à Christian, François-Xavier, Benoit, Isabelle, Charles et Marie.