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Submitted on 2 Jun 2020
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Staphylococcus aureus sensibles à la méticilline et bactériémies : incidence et évolution des principaux
clones, de 2005 à aujourd’hui
Nicole Girard, Sandra dos Santos Borges, Roland Quentin, Nathalie van der Mee-Marquet
To cite this version:
Nicole Girard, Sandra dos Santos Borges, Roland Quentin, Nathalie van der Mee-Marquet. Staphylo- coccus aureus sensibles à la méticilline et bactériémies : incidence et évolution des principaux clones, de 2005 à aujourd’hui. SYMPOSTAPH 2014 ”Des infections staphylococciques à la biologie du mi- croorganisme”, Oct 2014, Lyon, France. �hal-02738968�
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La surveillance prospective des bactériémies réalisée de 2005 à 2014 pour une cohorte stable de 35 hôpitaux et cliniques, montre une incidence croissante des bactériémies à Staphylococcus au- reus sensibles à la méticilline (SASM) que les bac- tériémies soient ou non associées aux soins (0.157/
1000 journées d’hospitalisation (JH) en 2007 vs 0.227 en 2014, +44 %).
L’épidémiologie des SASM responsables de bac- tériémies est moins connue que celle des SARM.
Pour analyser les changements épidémiologiques qui s’opèrent concernant les SASM, les souches isolées des bactériémies de 2005 à 2014 ont fait l’objet d’une étude moléculaire. Au cours des 10 périodes successives d’enquête (1 trimestre/ an de 2005 à 2014), 1129 bactériémies à SASM ont été documentées dont 644 (57 %) bactériémies asso- ciées à des soins, et 485 dites communautaires dans la mesure où aucun antécédent de soins n’était retrouvé dans les 6 mois précédant la bac- tériémie. Pour chaque bactériémie sont disponibles les données patient (sexe, âge), la porte d’entrée lorsqu’elle a été retrouvée (cutanée, pulmonaire, urinaire, digestive, site opératoire, endocardite, os- téo-articulaire), les antécédents récents de gestes invasifs ainsi que le décès dans les 7 jours suivant le diagnostic. Pour 87 % des cas, les souches de SASM ont été collectées et étudiées dans un labo- ratoire unique (sensibilité aux antibiotiques, PFGE et MLST) afin de décrire l’évolution des principaux clones.
La principale modification épidémiologique concerne les souches du complexe clonal 398.
Non détectées jusqu’en 2006, elles sont respon-
sables depuis 2007 d’un nombre croissant de bactériémies (incidence 0.002/ 1000 JH en 2007 vs 0.0316 en 2014). En 2014, les souches CC398 représentent 11 % des bactériémies à SASM et font partie désormais des clones principaux avec les CC5 et CC30. L’étude des caractéristiques des 48 bactériémies à SASM CC398 montre qu’elles sont associées aux infections ostéo-articulaires et aux endocardites (5/48 pour CC398 vs 42/1039 pour les autres clones, p=0.045), ainsi qu’à la porte d’entrée chirurgicale (9/32 pour CC398 vs 98/612 pour les autres clones, p=0.073). Les patients impli- qués sont plus jeunes que ceux infectés avec une souche d’un clone autre que CC398.
En conclusion, nos données suggèrent que les souches du CC398 isolées jusqu’ici chez les ani- maux d’élevage, sont à l’origine, au moins en par- tie, de l’accroissement de l’incidence des bactérié- mies à SASM. Leur implication croissante, à la fois dans des infections invasives sévères et dans des infections du site opératoire suggère une aptitude particulière à coloniser les flores humaines. Ces ré- sultats confortent les données relatives aux carac- téristiques moléculaires connues aujourd’hui pour ces souches, et en particulier la présence dans leur génome de deux phages: un phage Φ3 portant les gènes chp et scn associés à l’échappement du staphylocoque à la réponse immune, et le phage helper MR11-like responsable de l’expression ma- jorée des facteurs de virulence portés par Φ3 lors de l’induction (réponse SOS) mais aussi en dehors.
Staphylococcus aureus sensibles à la méticilline et bactériémies : incidence et évolution des principaux clones, de 2005 à aujourd’hui.
1Nicole GIRARd, 2Sandra dOS SANTOS BORGES, 2Roland QUENTIN, 1,2Nathalie VAN dER MEE-MAR- QUET POUR LE GROUPE RéGIONAL dE SURVEILLANcE dES BAcTéRIéMIES EN RéGION cENTRE.
1Réseau des Hygiénistes du Centre, 2Service de Bactériologie et Hygiène, CHRU de Tours, France.
N. VAN DER MEE-MARQUET
Epidémiologie moléculaire des souches de Staphylococcus aureus résistant à la méticilline portant les gènes codant pour la leucocidine de Panton-Valentine en Belgique de 2010 à 2014.
M. dOdéMONT, S. VANdENdRIESSchE, A. dEPLANO, c NONhOFF, R. dE MENdONçA, S. ROISIN ET O. dENIS
Centre National de Référence MRSA-Staphylocoques, Service de Microbiologie, Université Libre de Bruxelles (ULB) – Hôpital Erasme, Bruxelles, Belgique
INTRODUCTION : A l’inverse de l’Amérique du Nord, où le Staphylococcus aureus résistant à la méticilline communautaire (SARM-C) USA300 ST8- IV prédomine, l’épidémiologie en Europe se carac- térise par une plus grande hétérogénéité clonale avec une prépondérance du clone européen ST80- IV, bien que le nombre de rapports du clone USA300 se soit accru ces dernières années. En Belgique, le nombre de souches USA300 a progressivement augmenté entre 2005 et 2009 pour devenir aussi fréquent que le clone européen. L’objectif de cette étude est d’actualiser l’épidémiologie moléculaire des SARM-C positifs pour la leucocidine de Pan- ton-Valentine (PVL) en Belgique entre 2010 et 2014.
MATéRIELS ET MéTHODES : Depuis 10 ans, les laboratoires belges sont invités à envoyer au Centre National de Référence (CNR) des souches de SARM-C pour la recherche d’exotoxines. Leur identification a été confirmée par PCR multiplex ARNr 16S-nuc-mecA. Toutes les souches ont été testées par PCR pour la présence des gènes lukS- lukF codant pour la PVL et génotypées par spa typing en utilisant le logiciel ‘Ridom StaphType’.
Les spa «clonal complex» (spa-CC) ont été regrou- pés via le logiciel BURP selon les paramètres par défaut. Les souches de SARM ST8 PVL positif ont été assignées au clone USA3OO par la détection du gène arcA.
RéSULTATS : Le CNR a reçu 1311 souches, dont 791 SARM-C, pour la recherche d’exotoxines entre 2010 et 2014. Trois cent cinquante-six (45%)
souches de SARM-C portaient les gènes lukS-lukF codant pour la PVL. Près de quatre-vingt-quinze pourcent des 356 souches PVL positive appar- tenaient à sept génotypes: le clone USA300 ST8 ou apparenté (n = 184, 51.7%), le clone européen ST80 (n = 56, 15.7%), le clone du Pacifique Sud- Ouest ST30 (n = 35, 9.8%), le clone taïwanais ST59 (n = 29, 8.1%), ST5 (n = 16, 4.5%), ST97 (n = 10, 2.8%) et le clone africain ST88 (n = 5, 1.4%). Une majorité (77.7%) des souches ST8-PVL positive possédaient l’îlot de pathogénicité de l’ «arginine catabolic mobile element (ACME)» caractéristique des souches du clone USA300. La proportion de souches appartenant au clone USA300 est restée stable (29-46%) au cours des 4 dernières années.
Le clone européen représente 18% des souches, mais a diminué fortement au premier semestre 2014, représentant moins de 3% des souches de SARM-C PVL positive. Les clones ST30 et ST59 sont de plus en plus fréquemment observés dépas- sant les 10% depuis 2012 pour le premier et depuis 2014 pour le deuxième.
CONCLUSION : Cette étude confirme la diffusion rapide de l’USA300 qui est devenu le clone SARM- C majoritaire en Belgique et une diversification clo- nale des SARM-C au détriment du ST80.
M. DODéMONT
