Articulation des procédures relatives aux milieux naturels

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PPE

Ministère de l'Écologie, du Développement durable, Affaire

GE4203

Articulation des

procédures relatives aux milieux naturels

Tome 1: Décryptage de la réglementation et des

pratiques Août 2013

CETE de LYON

Centre d'Études Techniques de LYON

Département Environnement Territoires Climat

Au 1^er janvier 2014, les 8 CETE, le Certu, le Cetmef et le Sétra fusionnent pour donner naissance au Cerema : centre d’études et d’expertise sur les risques, l’environnement, la mobilité et l’aménagement.

CETE : Centre d’études techniques de l’équipement

Certu : Centre d’études sur les réseaux, les transports, l’urbanisme et les constructions publiques Cetmef : Centre d’études techniques maritimes et fluviales

Sétra : Service d’études sur les transports, les routes et leurs aménagements

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Titre du document :

Articulation des procédures relatives aux milieux naturels – Cas des infrastructures de transport terrestre

Tome 1 : Décryptage de l'articulation des réglementations et des pratiques

Commanditaire : CGDD/ sous-direction de l’intégration des démarches de développement durable dans les politiques publiques (IDDDPP) / bureau des infrastructures

Rédacteurs : Céline Ménétrieux, Charlotte Le Bris (PCI EvE / CETE de Lyon), Amandine Orsini (CGDD/IDDPP)

Date de publication : Août 2013

Résumé : Cette première partie de l'étude « articulation des procédures relatives aux milieux naturels » met en regard la réglementation à un état des lieux des pratiques, basée notamment sur une enquête auprès de services instructeurs et de maîtres d'ouvrages de projet d'infrastructures linéaires.

Entre les possibilités assez ouvertes offertes par le dispositif législatif et le ressenti des acteurs, l'analyse a révélé des points de blocages mais également des pistes de réflexions pour les lever.

Remerciements : A la sous-direction IDDPP du CGDD pour ses nombreuses contributions et relectures ainsi qu’aux diverses directions de l’administration centrale sollicitées pour les fructueux échanges qui ont permis d’alimenter les réflexions et la rédaction de l’étude.

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Sommaire

INTRODUCTION...5

1 - DÉCRYPTAGE DES PROCÉDURES RELATIVES AUX MILIEUX NATURELS DANS LES TEXTES RÉGLEMENTAIRES...9

1.1 - Identification des procédures relatives aux milieux naturels...9

1.1.1 - L'étude d'impact...9

1.1.2 - L'évaluation des incidences Natura 2000...16

1.1.3 - L'évaluation des incidences au titre de la loi sur l'eau...21

1.1.4 - La demande de dérogation pour les espèces protégées...26

1.1.5 - La demande d'autorisation de défrichement...30

1.2 - L'analyse technique du recoupement entre procédures...36

1.2.1 - Recoupements des milieux naturels concernés...36

1.2.2 - Des niveaux d'exigence variables...38

1.3 - L'articulation administrative des procédures...43

1.3.1 - De nombreux acteurs impliqués...43

1.3.2 - Les passerelles entre procédures, la mise à disposition du public et le contenu des dossiers ...44

1.3.3 - L'articulation temporelle au sein du projet...47

1.4 - Synthèse ...49

2 - RETOURS D'EXPÉRIENCE SUR LA MISE EN ŒUVRE DES PROCÉDURES RELATIVES AUX MILIEUX NATURELS...51

2.1 - Quelle mise en pratique de la réglementation ?...51

2.2 - Méthodologie d'analyse des pratiques...52

2.3 - Témoignages sur les pratiques procédurales...53

2.3.1 - Un cadrage préalable non systématique...53

2.3.2 - Des points de blocage récurrents...54

2.3.3 - Moyens actuels utilisés pour pallier les difficultés soulevées...56

2.4 - Synthèse...57

3 - MISE EN REGARD DE LA RÉGLEMENTATION AVEC LES PRATIQUES DES PROCÉDURES...59

3.1 - Les points de blocage lors de l'application de la réglementation...59

3.2 - Des pistes pour améliorer la prise en compte de la biodiversité dans l'articulation des procédures...61

CONCLUSION...63

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ANNEXES...64

Annexe A- Glossaire...64

Annexe B- Questionnaire...65

Annexe C- Analyse des questionnaires...72

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Introduction

Évaluation environnementale et procédures relatives aux milieux naturels

A partir de 1992, l'expansion mondiale de la notion de « développement durable » via le Sommet de la terre de Rio, a dynamisé les mesures gouvernementales et locales en faveur de la protection de l'« environnement ». Notion large, l'« environnement » en- globe des composantes biophysiques et des composantes humaines, mais on retien- dra ici seulement la dimension écologique. Il est constitué des éléments naturels qui l'entourent, donc de l'ensemble des animaux et végétaux terrestres et marins, ainsi que de leurs écosystèmes. La protection de l'environnement vise, entres autres, la protection de ces ressources naturelles dont l'homme dépend.

Cette action de protection passe notamment par l’évaluation ex ante des incidences de l’homme et de ces projets, stratégies, politiques sur l’environnement afin de préparer une prise de décision, vérifier en continu la mise en œuvre de différentes actions au cours de leur réalisation, et apprécier a posteriori l’impact des réalisations.

Au niveau européen, l'Union européenne a introduit la démarche d’évaluation environnementale, dès les années 1980, avec une première application à certains projets publics ou privés puis ensuite aux documents stratégiques (directive 85/337/CEE abro- gée par la directive n°2011 /92/UE du 13 décembre 2011 puis la directive de 2001/42 du 27 juin 2001 sir les plans et programmes). La démarche d’évaluation environnementale doit permettre d’intégrer au mieux les préoccupations environnementales dans l’élaboration même de l’objet étudié à travers un processus itératif d’amélioration continue. Elle sert également d’outil d’aide à la décision pour le donneur d’ordre et d’outil de transparence vis-à-vis du grand public avec l’affichage des effets directs et indirects sur l'homme, la faune, la flore, le sol, l'eau, l'air, le climat, le paysage, les biens matériels et le patrimoine culturel, ainsi que l'interaction entre ces différents élé- ments.

Le dispositif réglementaire européen a également été progressivement complété pour protéger certains milieux naturels. La directive Oiseaux en 1979 puis la directive Habi- tat en 1992 ont notamment instauré un maillage de sites écologiques préservés et va- lorisés, nommé réseau Natura 2000, les procédures liées à la préservation de celui-ci, ainsi que la protection stricte des espèces au niveau européen. La directive cadre sur l’eau de 2000, fixe des objectifs de préservation de la ressource et des milieux aquatiques associés.

En France, la loi de 1976 sur la protection de la nature est le socle fondateur de la protection des milieux naturels. Elle impose notamment la réalisation d'une étude d'impact pour certains travaux ou projets d'aménagement qui constitue la formalisation régle- mentaire, pour les projets, de la démarche d’évaluation environnementale. L’étude d’impact comprend une analyse de l’état initial du site et de son environnement, la justification des différents choix réalisés, l’étude des effets du projet, ainsi que les mesures envisagées pour les supprimer, les réduire ou si possible les compenser.

Plus récemment, la Charte de l’environnement, puis le Grenelle de l’environnement, ont largement souligné l’importance de l’intégration des préoccupations environnementales dans les choix de développement et d’aménagement, autant pour limiter les impacts sur l'eau, que sur le sol, sur des habitats naturels ou sur des espèces spéci- fiques. Le Grenelle de l'environnement a également introduit la prise en compte de la

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biodiversité ordinaire (trame verte et bleue) et a largement renforcé la prise en compte de la démarche d’évaluation environnementale à travers notamment de profondes modifications réglementaires concernant les études d’impacts des projets et travaux d’aménagement.

L’ensemble de ces procédures, en lien avec les milieux naturels, concourent à un même objectif de préservation et de réparation des dommages causés de façon cohé- rente et complémentaire mais elles possèdent aussi des objectifs spécifiques. Aussi, leur mise en œuvre interroge de manière récurrente les porteurs de projet sur leur articulation, notamment au moment du dimensionnement des mesures d'évitement, de ré- duction et de compensation. C'est en partant de ce constat et afin de définir des préco- nisations dans leur articulation, que cette étude a été menée.

Contexte et but de l'étude

Comme indiqué précédemment, les porteurs de projet rencontrent régulièrement des difficultés à mettre en œuvre les procédures relatives aux milieux naturels. Par exemple, lorsqu'il s'agit d'analyser les enjeux « eau » dans les études d'impact (sous l'angle hydraulique, hydrologique et écologique), ces derniers peuvent rencontrer des difficultés à distinguer le degré de précision attendu entre l'étude d'impact et le dossier loi sur l'eau.

En effet, des recoupements peuvent exister entre procédures, alors comment appré- hender ces champs communs ? Quelle articulation est faite entre les mesures prévues au titre des diverses procédures ? Comment éviter les incohérences ?

De même, des discussions récurrentes ont lieu à propos de la temporalité de ces diverses procédures par rapport à celle d'un projet. Les porteurs de projet s'interrogent notamment sur l'articulation entre l'élaboration des mesures d'évitement, suppression et compensation, et le stade de conception et l'avancement du projet.

La présente étude, pilotée par le Commissariat Général au Développement Durable (CGDD), vise ainsi, à partir d'une analyse des différentes procédures, d'interviews et d'analyse de cas concrets, à donner des critères afin d'articuler au mieux les diffé- rentes procédures tout au long de son projet. Bien que les maîtres d'ouvrage soient les principaux destinataires de cette étude, celle-ci s'adresse aussi de manière indirecte aux services instructeurs des différentes procédures.

L'étude cible les procédures en lien avec les milieux naturels en amont et en continu du projet, à savoir :

– l'étude d'impact et les autorisations de projet incluant les mesures environnementales qui luis ont liées

– l'évaluation des incidences Natura 2000

– l'évaluation des incidences au titre de la loi sur l'eau – la demande de dérogation pour les espèces protégées – la demande d'autorisation pour le défrichement.

L'étude n'aborde pas les procédures a posteriori.

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Par ailleurs, l'étude se centre sur les infrastructures linéaires. Ces projets sont généra- lement complexes et abordent plus spécialement la question de la temporalité des pro- cédures dans le déroulé du projet. Elle aborde également la situation fréquente pour ce type de projets, en projets neufs, de la procédure de déclaration d'utilité publique (DUP). Cette complexité d'élaboration, la multiplicité des procédures rencontrées et les aires d'études parfois très larges pour ces projets les rendent particulièrement repré- sentatifs des questions à se poser et de l'articulation à trouver entre procédures relatives aux milieux naturels.

Ces projets sont parfois confrontés également à la procédure de l'aménagement fon- cier agricole et forestier (AFAF). Cette dernière sera toutefois écartée de l'étude car il s'agit alors plus exactement d'une mesure de compensation des impacts agricoles du projet qu'une procédure environnementale.

Méthodologie

La présente étude vise à établir un bilan et une première ébauche de pistes d'amélio- ration de l'articulation actuelle des procédures relatives aux milieux naturels. Pour me- ner à bien ce travail, celle-ci s'est déroulée en trois étapes.

1/ Décryptage des procédures et identification des recoupements entre elles Dans un premier temps, il s'agit de clarifier la théorie qui régit les procédures. Cette partie sera basée sur la lecture de la réglementation et de documents administratifs.

Ainsi, pour chacune sont relevés : – les textes fondateurs ;

– le champ d'application ;

– les services de l'État impliqués dans la procédure ; – le déroulement simplifié de la procédure ;

– concernant les mesures d'évitement, réduction ou compensation liées à la procé- dure : le niveau de précision de leur définition, l'inscription des mesures dans la déci- sion, leur suivi et contrôle.

A partir de ce décryptage, une analyse de leur articulation réglementaire est effectuée par comparaisons et recoupements.

2/ État des lieux des pratiques actuelles, notamment en vue d'identifier des points de blocage et des pratiques exemplaires

Parallèlement à cette analyse théorique, un questionnaire à destination des porteurs de projet et des services de l'État impliqués dans l'instruction des différentes procé- dures a permis de cerner leurs pratiques. Cette méthodologie permet d'identifier les pratiques actuelles et les principales difficultés rencontrées dans la mise en œuvre des procédures, ainsi que les moyens développés par les différents acteurs pour pallier ces difficultés.

3/ Synthèse de la situation actuelle

Enfin, la dernière partie met en exergue les divergences et points de recoupements concernant la prise en compte des milieux naturels dans l'ensemble des procédures d'un projet, d'un point de vue réglementaire et pratique. Elle donne également des pre- mières pistes pour une meilleure articulation de ces procédures.

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A l'issue de cette première étude, une deuxième phase est d'ores et déjà envisagée afin d'approfondir le volet recommandation par grand type d'infrastructures. Elle s'ap- puiera pour cela sur une analyse de cas d'infrastructures linéaires existantes pour lesquels l'articulation des procédures sera analysée plus finement au vu du contexte global.

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1 - Décryptage des procédures relatives aux milieux naturels dans les textes réglementaires

1.1 - Identification des procédures relatives aux milieux naturels

Afin de comprendre l'articulation des procédures sur le plan réglementaire, chaque procédure sera d'abord décryptée, grâce à une lecture organisée du code de l'environnement et du code forestier.

Lorsque nécessaire, le contenu de certaines circulaires et autres documents administratifs, a été analysé afin de compléter les informations strictement réglementaires et transmettre au mieux la théorie des procédures.

D'abord, soulignons que les objectifs de chaque procédure sont globalement sem- blables : il s'agit pour chacune d'entre elles d'évaluer les incidences du projet sur l'environnement selon le champ particulier de la procédure, puis de définir les mesures envisagées par le maître d'ouvrage ou le pétitionnaire pour supprimer, réduire, ou compenser les conséquences dommageables du projet.

Les différences et complémentarités entre procédures portent alors sur : le type de milieu naturel concerné, les acteurs impliqués, le mode de validation, le déroulement de la procédure, et les exigences liées aux mesures de suppression, réduction ou compensation.

1.1.1 - L'étude d'impact

L'étude d'impact permet la prise en compte des enjeux environnementaux via un processus itératif intégré à la conception même des projets. Contrairement aux autres procédures qui ont des approches centrées sur des milieux (Natura 2000, milieu aquatique, …) et des autorisations spécifiques, l'étude d'impact permet une approche globale, avant la déclaration d'utilité publique (ou la déclaration de projet) des projets.

Elle sensibilise et responsabilise le décideur en l'informant des conséquences prévi- sibles du projet sur l'environnement. Elle l'engage également sur les choix opérés et les mesures à mettre en regard des impacts environnementaux.

Enfin, elle permet une plus grande transparence vis-à-vis du grand public en l'informant sur les modifications de son cadre de vie et sur les conséquences globales du projet sur l'environnement.

Les textes fondateurs

Directives européennes :

• Directive n°85/337/CEE du 27 juin 1985 concernant l'évaluation des incidences de certains projets publics et privés sur l'environnement, complétée trois fois :

• Directive n°97/11/CE du 3 mars 1997 : exige des États membres qu’ils évaluent les incidences importantes de certains projets publics et privés sur l’environnement. L’annexe I liste les types de projets en matière de

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transports pour lesquels l'évaluation est obligatoire. La nécessité d’une évaluation des incidences sur l’environnement pour les projets énumérés dans l’annexe II peut être déterminée au cas par cas ou par l’adoption de critères définissant certains seuils, ou par une combinaison des deux méthodes.

• Directive n°2003/35/CE du 26 mai 2003 : modifie la directive n°85/337/CEE en ce qui concerne la participation du public et l'accès à la justice.

• Directive n°2009/31/CE du 23 avril 2009 : modification des annexes pour inclure les projets de stockage et de transfert du dioxyde de carbone.

▪ Directive n°2011/92/EU du 13 décembre 2011 Textes nationaux :

• Loi n°76-629 du 10 juillet 1976 relative à la protection de la nature

• Loi n°96-1236 du 30 décembre 1996 sur l’air et l’utilisation rationnelle de l’éner- gie

• Loi n°2005-1319 du 26 octobre 2005 portant diverses dispositions d'adaptation au droit communautaire dans le domaine de l'environnement

• Décret n°77-1141 du 12 octobre 1977 relatif aux études d’impact, modifié par le décret n°93-245 du 25 février 1993 relatif aux études d'impact et au champ d'application des enquêtes publiques. Ce décret affine notamment le dossier d'étude d'impact.

• Décret n°2003-767 du 1er août 2003 modifiant le décret n°77-1141, notamment sur les aspects « santé » et « cadrage préalable »

• Décret n°2009-496 du 30 avril 2009 relatif à l'autorité administrative de l'État compétente en matière d'environnement

• Décret n°2011-2019 du 29 décembre 2011 portant reforme des études impact des projets de travaux, ouvrages ou d'aménagements (entrée en vigueur au 1er juin 2012)

Articles dans le code de l'environnement :

• Articles L.122-1 à L.122-3.

• Articles R.122-1 à R.122-15.

Milieux naturels concernés :

Les textes nationaux ne détaillent pas les types de milieux naturels à étudier spécifi- quement, puisque toutes les thématiques environnementales sont concernées. L'ensemble des espèces présentes et de leurs habitats, le fonctionnement des milieux et leurs interactions (fonctionnalité écologique) sont donc à étudier et peuvent bénéficier de mesures d'évitement, réduction ou compensation.

L'article 3 de la directive européenne n°85/337/CEE détaille les facteurs considérés comme composantes de l'environnement. Pour les milieux naturels sont ainsi cités : la flore, la faune, l'eau, le sol, et l'interaction entre les facteurs visés.

L'annexe III de la directive indique par ailleurs la nécessité d'interroger les notions de sensibilité environnementale : richesse relative, qualité et capacité de régénération des ressources naturelles, capacité de charge de l'environnement naturel avec une attention particulière sur un ensemble de milieux.

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Services impliqués dans la procédure :

▪ La formation d'autorité environnementale du Conseil général de l'environnement et du développement durable (CGEDD) en tant qu'Autorité environnementale (AE) des projets élaborés ou autorisés par le Ministre en charge de l'environnement.

• Le Commissariat général au développement durable (CGDD), par délégation du ministre en charge de l'environnement, en tant qu'autorité environnementale des projets nationaux hors champs de ce même ministère ; pour contribution aux avis de la formation d'Ae CGEDD; et pour la consultation inter-administrative au niveau central.

• La Direction Régionale de l'Environnement, de l'Aménagement et du Logement (DREAL), par délégation du préfet de région, pour avis de l'autorité environnementale sur des projets locaux ; pour contribution régionale (plusieurs services) aux autorités environnementales ; pour la consultation inter-administrative au niveau régional ; et pour la contribution à l'intégration de l'environnement dans l'élaboration du projet.

• La Direction des Territoires et de la Mer (DDTM), sous couvert du préfet de département, pour la contribution départementale aux avis de l'autorité environnementale (plusieurs services) et pour la contribution à l'intégration de l'environnement dans l'élaboration du projet.

• Le ministre chargé de la santé est consulté lorsque l'autorité administrative de l'Etat compétente en matière d'environnement est la formation d'autorité environnementale du Conseil général de l'environnement et du développement durable. Dans les autres cas, le directeur général de l'agence régionale de santé est consulté.

• Les autres directions d’administration centrale du ministère de l'écologie et autres services de l'État sur demande de l'autorité environnementale.

• L'autorité décisionnelle, qui délivre l'autorisation à réaliser le projet, prend notamment en considération l'étude d'impact, l'avis de l'autorité administrative de l'Etat compétente en matière d'environnement. Elle est responsable de la vérification de la complétude du dossier avant saisine de l'autorité compétente en matière d'environnement.

Déroulement de la procédure :

1) Analyse de l'application du projet à l'étude d'impact (le « screening ») Art. L.122-1 CE

La première étape consiste à étudier si le projet est soumis ou non à étude d'impact.

Précédemment, un seuil financier global et une liste de dispense cadraient l'application de la procédure.

Avec la réforme des études d'impact entrée en vigueur en juin 2012, ce seuil financier a évolué vers des critères techniques par type de projet. Par ailleurs, est introduit dans le droit français l'examen au cas par cas, c'est à dire l'étude du contexte particulier de chaque projet dans certaines conditions (annexe art.R.122-2 CE).

« Les projets de travaux, d'ouvrages ou d'aménagements publics et privés qui, par leur nature, leurs dimensions ou leur localisation sont susceptibles d'avoir des incidences notables sur l'environnement ou la santé humaine sont précédés d'une étude d'impact.

Ces projets sont soumis à étude d'impact en fonction de critères et de seuils définis par voie réglementaire et, pour certains d'entre eux, après un examen au cas par cas

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effectué par l'autorité administrative de l'Etat compétente en matière d'environnement.

Pour la fixation de ces critères et seuils et pour la détermination des projets relevant d'un examen au cas par cas, il est tenu compte des données mentionnées à l'annexe III à la directive 85/337/CEE du Conseil du 27 juin 1985 concernant l'évaluation des incidences de certains projets publics et privés sur l'environnement. »

2) Cadrage préalable du maître d'ouvrage (le « scoping ») Art. L122-1-2 CE

S'il le souhaite et en tant que de besoin, le maitre d'ouvrage (MOA) peut interroger l'autorité compétente pour approuver le projet sur l'importance des différents enjeux environnementaux à prendre en compte, l'aire d'étude souhaitable ou encore le degré de précision attendu dans l'étude d'impact. Ces informations visent à cadrer ensuite les études nécessaires à la constitution de l'étude d'impact (via les cahiers des charges par exemple).

3) Réalisation de l'étude d'impact Art. L122-3 CE

Les études environnementales nécessaires à la réalisation de l'étude d'impact sont de la responsabilité du maître d'ouvrage du projet.

Ces études alimentent la conception du projet au fur et à mesure de son élaboration grâce à l'identification progressive des enjeux environnementaux. Cette démarche itérative d'élaboration du projet, notamment au regard des enjeux environnementaux, est ensuite synthétisée dans le rapport d'étude d'impact.

Ce rapport de synthèse comprend : - un état initial complet du site ;

- une analyse des effets directs et indirects, temporaires et permanents du projet sur l'environnement ;

- les raisons pour lesquelles, notamment du point de vue des préoccupations d'environnement, le projet a été retenu ;

- les mesures envisagées pour supprimer, réduire et, si possible, compenser les conséquences dommageables du projet sur l'environnement ;

- une analyse des méthodes utilisées.

La loi Grenelle 2 introduit également une présentation des modalités de suivi de ces mesures et leurs effets sur l'environnement ou la santé humaine dans le contenu des études d'impacts (cf. paragraphe suivant « Concernant les mesures d'évitement, réduction et compensation »).

Pour une infrastructure linéaire de transport, il s'agit de justifier le parti d'aménagement retenu, les différents choix de variantes et les choix techniques. Pour ce type de projet, l'étude d'impact comprend, en outre, l'analyse des coûts collectifs des pollutions et nuisances et des avantages induits pour la collectivité ainsi qu'une évaluation des consommations énergétiques résultant de l'exploitation.

La circulaire du 5 octobre 2004, relative à la concertation applicable aux projets de travaux, d’aménagements et d’ouvrages de l'État et des collectivités territoriales, pré- cise la collaboration entre les services à compétence environnementale et les maîtres d'ouvrages pour une bonne intégration des questions environnementales tout au long de l'élaboration des projets (consultation inter-administrative : CIA).

La CIA consiste en des points d'arrêts avec les services de l'environnement pour les grandes phases de décision de façon à intégrer au mieux et le plus en amont possible les préoccupations environnementales.

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4) Instruction et consultation Art. L122-1-1, L122-3 et R.122-13 CE

Le décret n°2009-496 du 30 avril 2009 définit l’autorité administrative de l'État compétente en matière d’environnement mentionnée à l’article L. 122-1. Cette au- torité est chargée de rédiger un avis simple rendu public sur l'étude d'impact et sur la prise en compte de l'environnement dans le projet. Cet avis a pour objectif de conseiller et communiquer des recommandations au public et aux décideurs.

L'autorité environnementale (Préfet de région (DREAL), Ministre en charge de l'environnement (CGDD) ou formation ad hoc du CGEDD) vérifie la complétude et la qualité de l'étude d'impact. Elle contrôle le contenu et les engagements pris par le porteur du projet pour supprimer, réduire et si possible compenser les impacts dommageables. Elle juge également de la prise en compte de l'environnement dans le projet. Elle peut pour cela consulter des services environnementaux afin de bénéficier d'expertises. La circulaire du 3 septembre 2009 relative à la préparation de l’avis de l’autorité environnementale détaille les interactions entre les services et les différentes modalités d'instructions.

L'avis de l'autorité environnementale est porté à la connaissance du public lors de la procédure de consultation et de participation du public. Dans le cas où l'autorité environnementale n'aurait pas répondu dans les trois mois (pour l'AE CGEDD et AE CGDD) ou deux mois (préfet de région) suite à son accusé de réception, l'avis est ré- puté sans observation.

L'étude d'impact et l'avis de l'autorité environnementale sont joints au dossier d'autorisation du projet afin d'éclairer le décideur et le public sur les enjeux et la prise en compte de l'environnement dans le projet. L'autorité chargée d'autoriser le projet, liée au niveau d'autorisation dudit projet, approuve l'ensemble des éléments du projet dont l'étude d'impact.

5) Autorisation

Art. L122-1 IV CE et R122-14 CE

L'étude d'impact ne fait pas l'objet d'une autorisation spécifique mais est rattachée à la demande d'autorisation du projet. L'avis de l'autorité environnementale est un avis simple et donc non bloquant dans le cadre de l'autorisation du projet du dossier. L'avis de l'autorité environnementale ne préjuge pas de l'avis final d'autorisation du projet.

Dans le cas des infrastructures linéaires donnant lieu à une déclaration d'utilité publique (DUP), le contenu de l'étude d'impact est visé dans le décret ou l'arrêté de DUP. Ainsi, la décision de l'autorité compétente autorisant la réalisation du projet prend en considération l'étude d'impact, l'avis de l'autorité administrative de l'État compétente en matière d'environnement et le résultat de la consultation du public.

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CETE de Lyon

NB : L'étape non teintée est facultative.

Concernant les mesures d'évitement, réduction et compensation : Niveau de précision

Les mesures envisagées par le maître de l'ouvrage ou le pétitionnaire pour supprimer, réduire et, si possible, compenser les conséquences dommageables du projet sur l'environnement et la santé, ainsi que l'estimation des dépenses correspondantes, doivent être « en relation avec l'importance » des travaux et aménagements projetés, ainsi qu'avec leurs incidences prévisibles sur l'environnement. (Art. R.122-3 CE) Les informations doivent donc être, pour l'ensemble des thématiques, d'un niveau de précision suffisant pour permettre la qualification et la quantification des mesures et permettre au décideur d'autoriser ou non le projet au vu notamment de ses conséquences environnementales.

Notons que l'autorité environnementale peut donner des critères de précision concernant le contenu de l'étude d'impact au niveau du cadrage préalable (cf.

déroulement de la procédure).

« Si le maître d'ouvrage le requiert avant de présenter une demande d'autorisation, Autorisation de projet

Porter à connaissance du public Avis de l'autorité environnementale Constitution et dépôt du dossier de l'étude d'impact

Cadrage préalable ETUDE D'IMPACT

Études spécifiques

d'environnement Élaboration du projet Projet soumis à

étude d'impact?

Systématique – cas par cas

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l'autorité compétente pour prendre la décision rend un avis sur le degré de précision des informations à fournir dans l'étude d'impact. » (Art. L.122-1-2 CE).

Inscription des mesures dans la décision

Comme indiqué précédemment, l'article R.122-3 du code de l'environnement demande la présence dans l'étude d'impact « des mesures pour supprimer, réduire et, si possible, compenser les conséquences dommageables du projet sur l'environnement et la santé, ainsi que l'estimation des dépenses correspondantes ». La présence de ces mesures fait partie de la complétude du dossier.

L'étude d'impact, dans son intégralité, est ensuite visée dans le cadre de l'autorisation du projet. La réalisation de ce dernier est donc assujettie à la réalisation de l'ensemble des éléments de l'étude d'impact, y compris les mesures d'évitement, de réduction ou de compensation.

Afin de renforcer le caractère obligatoire des mesures d'évitement, réduction et compensation, la loi Grenelle 2 a inséré dans le code de l'environnement un texte visant à intégrer ces mesures au sein même de l'acte d'autorisation : « cette décision [d'autorisation] fixe les mesures à la charge du pétitionnaire ou du maître d'ouvrage destinées à éviter, réduire et, lorsque c'est possible, compenser les effets négatifs notables du projet sur l'environnement ou la santé humaine ainsi que les modalités de leur suivi. » (Art. L.122-1 IV CE).

Notons que la possibilité d'intégrer à la DUP des prescriptions pour réduire ou compenser des impacts néfastes sur l'environnement existe déjà : « Dans les cas où les atteintes à l'environnement ou au patrimoine culturel que risque de provoquer un projet de travaux, d'ouvrages ou d'aménagements le justifient, la déclaration d'utilité publique peut comporter les mesures prévues à l'article L. 122-1 du code de l'environnement ». (Art. L.23-2 du code de l'expropriation)

Suivi et contrôle des mesures

Le MOA est responsable de l'étude d'impact et de l'ensemble des mesures y figurant.

Il a des obligations de moyens et/ou de résultats pour éviter, réduire ou compenser les impacts sur l'environnement du projet. Le suivi des mesures est un élément pouvant figurer dans l'étude d'impact mais certaines infrastructures de transport sont actuellement soumises à l'obligation de rendre compte des impacts effectifs du projet et de la mise en œuvre concrète des mesures sur l'environnement à travers le bilan LOTI (Loi d'orientation des transports intérieurs).

L'article 230 de la loi Grenelle 2 introduit la nécessité d'insérer, dans le contenu de l'étude d'impact, les principales modalités de suivi de ces mesures et du suivi de leurs effets sur l'environnement ou la santé humaine : « le contenu de l'étude d'impact, comprend […] une présentation des principales modalités de suivi de ces mesures et du suivi de leurs effets sur l'environnement ou la santé humaine. » (Art. L.122-3 CE) Par ailleurs, la loi Grenelle 2 a créé l'article L.122-1 IV CE déjà cité précédemment, qui oblige à ce que soient fixées, dans la décision d'autorisation du projet, les modalités de suivi des mesures.

Enfin, de nouveaux articles du code de l'environnement (Art. L122- 3-1 à 5 CE) détaillent certaines modalités de contrôle et de suivi des mesures. Par exemple, des sanctions administratives en cas de non-exécution des mesures destinées à éviter, réduire et si possible compenser les effets négatifs importants du projet sur l’environnement sont prévues dans ces articles.

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1.1.2 - L'évaluation des incidences Natura 2000

Sur la base des Directives européennes « Oiseaux » et « Habitats », s'est créé en Eu- rope d'abord un inventaire des sites d'intérêt ornithologiques puis s'est structuré un vé- ritable maillage de sites écologiques préservés et valorisés, nommé réseau « Natura 2000 ». Par ce système d'envergure européenne, la cohérence de la préservation certaines espèces et habitats naturels est recherchée.

Les sites Natura 2000 font l'objet de mesures destinées à conserver ou à rétablir dans un état favorable à leur maintien à long terme les habitats naturels et les populations des espèces de faune et de flore sauvages qui ont justifié leurs délimitations. Ceci fait l'objet d'un engagement de chaque pays de l'union, et d'un suivi régulier de la Com- mission Européenne.

Une évaluation des incidences au regard des objectifs de conservation d'un site Natu- ra 2000 est exigée pour les « documents de planification qui [encadrent] la réalisation d'activités, de travaux, d'aménagements, d'ouvrages ou d'installations ; les pro- grammes ou projets d'activités, de travaux, d'aménagements, d'ouvrages ou d'installa- tions ; les manifestations et interventions dans le milieu naturel ou le paysage » lors- qu'ils sont susceptibles d'affecter de manière significative le site (Art. L.414-4 CE).

Les textes fondateurs :

Directives européennes

• Directive Oiseaux n°79/409/CEE du Conseil du 2 avril 1979 relative la conservation des oiseaux sauvages abrogée par la directive n°2009/147/CEE du 30 novembre 2009.

• Directive Habitats n°92/43/CEE du 21 mai 1992 relative à la conservation des habitats naturels ainsi que la faune et la flore sauvages

Textes nationaux :

• Loi DTR (loi n°2005-157 du 23 février 2005 relative au Développement des Terri- toires Ruraux) concernant Natura 2000

• Loi n°2008-757 du 1er août 2008 relative à la responsabilité environnementale et à diverses dispositions d'adaptation au droit communautaire dans le domaine de l'environnement. Cette loi définit un régime propre d'évaluation aux études d'incidences Natura 2000.

• Décret n°2010-365 du 9 avril 2010 relatif à l'évaluation des incidences Natura 2000 : tout projet, qu'il soit dans ou hors site Natura 2000¹, fait désormais l'objet d'une étude des incidences Natura 2000. Le décret liste l'ensemble des documents de planification, les programmes ou projets d'activités, de travaux, d'amé- nagements, d'ouvrages ou d'installations, encadrés par ailleurs par une autre lé- gislation, qui doivent faire l'objet d'une évaluation de leurs incidences au regard des objectifs de conservation du site, dite « évaluation des incidences Natura 2000 » (Art. L.414-4 CE). Cette liste nationale est complétée par des listes locales établies par les préfets de département.

• Décret n°2011-966 du 16 août 2011 relatif au régime d'autorisation administrative propre à Natura 2000

• Circulaire du 15 avril 2010

• Circulaire du 26 décembre 2011 Articles dans le code de l'environnement :

• Articles L.414-4 à L.414-7.

• Articles R.414-19 à R.414-29.

1 La désignation de sites en Natura 2000 fait l'objet d'une procédure cadrée par les articles L.414-1 et R.414-3 à R.414-7 (CE).

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Les milieux naturels concernés sont les habitats naturels ou espèces issues de l'annexe I de la directive « Oiseaux » et de l'annexe II de la directive « Habitat » ayant justifié la désignation du site (espèces listées dans le document d'objectif du site). Le périmètre du site Natura 2000 est délimité dans le document d'objectif (DOCOB).

Dans le cadre d'incidences potentielles sur le site, il s'agit d'évaluer les impacts directs ou indirects que pourraient subir les espèces ou les milieux concernés au sein de cette zone géographique, et d'assurer la pérennité des sites Natura 2000.

Services impliqués dans la procédure :

• Commission européenne pour avis ou pour information en cas d'incidence significative.

• L'autorité compétente pour autoriser le projet (qui est autorité compétente pour instruire l'étude d'incidences Natura 2000). La consultation des services

« biodiversité » des DREAL et DDT dépendent des modalités d'organisations des services. Peuvent être consultés lors de cette procédure :Direction de l'Eau et de la Biodiversité (DEB) de la Direction Générale de l'Aménagement, du Logement et de la Nature (DGALN) / en tant qu'autorité compétente pour les projets dont l'autorisation est pris à un niveau national.

◦ DREAL en tant qu'autorité compétente pour les projets locaux et pour avis sur les projets dont l'autorisation est pris à un niveau national.

◦ DDT(M) en tant qu'autorité compétente pour les projets locaux (selon organisation régionale) ou pour avis local sur les projets.

• Les services impliqués pour avis de l'autorité environnementale sur le dossier d'étude d'impact dans le cas où le dossier d'évaluation des incidences Natura 2000 est joint à l'étude d'impact.

Déroulement de la procédure :

1) Dossier d'évaluation des incidences Natura 2000 Art. R414-23 CE et Art. R.414-21 CE

Le dossier est « établi par le maître d'ouvrage ou le pétitionnaire » dans le cadre d'un projet.

Il peut être soit présenté dans un dossier à part, soit intégré de façon facilement localisable dans les études plus globales (étude d'impact ou dossier loi sur l'eau par exemple).

«Toute personne souhaitant élaborer un document de planification, réaliser un pro- gramme ou un projet, organiser une manifestation ou procéder à une intervention mentionnée à l'article R. 414-19 ou figurant sur une liste locale mentionnée au 2° du III de l'article L. 414-4 accompagne son dossier de présentation du document de pla- nification, sa demande d'autorisation ou d'approbation ou sa déclaration du dossier d'évaluation des incidences Natura 2000 mentionné à l'article R. 414-23. » (Art. R.

414-2 CE)

Ainsi dans tous les cas, un projet d'infrastructure linéaire fera l'objet d'un dossier d'évaluation des incidences Natura 2000. En cas d'absence d'incidence avérée et dé- montrée, le dossier peut être simple et court et par exemple directement intégré aux parties dédiées aux milieux naturels des études d'impacts et des documents d'incidences loi sur l'eau.

« Cette évaluation est proportionnée à l'importance du document ou de l'opération et aux enjeux de conservation des habitats et des espèces en présence. » (Art. R.414-

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23 CE)

« Le contenu de ce dossier peut se limiter à la présentation et à l'exposé définis au R.414-26-I de cet article, dès lors que cette première analyse permet de conclure à l'absence d'incidence sur tout site Natura 2000. » (Art. R.414-21 CE)

Si les objectifs de conservation d'un ou de plusieurs sites Natura 2000 sont affectés, le pétitionnaire réalise des études supplémentaires et présente une étude des incidences au titre de Natura 2000 structurée et détaillant l'état de conservation actuel, les impacts sur le site ainsi que les mesures de suppression ou de réduction des impacts négatifs. En cas d'impacts résiduels significatifs, le dossier comporte en outre la justification de l'absence de solution de moindre impacts, les « raisons impératives d'intérêt public majeur », et des mesures visant à compenser ces impacts résiduels significatifs dommageables.

2) Instruction Art. L414-4 CE

Les services de l'État compétents sont sollicités pour émettre leurs remarques concernant le dossier à l'autorité décisionnelle. Lorsque des impacts résiduels significatifs sont avérés, l'autorité administrative doit étudier les trois conditions dérogatoires évo- quées précédemment permettant d'autoriser l'impact et prendre position sur le respect de ces conditions.

L'État transmet alors le dossier d'évaluation des incidences pour information ou pour avis (dans le cas d'espèces ou milieux prioritaires) à la Commission européenne.

Dans le cas d'une transmission pour avis à la Commission européenne, le processus de validation du projet est bloqué dans l'attente de la réponse.

En cas d'impacts résiduels significatifs n'entrant pas dans les critères dérogatoires ci- tés ci-dessus, le projet ne peut être autorisé.

Les études d'incidences Natura 2000 doivent être portées à la connaissance du public (par exemple lors de l'enquête préalable à la DUP).

R 414-22 : « L'évaluation environnementale, l'étude d'impact ou la notice d'impact ain- si que le document d'incidences mentionnés respectivement au 1°, 3° et 4° du I de l'article R. 414-19 tiennent lieu de dossier d'évaluation des incidences Natura 2000 s'ils satisfont aux prescriptions de l'article R. 414-23. » Dans ces cas, l'instruction du dossier d'incidences Natura 2000 passe aussi par l'instruction du dossier auquel il est rattaché.

3) Autorisation

« Le dossier d'évaluation est joint à la demande d'autorisation ou d'approbation du programme ou du projet et, le cas échéant, au dossier soumis à l'enquête publique » (Art. R.414-23 CE). L’État français est garant, devant la Commission européenne, du maintien du réseau Natura 2000. Ainsi, l'État est implicitement engagé sur toutes les conclusions de l'étude d'incidences présentées dès lors qu'il autorise leur publication dans le cadre d'une enquête publique ou d'une information du public.

En cas d'impacts résiduels significatifs entrant dans le cadre dérogatoire, l'État s'engage sur la mise en place des mesures permettant le maintien de l'efficience du ré- seau Natura 2000.

En cas d'impacts résiduels significatifs n'entrant pas dans les cas dérogatoires, le projet ne peut être autorisé.

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Source : MEDDTL

Concernant les mesures d'évitement, réduction et compensationEVALUATION DES INCIDENCES NATURA 2000 :

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Concernant les mesures d’évitement, réduction et compensation Niveau de précision

« L’évaluation est proportionnée à l’importance de l'opération et aux enjeux de conservation des habitats et des espèces en présence. » (Art. R.414-23 CE)

Ainsi, la précision du diagnostic (état initial), l'évaluation des impacts et l’importance des mesures doivent être adaptées aux objectifs de conservation des habitats naturels et des espèces d’intérêt communautaire et proportionnées à l'ampleur du projet.

Concernant les mesures d'évitement et de réduction des effets dommageables, elles feront l'objet d'un exposé dans le dossier d'incidences :

« S'il résulte de l'analyse mentionnée au II que le document de planification, ou le programme, projet, manifestation ou intervention peut avoir des effets significatifs dommageables, pendant ou après sa réalisation ou pendant la durée de la validité du document de planification, sur l'état de conservation des habitats naturels et des espèces qui ont justifié la désignation du ou des sites, le dossier comprend un exposé des mesures qui seront prises pour supprimer ou réduire ces effets dommageables. » (Art. R.414-23 III CE)

Concernant les mesures de compensation, lorsqu'elles existent, le dossier d'évaluation doit en décrire plusieurs aspects :

« 2° La description des mesures envisagées pour compenser les effets dommageables que les mesures prévues au III ci-dessus ne peuvent supprimer. Les mesures compensatoires permettent une compensation efficace et proportionnée au regard de l'atteinte portée aux objectifs de conservation du ou des sites Natura 2000 concernés et du maintien de la cohérence globale du réseau Natura 2000. Ces mesures compensatoires sont mises en place selon un calendrier permettant d'assurer une continuité dans les capacités du réseau Natura 2000 à assurer la conservation des habitats naturels et des espèces. Lorsque ces mesures compensatoires sont fractionnées dans le temps et dans l'espace, elles résultent d'une approche d'ensemble, permettant d'assurer cette continuité ;

3° L'estimation des dépenses correspondantes et les modalités de prise en charge des mesures compensatoires, qui sont assumées, pour les documents de planification, par l'autorité chargée de leur approbation, pour les programmes, projets et interventions, par le maître d'ouvrage ou le pétitionnaire bénéficiaire, pour les manifestations, par l'organisateur bénéficiaire. » (Art. R.414-23 IV CE)

« Le dossier d'évaluation est joint à la demande d'autorisation ou d'approbation du programme ou du projet et, le cas échéant, au dossier soumis à l'enquête publique » (Art. R.414-23 CE). Les mesures y figurant sont soumises aux mêmes possibilités que les mesures de l'étude d'impact ou d'incidences au titre de la loi sur l'eau (cf paragraphe relatif à ces procédures). De plus, l'autorité compétente pour instruire le dossier d'incidence est l'autorité compétente pour autoriser le projet. En autorisant le projet, elle valide le fait que le dossier remplit les conditions relatives à cette procédure.

Comme pour les autres procédures relatives à l'environnement, les mesures d'évitement, de suppression et de compensation des impacts du projet établies dans le dossier sont à insérer dans l'autorisation.

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Application et suivi des mesures

L'article L.414-5 du code de l'environnement met en place un système de sanctions administratives en cas de non-respect du régime d'évaluation des incidences.

Les dispositions de l'ordonnance n° 2012-34 du 11 janvier 2012 portant simplification, réforme et harmonisation des dispositions de police administrative et de police judiciaire du code de l'environnement (entrant en vigueur au 1er juillet 2012) précise les modalités d'application du contrôle et suivi des mesures.

« Lorsqu'un programme ou projet d'activités, de travaux, d'aménagements, d'ouvrages ou d'installations ou lorsqu'une manifestation ou une intervention entrant dans les prévisions de l'article L. 414-4 est réalisé sans évaluation préalable, sans l'accord requis ou en méconnaissance de l'accord délivré, l'autorité de l'État compétente met l'intéressé en demeure d'arrêter immédiatement l'opération et de remettre, dans un délai qu'elle fixe, le site dans son état antérieur. » (Art. L.414-5 CE) La suite de l'article cité ci-dessus explicite les frais financiers que l'intéressé devra débourser s'il n'a obtempéré au bout d'un certain délai. Dans ce cas, l'autorité administrative doit faire procéder d'office, aux frais de l'intéressé, à la remise en état du site.

1.1.3 - L'évaluation des incidences au titre de la loi sur l'eau

La Loi sur l’eau de 1992 modifie profondément les principes de gestion de l’eau en France, et améliore la prise en compte des milieux aquatiques. Elle introduit notamment l'objectif pour la nation de tendre vers une « gestion équilibrée et durable de la ressource en eau » pour assurer la préservation des milieux aquatiques et des es- pèces dépendantes à ceux-ci.

C'est sur cette base réglementaire que la procédure d'évaluation des incidences se définit. Cette dernière vise alors à limiter les dangers que les projets présentent « sur la ressource en eau et les écosystèmes aquatiques compte tenu notamment de l'exis- tence des zones et périmètres institués pour la protection de l'eau et des milieux aqua- tiques. » (Art. L.214-2 CE)

Directives européennes

• Directive Cadre sur l'Eau 2000/60/CE du 23 octobre 2000, établit un cadre pour une politique communautaire dans le domaine de l'eau. Elle demande notamment l'atteinte du bon état des eaux en 2015.

Textes nationaux :

• Loi n°92-3 du 3 janvier 1992 relative à l'eau.

• Loi n°2003-699 du 30 juillet 2003 relative à la prévention des risques technolo- giques et naturels.

• Loi n°2004-238 du 21 avril 2004, transcription dans le droit français de la Direc- tive DCE.

• Loi sur l'eau et les milieux aquatiques n°2006-1772 du 30 décembre 2006 (ré- forme de la nomenclature des opérations soumises à déclaration et autorisation).

• Décret n°93-742 du 29 mars 1993 relatif aux procédures d'autorisation et de dé- claration prévues par l'article 10 de la loi n° 92-3 du 3 janvier 1992

• Décret n°93-743 du 29 mars 1993, modifié par le décret n°2006-881 du 17 juillet 2006, définit la nomenclature des opérations soumises à déclaration et autorisation. La nomenclature constitue une grille de lecture à multiples entrées du ré-

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gime de police auquel est soumise une opération. De ce fait, un même projet peut relever de plusieurs rubriques. S’il se trouve soumis à des rubriques relevant du régime d’autorisation et de régime de la déclaration, il faudra retenir le plus restrictif qui est donc l’autorisation.

• Ordonnance n°2005-805 du 18 juillet 2005 portant simplification, harmonisation et adaptation des polices de l'eau et des milieux aquatiques, de la pêche et de l'im- mersion des déchets simplification des polices de l'eau et du milieu aquatique.

• Articles L.211-1 à L.211-14, L.214-1 à L.214-6, L.216-1 à L.216-2

• Articles R.214-1 à R.214-56

• Dans le code d'expropriation (pour la procédure d'enquête publique) : articles R.11-1 à R.11-4.

Un document d'incidences au titre de la loi sur l'eau est nécessaire pour les Installa- tions, Ouvrages, Travaux et Aménagements (IOTA) impactant les milieux aquatiques lorsqu'au moins un de ses impacts figure dans la nomenclature « eau » (Art. R. 214-1 annexes, CE). Cette nomenclature recense par ailleurs les milieux naturels faisant l'objet de la procédure. Cette liste est relativement précise dans l'explicitation des milieux concernés, et croise d'ailleurs les termes utilisés dans l'article L.211-1 CE qui définit les milieux à préserver au titre de la préservation de la ressource en eau : « écosys- tèmes aquatiques », « sites et des zones humides », « eaux superficielles, souter- raines ou des eaux de la mer dans la limite des eaux territoriales », « continuité écolo- gique », « vie biologique du milieu récepteur, et spécialement de la faune piscicole et conchylicole ». Ces éléments donnent une vision extensive du terme « milieu aqua- tique », non limitée au strict cours d'eau et à la faune piscicole.

Par contre, les articles L.214-1 CE et suivants, concernant le régime d'autorisation ou de déclaration, sont plus limitatifs: « Sont soumis aux dispositions des articles L.214-2 à L.214-6 les installations [...] entraînant une modification du niveau ou du mode d'écoulement des eaux, la destruction de frayères, de zones de croissance ou d'ali- mentation de la faune piscicole ou des déversements, écoulements, rejets ou dépôts directs ou indirects, chroniques ou épisodiques, même non polluants. » (Art. L.214-1 CE)

Sont soumis à autorisation les IOTA « susceptibles de[...]porter gravement atteinte à la qualité ou à la diversité du milieu aquatique notamment au peuplement piscicole. » (Art. L 214-3 CE)

Les services de l'État impliqués dans la procédure

- La « police de l'eau » pour l'instruction, le suivi et la révision des dossiers. Ce rôle peut être assuré par divers services. La MISE, Mission Inter-Services de l'Eau, re- groupe l’ensemble des services de l'État et des établissements publics du départe- ment qui interviennent directement dans le domaine de l’eau (ONEMA, DDEA, DREAL, Agences de l'eau...). Elle coordonne les interventions de police et de gestion des eaux. La gendarmerie et les maires sont compétents pour constater les infrac- tions et les pollutions.

- L’Onema (Office national de l'eau et des milieux aquatiques) est chargé d’émettre des avis techniques aux services en charge de l’instruction des dossiers d’autorisation, de déclaration, de la réglementation, des interventions sur le milieu, et de faire des contrôles sur le terrain.

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- Les DREAL coordonnent la police de l’eau au niveau régional.

- Le Conseil Départemental de l'Environnement et des Risques Sanitaires et Techno- logiques (CODERST) est une instance de consultation et de conseil pour la prise de décision du Préfet. Elle émet donc un avis simple. Le CODERST est composé de la Préfecture et de personnes extérieures comme les conseillers généraux, maires, re- présentants du monde professionnel, etc.

- Le Préfet de département pour l'autorisation.

- L'autorité environnementale quand le dossier loi sur l'eau est joint au dossier d'étude d'impact.

Déroulement simplifié de la procédure : Procédure de déclaration :

1) Dépôt du dossier rédigé par le MOA ou le pétitionnaire au Guichet unique de l'eau de chacun des départements concernés 2) Examen de la complétude du dossier.

3) Si le dossier est complet, le préfet délivre un récépissé de déclaration. Ceci amorce le compte à rebours des 2 mois de délai durant lequel le service instructeur demande des compléments et donne un avis.

4) Le service chargé de la police de l'eau examine le document d'incidences (régularité, contenu). Dans le délai de 2 mois, le service instructeur donne son avis.

5) Décision du préfet de département : accord avec ou sans prescriptions, ou opposition à déclaration. Validation par récépissé de déclaration.

Procédure d'autorisation :

1) Dépôt du dossier rédigé par le MOA ou le pétitionnaire au Guichet unique de l'eau de chacun des départements concernés

2) Examen de la complétude du dossier.

3) Enquête publique associée à une enquête administrative auprès des conseils municipaux du périmètre d'étude, du gestionnaire du domaine public fluvial, du comité permanent des barrages et de la mission déléguée de bassin. Information à la Commission Locale de l'Eau. (Si l'administration ne lance pas cette étape au cours des 6 mois suivants la deuxième étape, le refus est tacite.)

4) Examen du dossier d'enquête, du rapport de présentation et des avis émis par le CODERST. Décision du préfet de département : accord avec ou sans prescriptions, ou refus

5) Signature de l'arrêté préfectoral.

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CETE de Lyon

Si le préfet s'oppose à la déclaration ou l'autorisation, il doit motiver son avis. Il peut refuser de manière radicale, notamment lors d'un non-respect du Schéma Directeur d'Aménagement et de Gestion des Eaux (SDAGE) ou du Schéma d'Aménagement et de Gestion des Eaux (SAGE). (Art. L.214-3 CE). S'il demande des prescriptions, il s'agit alors d'un accord à condition de respecter les prescriptions.

Par ailleurs, à compter du 1er janvier 2014, en application des objectifs et des orientations du Schéma Directeur d'Aménagement et de Gestion des Eaux, sur les cours d'eau, parties de cours d'eau ou canaux classés au titre du I de l'article L. 214- 17, l'autorisation pourra être modifiée dès que le fonctionnement des ouvrages ou des installations ne permet pas la préservation des espèces migratrices vivant alternativement en eau douce et en eau salée. (Art. L.214-3,4 CE)

Concernant les mesures d'évitement, réduction et compensation : Niveau de précision

Les dossiers d'incidences au titre de la loi sur l'eau comportent selon le R.214-6 CE:

« 2° L'emplacement sur lequel l'installation, l'ouvrage, les travaux ou l'activité doivent être réalisés ;

3° La nature, la consistance, le volume et l'objet de l'ouvrage, de l'installation, des tra- vaux ou de l'activité envisagés, ainsi que la ou les rubriques de la nomenclature dans lesquelles ils doivent être rangés ;

4° Un document :

Examen de la complétude

Instruction

Enquête administrative et enquête publique

Dépôt du dossier Études d'incidences

EVALUATION DES INCIDENCES LOI SUR L'EAU

Si demande d'autorisation Avis du préfet :

accord sans prescriptions / accord avec prescriptions / refus

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a) Indiquant les incidences directes et indirectes, temporaires et permanentes, du pro- jet sur la ressource en eau, le milieu aquatique, l'écoulement, le niveau et la qualité des eaux, y compris de ruissellement, en fonction des procédés mis en œuvre, des modalités d'exécution des travaux ou de l'activité, du fonctionnement des ouvrages ou installations, de la nature, de l'origine et du volume des eaux utilisées ou affectées et compte tenu des variations saisonnières et climatiques ;

b) Précisant s'il y a lieu les mesures correctives ou compensatoires envisagées.

5° Les moyens de surveillance prévus et, si l'opération présente un danger, les moyens d'intervention en cas d'incident ou d'accident ;

6° Les éléments graphiques, plans ou cartes utiles à la compréhension des pièces du dossier, notamment de celles mentionnées aux 3° et 4°. »

ainsi que divers compléments pour certains ouvrages spécifiques, situés hors du cadre de notre étude.

Ainsi les éléments nécessaires à la constitution de ce dossier, dans le cas des infrastructures linéaires, nécessitent une connaissance du projet semblable à celle nécessaire à l'élaboration de l'étude d'impact. S'il n'est pas clarifié spécifiquement un niveau de précision pour les mesures correctives ou compensatoires, la mention à des moyens de surveillance indique cependant que les engagements attendus dans cette procédure sont détaillés.

Si le projet risque de causer des dommages non négligeables sur les milieux aquatiques, le préfet peut exiger la mise en place de mesures, qu'il formule sous forme de préconisations lors de son accord et dans son arrêté préfectoral.

« Les prescriptions nécessaires à la protection des intérêts mentionnés à l'article L.

211-1[...] sont fixés par l'arrêté d'autorisation et, éventuellement, par des actes complémentaires pris postérieurement. » (Art. L. 214-3 CE).

Suivi des mesures

C'est l'arrêté d'autorisation qui « fixe les moyens d'analyse, de mesure et de contrôle de l'ouvrage, de l'installation, des travaux ou de l'activité et de surveillance de leurs effets sur l'eau et le milieu aquatique, ainsi que les conditions dans lesquelles leurs résultats sont portés à la connaissance du préfet. » (Art. R.214-16 CE)

« L'autorisation peut être retirée ou modifiée, sans indemnité de la part de l'État exerçant ses pouvoirs de police » dans divers cas. (Art. L.214-4 CE)

Le chapitre 6 du Titre II du code de l'environnement fixe les sanctions administratives et pénales en matière de police de l'eau :

« Lorsque des installations ou ouvrages sont exploités ou que des travaux ou activités sont réalisés sans avoir fait l'objet de l'autorisation ou de la déclaration requise par l'article L. 214-3, l'autorité administrative met en demeure l'exploitant ou, à défaut, le propriétaire de régulariser sa situation dans un délai qu'elle détermine en déposant, suivant le cas, une demande d'autorisation ou une déclaration. Elle peut, par arrêté motivé, édicter des mesures conservatoires et, après avoir invité l'intéressé à faire connaître ses observations, suspendre l'exploitation des installations ou ouvrages ou la réalisation des travaux ou activités jusqu'au dépôt de la déclaration ou jusqu'à la décision relative à la demande d'autorisation.

Si l'exploitant ou, à défaut, le propriétaire ne défère pas à la mise en demeure de régulariser sa situation ou si sa demande d'autorisation est rejetée, l'autorité

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compétente ordonne la fermeture ou la suppression des installations ou ouvrages, la cessation définitive des travaux ou activités. Si l'exploitant ou, à défaut, le propriétaire n'a pas obtempéré dans le délai imparti, l'autorité compétente fait application des procédures prévues aux 1° et 2° de l'article L. 216-1.L'autorité administrative, après en avoir préalablement informé le procureur de la République, peut faire procéder par un agent de la force publique à l'apposition des scellés sur des installations, ouvrages ou matériels utilisés pour des travaux ou activités, maintenus en fonctionnement, soit en infraction à une mesure de suppression, de fermeture ou de suspension prise en application des articles L. 214-3 et L. 216-1 ou des deux premiers alinéas du présent article, soit en dépit d'un refus d'autorisation. » (Art. L.216-1-1 CE)

« La modification des prescriptions applicables à l'installation peut être demandée par le déclarant postérieurement au dépôt de sa déclaration au préfet qui statue par arrêté. » (Art. R.214-39)

1.1.4 - La demande de dérogation pour les espèces protégées

Les espèces, leur biologie, leur aire de répartition, leurs interactions, sont sensibles aux modifications de l'environnement. Certaines espèces sont plus vulnérables que d'autres à ces changements et nécessitent une attention particulière pour garantir leur préservation. Dès la fin des années 70, des espèces dites « protégées » sont soumises à un suivi spécifique et à des atteintes limitées.

La directive « Habitats » a grandement renforcé ce dispositif en 1992 et a demandé la mise en place de procédures spécifiques pour garantir le maintien des espèces proté- gées dans un état de conservation favorable dans leur aire de répartition naturelle. En complément, les États peuvent prendre des arrêtés protégeant des espèces sur leur territoire à des niveaux plus fins (au niveau national, régional voire départemental en France).

Directives européennes :

• Convention de Bonn du 23 juin 1979 relative à la conservation des espèces migratrices appartenant à la faune sauvage.

• Convention de Berne du 19 septembre 1979 relative à la conservation de la vie sauvage et du milieu naturel de l'Europe.

• Directive Oiseaux n°79/409/CEE du Conseil du 2 avril 1979 modifiée concernant la conservation des oiseaux sauvages, articles 4, 5 et 9.

• Directive Habitats n°92/43/CEE du 21 mai 1992 relative à la conservation des habitats naturels ainsi que la faune et la flore sauvages (plus particulièrement articles 12, 13 et 16, annexe IV).

Textes nationaux :

• Loi relative à la protection de la nature, du 10 juillet 1976 : instaure la protection de certaines espèces, pour des raisons d'intérêt scientifique ou de protection du patrimoine biologique.

• Loi n°2006-11 du 5 janvier 2006 d'orientation agricole, qui cadre les dérogations espèces protégées en modifiant l'article L.411-2 CE

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• Décret n°2007-15 du 4 janvier 2007 relatif aux espèces animales non domes- tiques ainsi qu’aux espèces végétales non cultivées

• Arrêté du 28 mai 2009 modifiant l'arrêté du 19 février 2007 fixant les conditions de demande et d'instruction des dérogations espèces protégées

• Arrêté du 20 janvier 1982 modifié relatif à la liste des espèces végétales proté- gées sur l'ensemble du territoire national (complété par des arrêtés régionaux)

• Arrêté du 8 décembre 1988 fixant la liste des poissons protégés

• Arrêté du 22 décembre 1999 fixant les conditions de demande et d'instruction des autorisations exceptionnelles concernant les spécimens d'espèces protégées

• Arrêté du 18 janvier 2000 relatif à la protection des écrevisses autochtones modifiant l’arrêté du 21/07/1983

• Arrêté du 23 octobre 2005 fixant la liste des tortues marines protégées

• Arrêté du 29 juillet 2005 fixant la liste des mammifères marins protégés modifiant l’arrêté du 27/07/1995

• Arrêté du 23 avril 2007 sur les insectes protégés

• Arrêté du 23 avril 2007 sur les mollusques protégés

• Arrêté du 23 avril 2007 sur les mammifères protégés

• Arrêté du 19 novembre 2007 modifiant l’arrêté du 22 juillet 1993 fixant la liste des amphibiens et des reptiles protégés

• Arrêté du 29 octobre 2009 fixant la liste des oiseaux protégés sur l'ensemble du territoire et les modalités de leur protection

• Articles L.411-1 à L.411-6.

• Articles R.411-1 à R.411-14, R.412-1 à R.412-7.

Milieux naturels concernés

L'article L.411-1 du CE prévoit à la fois la protection des espèces animales non do- mestiques ou végétales non cultivées (« destruction, enlèvement, perturbation inten- tionnelle, mutilation, cueillette... ») et de leurs milieux associés (« destruction, l'altéra- tion ou la dégradation du milieu particulier à ces espèces animales ou végétales »).

Les milieux particuliers des espèces sont définis par groupe d'espèces dans différents arrêtés ministériels et regroupent globalement les aires de repos et de reproduction.

Au vu de la variété d'espèces protégées et de leur milieu particulier, tous les milieux naturels voire certains milieux agricoles ou forestiers sont concernés.

A noter que cette procédure protège un milieu donné au titre de son intérêt pour une espèce mais qu'elle ne protège pas intrinsèquement tel ou tel type de milieu. A ce titre, l'atteinte à un habitat prioritaire de la directive Habitat, en dehors d'un site Natura 2000, ne bénéficie d'aucune procédure particulière.

Les services de l'État impliqués dans la procédure

- Les services « nature » des DREAL pour l'analyse des dossiers, un avis local, et/ou une préparation d'autorisation

- Conseil Scientifique Régional du Patrimoine Naturel (CSRPN) pour un avis sur la dérogation, mais de manière facultative à la demande de la DREAL

- Conservatoire botanique national pour un avis sur la dérogation, mais de manière facultative à la demande de la DREAL

- experts du Conseil National de Protection de la Nature (CNPN) pour un avis