Année 2020
ATLAS INTERACTIF DES LÉSIONS MACROSCOPIQUES DES APPAREILS RESPIRATOIRE ET CARDIOVASCULAIRE
DES ÉQUIDÉS
THÈSE
pour obtenir le diplôme d’État de DOCTEUR VÉTÉRINAIRE
présentée et soutenue publiquement devant la Faculté de Médecine de Créteil (UPEC)
le 27 octobre 2020
par
Marion BORNE
née le 27 juillet 1994 à Epernay (Marne)
sous la direction de
Céline ROBERT
et avec la participation en tant qu’invité de
Eve LALOY
Président du jury : M. Jorge BOCZKOWSKI Professeur à la Faculté de Médecine de CRÉTEIL 1er Assesseur : Mme Céline ROBERT Professeur à l’EnvA
2nd Assesseur : M. Edouard REYES-GOMEZ Maître de Conférences à l’EnvA
Remerciements
Au Président du Jury de cette thèse, Professeur à la Faculté de Médecine de Créteil, Qui m’a fait l’honneur d’accepter la présidence de mon jury de thèse,
Hommage respectueux.
A Madame Céline Robert, Professeur à l’EnvA,
Pour avoir accepté de reprendre le directorat de cette thèse, Sincères remerciements.
A Monsieur Edouard Reyes-Gomez, Maitre de conférences à l’EnvA, Pour avoir accepté d’être assesseur de cette thèse,
Sincères remerciements.
A Madame Eve Laloy, vétérinaire pathologiste à l’Anses, site de Normandie,
Pour sa disponibilité, son soutien et sa bienveillance sans faille malgré les aléas survenus au cours de ce travail,
Toute ma gratitude et mes sincères remerciements.
Table des matières
Liste des figures ... 3
Liste des tableaux ... 5
Liste des abréviations ... 7
Introduction ... 9
Première partie : Intérêt d’un atlas interactif de lésions des équidés dans l’enseignement d’anatomie pathologique vétérinaire ... 11
1. Enseignement de l’anatomie pathologique vétérinaire ... 11
A. Objectifs d’apprentissage ... 11
a. Le référentiel européen ... 11
b. Les recommandations de l’OIE ... 12
c. Le référentiel des écoles vétérinaires françaises ... 13
d. Les objectifs d’apprentissages de l’ENVA ... 14
B. Organisation de l’enseignement d’anatomie pathologique à l’EnvA ... 14
a. L’enseignement en 2e année ... 14
b. L’enseignement en 3e année ... 15
c. L’enseignement en 4e année ... 16
2. Limites de l’enseignement à l’ENVA ... 18
3. Intérêt de la création d’un atlas interactif de lésions des équidés ... 20
A. Complément des supports de cours ... 20
B. Approfondissement de la pathologie équine ... 20
C. Valorisation de la banque d’images de l’ENVA ... 20
Deuxième partie : Réalisation de l’atlas interactif ... 21
1. Recueil et inventaire des images ... 21
A. Base de données ... 21
B. Identification et tri des images ... 21
C. Sélection des cas ... 23
2. Mise en ligne de l’atlas ... 23
A. Interface et structure de l’atlas ... 23
a. Choix du support ... 23
b. Choix du format ... 23
c. Choix de la répartition des cas ... 24
B. Réalisation d’un diaporama ... 25
a. Etapes préliminaires... 25
b. Création d’un diaporama ... 31
c. Création et modification d’une diapositive ... 33
Troisième partie : Utilisation, limites et perspectives de l’atlas interactif réalisé ... 41
A. Utilisation de l’atlas interactif via Moodle ... 41
a. Emplacement de l’atlas ... 41
b. Lecture d’un diaporama ... 41
B. Limites du projet ... 44
a. Les limites posées par la photographie ... 44
b. Les limites de la base de données ... 44
C. Perspectives d’évolution du projet ... 51
a. Possibilité de reprise du projet ... 51
b. Enrichissement de l’atlas par des exercices d’autoévaluation ... 52
Conclusion ... 53
Liste des références bibliographiques ... 55
Annexe 1 : Objectifs d’apprentissage de l’anatomie pathologique à l’EnvA ... 59
Annexe 2 : Bibliographie utilisée pour la construction des diaporamas ... 61
Liste des figures
Figure 1: Répartition mensuelle des autopsies d'équidés réalisées au service d'Anatomie
pathologique de l'EnvA, entre 2014 et 2019 (Reyes-Gomez, 2020) ... 19
Figure 2 : Capture d’écran - Extrait du tableau de classement des photographies ... 22
Figure 3 : Capture d’écran - Interface du logiciel GIMP ... 26
Figure 4 : Capture d’écran - Sélection large de la zone d'intérêt avec l'outil "sélection à main levée" ... 27
Figure 5 : Capture d’écran - Coloration grossière du fond, après inversion de la sélection ... 28
Figure 6 : Capture d’écran - Coloration précise du contour de l'organe ... 29
Figure 7 : Capture d’écran - Recadrage de l'image... 30
Figure 8 : Capture d’écran - Activation du mode édition sur EVE ... 31
Figure 9 : Capture d’écran - Ajout d'une nouvelle activité H5P ... 32
Figure 10 : Capture d’écran - Création d'un nouveau diaporama ... 33
Figure 11 : Capture d’écran - Interface de l'assistant de création de diaporamas ... 34
Figure 12 : Capture d’écran - Interface du volet "Texte" ... 35
Figure 13 : Capture d’écran - Insertion de texte sous forme de bouton ... 36
Figure 14 : Capture d’écran - Interface du volet « Image » ... 37
Figure 15 : Capture d’écran - Insertion d'une image sous forme de bouton ... 38
Figure 16 : Capture d’écran - Interface du volet "Aller à la diapositive" ... 39
Figure 17 : Capture d’écran - Chemin d'accès vers les thèses multimédia ... 41
Figure 18 : Capture d’écran - Affichage du titre de la diapositive lors de survol avec la souris du bouton correspondant ... 42
Figure 19 : Capture d’écran - Ouverture d'une image supplémentaire lors de survol du bouton image ... 43 Figure 20 : Capture d’écran - Ouverture d'un texte supplémentaire lors de survol du bouton texte 44
Liste des tableaux
Tableau 1 : Liste des enseignements d'anatomie pathologique de l'UC 71 (EVE, 2020) ... 15 Tableau 2 : Liste des enseignements de l'UC 105 (Fontaine, 2019) ... 16 Tableau 3 : Nombre d'autopsies réalisées par espèce et par an au service d'Anatomie pathologique de l'EnvA, entre 2014 et 2019 (Reyes-Gomez, 2020) ... 18 Tableau 4 : Liste des principales lésions illustrées et absentes de l’atlas, pour l’appareil cardiovasculaire ... 46 Tableau 5 : Liste des principales lésions absentes de l’atlas pour l'appareil respiratoire ... 48
Liste des abréviations
AEEEV : Association Européenne des Établissements d’Enseignement Vétérinaires
Anses : Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail ChuvA-Ac : Centre hospitalier universitaire vétérinaire d’Alfort pour Animaux de compagnie CM : Cours Magistral
DEFV : Diplôme d’Études Fondamentales Vétérinaires DSI : Direction des Services Informatiques
ENQA : European Association for Quality Assurance in Higher Education EnvA : École nationale vétérinaire d’Alfort
EVE : Enseignement et Vie Étudiante, plateforme pédagogique de l’EnvA FVE : Federation of Veterinarians of Europe
GIMP : « GNU Image Manipulation Program », logiciel de retouches d’images H5P : « HTML5 Package », outil de création de ressources informatiques HPIE : Hémorragie Pulmonaire Induite à l’Effort
OIE : Organisation mondiale de la santé animale QCM : Questionnaire à Choix Multiples
QROC : Question à Réponse Ouverte Courte
RAO : Respiratory Airway Obstruction, acronyme anglais pour l’asthme sévère équin TD : Travaux Dirigés
TICE : Technologies de l’Information et de la Communication pour l’Enseignement UC : Unité de Compétences
Introduction
L’anatomie pathologique vétérinaire fait partie des matières fondamentales de l’enseignement vétérinaire. Elle représente un grand volume de compétences, à la fois théoriques et pratiques. En conséquence, son apprentissage est souvent jugé difficile par les étudiants. Ce projet a pour vocation de mettre à disposition des étudiants de l’École nationale vétérinaire d’Alfort (EnvA) une nouvelle ressource pédagogique afin de faciliter l’apprentissage de l’anatomie pathologique.
Ce travail s’inscrit dans la lignée d’autres thèses de doctorat vétérinaire sous format multimédia, à but pédagogique, produites à l’intention des étudiants vétérinaires de l’EnvA. En effet, ces dernières années, un nombre croissant de travaux similaires s’attache à offrir de nouvelles ressources pédagogiques aux étudiants sur de nombreux sujets, à destination des étudiants de début comme de fin de cursus. Les outils numériques à disposition sont de plus en plus diversifiés et performants. Ils permettent de créer des supports pédagogiques ludiques et stimulants pour les étudiants, qui ont grandi avec l’évolution des nouvelles technologies et en sont familiers.
La première partie de ce travail développera l’importance de l’anatomie pathologique dans les études vétérinaires et l’intérêt de créer un nouveau support d’apprentissage pour cette discipline.
La deuxième partie détaillera toutes les étapes de la création de l’atlas de lésions. Enfin, la troisième partie portera sur l’utilisation, les limites et les possibilités d’évolution de cet atlas.
Première partie : Intérêt d’un atlas
interactif de lésions des équidés dans l’enseignement d’anatomie pathologique vétérinaire
L’anatomie pathologique, ou anatomo-pathologie, est une discipline médicale en médecine humaine et vétérinaire. Cette discipline consiste en l’étude des modifications structurales, biochimiques et fonctionnelles des cellules, tissus et organes qui accompagnent les maladies (Cordonnier, 2019b).
Elle se divise en deux grandes catégories : d’une part, l’anatomie pathologique générale, qui s’intéresse aux grands processus pathologiques tels que l’inflammation, les altérations cellulaires ou encore les néoplasies. D’autre part, l’anatomie pathologique spéciale étudie la pathologie par systèmes et organes. C’est une discipline fondamentale pour appréhender le diagnostic et le pronostic des maladies, que ce soit en médecine humaine ou vétérinaire.
L’anatomie pathologique donne la part belle à l’analyse morphologique, depuis l’échelle macroscopique jusqu’à l’échelle microscopique. Les techniques d’anatomie pathologique s’appliquent sur des prélèvements provenant d’êtres vivants : biopsies ou prélèvements cytologiques ; mais aussi sur des cadavres, par la réalisation d’autopsies.
Il est possible pour un vétérinaire de se spécialiser en anatomie pathologique ; cependant tout vétérinaire peut avoir à réaliser des autopsies dans sa pratique courante. Il est donc indispensable que les étudiants vétérinaires reçoivent une formation complète en diagnose de lésions macroscopiques.
Cette première partie s’intéresse à l’enseignement de l’anatomie pathologique à l’Ecole nationale vétérinaire d’Alfort (EnvA) et aux raisons qui ont motivé la création d’un atlas de lésions macroscopiques des équidés, en soulignant les points faibles de cet enseignement à l’EnvA (au moment de la réalisation de cette thèse) et les apports d’un tel projet.
1. Enseignement de l’anatomie pathologique vétérinaire
A. Objectifs d’apprentissage a. Le référentiel européen
Au niveau européen, il existe un organisme dont la mission est « d’évaluer, promouvoir et continuer à développer la qualité et les standards des établissements de médecine vétérinaire et leurs enseignements » : l’AEEEV (Association Européenne des Etablissements d’Enseignement Vétérinaire) (EAEVE, 2020), fondée en 1988 à Maisons-Alfort. L’un des buts majeurs de cette association est d’harmoniser les études vétérinaires au sein des écoles vétérinaires européennes.
L’AEEEV évalue les établissements d’enseignement vétérinaire et tient à jour une liste des institutions approuvées, certifiant ainsi que la qualité de leur enseignement répond aux standards
européens. Elle travaille conjointement avec la FVE (Federation of Veterinarians of Europe), une organisation à but non-lucratif représentant la profession vétérinaire auprès des institutions européennes. (FVE, 2020) L’AEEEV est également membre de l’ENQA (European Association for Quality Assurance in Higher Education), une association ayant pour mission de contribuer au maintien et à l’amélioration de la qualité de l’enseignement supérieur en Europe. Elle représente et soutient les agences de garantie de qualité de l’enseignement supérieur à l’échelle nationale et internationale (ENQA, 2020). Forte de ces partenariats, l’AEEEV est donc la référence européenne en termes de qualité de l’enseignement vétérinaire. En tant qu’établissement accrédité par l’AEEEV, l’EnvA se doit de suivre ses recommandations et exigences.
L’AEEEV tient à jour une liste de compétences de base que tout étudiant vétérinaire doit avoir acquis à la fin de ses études (« Day One Competences »), contenue dans un manuel des bonnes pratiques de l’enseignement vétérinaire. La dernière version de ce manuel date de l’assemblée générale de l’AEEEV tenue à Zagreb en 2019. L’anatomie pathologique y est citée comme une des matières qui doit être enseignée aux étudiants vétérinaires. Deux objectifs de compétences s’y rapportent directement :
- Annexe 2, point 1.33 : « Réaliser un examen post-mortem macroscopique, répertorier ses observations, prélever, conserver et transporter des échantillons de tissus » ; - Annexe 2, point 1.35 : « Inspecter les aliments à destination des humains et des animaux,
incluant l’inspection post-mortem des animaux de production et l’inspection sur le terrain des technologies alimentaires associées ». (EAEVE, 2019)
D’après ces deux objectifs, un étudiant vétérinaire doit apprendre à effectuer une autopsie sur tous les animaux domestiques, de compagnie ou de production. Il doit donc maîtriser la technique de base de l’autopsie, savoir décrire, reconnaître et nommer les anomalies macroscopiques et leur signification. Il doit savoir identifier les situations où des examens complémentaires sont nécessaires et savoir comment préparer et envoyer les prélèvements appropriés tout en garantissant leur qualité. Enfin, il doit savoir reconnaître les lésions rendant la viande impropre à la consommation humaine.
b. Les recommandations de l’OIE
L’Organisation mondiale de la santé animale (anciennement Office International des Epizooties : OIE) est l’organisation intergouvernementale chargée d’améliorer la santé animale dans le monde (OIE, 2020a). Elle a plusieurs missions :
- Garantir la transparence de la situation des maladies animales dans le monde ; - Collecter, analyser et diffuser l’information scientifique vétérinaire ;
- Apporter son expertise et stimuler la solidarité internationale pour contrôler les maladies animales ;
- Garantir la sécurité du commerce mondial en élaborant des normes sanitaires pour les échanges internationaux des animaux et de leurs produits ;
- Promouvoir les Services Vétérinaires, en particulier dans les pays en voie de développement ;
- Garantir la sécurité sanitaire des aliments et promouvoir le bien-être animal. (OIE, 2020b) Concernant ces deux derniers points, l’OIE a rédigé en 2012 une liste de « recommandations […] sur les compétences minimales attendues des jeunes diplômés en médecine vétérinaire pour garantir la qualité des Services vétérinaires nationaux » (Collectif, 2012). Ces objectifs sont moins détaillés que dans le référentiel de l’AEEEV et couvrent un champ d’action plus restreint, cependant certains font directement appel à des compétences en anatomie pathologique. En particulier, les jeunes diplômés doivent pouvoir « participer aux inspections à l’abattoir qui incluent les contrôles ante-mortem et post-mortem et l’abattage dans des conditions décentes » (paragraphe 2.6) et connaître la « procédure d’inspection des animaux avant et après l’abattage, basée sur l’analyse de risque, et [la] méthode d’inspection des produits d’origine animale » (paragraphe 3.2).
c. Le référentiel des écoles vétérinaires françaises
Les quatre écoles vétérinaires françaises, situées à Lyon, Maisons-Alfort, Nantes et Toulouse, ont choisi d’harmoniser les études vétérinaires en France en élaborant un référentiel de compétences commun. Chaque établissement est libre d’organiser l’enseignement à sa guise, tant que les objectifs qui sont listés dans le référentiel sont atteints par les étudiants à la fin de leur cursus. Ce référentiel national a été révisé en 2017 et doit notamment permettre d’atteindre les objectifs du référentiel de l’AEEEV. Il définit le niveau du Diplôme d’Etudes Fondamentales Vétérinaires (DEFV), qui doit être atteint et évalué en fin de 4e année d’école vétérinaire.
Une partie entière de ce référentiel est dédiée aux examens post-mortem. Il y est précisé que l’étudiant doit savoir :
- Pratiquer un examen post-mortem en disséquant tous les organes internes, en préservant leur intégrité ;
- Repérer et décrire les anomalies morphologiques de chaque organe, émettre des hypothèses diagnostiques raisonnées et prescrire les examens complémentaires éventuels ;
- Hiérarchiser les lésions et identifier leur lien pathogénique, établir un diagnostic post- mortem global, si nécessaire avec les résultats des examens complémentaires. (Collectif, 2017)
Le niveau d’exigence est modulé en fonction de l’espèce et de la dominante choisie en 5e année par l’étudiant. Tous les étudiants doivent être capables de réaliser seuls une autopsie de chat ou de chien dès la fin de leur 4e année, mais seuls les étudiants en dominante équine sont tenus d’être autonomes sur l’autopsie du cheval une fois diplômés. Pour les autres, il leur suffit d’avoir assisté à au moins une autopsie de cheval dans leur cursus.
Des compétences en anatomie pathologique sont également nécessaires pour répondre aux objectifs portant sur le contrôle de la sécurité des aliments, bien qu’elles soient plus limitées. Tous les étudiants doivent avoir vu un examen post-mortem des carcasses et viscères des animaux producteurs de denrées en situation d’abattage-habillage. Seuls les étudiants en dominante santé publique vétérinaire sont tenus d’en avoir réalisé eux-mêmes.
d. Les objectifs d’apprentissages à l’ENVA
À l’EnvA, une liste d’objectifs d’apprentissages est dressée par les enseignants pour chaque Unité de Compétence (UC). Les objectifs se rapportant à l’anatomie pathologique (UC 71, 105 et 121, pour respectivement les enseignements de 2e, 3e et 4e année) sont rassemblés à l’annexe 1. Ils reprennent les objectifs des référentiels précédemment cités, mais de façon plus détaillée, sous forme d’étapes à valider pour atteindre l’objectif final. Ils sont présentés aux étudiants au début du semestre pour les objectifs les plus généraux, et au début de chaque cours pour les objectifs plus précis. Ce sont des outils qui permettent donc une évaluation et un suivi des étudiants plus fin que les objectifs de compétences.
B. Organisation de l’enseignement d’anatomie pathologique à l’EnvA
L’enseignement de l’anatomie pathologique à l’EnvA est réparti sur les 2e, 3e et 4e années.
En 1ère année, les étudiants étudient l’anatomie, l’histologie et la physiologie, qui sont les prérequis à la compréhension de l’anatomie pathologique.
a. L’enseignement en 2e année
Au 1er semestre de 2e année, cet enseignement débute avec l’anatomie pathologique générale. Elle est incluse dans l’UC 71, aux côtés de l’immunopathologie et de la biochimie pathologique.
Le détail des chapitres abordés lors de ce semestre est donné dans le tableau 1. Seul un chapitre de pathologie cellulaire est présenté en Cours Magistral (CM) à la promotion entière. Tout le reste de cet enseignement se déroule principalement sous forme de Travaux Dirigés (TD), en petits groupes d’étudiants (quart de promotion). Le chapitre d’embryologie sur les malformations et anomalies congénitales n’est pas vu en présentiel mais sous forme de TICE (Technologies de l’Information et de la Communication pour l’Enseignement), c’est-à-dire en travail personnel à réaliser en autonomie à l’aide des ressources fournies par l’enseignant responsable du cours sur la page dédiée du site EVE (plateforme Moodle de l’Enseignement et de la Vie Etudiante, qui regroupe toutes les informations et ressources pédagogiques et administratives à destination des étudiants).
Le TICE se termine par un test d’auto-évaluation, qui permet à l’enseignant de suivre la progression de la promotion.
Les étudiants sont évalués une seule fois, lors du partiel de fin de semestre qui a lieu en janvier. L’examen se présente sous la forme de questionnaires à choix multiples (QCM) et de questionnaires à réponse courte (QROC).
Tableau 1 : Liste des enseignements d'anatomie pathologique de l'UC 71 (EVE, 2020)
Format du cours Intitulé Nombre d’heures en
présentiel Cours magistral Pathologie cellulaire 2 – Surcharges et
troubles de la vitalité cellulaire 2
Travaux dirigés
Pathologie cellulaire 1 – Modalités
adaptatives de la cellule 2
Pathologie cellulaire 2 2
Pathologie vasculaire 2
Pathologie inflammatoire 2 x 2
Pathologie des substances interstitielles 2
Pathologie pigmentaire 2
TICE Embryologie – Malformations et anomalies
congénitales 0
b. L’enseignement en 3e année
L’enseignement d’anatomie pathologique se poursuit au 2nd semestre de 3e année avec l’anatomie pathologique spéciale, qui fait l’objet d’une UC à elle seule (UC 105). Le détail des cours est donné dans le tableau 2.
Les TD sont à nouveau privilégiés : seuls deux cours de méthodologie ont lieu en cours magistral. L’apprentissage se fait en autonomie par les étudiants, en s’appuyant sur les polycopiés de cours. Les étudiants sont tenus d’étudier le polycopié puis de faire un exercice d’autoévaluation (test sur EVE) avant le TD, pour chaque chapitre. La séance de TD est l’occasion pour les étudiants d’échanger avec les enseignants et de mettre en pratique le travail effectué en amont, à travers divers exercices de type étude de cas ou interprétation d’images. Ce mode de fonctionnement a été choisi pour optimiser le temps en présentiel alloué à cette UC, en favorisant les échanges entre étudiants et enseignants et la mobilisation des connaissances fraîchement acquises. Le temps de travail personnel total nécessaire pour préparer les TD est estimé à environ 90h : la majeure partie de cet apprentissage repose donc sur le travail personnel des étudiants.
Un examen blanc est organisé au milieu du semestre pour aider les étudiants à s’évaluer par rapport à ce qui est attendu. Il est facultatif et ne compte pas dans la note finale de l’UC. Seule l’évaluation en fin de semestre compte pour la validation de l’UC.
Tableau 2 : Liste des enseignements de l'UC 105 (Fontaine, 2019)
Format du cours Intitulé Nombre d’heures en
présentiel
Cours magistral
Cours introductif – Organisation de l’UC –
Méthodologie générale 2
Méthodologie de l’autopsie et des
prélèvements histologiques 2
Travaux dirigés
Pathologie digestive 1 – Lésions du tube
digestif 2
Pathologie digestive 2 – Lésions des glandes
annexes du tube digestif 2
Pathologie cardiaque 2
Pathologie des vaisseaux et des séreuses 2 Pathologie de l’appareil respiratoire 2
Pathologie de l’appareil urinaire 2
Pathologie des glandes endocrines 2
Pathologie du squelette 2
Pathologie du système nerveux 2
Pathologie musculaire 2
Pathologie des organes hémato-lympho-
poïétiques 2
Pathologie de l’appareil génital 2
Dermatopathologie 2
Etude de cas complexes 2 x 2
c. L’enseignement en 4e année
En 4e année, les étudiants ont l’occasion de mettre en pratique les connaissances théoriques acquises pendant les deux années précédentes en participant aux autopsies. Cet enseignement se situe lors du semestre « Animaux de production et santé publique vétérinaire », dans l’UC 121
« Biopôle et autopsie ». Le Biopôle est le laboratoire d’analyse de l’EnvA, dont fait partie le service d’autopsies.
Les étudiants de 4e année passent deux semaines au service d’autopsies, ce qui représente 40h de présentiel (chaque semaine comptant cinq matinées de quatre heures) (Reyes-Gomez, 2019). Un TP de deux heures portant sur la rédaction de rapports d’autopsie est programmé au cours de ces deux semaines. Cette rotation s’effectue en groupes d’environ huit étudiants, un faible effectif assurant que chacun a la possibilité de s’exercer.
Sous supervision par l’équipe enseignante, les étudiants réalisent les autopsies de certains animaux de compagnie morts au Centre Hospitalier Universitaire Vétérinaire d’Alfort pour animaux de compagnie (CHUVA-Ac) ou de cadavres déposés au CHUVA-Ac pour autopsie. Les cadavres sont tous accompagnés d’une fiche précisant le souhait des propriétaires et des cliniciens par rapport à l’autopsie :
- Autopsie demandée : le propriétaire ou le clinicien en charge du cas demande l’autopsie de l’animal. L’autopsie est alors prioritaire et doit obligatoirement être réalisée. Un compte rendu détaillé sera rédigé et envoyé au propriétaire ou au clinicien qui en a fait la demande, après d’éventuelles analyses complémentaires.
- Autopsie facultative : le propriétaire autorise qu’une autopsie soit réalisée sur l’animal, mais ni lui, ni le clinicien ne la demande. L’autopsie est réalisée selon le nombre de cas disponibles et uniquement à but pédagogique. Le propriétaire n’est pas averti si une autopsie de son animal est réalisée, et il ne reçoit pas de compte rendu le cas échéant.
- Autopsie refusée : le propriétaire s’oppose à la réalisation d’une autopsie de son animal.
En pratique, les étudiants se répartissent en groupes de deux ou trois ; chaque groupe se voit attribuer un animal à autopsier chaque matin. Les animaux dont l’autopsie est demandée sont attribués en premier et sont sous la responsabilité d’un enseignant ou d’un résident. Si besoin, des animaux étiquetés « autopsie facultative » peuvent ensuite être choisis afin que chaque binôme ait une autopsie à faire chaque matin. Dans ce cas, un étudiant du groupe est désigné comme responsable du cas. En fin de matinée, un membre de chaque binôme présente son cas à l’enseignant et aux autres étudiants du groupe. Cette présentation permet aux étudiants de s’exercer à présenter un cas en décrivant, nommant et hiérarchisant les lésions observées, et en exposant une conclusion de l’autopsie.
Les étudiants participent également aux autopsies d’équidés et d’animaux de production, sous supervision par l’équipe enseignante. Il peut s’agir d’animaux morts dans l’un des services cliniques de l’EnvA, ou d’animaux morts à l’extérieur de l’EnvA pour lesquels le propriétaire souhaite réaliser une autopsie. Le nombre d’étudiants du groupe à participer à l’autopsie est variable, en fonction du nombre de cas d’animaux de compagnie à prendre en charge en parallèle.
Toutes les autopsies de chevaux ne sont pas réalisées systématiquement par le service d’autopsies du Biopôle, il arrive que des autopsies facultatives des chevaux morts à la clinique équine soient assurées par le personnel et les étudiants de la clinique équine. Le personnel et les étudiants du service d’hospitalisation des grands animaux (animaux de production) se chargent généralement des autopsies facultatives de leurs animaux.
Les étudiants sont évalués lors des présentations de cas des deux semaines et lors d’un examen écrit en fin de rotation, sous forme de QCM, QROC et de diagnose macroscopique sur photographies (Reyes-Gomez et Bellier, 2019). Chaque étudiant doit donc présenter au moins un cas par rotation. S’il ou elle en présente davantage, les présentations supplémentaires permettent de moduler la note initiale.
2. Limites de l’enseignement à l’ENVA
L’enseignement d’anatomie pathologique présente certaines limites, en particulier lors de sa mise en pratique en 4e année. Deux semaines de matinées d’autopsie représentent un volume horaire relativement faible par rapport au volume horaire de l’enseignement théorique d’anatomie pathologique les années précédentes. De plus, la majorité des animaux vus en autopsie sont des chats et des chiens ; les équidés sont bien moins nombreux. Cet écart est mis en valeur dans le tableau 3.
Tableau 3 : Nombre d'autopsies réalisées par espèce et par an au service d'Anatomie pathologique de l'EnvA, entre 2014 et 2019 (Reyes-Gomez, 2020)
Année
Nombre d’autopsies par espèce
Chats Chiens Chevaux et ânes
Autres : NAC1, bovins, faune
sauvage
2014 147 127 15 131
2015 134 108 16 160
2016 159 160 35 168
2017 136 97 32 150
2018 128 123 36 139
2019 118 117 19 126
Total 822 732 153 874
1NACs : Nouveaux Animaux de Compagnie
Le service d’autopsies est ouvert aux étudiants 32 semaines dans l’année ; il y a donc en moyenne une autopsie de cheval et d’âne toutes les semaines ou toutes les deux semaines. Chaque étudiant peut donc en principe assister à une ou deux autopsies d’équidés lors de son cursus (hors étudiants en dominante équine en 5e année), ce qui est trop peu pour être autonome sur cet acte comme l’exige le référentiel de compétence de l’AEEEV.
De plus, la répartition des cas est aléatoire et il n’est pas rare qu’il n’y ait aucune autopsie de cheval pendant un mois, voire davantage. Le nombre d’autopsies de chevaux réalisé chaque mois entre 2014 et 2019 est donné à la figure 1. Les derniers groupes d’étudiants en rotation d’autopsie passent début juin, donc les autopsies de juin et juillet ne sont pour la plupart pas réalisées en présence d’étudiants. On observe par ailleurs qu’il n’y a eu que deux autopsies de chevaux ou d’ânes entre les mois d’avril et octobre en 2014, soit sur plus de la moitié de l’année. En 2017, 32 équidés
ont été autopsiés mais la répartition des cas est déséquilibrée : aucun cas en février contre dix cas en mars (dont cinq concentrés sur une semaine), ce qui représente 31% des autopsies d’équidés de l’année réalisées en un mois. L’objectif du référentiel de compétences des écoles vétérinaires françaises d’assister à au moins une autopsie d’équidé au cours du cursus ne peut donc pas être atteint pour tous les étudiants.
Figure 1: Répartition mensuelle des autopsies d'équidés réalisées au service d'Anatomie pathologique de l'EnvA, entre 2014 et 2019 (Reyes-Gomez, 2020)
* Le service d’autopsies est fermé au mois d’août.
Les cas eux-mêmes sont répartis aléatoirement et ne présentent pas tous le même intérêt pédagogique. Par exemple, l’unique équidé autopsié en février 2014 était un avorton mort un mois avant le terme de la gestation. Bien que le cas lui-même soit intéressant, il ne remplace pas une autopsie complète de cheval adulte.
En résumé, malgré l’existence d’une rotation de deux semaines au service d’autopsies, le mode de recrutement aléatoire des cas ne permet pas à tous les étudiants d’atteindre les objectifs de compétences fixés par l’AEEEV et le référentiel français en ce qui concerne l’autopsie des équidés.
0 2 4 6 8 10 12
Nombre d'autopsies d'équidés
2014 2015 2016 2017 2018 2019
3. Intérêt de la création d’un atlas interactif de lésions des équidés
A. Complément des supports de cours
Les supports de cours d’anatomie pathologique se composent d’un ensemble de polycopiés rédigés par les enseignants, se rapportant aux chapitres d’anatomie pathologique générale et spéciale précédemment listés. Ils présentent les grands mécanismes lésionnels pour les premiers, et les principales lésions rencontrées chez les animaux domestiques pour les seconds.
Ces polycopiés sont illustrés de photographies d’autopsies, provenant de la base de données du service d’anatomie pathologique et d’ouvrages de références. Toutes les lésions ne sont cependant pas représentées, et le nombre de photographies par lésion est limité. La création d’un atlas de lésions permet de compléter ces polycopiés, en ajoutant des photographies de lésions manquantes et en multipliant les illustrations pour les lésions déjà représentées.
L’avantage de créer ce support supplémentaire est qu’il permet d’apporter de nouvelles ressources aux étudiants sans surcharger les polycopiés de cours. Le fait que l’atlas soit hébergé sur internet permet aux étudiants d’y accéder à tout moment, depuis tout endroit pourvu d’une connexion internet. Le format informatique permet également de préserver la qualité des photographies, qui est généralement diminuée lors de l’impression sous format papier.
B. Approfondissement de la pathologie équine
Parmi les principales espèces d’animaux domestiques étudiées à l’EnvA, les équidés font partie des moins bien représentés dans l’enseignement d’anatomie pathologique.
D’une part, tous les étudiants n’ont pas la possibilité d’assister à une ou plusieurs autopsies d’équidés pendant leur cursus. Cet atlas a pour but de leur permettre de compenser ce manque de cas, bien qu’un atlas photographique ne puisse pas remplacer une véritable autopsie.
D’autre part, le nombre d’illustrations par lésion est limité dans les polycopiés. Pour les lésions non spécifiques à une espèce, les photographies utilisées proviennent généralement de chats ou de chiens plutôt que d’équidés. Créer un atlas de photographies centré sur les équidés peut aider à corriger ce déséquilibre et à apporter de la diversité dans les types de lésions illustrées.
C. Valorisation de la banque d’images de l’ENVA
Le service d’autopsies du Biopôle de l’EnvA réalise en moyenne entre 400 et 500 autopsies par an, et pour la majorité d’entre elles les lésions les plus remarquables sont photographiées et stockées sur le serveur interne au service. La banque d’images accumulées au cours du temps est donc conséquente et variée. Or seules quelques-unes de ces photographies sont utilisées, pour illustrer des présentations de cours, des polycopiés ou dans des tests d’évaluation. Cet atlas permet d’en valoriser davantage en les mettant à disposition des étudiants comme ressources d’apprentissage.
Deuxième partie : Réalisation de l’atlas interactif
1. Recueil et inventaire des images
A. Base de données
Les photographies de cet atlas ont toutes été prises lors d’autopsies réalisées par le service d’anatomie pathologique de l’EnvA, entre 2013 et 2019. Parmi les 158 autopsies d’équidés réalisées sur cette période, des photographies ont été prises pour 137 d’entre elles. Parmi ces cas, 17 dossiers incomplets (dossier de photographies et/ou relevé lésionnel manquant) ont été écartés. Au final, nous avons donc retenu 120 cas, pour un total de 2177 photographies. Le nombre de photographies est cependant bien supérieur au nombre réel de lésions différentes puisque chaque organe ou lésion est généralement photographié sous plusieurs angles ou plusieurs niveaux d’exposition lumineuse.
Le dossier de chaque cas se compose d’un dossier de photographies et d’une fiche manuscrite de relevé lésionnel fournissant notamment l’identification de l’animal, l’anamnèse, toutes les anomalies relevées à l’autopsie et la conclusion de l’autopsie. Pour les cas dont l’autopsie a été officiellement demandée par le propriétaire ou pour expertise, le dossier contient également un compte-rendu rédigé détaillant toutes les anomalies relevées à l’autopsie.
B. Identification et tri des images
Une étape de classement des images a ensuite été nécessaire. Dans un premier temps, il a fallu identifier précisément la lésion sur chaque photographie en s’appuyant sur le relevé lésionnel et le compte-rendu d’autopsie lorsqu’il y en avait un. La plupart du temps les photographies n’ont pas été annotées ; ces documents sont donc essentiels pour reconnaître les lésions photographiées. Pour certains cas, le relevé lésionnel n’a pas permis d’identifier une ou plusieurs des lésions photographiées, qui ont donc été écartées. Au total, 30 lésions n’ont pas pu être identifiées et trois dossiers entiers ont été écartés.
Seules les photographies intéressantes et exploitables ont été conservées. Après suppression des images floues, avec des reflets, peu explicites ou présentes en double, le nombre de photographies retenues est de 1299.
Les photographies ont été classées dans un tableau Excel à 8 colonnes, dont un extrait est visible à la figure 2. Les deux premières colonnes recueillent le numéro d’autopsie et le numéro des photographies. Quatre colonnes permettent de classer la lésion, en indiquant le système et l’organe en question, le type de lésion, la dénomination précise de la lésion telle qu’écrite dans le relevé lésionnel ou le compte-rendu. La septième colonne est dédiée aux commentaires, sur la lésion ou sur la qualité de l’image. La dernière colonne est dédiée au classement sur la qualité des photographies. Trois notes ont été attribuées : médiocre, correcte ou bonne.
Figure 2 : Capture d’écran - Extrait du tableau de classement des photographies
L’évaluation de la qualité des photographies est subjective mais s’appuie sur plusieurs critères (McGavin, 2012) :
- Exposition correcte ;
- Mise au point correcte (pas de flou) ; - Organe ou tissu bien disséqué ; - Orientation correcte de l’organe ;
- Cadrage permettant de reconnaître l’organe et son orientation ; - Eclairage mettant en valeur la texture de l’organe ou du tissu ; - Esthétisme de la disposition.
Une photographie ne remplissant pas les trois premiers critères est soit écartée, soit conservée sous l’appellation « médiocre » si la lésion est originale et unique dans la base de donnée. Pour être qualifiée de « correcte », une photographie doit remplir au moins les trois premiers critères. Une photographie remplissant au moins les trois premiers critères et qui est particulièrement esthétique est qualifiée de « bonne ».
C. Sélection des cas
Le classement des images a permis de connaître le contenu exact de la banque d’images et a servi de référence pour l’affinage du sujet. En effet, réaliser un atlas portant sur tous les organes n’était pas l’objectif de ce travail. Nous avons choisi de nous restreindre aux appareils cardiovasculaire et respiratoire, qui comprennent respectivement 37 et 70 lésions. Certains cas fournissent des lésions dans ces deux catégories.
Ce choix repose sur le nombre total de lésions, la diversité et l’originalité des lésions rencontrées ainsi que la qualité moyenne des photographies.
2. Mise en ligne de l’atlas
A. Interface et structure de l’atlas a. Choix du support
Il aurait été trop chronophage et hors de nos compétences informatiques de créer un site internet pour cet atlas. Nous avons donc décidé d’héberger l’atlas sur le site EVE, dont l’adresse est https://eve.vet-alfort.fr/. EVE est une plateforme au cœur de l’enseignement à l’EnvA qui contient toutes les ressources nécessaires aux étudiants : informations administratives, documents d’enseignement, polycopiés et documents annexes. Elle contient notamment une large palette d’exercices et supports pédagogiques variés aidant les étudiants à apprendre, réviser et se préparer aux examens.
Le site EVE a été élaboré à partir de Moodle, un système de gestion des enseignements qui permet de créer des environnements d’apprentissages personnalisés. L’interface de Moodle est simple d’utilisation et ne nécessite pas de compétences particulières en informatique. Il s’agit d’un logiciel libre, sous licence GPL (GNU Public License), que chacun peut modifier sans frais. Moodle est doté de nombreuses fonctions particulièrement adaptées à l’enseignement et à l’apprentissage.
Enfin, Moodle est sécurisé et l’accès à EVE est restreint aux enseignants et étudiants de l’ENVA, qui doivent saisir un identifiant et un mot de passe pour accéder au site (Moodle, 2019).
b. Choix du format
Il nous semblait important que la présentation de l’atlas soit à la fois visuellement agréable et pratique à utiliser. Nous avons donc choisi de présenter les diverses lésions sous forme de diaporamas en utilisant l’outil H5P (acronyme de « HTML5 Package »).
H5P est un module d’activité intégrable à Moodle permettant la création de contenu interactif.
Il utilise les langages HTML5 et Javascript. H5P est sous licence MIT, ce qui le rend libre d’accès et modifiable par tous les utilisateurs. Ce logiciel offre un large choix de formats et d’activités différentes. Il permet par exemple de réaliser des vidéos interactives, des jeux, des présentations de cours ou encore des quiz. Il est facile d’utilisation et de nombreux tutoriels aident à le prendre en main rapidement.
Parmi les options proposées par H5P, nous avons choisi d’utiliser l’activité « présentation de cours », qui nous a semblé être la plus adaptée à notre projet. Cette activité permet de créer facilement des diaporamas sobres et élégants, avec une présentation épurée qui met en valeur les
photographies. Plusieurs outils (détaillés au paragraphe 2.B.c.) permettent d’enrichir les diapositives, en apportant des informations sans alourdir la présentation. Cet outil présente cependant un léger défaut : les options de traitement de texte sont très limitées. Il n’est par exemple pas possible de souligner un mot, ni de choisir la police d’écriture. Ce n’est toutefois qu’un inconvénient mineur, et nous avons considéré l’activité « présentation de cours » comme un outil très intéressant pour la réalisation de ce projet.
L’objectif était de réaliser des diaporamas à la présentation simple. Chaque diaporama débute par une diapositive de sommaire listant les lésions présentées et leur ordre. Seule cette première diapositive ne contient aucune photographie. Par la suite, les photographies se succèdent, accompagnées d’un texte d’explications sur la lésion :
- Une description de la photographie, pointant les anomalies par rapport à un organe sain et complétant l’image par des informations sur la texture ou l’odeur d’une telle lésion ; - Si besoin, un diagnostic morphologique, permettant d’associer le bon vocabulaire à la
lésion ;
- La cause de la lésion. Selon les cas, il peut s’agir de la cause précise du cas présenté ou des différentes causes possibles aboutissant à ce type de lésion ;
- La fréquence de la lésion chez les équidés et les éventuelles prédispositions d’âge, de race ou de sexe ;
- La localisation préférentielle lorsque l’information est pertinente ; - Les conséquences et lésions secondaires possibles.
D’autres renseignements peuvent être ajoutés au besoin : rappels de cours et définitions notamment.
c. Choix de la répartition des cas
L’objectif a été de répartir les cas de façon cohérente tout en évitant d’obtenir des diaporamas de longueur excessive, qui ont tendance à décourager les étudiants.
Les appareils cardiovasculaire et respiratoire ont été séparés. Pour l’appareil cardiovasculaire, le meilleur compromis entre répartition logique et longueur acceptable des diaporamas est la répartition suivante :
- Anomalies cardiaques congénitales ; - Lésions non tumorales du myocarde ;
- Lésions non tumorales de l’endocarde et du péricarde ; - Tumeurs ;
- Lésions des vaisseaux sanguins. ;
Pour l’appareil respiratoire, la répartition choisie est la suivante : - Cavités nasales et sinus ;
- Larynx et trachée :
o Lésions dégénératives ; o Lésions inflammatoires ; o Lésions vasculaires ; - Poumons :
o Anomalies de l’inflation ; o Lésions vasculaires ; o Pneumonies ;
- Cavité thoracique et plèvres :
o Lésions vasculaires et inflammatoires ; o Lésions tumorales.
B. Réalisation d’un diaporama a. Etapes préliminaires
Construction de la trame
Avant de créer un diaporama sur H5P, une version préparatoire est rédigée sur Word. Ce format se prête mieux aux modifications qu’un diaporama. Ce fichier regroupe toutes les informations associées à chaque photographie qui figureront sur le diaporama final. La bibliographie sur laquelle s’appuient les textes d’accompagnement est donnée à l’annexe 2. L’ordre d’apparition des photographies y est également décidé. Ainsi, lors de la rédaction du diaporama, il suffit de transposer le fichier Word en diapositives, ce qui permet un gain de temps considérable.
Retouche des photographies
□ Objectif
Il a été décidé d’uniformiser le format des photographies en appliquant systématiquement un arrière- plan uni noir. Nous avons choisi le noir car c’est la seule couleur, avec le gris foncé, qui ne modifie pas la perception de la couleur du spécimen par le cerveau. Par exemple, si on utilise un fond de couleur cyan, dont la couleur complémentaire est le rouge, le cerveau va interpréter le rouge de l’organe ou du tissu comme plus saturé qu’il ne l’est réellement (McGavin, 2012).
Selon la photographie, d’autres retouches ont pu être réalisées, telles qu’un éclaircissement des images trop sombres ou un recadrage. Une retouche mineure des couleurs a pu être faite (correction d’une lumière trop jaune par exemple), mais en préservant au maximum la teinte d’origine de l’organe. La couleur fait partie intégrante de la lésion, il est important de ne pas sursaturer ou désaturer une image.
□ Logiciel utilisé
Le logiciel utilisé pour retoucher les photographies est GIMP (GNU Image Manipulation Program). Il s’agit d’un logiciel gratuit, sous licence GNU, qui offre un large éventail d’outils d’édition d’image. Il fonctionne sous la plupart des systèmes d’exploitation et est compatible avec de nombreux langages informatiques (Scheme, Python ou Perl par exemple) (GIMP, 2020). Il s’agit donc d’un outil suffisamment puissant pour notre usage et dont la prise en main est rapide.
□ Réalisation pratique
À l’ouverture de GIMP, il y a trois barres d’outils (Figure 3) :
- Le menu principal, en haut de l’écran, qui contient toutes les actions et les outils proposés par le logiciel ;
- Une barre verticale, à gauche de l’écran, qui permet un accès rapide aux outils de base les plus fréquemment utilisés (sélection de zone, zone de texte ou encore choix de la couleur) ;
- Une barre verticale, à droite de l’écran, qui contient les options de l’outil. Par exemple, avec l’outil « pinceau », les options à disposition sont la taille de la brosse, sa forme, son opacité…
Figure 3 : Capture d’écran - Interface du logiciel GIMP
Pour ouvrir un ou plusieurs fichier sur GIMP, il est possible soit de parcourir les fichiers de l’ordinateur en cliquant sur l’onglet « fichier » puis « ouvrir », soit de cliquer-déposer le fichier directement dans la fenêtre du logiciel.
Il n’existe pas d’outil permettant d’appliquer un fond noir autour d’une zone précise de l’image, il faut le faire manuellement, en peignant l’image. Le plus simple est de procéder en deux étapes. La première étape est un premier passage grossier, qui colore rapidement de larges zones.
Pour cela, il faut commencer par sélectionner la zone à conserver avec l’outil « sélection à main levée », en faisant un contour large et grossier autour de cette zone (Figure 4). Puis dans l’onglet
« sélection », l’option « inverser la sélection » permet de sélectionner l’extérieur de la zone
précédemment sélectionnée. Ensuite, avec l’outil « pinceau » et une brosse de large diamètre, on peut peindre le fond sans risquer de colorer l’organe qui nous intéresse (Figure 5).
Figure 4 : Capture d’écran - Sélection large de la zone d'intérêt avec l'outil "sélection à main levée"
Figure 5 : Capture d’écran - Coloration grossière du fond, après inversion de la sélection
La seconde étape est beaucoup plus précise puisqu’il s’agit de peindre le contour exact de l’organe. On commence par zoomer sur l’image, afin de gagner en précision. Pour cela il suffit de choisir la taille d’affichage de l’image, soit dans l’onglet « affichage » puis « zoom », soit grâce au menu déroulant en bas à gauche de l’image. On modifie ensuite la sélection : dans l’onglet
« sélection », on clique cette fois sur « sélectionner tout ». On reprend l’outil « pinceau » en choisissant cette fois une brosse de petit diamètre, à bords nets ou flous selon la netteté de la photographie et la précision du contour de l’organe. Il suffit ensuite de suivre le contour de l’organe (Figure 6). Une brosse à bords flous donnera un rendu plus naturel dans les zones où le contour de l’organe n’est pas bien net. Une brosse à bords nets sera en revanche plus précise.
Figure 6 : Capture d’écran - Coloration précise du contour de l'organe
Il est parfois nécessaire de rogner l’image, dans les cas où l’organe qui nous intéresse n’est pas bien centré, ou si les bords sont trop larges. Il suffit d’utiliser « l’outil de découpage », situé soit dans l’onglet « image », soit directement dans la barre d’accès rapide à gauche. On sélectionne la taille souhaitée puis un clic à l’intérieur de ce cadre permet de rogner l’image (Figure 7).
Figure 7 : Capture d’écran - Recadrage de l'image
D’autres outils ont été utiles, notamment pour la balance des couleurs. L’onglet « couleurs » comporte plusieurs outils intéressants, dont ceux qui nous ont été le plus utiles sont :
- « Température de couleur » : permet de corriger les images trop jaunes ou trop bleues ; - « Ton sombres-tons clairs » : permet de corriger la luminosité sur seulement les parties claires ou les parties sombres de l’image. Cela permet d’obtenir une meilleure visibilité d’une zone trop sombre (une ombre par exemple), sans éclaircir les zones où la luminosité est correcte ;
- « Luminosité-contraste » : permet d’éclaircir une image trop sombre, tout en conservant un contraste correct.
b. Création d’un diaporama
L’outil H5P est intégré à Moodle. Il n’y a pas besoin de télécharger de logiciel, les diaporamas se créent et se modifient directement sur le site EVE.
Pour créer un nouveau diaporama, il faut commencer par activer le mode édition sur EVE (Figure 8). Ce mode est réservé aux administrateurs du cours, qui sont désignés par la Direction des Services Informatiques (DSI). Il permet d’ajouter du contenu sur la page de cours, en donnant accès aux divers outils de Moodle.
Figure 8 : Capture d’écran - Activation du mode édition sur EVE
Une fois le mode édition activé, des onglets « ajouter une activité ou ressource » apparaît dans toutes les sections de la page. En cliquant dessus, une fenêtre s’ouvre et propose une liste d’activités (ajout d’un test, d’un forum ou encore d’une zone de dépôt de devoirs) et de ressources (ajout d’un fichier, d’une vidéo ou d’un lien par exemple). Dans notre cas, on sélectionne l’option
« H5P » dans la liste des activités (Figure 9).
Figure 9 : Capture d’écran - Ajout d'une nouvelle activité H5P
Une nouvelle page s’ouvre, avec d’abord une zone de texte permettant de saisir une description pour le diaporama si on le souhaite, puis une liste des activités H5P proposées. Il suffit ensuite de sélectionner « course presentation » pour créer le diaporama (Figure 10).
Figure 10 : Capture d’écran - Création d'un nouveau diaporama
c. Création et modification d’une diapositive
L’interface du mode édition des diapositives est minimaliste, avec une barre d’outils en haut de la diapositive proposant des activités ou du contenu à ajouter à la diapositive, et une barre d’outils en bas permettant d’ajouter, dupliquer, supprimer ou réordonner les diapositives (Figure 11).
Figure 11 : Capture d’écran - Interface de l'assistant de création de diaporamas
L’arrière-plan du diaporama
Afin d’uniformiser les diaporamas et par souci d’esthétisme, nous avons décidé de mettre un fond uni noir sur toutes les diapositives, qui s’inscrit dans le prolongement de l’arrière-plan des photographies. Pour cela, il faut cliquer l’onglet « Arrière-plan de diapositive », puis « couleur d’arrière-plan » et enfin sélectionner une zone noire dans la palette de couleurs proposées.
L’outil « texte »
Cliquer sur la première icône de la barre d’outils permet de créer une zone de texte. Cela ouvre un nouveau volet (Figure 12) avec un champ libre où saisir le texte et les différents paramètres qu’on peut modifier. Quelques outils de traitement de texte sont disponibles, mais très limités.
Figure 12 : Capture d’écran - Interface du volet "Texte"
Il est possible de rendre le fond de la zone de texte plus ou moins opaque. Nous avons choisi de le laisser transparent la majorité du temps, donc noir comme l’arrière-plan des diapositives. Pour une bonne visibilité de l’écriture sans toutefois faire mal aux yeux, la couleur d’écriture choisie est un gris dénommé « argent brillant », et non complètement blanc.
Il existe une option « afficher sous forme de bouton ». Lorsqu’elle est activée, le texte n’apparaît pas directement sur la diapositive, il est remplacé par une petite icône bleue (Figure 13).
Le texte apparaît dans une petite fenêtre lorsqu’on clique sur cette icône. Nous avons utilisé cette option pour ajouter des informations non essentielles à la compréhension de l’image. Cela permet d’apporter des compléments d’information sans alourdir la diapositive.
Figure 13 : Capture d’écran - Insertion de texte sous forme de bouton
L’outil « image »
Sur le même principe, l’outil « image » de la barre d’outil permet d’ouvrir un nouveau volet (Figure 14). On peut y charger une image stockée sur l’ordinateur, puis éventuellement la faire pivoter ou la rogner. La position et la taille de l’image se règlent une fois l’image validée, lorsqu’on retourne sur l’affichage de la diapositive. Partant du principe que dans un atlas l’image prime sur le texte, nous avons choisi d’afficher la photographie de la plus grande taille possible.
Figure 14 : Capture d’écran - Interface du volet « Image »
L’option « texte de survol » permet d’afficher un court texte lorsque la souris passe sur l’image. Pour toutes les photographies, nous avons utilisé cette option pour ajouter l’identification du cheval (sexe, race et âge), le motif de consultation le cas échéant, l’origine de la mort (naturelle ou euthanasie) et les conclusions majeures de l’autopsie. Sans être indispensable à la compréhension des cas, nous avons estimé qu’il pouvait être intéressant de connaître ces informations, surtout dans les cas avec des processus pathologiques complexes. Par ailleurs, ce sont des informations à donner lors de la présentation d’un cas clinique, cela peut aider les étudiants à prendre l’habitude de s’intéresser à l’identité et aux commémoratifs de l’animal.
Comme pour l’outil texte, il est possible de cocher l’option « afficher sous forme de bouton », pour n’afficher sur la diapositive qu’une icône (différente de l’icône de texte, voir figure 15) et révéler l’image en cliquant dessus. Nous avons utilisé cette option pour ajouter des photographies complémentaires, montrant le même type de lésion sur un autre cas, la même lésion sous un autre angle ou un autre grossissement, ou une lésion du même cas sur un autre organe lorsqu’un lien de causalité entre les deux lésions existe (par exemple, insertion d’une photographie de bronchopneumonie consécutive à une rhinosinusite dans le diaporama sur les lésions des cavités nasales et des sinus).
Figure 15 : Capture d’écran - Insertion d'une image sous forme de bouton
L’outil « aller à la diapositive »
L’outil « aller à la diapositive », symbolisé par une ancre dans la barre d’outils, permet de passer d’une diapositive à une autre en cliquant sur une zone bien délimitée de la diapositive. Nous l’avons utilisé pour le sommaire, sur la première diapositive de chaque diaporama. En cliquant sur le nom d’une des lésions présentées dans le diaporama, l’utilisateur est emmené directement sur la diapositive associée.
Pour créer ce pont entre deux diapositives, il faut cliquer sur l’onglet « aller à la diapositive » sur la diapositive de départ, ce qui ouvre un nouveau volet (Figure 16). À l’option « aller vers », nous sélectionnons « le numéro de diapositive spécifique » dans le menu déroulant. La case suivante permet de saisir le numéro de diapositive sur laquelle on souhaite se déplacer.
Figure 16 : Capture d’écran - Interface du volet "Aller à la diapositive"
Il existe une option « invisible » : lorsqu’elle est cochée, l’utilisateur n’a aucune indication sur la zone à cliquer. Nous avons choisi de ne pas utiliser cette option par souci de clarté. Ainsi, la zone qui permet d’aller à une autre diapositive est affichée en bleu lorsqu’on passe la souris dessus.
Un inconvénient de cet outil est qu’il ne s’adapte pas aux ajouts et suppressions de diapositives. Si on décide par exemple de supprimer une diapositive, il faut ensuite corriger manuellement le numéro de diapositive pour toutes les suivantes. C’est donc le paramétrage à faire en dernier, lorsque le diaporama est terminé.
Troisième partie : Utilisation, limites et perspectives de l’atlas interactif réalisé
A. Utilisation de l’atlas interactif via Moodle a. Emplacement de l’atlas
L’atlas se trouve sur le site EVE, dans l’onglet « formation initiale », puis « supports pédagogiques variés », puis « thèses multimédia » (Figure 17). Cet atlas fait partie de la liste des thèses multimédia déjà publiées, sous l’intitulé « Atlas interactif des lésions macroscopiques des appareils respiratoires et cardiovasculaire des équidés ».
Figure 17 : Capture d’écran - Chemin d'accès vers les thèses multimédia
b. Lecture d’un diaporama
Les diaporamas sont séparés en deux catégories : ceux traitant de l’appareil cardiovasculaire d’une part et ceux traitant de l’appareil respiratoire d’autre part. Deux documents préalables sont
disponibles : l’un listant les lésions contenues dans chaque diaporama, le second expliquant comment utiliser les diaporamas.
L’ouverture d’un diaporama se fait d’un simple clic sur le titre. La première diapositive constitue le sommaire du diaporama. En cliquant sur l’intitulé d’une lésion, le lecteur passe directement à la diapositive correspondante. La barre en bas du diaporama peut aussi être utilisée pour aller directement à une diapositive spécifique : le titre de la diapositive s’affiche lorsqu’on survole le bouton avec la souris (Figure 18). Il est également possible de se déplacer de façon linéaire dans le diaporama en utilisant soit les flèches du clavier soit les flèches en bas du diaporama.
Figure 18 : Capture d’écran - Affichage du titre de la diapositive lors de survol avec la souris du bouton correspondant
Chaque diapositive se compose d’une photographie principale accompagnée d’un texte d’explications. En survolant l’image avec la souris, un court texte donne l’identification de l’équidé, les circonstances de la mort et les principales lésions trouvées à l’autopsie.
Dans certains cas, une icône « image » est visible, généralement dans un coin de la diapositive. En cliquant dessus, une photographie supplémentaire s’ouvre (Figure 19). Cela peut être une lésion similaire sur un autre cas, une autre vue de la même lésion (sous un autre angle ou sous un autre grossissement) ou une autre lésion du même cas ayant un lien avec la lésion présentée sur la diapositive. Un texte de survol est également présent sur les photographies supplémentaires.
Figure 19 : Capture d’écran - Ouverture d'une image supplémentaire lors de survol du bouton image
Une icône « texte » est parfois présente. Sur le même principe que l’icône « image », elle permet d’ouvrir un texte supplémentaire d’un clic. Ce texte fournit des informations complémentaires sur la lésion ou des rappels de cours, qui ne sont pas essentiels à la compréhension de la photographie (Figure 20).
Figure 20 : Capture d’écran - Ouverture d'un texte supplémentaire lors de survol du bouton texte
B. Limites du projet
a. Les limites posées par la photographie
Si les photographies sont indispensables à l’apprentissage de l’anatomie pathologique, elles ne sont cependant pas suffisantes. La photographie ne fait appel qu’à la vue, alors que le toucher et parfois l’odorat sont également nécessaires pour identifier correctement une lésion à l’autopsie. La palpation est par exemple nécessaire pour identifier des lésions de pneumonie. De plus, la photographie est figée, avec un unique angle de vue. La perception des couleurs, l’estimation de la taille peuvent être biaisés par l’éclairage, la qualité de l’image, l’absence d’échelle …
b. Les limites de la base de données
Malgré le nombre élevé de cas recueillis, la base de données ne contient pas toutes les lésions cardiovasculaires et respiratoires possibles chez le cheval. Il manque en effet certaines lésions, pourtant fréquentes et d’importance majeure chez le cheval (cf. infra).
Origine de ces limites
L’une des raisons réside dans le mode de recrutement des cas. Tous les cas à notre disposition sont des chevaux autopsiés à l’EnvA, suite à leur décès à la clinique équine de l’EnvA ou non. La majorité d’entre eux proviennent donc d’Île de France. Or cette région héberge relativement peu de chevaux (environ 31 000 équidés sur une estimation de 1 060 000 équidés présents en France), et très peu d’élevages (Dornier, 2019). En 2019, seules 538 naissances ont été déclarées en Île de France. En comparaison, 12 323 naissances ont été déclarées la même année en Normandie, ce qui représente près de 40% des naissances en France (IFCE, 2019). Par ailleurs, les propriétaires
ne sont pas tous enclins à faire réaliser une autopsie de leur animal. Enfin, il peut être difficile pour un particulier de transporter un cadavre d’équidé à l’EnvA. Ces données expliquent le faible nombre de chevaux adultes et de poulains autopsiés à l’EnvA. L’absence de poulains entraîne une perte de diversité des affections rencontrées, en particulier pour les affections congénitales.
Par ailleurs, les cas autopsiés à l’EnvA ne sont pas tous associés à des données exploitables pour l’atlas. Lors du tri des photographies, nous avons dû écarter 17 cas dont le dossier était incomplet (dossier de photographies et/ou relevé lésionnel manquant). Parmi les cas restants, 30 lésions ont également dû être écartées à cause d’un relevé lésionnel incomplet ne permettant pas d’identifier formellement la lésion (relevé lésionnel vide, absence de résultats histologiques qui auraient permis de préciser la lésion lorsque l’aspect macroscopique est équivoque). Il arrive aussi qu’aucune photographie ne soit prise lors de l’autopsie (21 cas entre 2013 et 2019). Toutefois, il s’agit probablement de cas jugés peu intéressants, donc la perte de données reste faible.
Lésions manquantes de l’appareil cardiovasculaire
Une liste non exhaustive des lésions de l’appareil cardiovasculaire qui font défaut à cet atlas est dressée dans le tableau 4. Les lésions soulignées sont celles qui sont plus fréquemment voire exclusivement retrouvées chez les poulains et les jeunes chevaux. Leur absence est probablement la conséquence du faible de nombre de poulains autopsiés à l’EnvA.
