Ministère de l’Agriculture, de l’Agroalimentaire et de la Forêt
Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux Aquitaine
1, cours du Général de Gaulle – CS 40201 – 33175 GRADIGNAN cedexMÉMOIRE de fin d’études
Pour l’obtention du titre
d’Ingénieur de Bordeaux Sciences Agro
C
ARACTÉRISATION DES MILIEUX DE PRODUCTION DES CAPRINS LAITIERS EN
F
RANCE
Rolland, Aude
Spécialisation : Filières Animales Durable Étude réalisée à : UMR GenPhySE
INRA Toulouse, Centre Occitanie, Chemin de Borde-Rouge, 31320 Auzeville-Tolosane
Ministère de l’Agriculture, de l’Agroalimentaire et de la Forêt
Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux Aquitaine
1, cours du Général de Gaulle – CS 40201 – 33175 GRADIGNAN cedexMÉMOIRE de fin d’études
Pour l’obtention du titre
d’Ingénieur de Bordeaux Sciences Agro
C
ARACTÉRISATION DES MILIEUX DE PRODUCTION DES CAPRINS LAITIERS EN
F
RANCE
C
HARACTERIZATION OF DAIRY GOAT FARMS ENVIRONMENTS INF
RANCERolland, Aude
Spécialisation : Filières Animales Durable Étude réalisée à : UMR GenPhySE
INRA Toulouse, Centre Occitanie, Chemin de Borde-Rouge, 31320 Auzeville-Tolosane
-Remerciements
Je remercie chaleureusement Isabelle Palhière et Hélène Larroque pour m’avoir fait confiance pour la réalisation de ce stage, pour leur aide précieuse, pour le temps passé à me former, pour leur
sympathie et leur disponibilité au quotidien
Je remercie Gille Lagriffoul pour son aide et son investissement dans le projet sur la caractérisation des milieux de production des petits ruminants
Je remercie Audrey Combasteix pour sa sympathie et son amitié tout au long de ce stage
Je remercie toutes les personnes de Capgènes, de l’idele, des réseaux d’élevage pour m’avoir mis sur les bonnes pistes entrevues lors des réunions téléphoniques et pour la transmission des données Je remercie Dominique François et Dominique Hasard de m’avoir accueilli dans leur bureau et d’avoir partagé le ventilateur les jours de fortes chaleurs
Je remercie Tiphaine pour son aide, particulièrement lors de la lecture du mémoire et son soutien lors de mon stage
Table des matières
Introduction : ... 1
I-Contexte du stage : ... 2
1) L’élevage caprin en France ... 2
a) Principales races utilisées ... 2
b) Débouchés pour les produits caprins. Contexte de la filière caprine ... 2
2)- Caractéristiques des élevages caprins français ... 4
a) Présentation générale des élevages ... 4
b) Cas types en élevage caprin ... 5
3)-Schéma de sélection en caprins ... 6
a) Organisation de la sélection des caprins ... 6
b) Caractères laitiers en sélection actuellement ... 6
4)-Le projet iSAGE (Innovation for Sustainable Sheep and Goat Production in Europe) ... 9
a) Présentation générale du projet iSAGE ... 9
b) Le volet WP5 ... 9
5)-Interactions entre le génotype et le milieu ... 10
a) Interactions génotype x milieu ... 10
b) Influence de la météo sur les performances ... 11
II- Matériel et méthode ... 12
1)-Ressources à disposition ... 12
a)-Choix des campagnes ... 12
b)- Données des systèmes d’élevage ... 12
c)- Index et effets de milieu ... 16
d)- Données météorologiques ... 18
2)- Constitution et analyse descriptive des variables par élevage ... 19
a)-Constitution d’un jeu de données avec les variables pour chaque cheptel et chaque campagne ... 19
b)- Statistiques descriptives simples ... 19
3)- Géolocalisation des élevages et mise en relation des données ... 20
4)-Méthode de classification des élevages ... 21
III-Résultats et discussion ... 22
1)- Description des élevages, statistiques descriptives ... 22
a) Cartographie des élevages ... 22
b) Performances laitières par cheptel ... 23
2)-Description des index et des effets élevage par élevage ... 36
a) Description des index ... 36
b) Description des effets d’élevage ... 36
3)-Données météorologiques et interactions avec les élevages ... 38
4)-Classification des élevages ... 38
a) Résultats des ACP et ACM ... 38
b) Classification Clustering, réalisation d’une typologie des élevages, caractérisation des milieux. ... 43
Conclusion ... 50
Tables des tableaux et des figures
Tableau 1: Nombre de troupeaux selon la race principale en fonction des campagnes ... 31
Tableau 2 : Récapitulatif des résultats par clusters... 49
Figure 1 : Production de lait de chèvre en 2014 (sources idele SAA Institut de l’élevage, Confédération Nationale de l’Elevage, 2015) ... 4
Figure 2 : Différentes formes d'interaction génotype x milieu (comparaison de 3 animaux selon 3 milieux) (Leclerc et al., 2014) ... 11
Figure 3 : Tri et sélection des données issues de la base nationale ... 13
Figure 4 : Présentation initiale du fichier des effets d'élevage dans la base d'indexation ... 18
Figure 5 : Bilan des principales variables retenues dans le fichier final ... 19
Figure 6 : Cartographie des élevages retenus et des bassins laitiers retenus pour l’étude ... 22
Figure 7 : Répartition des élevages selon les bassins laitiers ... 23
Figure 8 : Répartition des élevages en fonction de leur niveau de production ... 24
Figure 9 : Comparaison de la production laitière moyenne des cheptels des adhérents et des non adhérents à Capgènes sur les 3 campagnes (1=adhérent à Capgènes ; 0=non adhérent à Capgènes) 25 Figure 10 : Production laitière moyenne par chèvre et par lactation en fonction du bassin laitier ... 27
Figure 11 : Répartition des éleveurs en fonction de la taille de leur cheptel ... 30
Figure 12 : Nombre moyen de chèvres par cheptels en fonction de l'adhésion ou non à Capgènes ... 31
Figure 13 : Pourcentage de mises-bas par mois par cheptel ... 33
Figure 14 : Répartition des mises-bas par mois par élevage selon le système de reproduction ... 34
Figure 15 : Répartition des bassins laitiers selon les 2 premières dimensions de l'ACM ... 39
Figure 16 : Niveau de production laitier selon les 2 premières dimensions de l'ACM... 40
Figure 17 : Niveaux Index lait et TB selon les 2 premières dimensions de l'ACM ... 40
Figure 18 : Systèmes alimentaires en fonction des 2 premières dimensions de l'ACM ... 41
Figure 19 : Répartition des systèmes de reproduction et vente, et les races selon les 2 premières dimensions de l'ACM ... 42
Figure 20 : Répartition des différentes variables selon les 2 premières dimensions de l'ACM ... 43
Figure 21 : Pourcentage d'élevage par bassin selon leur cluster ... 44
Figure 22 : Répartition des systèmes alimentaires en fonction de leur cluster ... 44
Figure 23: Proportion des éleveurs selon leur système de vente répartis par cluster ... 45
Figure 24 : Répartition des systèmes d'exploitation selon les clusters ... 45
Figure 25 : Répartition des systèmes de reproduction selon les clusters ... 46
Figure 26 : Proportion de chaque race principale dans chaque cluster ... 46
Figure 27 : Distribution de la production laitière moyenne par cluster ... 47
Liste des annexes
Annexe 1 : Répartition du cheptel régional de caprins français en 2014 (en milliers de têtes) et évolution entre 2013 et 2014
Annexe 2 : Répartition des mises-bas au cours de la campagne 2013 pour les élevages au contrôle laitier
Annexe 3 : Résultats techniques des ateliers caprins de la base BTE/GTE selon les différentes régions pour la campagne 2014
Annexe 4 : Tableau croisé des ventes de reproducteurs en fonction du bassin laitier Annexe 5 : Tableau croisé entre le système de vente et le bassin laitier
Annexe 6 : Tableau des corrélations pour les variables sur l’élevage
Annexe 7 : Résultats moyens des performances laitières par cheptel pour les campagnes 2014, 2015 et 2016
Annexe 8 : Comparaison du pourcentage de filles issues d’IA en moyenne dans les cheptels entre les adhérents et les non adhérents à Capgènes
Annexe 9 : Comparaison du pourcentage moyen de pères connus par troupeau entre les adhérents et les adhérents à Capgènes
Annexe 10 : Production laitière moyenne par cheptel selon le protocole de contrôle laitier utilisé Annexe 11 : Comparaison de la production laitière moyenne des cheptels bio et non bio
Annexe 12 : Comparaison de la taille moyenne des cheptels des éleveurs bio et non bio
Annexe 13 : Evolution moyenne des LSCS sur les 3 campagnes en fonction de la race des chèvres Annexe 14 : Tableau de corrélation entre les performances des élevages et leur localisation Annexe 15 : Nombre de chèvres moyen par cheptel en fonction du bassin laitier
Annexe 16 : Répartition des élevages en fonction de leur pourcentage de filles d’IA Annexe 17 : Répartiton des élevages en fonction de leur niveau de connexion
Annexe 18 : Tableau des index moyen par cheptel sur les campagnes 2014, 2015 et 2016 Annexe 19 : Tableau des effets élevage pour les campagnes 2014, 2015 et 2016
Annexe 20 : Tableau des effets élevages moyen par cheptel pour les cellules somatiques pour les campagnes 2014, 2015 et 2016
Annexe 21 : Tableau de corrélation entre les performances moyennes, les index et les effets élevage Annexe 22 : Evolution des effets élevage moyen depuis 1990
Annexe 23 : Résultats de l’ACP : valeur propres des différents facteurs Annexe 24 : Diagramme des valeurs propres obtenues par l’ACP
Annexe 25 : Représentation des différents facteurs selon les variables initiales Annexe 26 : Représentation des différents facteurs selon les variables initiales
Annexe 27 : Répartition des élevages selon les différentes classes formées à partir des variables quantitativs retenues
Annexe 28 : Répartition des élevages dans les 4 clusters selon les 2 premières dimensions de l’ACM Annexe 29 : Répartition des élevages dans les 4 clusters selon la dimension 1 et 2 de l’ACM
Annexe 30 : Pourcentage d’utilisation de traitements lumineux dans les différents clusters Annexe 31 : Résultats moyen par cluster pour les variables quantitatives
Liste des Abréviations
AB : Agriculture Biologique
ACM : Analyse en Correspondances Multiples ACP : Analyse en Composantes Principales AOC : Appellation d’Origine Contrôlée AOP : Appellation d’Origine Protégée BLUP : Best Linear Unvariable Predictor BTE : Bilan Technico-Économique CCS : Comptage Cellules Somatiques
CNAOL : Conseil National des Appellations d’Origine Laitière CNBL : Comité National Brebis Laitière
CNE : Confédération Nationale de l’Élevage CP : Code Postal
CRA : Chambre Régionale d’Agriculture
GenPhySE : Génétique Physiologie et Systèmes d’Élevage GTE : Gestion Technico-Économique
IA : Insémination Animale ICC : Index Combiné Caprin
IGN : Institut National de l’Information Géographique et Forestière IMC : Index de Morphologie Caprin
IMG : Index Matière Grasse IMP : Index Matière Protéique
INAO : Institut National de l’Origine et de la Qualité INRA : Institut National de Recherche Agronomique IPC : Index de Production Caprine
iSAGE: innovation for Innovation for Sustainable Sheep and Goat Production in Europe ITB : Index Taux Butyreux
ITP : Index Taux Protéique
LSCS : Logarithme Score Cellules Somatiques MG : Matière Grasse
MP : Matière Protéique MS : Matière Sèche MSU : Matière Sèche Utile
PACA : Provence Alpes Côtes d’Azur PRA : Petite Région Agricole
SAU : Surfaces Agricoles Utiles SCS : Score Cellules Somatiques
SELMET : Systèmes d’Élevage Méditerranéens et Tropicaux SIQO : Signe Officiel de la Qualité et de l’Origine
TB: Taux Butyreux
THI : Temperature Humidity Index TP : Taux Protéique
UMR : Unité Mixte de Recherche WP : Work Package
1
Introduction :
Aujourd’hui, la filière caprine tout comme l’élevage en général doit faire face à de nombreuses problématiques qui poussent les élevages à évoluer. Les éleveurs font face à des demandes de plus en plus exigeantes des consommateurs qui souhaitent la mise en place d’une agriculture plus raisonnée et des produits de bonne qualité tant sur l’aspect gustatif que sur l’aspect de la sécurité sanitaire. Ils doivent également veiller à la préservation de leur environnement et s’adapter à l’impact du changement climatique. D’autres contraintes surviennent telles que la volatilité des prix des aliments auxquelles ils doivent répondre en cherchant à optimiser leurs ressources alimentaires et limiter les apports en aliments complémentaires achetés. Chaque éleveur s’adapte à ses contraintes de façon individuelle et spécifique car les élevages sont différents les uns des autres. En effet, les élevages peuvent se distinguer par leur environnement pédoclimatique, par les différents systèmes de conduite des troupeaux, par la mise en place d’objectifs différents... Parmi les élevages de caprins laitiers en France, une grande diversité des conduites des troupeaux existe, reflétant notamment une dispersion importante des élevages sur tout le territoire. Les élevages évoluent pour répondre au mieux aux besoins de la filière et aux différents enjeux présents et futurs. Pour cela, plusieurs leviers peuvent être à la disposition des éleveurs. L’amélioration génétique du troupeau fait partie de ces leviers et a montré son efficacité depuis une trentaine d’années en caprins. Cependant, on peut penser que cette sélection génétique pourrait être optimisée en étant adaptée au milieu dans lequel vivent les animaux. En effet le postulat actuel mis en œuvre dans l’évaluation génétique des chèvres est qu’il n’y a pas d’interaction entre la génétique et le milieu. Or tenir compte d’éventuelles interactions et prendre en compte l’environnement dans lequel les animaux sont élevés pourraient permettre d’optimiser le niveau de production des animaux dans un milieu donné.
Quels sont les éléments qui permettent de caractériser les milieux de production des élevages des caprins laitiers en France ?
L’objectif de ce stage est de réussir à caractériser les milieux de production des caprins laitiers en France. Il s’agit d’établir une typologie des élevages de caprins laitiers. Nous cherchons à déterminer quels sont les éléments du milieu ou les facteurs de production qui permettent de distinguer les élevages : est-ce la situation géographique qui caractérise la production ? Pour cela nous prenons en compte la longitude, la latitude et l’altitude à laquelle se trouve l’élevage. Est-ce les paramètres météorologiques qui influencent les performances de l’élevage : la température, l’humidité, l’évapotranspiration, le vent ? Est–ce des facteurs de productions : élevages spécialisés en caprins ou avec d’autres productions en parallèle, des élevages livreurs ou fromagers ? Tous ces éléments sont rassemblés dans un même jeu de données. Cela va nous permettre d’effectuer des comparaisons, statistiques dans l’objectif d’établir une typologie des élevages de caprins laitiers français.
Cette typologie servira de base pour répondre à un second objectif réalisé dans le futur. En effet, l’objectif à terme est d’étudier les interactions entre le génotype et le milieu susceptibles d’exister, pour les caractères actuellement en sélection. La mise en évidence d’interactions et leur prise en compte dans l’évaluation génétique pourraient permettre par exemple à l’organisme de sélection de proposer une offre plus précise répondant au mieux aux besoins des éleveurs en fonction de leur système et de leur milieu.
Des éléments sur la filière caprine et sur le projet iSAGE, dans lequel s’inscrit ce stage, seront présentés dans une première partie. Dans un second temps, nous verrons les ressources utilisées et les méthodes
2 employées pour caractériser les élevages de caprins laitiers. Enfin, dans une troisième partie, les résultats seront présentés et discutés.
I-Contexte du stage :
1) L’élevage caprin en France
a) Principales races utilisées
Les deux races de chèvres principalement présentes en France sont la race Saanen et la race Alpine. Sur le territoire, le nombre de chèvres de race Saanen est de 350000 dont plus de 110000 sont enregistrées au contrôle laitier (Capgènes, 2013b). Les chèvres de race Alpine sont plus nombreuses, leur nombre est de 450000 dont 159000 enregistrées au contrôle laitier (Capgènes, 2013a). Ces deux races représentent 96,9% des lactations prises en compte au Contrôle Laitier pour la campagne 2016 (Institut de l’élevage, FCEL, 2016). Ces deux races ont un potentiel laitier supérieur aux chèvres de races locales, les éleveurs ont donc fait le choix d’élever ces deux races principalement en France (Institut de l’élevage, 2012). La production moyenne de la chèvre Saanen s’élève à 946 kg de lait en 305 jours de lactation ce qui est plus élevé que la production de la chèvre de race Alpine avec une production moyenne de 886 kg en 295 jours ((Capgènes, 2013a). Le TB (Taux Butyreux) et le TP (Taux Protéique) sont plus élevés pour les chèvres de race Alpine que pour les chèvres de race Saanen, ces taux étant respectivement en moyenne de 37,8 g/kg de lait et 33,2 g/kg de lait pour les chèvres Alpines contre 35,8 g/kg de lait et 31,8 g/kg pour les chèvres de race Saanen (Capgènes, 2013).
Outre leurs qualités laitières, les chèvres de race Alpine s’adaptent facilement aux différents milieux de production (stabulation, pâturage, montagne). C’est la raison pour laquelle on retrouve des troupeaux de cette race dans toutes les zones d’élevages caprins français. Cependant, on retrouve cette race particulièrement en région Rhône Alpes : en Savoie, lieu du berceau de la race, dans les vallées de la Loire, de la Saône et du Rhône. On la retrouve également dans la région Poitou-Charentes. Les chèvres de race Saanen quant à elles s’adaptent très bien aux modes de production plus « intensifs ». Cette race se situe particulièrement dans le Sud-Est, le Centre et l’Ouest de la France (Capgènes, 2013b).
Certains élevages ont à la fois des chèvres de race Alpine et des chèvres de race Saanen, on parle alors de troupeaux de races mixtes.
b) Débouchés pour les produits caprins. Contexte de la filière caprine
i) Les produits consommés et les volontés des consommateurs
Les produits consommés principalement en France sont de types fromages. La fabrication de fromage de chèvre a dépassé le seuil des 100000 tonnes en 2016 alors qu’elle était de 92000 tonnes en 2010 (France Agrimer, 2017). Le lait frais de chèvre est quant à lui peu consommé. Les fabrications de lait conditionné et de yaourt et lait fermentés restent en marge par rapport à la fabrication de fromage. Les volumes produits étaient de 14 millions de litres pour le lait conditionné et de 9 millions pour les yaourts et lait fermenté en 2016. Les deux races principalement sélectionnées, la race Saanen et la race Alpine, produisent un lait pouvant être transformé en fromage avec des TB et des TP élevés qui vont constituer la MSU (Matière Sèche Utile) (Institut de l’élevage, 2012). Le fromage de chèvre le plus couramment consommé en France est la bûchette un peu plus de la moitié des fabrications de fromages de chèvres est sous cette forme (France Agrimer, 2017). Parmi les 45 fromages français sous
3 AOP (Appellation d’Origine Protégée), 14 fromages sont issus de lait de chèvre (CNAOL, 2015). 13,8% de la collecte de lait de chèvre est destinée à la fabrication de fromages sous AOP (CNAOL, 2015). Les prix des produits issus du lait de chèvre doivent restés accessibles aux consommateurs. Le fromage de chèvre coûte plus cher que le fromage de vache en moyenne mais coûte moins cher que le lait de brebis. En 2016, le coût était de 12,15€/kg pour les fromages au lait de chèvre contre 8,75€/kg pour les fromages au lait de vaches et 15,07€/kg pour les fromages au lait de brebis. Parmi les fromages de chèvre, le prix est un peu plus élevé au kilogramme pour les fromages frais par rapport aux fromages affinés (13,57 €/kg contre 11,60€/kg) ((France Agrimer, 2017)d’après Kantar Worldpanel).
Le fromage de chèvre bénéficie d’une image favorable auprès des consommateurs, 39% des personnes pensent que le fromage de chèvre est surtout issu d’une fabrication artisanale (TNS Sofres), 62% des Français imaginent une taille moyenne des élevages inférieure à 100 chèvres et 98% personnes ayant répondu au sondage de TNS Sofres pensent que les chèvres sont élevées en grande partie en extérieur (Association Nationale Interptofessionnelle Caprine, 2015). La production de lait de chèvre bénéficie donc d’une image très positive, cependant cette image est un peu déconnectée de la réalité et il ne faudrait pas qu’une prise de conscience (élevages plus grands que ce que pense l’opinion publique, élevages avec peu ou pas de pâturage) affaiblisse la filière (Association Nationale Interptofessionnelle Caprine, 2015).
La consommation de fromage de chèvre est plutôt en croissance dans les ménages français. La consommation est passée de 47405 tonnes de fromages de chèvre consommées en 2008 en France à 50702 tonnes de fromages de chèvres consommées en France en 2012(France Agrimer, 2013). Un ménage1 a acheté en moyenne en 2015, 2,2 kg de fromage de chèvre par an sur 28,8 kg de fromage
achetés au total toutes espèces confondues (Association Nationale Interptofessionnelle Caprine, 2015).
ii) adaptation de la filière aux problématiques actuelles
La filière « agriculture biologique » est encore une petite filière au sein de la filière caprine. Le nombre d’élevage en Agriculture Biologique progresse toutefois. 346 cheptels étaient en agriculture biologique en 2005 alors que 762 l’était en 2014. Les volumes de lait de chèvre biologiques sont passés de 1336000 litres en 2005 à 4122000 litres en 2014 ((Institut de l’élevage, Confédération Nationale de l’Elevage, 2015) sources Agreste et Agence bio).
Globalement, les éleveurs de caprins ont la volonté d’aller vers une agriculture durable et raisonnée. Par exemple, une enquête a été réalisée par la Chambre d’Agriculture du Centre Val de Loire. Les perspectives envisagées par les éleveurs à la fin de cette étude étaient une volonté pour 80% des éleveurs enquêtés de maintenir ou d’augmenter les volumes produits et d’augmenter particulièrement les volumes produits en agriculture biologique. Une autre volonté à l’horizon 2020 est de développer la performance économique en améliorant notamment l’autonomie des troupeaux en concentrés (CRA Centre Val de Loire, 2016).
iii) résultats économiques de la filière, place de la filière au sein des autres filières
La filière caprine est une petite filière au sein de l’agriculture française, mais elle occupe une place importante en Europe. La France se classe à la troisième position en Europe en termes d’effectifs de chèvres. La France est caractérisée par son orientation laitière. La production française, du fait de son
4 orientation fromagère, est originale par rapport aux autres pays car il existe deux modes de valorisation du lait : la transformation industrielle et la fabrication de fromages à la ferme. La France se place à la première position européenne pour les volumes de lait de chèvres collectés (France Agrimer, 2013).
2)- Caractéristiques des élevages caprins français
a) Présentation générale des élevages
La production laitière caprine se concentre plutôt au sud de la Loire comme l’indique la carte en figure 1. La région la plus forte productrice est la région Poitou-Charentes. Les régions ayant une production importante de lait de chèvre sont ensuite les Pays de la Loire, la région Centre, la région Midi-Pyrénées, la région Rhône-Alpes. La part de lait livré et de lait transformé ou autoconsommé est très différente d’une région à l’autre : alors que la part de lait transformé semble faible en Poitou-Charentes et Pays de la Loire, elle est beaucoup plus importante dans les régions du Sud-Est de la France. Les éleveurs livreurs produisent 79% de la production laitière, les fromagers 15% et les éleveurs mixtes (à la fois livreur et fromager) 6% ( d’après SSP (Institut de l’élevage, Confédération Nationale de l’Elevage, 2015)). Un quart des troupeaux de chèvres laitières français compte plus 200 chèvres. Le nombre d’élevage caprin tend à diminuer depuis une dizaine d’année (annexe 1). Ainsi, le nombre d’exploitation de plus de 10 chèvres ayant une activité laitière est passé de 5900 en 2005 à 5120 en 2014.
Figure 1 : Production de lait de chèvre en 2014 (sources idele SAA Institut de l’élevage, Confédération Nationale de l’Elevage, 2015)
La part d’éleveurs mixtes parmi les éleveurs de chèvre est peu élevée, elle est de 5%. 48 % des éleveurs de caprins laitiers sont des livreurs et 47% sont des fromagers. Les troupeaux d’éleveurs fromagers sont plus petits que ceux des éleveurs livreurs car ils ne possèdent au total que 22% des chèvres laitières françaises soit en moyenne 70 chèvres par troupeau. Les éleveurs livreurs regroupent 72% des effectifs de chèvres, la taille moyenne des cheptels est de 237 chèvres. Les éleveurs mixtes ont des troupeaux d’une taille moyenne de 202 chèvres.
5 Globalement, la mixité avec d’autres espèces rencontrées sur les élevages est surtout avec bovins allaitants, il y a peu de mixité avec des vaches laitières ou des ovins.
Les Réseaux d’élevage -Inosys offrent un appui technique et une collecte d’information dans une grande diversité de régions. Les données collectées sont centralisées dans la base BTE (Bilan Technico-Économique) / GTE (Gestion Technico-Technico-Économique) caprins. Cette dernière apporte de nombreuses informations sur la structure des exploitations et sur les performances techniques et économiques des ateliers caprins. 258 ateliers caprins livreurs et 136 ateliers caprins fromagers et mixtes au total sont répertoriés dans cette base. Dans cette base de données, nous pouvons distinguer plusieurs groupes d’éleveurs :
-les livreurs : ils comptabilisent 74 400 chèvres pour 62 millions litres de lait. Le chiffre d’affaire total de ces éleveurs est de 42 millions d’euros. 8% de ces éleveurs sont sous SIQO2 (Signe Officiel de la
Qualité et de l’Origine) ;
- les fromagers et mixtes : on compte 14400 chèvres produisant au total 9.5 millions litres de lait. Le chiffre d’affaire est de 13.6 millions d’euros. 29% éleveurs commercialisent sous SIQO.
Les données techniques révélées par cette base de données semblent indiquer que des différences notables existent dans la conduite des troupeaux selon les régions. Ces différences se répercutent sur les performances des troupeaux (annexe 3). Parmi les cheptels constituant la base de données BTE / GTE, il existe une différence importante de niveau de production laitière entre les élevages de PACA et les élevages de Pays de la Loire. Ces derniers produisent en moyenne 370 litres de plus par chèvre par rapport aux éleveurs de Poitou-Charentes. D’un autre côté, les performances de TB et de TP sont les meilleurs en PACA et sont les plus faibles dans le Midi-Pyrénées/ Aquitaine pour le TB et en Rhône Alpes pour le TP. Ces différences de performances peuvent être expliquées par des systèmes de conduite alimentaire selon les régions. Par exemple, les quantités de concentrés distribuées par chèvre en région PACA sont 2 fois inférieures à la quantité distribuée dans les autres régions. Les quantités de fourrages achetées par chèvres varient également, elles sont le plus élevées en Poitou-Charentes (248 kg de MS/chèvre/an) (Inosys-Réseaux d’élevage, 2014) (annexe 3).
b) Cas types en élevage caprin
D’après l’idele, plusieurs grands ensembles régionaux se distinguent les uns des autres en élevage caprin :
-la zone intensive du Centre Ouest/ Ouest : le système dominant dans ce bassin est le système d’éleveurs spécialisés laitiers avec en moyenne 230 chèvres par troupeau et une conduite plutôt intensive. Les animaux pâturent peu, les surfaces agricoles sont essentiellement destinées à l’alimentation du troupeau, notamment pour l’approvisionnement du troupeau en fourrage. 40% de ces exploitations ont leur production sous AOC (Appellation d’Origine Contrôlée). Dans la zone herbagère des Pays de la Loire et de Poitou-Charentes, les élevages de chèvres d’une taille inférieure à 200 chèvres sont souvent associés avec une production de bovins allaitants et plus rarement avec des vaches laitières. Enfin, dans cette zone, les éleveurs fromagers sont principalement situés dans la région Centre. La taille moyenne de ces dernières exploitations est d’environ 120 chèvres ;
2 En France, les produits sous SIQO sont les produits sous AOC, AOP, Indication Géographique Protégée,
6 -la zone Sud-Ouest/ Massif Central / Rhône Alpes : les troupeaux sont moins grands que ceux du modèle précédent. Les surfaces agricoles utiles (SAU) sont généralement assez petites, c’est sur cette zone que les aliments déshydratés sont les plus consommés. Dans cette zone, certains éleveurs ont également des associations avec des vaches allaitantes. Un tiers des éleveurs sont fromagers dont un tiers sont sous AOC. La taille moyenne des troupeaux de ces derniers est plus petite que ceux précédemment évoqués avec une taille moyenne des troupeaux de l’ordre de 60 chèvres par troupeau. Les AOC sont nombreuses dans cette zone avec notamment les AOC Rocamadour, Chevrotin, Picodon ; -les zones sèches du Sud : le système traditionnel de cette zone est la conduite de troupeaux d’une taille d’environ 50 chèvres, spécialisés caprins et fromagers, ces élevages sont conduits sur des parcours (Institut de l’élevage, 2012).
3)-Schéma de sélection en caprins
a) Organisation de la sélection des caprins
Pour les caprins, un organisme unique de sélection existe en France, il s’agit de Capgènes. Il est chargé de coordonner le schéma de sélection des races Alpine, Saanen et Angora et de gérer les 11 autres races caprines françaises (Capgènes).
La sélection des chèvres de race Alpine et Saanen est permise grâce au concours de nombreux organismes différents impliqués dans le contrôle laitier, l’insémination animale, la gestion de la base de données nationale, l’indexation (Institut de l’élevage, 2012).
Le contrôle laitier est réalisé par les entreprises de conseil en élevage. Il existe plusieurs protocoles de contrôle laitier. Les résultats collectés sont rassemblés dans une base de données nationale, cela permet de réaliser l’indexation des reproducteurs c’est-à-dire l’évaluation de leur potentiel génétique. La base de données nationale contient les enregistrements des performances laitières des animaux et les filiations existantes entre les animaux contrôlés.
b) Caractères laitiers en sélection actuellement
i) Caractères laitiers sélectionnés
Les caractères laitiers sélectionnés en élevages caprins sont : la quantité de lait, les quantités de matière grasse (MG) et de matière protéique (MP), le TB et le TP. Ces caractères sont sélectionnés pour répondre à la demande de la filière essentiellement orientée vers la production laitière avec un objectif de production fromagère. Le TB et le TP déterminent le rendement fromager, il est donc indispensable qu’il y ait une sélection sur ces caractères. Les programmes de sélection et la diffusion de semences de mâles à haut potentiel permise par l’insémination animale ont contribué à
l’accroissement du potentiel laitier du troupeau caprin français (Institut de l’élevage, 2012). Les index des caractères laitiers sont combinés dans un index de synthèse, appelé IPC : Index de Production Caprine (Clément et al., 2015). L’IPC est calculé de la manière suivante :
IPC =IMP +0.4 ITP +0.2 IMG + 0.1 ITB Avec : IMP =Index Matière protéique
7 IMG = Index Matière Grasse
ITB = Index Taux Butyreux
ii) Autres caractères en sélection
Afin de limiter les coûts d’élevage d’autres caractères sont sélectionnés. La morphologie des animaux et en particulier la morphologie de la mamelle sont prises en compte. La morphologie est intégrée au schéma de sélection depuis 2006. Les caractères de morphologie sont évalués grâce à une table de pointage, celle-ci évalue la morphologie de la chèvre au travers de différents postes. 11 postes de morphologie sont pointés en routine sur les femelles : le profil de la mamelle, la hauteur du plancher, la largeur de l’attache arrière, l’avant-pis, l’orientation des trayons, le tour de poitrine, l’ouverture des pieds, la longueur des trayons, la forme des trayons, la forme de l’arrière-pis. L’IMC (Index de Morphologie Caprin) fait la synthèse de 5 critères principaux de morphologie : le profil de la mamelle, la hauteur du plancher, la largeur de l’attache arrière, l’orientation des trayons, l’avant-pis (Clément et al., 2015). Pour la mamelle, une attention particulière est portée sur la forme et sur la qualité des attaches pour répondre aux fréquences des traites et aux quantités importantes de lait produit. Une mamelle avec une bonne morphologie est plus facile à traire qu’une mamelle ayant une mauvaise morphologie. Une morphologie correcte engendre également une meilleure longévité fonctionnelle de la mamelle et diminue la fréquence des chèvres réformées (Idele). Il existe un index qui combine à la fois la morphologie et la production, cet index est l’ICC (Index Combiné Caprin). Il prend en compte l’IMC et l’IPC (Clément et al., 2015).
La sélection au cours des dernières années s’est essentiellement concentrée sur la sélection des caractères de production laitière, une dégradation de la morphologie de la mamelle a été constatée, c’est pourquoi aujourd’hui ces critères reprennent de l’importance parmi les caractères sélectionnés (Institut de l’élevage, 2012). D’autres caractères sont également observés de plus près à savoir la vitesse de traite, la persistance laitière et les résistances aux maladies, la fertilité, la prolificité, la rusticité, la précocité... La sélection sur le niveau de cellules somatiques est effectuée depuis 2013. La sélection sur ce nouveau caractère a pour objectif l’amélioration de la résistance aux mammites et l’amélioration de la qualité du lait (Clément et al., 2015) La calcul de cet index est basé sur tous les CCS (Comptages de Cellules Somatiques) réalisés entre 5 et 250 jours. Premièrement les CCS sont transformés en SCS (Score Cellules Somatiques) pour obtenir une distribution normale des performances : SCS = log2(CCS/100000) + 3. Ensuite on réalise une correction additive du SCS selon le
rang et le stade de lactation. Enfin une moyenne pondérée des SCS corrigées par lactation est calculé (Clément et al., 2015).
Il est essentiel de sélectionner de nouveaux caractères autres que les caractères laitiers afin de limiter les coûts d’élevage : réforme précoce, soins vétérinaires…
iii) Perspectives d’évolution : la sélection génomique
Actuellement le schéma de sélection est basé sur le testage sur descendance de 30 à 40 mâles par race et par an mais début 2018, la sélection va s’orienter vers une sélection génomique comme pour un certain nombre d’autres espèces d’élevage, bovins notamment (France Génétique Élevage, 2016). Cette sélection permettra notamment d’obtenir des index génomiques rapidement pour les femelles , ce qui réduira l’âge moyen des mères à boucs, de choisir de jeunes mâles d’insémination pour lesquels l’index génomique sera fiable et précis sans connaître les performances du candidats, d’intégrer de nouveaux caractères en sélection (Shumbusho et al., 2014).
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iiii) Utilisation de l’insémination animale
➢ Reproduction des chèvres
Les chèvres ont une reproduction saisonnée de photopériode descendante. Lorsque la durée du jour diminue, de la fin de l’été au début de l’automne, les cycles sexuels de la chèvre reprennent naturellement leur cours. En dehors de cette période la chèvre n’est pas active sexuellement (Chanvallon, 2012). Être active sexuellement lorsque la photopériode diminue permet des mises-bas à la fin de l’hiver et au début du printemps, là où le climat et les ressources alimentaires sont les plus favorables à l’élevage des chevreaux. Les mises-bas à contre saisons nécessitant des méthodes de retour en chaleur des chèvres : traitement lumineux, effet mâle ou traitement hormonaux (pose d’éponges progestatives), le système de reproduction privilégié est le système de mises-bas saisonnées. Ainsi d’après les résultats du contrôle laitier 2013, un quart des mises-bas ont lieu en février et plus de 60% des mises-bas ont eu lieu entre janvier et mars (Institut de l’élevage, FCEL, 2013) (annexe 2).
➢ Utilisation de l’IA en élevage
L’insémination animale est utilisée dans le cas de mises-bas désaisonnées (36% des IA ont eu lieu avant le 15 juin en 2011 (Capgènes, 2011), dans le cas où l’éleveur souhaite avoir des mises-bas groupées sur une période donnée, dans un but d’amélioration génétique du troupeau. En France, 60% des inséminations sont faites sur les chèvres de race Alpine car l’effectif de chèvres de cette race est le plus important et 40% sur les chèvres de race Saanen (Coyral-Castel et al., 2013). En moyenne par cheptel, 30% des chèvres sont inséminées pour les adhérents à Capgènes, et 2% des chèvres sont inséminées dans les autres cheptels. L’insémination permet une amélioration génétique ce qui entraine une amélioration des performances, ainsi les troupeaux où plus de 50% des chèvres étaient inséminées en 2011 ont produit 1062 kg/chèvre/lactation en moyenne alors que des troupeaux où l’insémination animale étaient de moins de 10% ont eu une production moyenne par lactation de 875 kg/chèvre. De même pour le TB et le TP, plus le taux d’IA est important au sein du troupeau plus ces taux sont élevés (Capgènes, 2011). Le nombre d’IA a été maximal en 2010 avec la mise en place de 76900 IA. Ce nombre a diminué entre 2010 et 2013 passant de 76900 IA à 68000. Cette diminution peut notamment être expliquée par un contexte économique particulièrement compliqué pour la filière entre 2010 et 2013. Toutefois, en 2014, les IA sont reparties légèrement à la hausse avec un nombre total de 69000 IA. Cependant, le nombre d’élevage où les IA sont pratiquées ne cesse de diminuer depuis 2005 passant de 1258 élevages en 2005 à 863 élevages en 2014 (d’après Capgènes (Institut de l’élevage, Confédération Nationale de l’Elevage, 2015)). Ce contexte confirme ce qui a été énoncé dans la partie I-2, le nombre d’élevage caprin à tendance à diminuer alors que le nombre de chèvre par élevage à tendance à augmenter.
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4)-Le projet iSAGE (Innovation for Sustainable Sheep and Goat Production in Europe)
La filière caprine ne cesse d’évoluer : les élevages sont de plus en plus grand, les défis d’avenir pour la filière sont de leur côté très exigeants. Le nombre d’élevage a tendance à diminuer alors que la demande de produits issus de lait de chèvre augmente. Dans un contexte économique parfois difficile, des solutions et des innovations doivent être proposé aux élevages caprins pour assurer la durabilité des élevages caprins. C’est dans ce contexte que s’inscrit le projet iSAGE.
a) Présentation générale du projet iSAGE
Le projet iSAGE est un projet européen qui s’inscrit dans un programme H2020 (programme pour l’Horizon 2020). Ce programme a 3 priorités : l’excellence scientifique (élever niveau d’excellence scientifique en Europe, développer les talents, rendre Europe attrayante pour chercheurs du monde), la primauté industrielle (pour défendre la compétitivité des entreprises européennes), les défis sociétaux (réponses aux grands défis sociétaux) (iSAGE, 2015). Ce projet est destiné à l’élevage de petits ruminants : ovins et caprins.
7 pays européens sont impliqués dans le projet iSAGE : l’Espagne, la Finlande, la France, la Grèce, l’Italie, le Royaume-Uni et la Turquie et regroupent 37 partenaires. En France, les partenaires impliqués sont l’INRA (UMR GenPhySE et SELMET), l’idele, le CNBL (Comité National Brebis Laitière) et Capgènes. Ce projet a une durée de 48 mois, il a débuté le 1er mars 2016. Le budget total est de 6996 k€.
Ce projet compte plusieurs objectifs. Le premier est l’amélioration de la durabilité globale des élevages caprins et ovins en Europe. Le but est de permettre à l’élevage d’ovins et de caprins de répondre aux futurs challenges qui sont le changement climatique, la sécurité alimentaire, l’efficacité de l’utilisation des ressources, a préservation des zones rurales (iSAGE, 2015). Un second objectif est l’amélioration de la capacité d’innovation des secteurs caprin et ovin. Un troisième objectif est d’améliorer l’efficacité et la rentabilité l’élevage de petits ruminants tout en incluant son acceptation sociale et les services écosystémiques rendus. Enfin, le dernier objectif global de ce projet est d’élaborer une approche globale multi-disciplinaire qui mette en relation les acteurs de terrain et le secteur de la recherche. Le projet contient 5 « work packages » (WP) décrits ci-dessous :
1-Approche globale de la durabilité : l’objectif est d’analyser la durabilité des systèmes d’élevages ovins et caprins
2-Attentes des consommateurs : l’objectif est d’identifier des facteurs géographiques, démographiques, socio-économiques affectant l’élevage ovin et caprin
3-Analyse du changement climatique : l’objectif est d’observer l’impact du climat sur l’élevage ovin et caprin
4-Système de production : l’objectif est d’identifier des innovations pour répondre aux futurs challenges des élevages ovins et caprins
5- Solutions innovantes : l’objectif est de proposer une gestion des ressources génétiques comme facteur de durabilité.
b) Le volet WP5
L’objectif de ce « work package » est que l’amélioration génétique soit un levier de la durabilité c’est-à-dire que l’objectif est de développer des ressources génétiques et des stratégies de sélections innovantes pour répondre aux problématiques environnementales, climatiques et socio-économiques.
10 Il se divise en 6 parties :
1-une partie sur la définition de phénotypes des animaux pour la durabilité, la résilience, l’adaptation ; 2-une partie sur la génétique et la génomique : évaluer la variabilité génétique des phénotypes de résilience, chercher des marqueurs de résiliences ;
3-une partie sur la stratégie de sélection pour améliorer la résilience des animaux ; 4-une partie sur l’analyse des coûts et des bénéfices ;
5-une partie sur l’évaluation des races locales, cette partie vise à analyser le profil des animaux de races locales et à étudier des cas types ;
6-une dernière partie sur la création de guides et de recommandations. Le WP5 fait l’œuvre de 3 principaux axes de travail :
-identification des lois de réponse à l’échelle de la population et mise en place de seuil pour évaluer l’influence de paramètres météo sur des caractères ;
-évaluation du degré de sensibilité ou de résistance individuel lié à la météo ;
-étude des interactions entre le génotype et le milieu. Ce dernier axe est celui privilégié en France grâce notamment aux ressources d’appui techniques mobilisables, aux données météo, aux effets élevage issus de l’évaluation génétique (iSAGE, 2015).
Le stage s’inscrit dans le WP5 dans la partie 1. La même étude est menée parallèlement en ovins laitiers.
5)-Interactions entre le génotype et le milieu
a) Interactions génotype x milieu
En général, les évaluations génétiques sont effectuées par pays et par race. Le fait de prendre en compte l’ensemble des performances des animaux sur un territoire donné offre la possibilité d’avoir une vue sur l’ensemble des diversités des systèmes dans un pays donné. L’hypothèse souvent faite est que les milieux sont homogènes au sein d’un pays donné (Minery, 2016).
La définition du milieu est complexe. Le milieu peut être défini comme étant une entité géographique (pays, région) ou comme étant un système d’élevage décrit par le système de production (agriculture intensive/ extensive, agriculture biologique/ conventionnelle). Le milieu est décrit également, par le mode de conduite du troupeau à savoir l’alimentation, les bâtiments d’élevage… Le milieu dépend de l’objectif de l’étude, des données à disposition, de l’échelle à laquelle on se place (Huquet, 2012). Les interactions entre le génotype et le milieu peuvent être de plusieurs formes (figure 2) (Leclerc et al., 2014) :
• Il n’existe pas d’interaction entre le génotype et le milieu (cas de gauche)
• Il existe des interactions sous forme d’échelle : le classement des animaux est le même quel que soit le milieu mais la différence de niveau génétique peut être exacerbée dans certains milieux, il y a un effet d’échelle avec le milieu (cas central)
• Il existe des interactions sous forme de reclassement : le classement des animaux peut varier selon le milieu selon le milieu (cas de droite)
11
Figure 2 : Différentes formes d'interaction génotype x milieu (comparaison de 3 animaux selon 3 milieux) (Leclerc et al., 2014)
Afin de proposer des modèles permettant d’évaluer les interactions entre le génotype et le milieu, des études ont été menées notamment en bovins laitiers (modèle Troupeau Jour de Contrôle, programme AUTOSYSEL …). Dans les différentes études réalisées, les principales variables utilisées pour effectuer des typologies des élevages et étudier les interactions entre le génotype et le milieu sont : la race, la zone géographique, le rang de lactation, l’âge à la mise bas, le mois de mise bas, le stade de gestation, la durée du tarissement.
b) Influence de la météo sur les performances
La météo peut avoir des impacts sur les performances : des impacts directs sur les animaux (stress hydrique, diminution de la production laitière) et des impacts indirects liés aux ressources alimentaires : constitution et qualité des stocks.
Le THI (Temperature Humidity Index) est une variable régulièrement prise en compte dans les études concernant l’impact du réchauffement climatique sur les performances des animaux et particulièrement sur les ruminants ((Carabaño et al., 2016); (Santana et al., 2015); (Ramon et al., 2016)). Il combine 2 facteurs : la température et l’humidité. L’équation pour calculer le THI est la suivante :
THI = [(1,8*T +32) - (0,55-(0,0055 *RH) * (1,8*T-26))] avec T=Température et RH = Humidité Relative
Une étude réalisée (Santana et al., 2015), par exemple, a montré l’impact du THI, cumulé au cours du temps, sur le poids de bovins au sevrage. Le THI, dans cette étude, est un facteur environnemental mettant en évidence le stress thermique : plus le THI est élevé plus le stress thermique est important. Cette étude a mis en évidence des variations génétiques importantes pour la réponse au stress thermique. Les meilleurs animaux dans un milieu peu stressant ne seront pas toujours les meilleurs dans un milieu plus stressant. Cette étude réalisé dans un milieu plutôt tropical montre que le THI moyen compris entre 68 et 75 unités de THI peut être un facteur de reclassement des animaux et que les animaux de différentes races ne réagissent pas de la même façon selon les conditions de THI (Santana et al., 2015). Une étude menée sur des vaches laitières a déterminée qu’un stress était détecté pour des THI moyens supérieurs à 70 unité de THI (Du Preez et al., 1990).
La température peut avoir un impact sur les performances laitières de petits ruminants. La zone de confort serait située entre 10 et 22°C (Ramon et al., 2016). Un stress thermique peut entrainer une diminution des performances laitières et peut même avoir un impact sur le TP et le TB ((Carabaño et
12 al., 2016) ;(Ramon et al., 2016)). Des températures élevées peuvent avoir un impact non négligeable sur les performances économiques de l’élevage (Ramon et al., 2016).
II- Matériel et méthode
1)-Ressources à disposition
Notre objectif est de définir des variables pertinentes pour caractériser les élevages grâce à différents jeux de données présentés par la suite. Nous allons pouvoir construire un fichier regroupant ces variables par cheptel et par campagne. Certaines données ne sont pas disponibles pour tous les élevages. Le fichier constitué fournit de l’information par élevage et nous permettra dans un second temps d’analyser statistiquement les variables à disposition et d’établir une typologie.
a)-Choix des campagnes
Une campagne commence le 1er septembre et dure jusqu’au 31 août de l’année suivante. Le travail
s’est centré sur trois campagnes : 2014, 2015 et 2016. Ces campagnes ont été sélectionnées car elles représentent bien la situation actuelle de la production laitière caprine en France. Les campagnes choisies débutent après celle de 2013, car sur cette campagne les éleveurs ont été touchés par une crise du lait, celle-ci n’est donc pas représentative des évolutions et de la situation de la filière laitière caprine. Cette crise a fait suite à une surproduction de lait entre 2010 et 2012, les prix se sont effondrés entrainant l’arrêt d’un certain nombre d’exploitations. Les régions ont pu être différemment touchées par cette crise. Entre décembre 2013 et décembre 2014, les régions du Sud-Ouest de la France, notamment les régions Aquitaine, Midi-Pyrénées, Languedoc-Roussillon et Auvergne ont connu une forte baisse de l’effectif de chèvres. D’autres régions sur cette période ont connu une stabilité de la taille du cheptel voir une légère augmentation à l’image des régions Rhône-Alpes, PACA, Centre et Limousin (Institut de l’élevage, Confédération Nationale de l’Elevage, 2015)(annexe 1).
b)- Données des systèmes d’élevage
i) Données de contrôle laitier issues de la base de données nationale (fichier des lactations) pour les campagnes 2014, 2015 et 2016
Le fichier des données du contrôle laitier contient des variables caractérisant les lactations de chaque chèvre mesurée dans le cadre du contrôle laitier officielles telles que : numéro de l’animal, numéro du cheptel, numéro du père, numéro de la mère, campagne de naissance, date de naissance , race, rang de lactation, campagne de lactation, date de mise bas, durée de la lactation, date de tarissement, témoin lactation validée, témoin lactation terminée, quantité de lait produite, LSCS (Log Score Cellules Somatiques), quantité de matière grasse produite, quantité de matière protéique produite. Toutes ces données ont été extraites de la base de données nationale en mai 2017. Les performances sont celles prises en compte dans l’évaluation génétique officielle et correspondent à des productions pour une durée de lactation de 250 jours. Les données extraites concernent 3 campagnes : 2014, 2015, 2016. L’objectif est d’utiliser des données élémentaires pour calculer des variables décrivant le système de production pour chaque cheptel et pour chaque campagne de lactation.
➢ Sélection des données
La figure 2 présente les différentes étapes de sélection des cheptels à partir du fichier initial. Dans le fichier initial, 786020 lactations sont enregistrées. Nous avons effectué trois tris dès le début du travail
13 pour ne conserver que des élevages dont le nombre de chèvres et les données renseignées étaient « suffisants » pour être calculés puis pris en compte dans les résultats.
Dans un premier temps, nous avons conservé uniquement les élevages avec des effectifs minimum de 20 chèvres par campagne. 4136 élevages au total correspondent à ce critère, ce qui représente 782934 lactations.
Dans un deuxième temps, nous avons sélectionné les élevages dont la proportion de chèvre de race croisée était inférieure à 50%. 4082 élevages au total correspondent à ce critère, ce qui représente 778687 lactations.
Enfin pour les calculs de critères concernant des variables de production : quantité de lait, de matière grasse, de matière protéique, de LSCS, nous n’avons conservé que les élevages avec un minimum de 20 lactations ayant les caractéristiques suivantes : une durée de lactation comprise entre 100 et 450 jours, elles sont terminées et valides, c’est-à-dire conforme au règlement technique du contrôle laitier. 3536 cheptels au total répondent à ces critères, cela représente 503268 lactations.
Figure 3 : Tri et sélection des données issues de la base nationale
Sur les 3 campagnes sélectionnées, nous avons au total 1384 élevages différents dont 972 présents sur les 3 campagnes. Pour la campagne 2014, 1224 élevages sont pris en compte, 1176 élevages pour la campagne 2015 et 1136 élevages pour la campagne 2016.
➢ Les variables calculées par cheptel et par campagne à partir des données du contrôle laitier : • nombre de chèvres moyen ;
• pourcentage de chèvres de chaque race présente (pourcentage de chèvres de race Alpine, pourcentage de chèvres de race Saanen, pourcentage de chèvres croisées) ;
• race principale du troupeau, soit Alpine, soit Saanen, soit mixte. La race principale du troupeau est déterminée en fonction du pourcentage d’animaux par race, si au moins 80% des animaux sont de race Saanen alors la race du troupeau est Saanen, si au moins 80% des animaux sont
14 de race Alpine alors la race du troupeau est Alpine. Si les troupeaux ne sont ni de race Alpine, ni de race Saanen alors le troupeau est considéré comme mixte ;
• niveau moyen de production laitière (quantité de lait) ;
• niveau moyen de production des chèvres en 1ère lactation, niveau moyen de production des
chèvres en 2ème lactation, niveau moyen de production des chèvres en 3ème lactation et plus (quantité de lait). Seuls les élevages où le nombre de lactations pour un rang donné est supérieur à 5 animaux ont été conservé. Par exemple pour calculer, la production moyenne des chèvres en 1ère lactation, nous ne prenons en compte que les élevages ayant au moins 5 chèvres en 1ère lactation parmi les élevages ayant au moins 20 lactations validées ;
• écart-type standard moyen de la production laitière au sein des cheptels ; • niveau moyen de quantité de matière grasse ;
• niveau moyen de quantité de matière protéique ;
• taux protéique moyen, calculé en faisant le rapport entre la matière protéique produite par rapport à la quantité de lait;
• taux butyreux moyen, calculé en faisant le rapport entre la matière grasse produite par rapport à la quantité de lait ;
• score cellulaire à la lactation moyen (LSCS), les chèvres avec des LSCS égales à 0 ou non renseignés ont été écartées de la base de données ;
• niveau de production des chèvres de race Alpine (quantité de lait, TP, TB, LSCS) ; • niveau de production des chèvres de race Saanen (quantité de lait, TP, TB, LSCS) ; • pourcentage de mises-bas selon les 12 mois de l’année ;
• âge moyen à la 1ère mise bas, il n’est calculé que pour les élevages dont les données sont
disponibles pour au moins 5 chèvres ayant mis bas la 1ère fois à un âge compris entre 300 et
800 jours ;
• pourcentage de femelles ayant un père connu ; • pourcentage de femelles en 1ère lactation ;
• pourcentage de lactations longues (durée de lactation> 450 jours) ;
• âge moyen des chèvres pendant la campagne, calculé de la manière suivante :
(date de mises-bas- date de naissance)/365 ;
• intervalle moyen entre les mises-bas, il n’est calculé que pour les élevages où il y a au moins 10 chèvres ayant un intervalle entre mises-bas minimum de 150 jours ;
• nombre de campagnes où le cheptel est présent ;
• évolution de la taille du cheptel entre les campagnes 2014 et 2015 (agrandissement =si +10% et diminution = si -10% par rapport à 2014), évolution de la taille du cheptel entre les campagnes 2015 et 2016 (idem que pour évolution 2015) ;
• adhésion à Capgènes (oui/non);
• système de reproduction, il est déterminé de la façon suivante : un troupeau a des mises-bas saisonnées si plus de 75% des bas ont lieu entre janvier et mai, un troupeau a des mises-bas désaisonnées si plus de 75% de ses mises-mises-bas ont lieu entre août et décembre, un troupeau a deux périodes de mises-bas si plus de 30% des mises-bas ont lieu entre janvier et mai et 30% d’autres mises-bas entre août et novembre, un troupeau a des mises-bas sur toute l’année dans les autres cas (souvent deux périodes de mises-bas mal maîtrisées) ;
• niveau de connexion des éleveurs, noté de 0 à 1. Plus le niveau est proche de 1 et plus l’élevage est connecté ;
15 • protocole du contrôle laitier, le protocole sélectionné est celui qui est utilisé sur au moins 80% des chèvres par contrôle (non alterné simple échantillonnage (A), alterné 3( AT), alterné
uniquement pour les taux (AZ), non alterné double échantillonnage (D), mono-traite (MT) ; • département.
Les niveaux de production laitières moyen sont ceux déterminés par chèvre et par lactation pour une durée de 250 jours.
ii) Données des systèmes d’élevage collectées par les Entreprises de Conseil en Elevage mises à disposition par Capgènes pour ses éleveurs adhérents pour la campagne 2016
Des données portant sur les systèmes d’élevage sont collectées par les Entreprises de Conseil en Élevage pour leur activité de conseil auprès des éleveurs. Ces données regroupent le système de vente, le système d’exploitation, le système alimentaire. Ces données sont accessibles pour ce projet uniquement pour les éleveurs adhérents à l’organisme de sélection Capgènes.
Sur les trois campagnes sur lesquelles nous travaillons et parmi les cheptels respectant les seuils de sélection, un peu plus de 45% des cheptels sont adhérents à Capgènes soit 557 cheptels pour la campagne 2014, 536 cheptels pour la campagne 2015 et 514 pour la campagne de 2016.
Le système de vente distingue 3 systèmes différents :
-le système laitier : le lait produit sur la ferme est collecté par un organisme extérieur et n’est pas transformé sur place ;
-le système fromager : le lait produit sur l’exploitation est directement transformé sur l’exploitation ; -le système mixte : le lait produit sur l’exploitation peut suivre les deux circuits énoncés précédemment.
Le système d’exploitation comprend 4 systèmes différents :
-spécialisés caprins : l’exploitation est spécialisée en production caprine
-avec d’autres herbivores : l’exploitation a en parallèle une activité avec d’autres herbivores, bovins allaitants notamment
-avec des grandes cultures : l’exploitation a en parallèle des surfaces agricoles destinées aux grandes cultures
-avec des cultures spécialisées : l’exploitation a en parallèle des surfaces destinées à des cultures spécifiques comme de l’arboriculture par exemple.
Le système alimentaire correspond au système alimentaire principal de l’exploitation, les différents systèmes alimentaires sont les suivants : ensilage d’herbe, ensilage d’herbe et de maïs, ensilage de maïs, enrubannage, foin et déshydratés, foin, vert et foin, vert foin et déshydratés, vert et ensilage, pâturage et stockage, pastoralisme, alpage. Ce système donne une idée du système d’alimentation des animaux mais il n’est pas très précis car il ne tient pas compte de la différence de la qualité des fourrages d’une exploitation à l’autre, des quantités distribuées, de la part du concentré,...
3 Le terme alterné signifie que si par exemple pour le 1er contrôle laitier c’est le lait du matin qui est
16
iii) Données complémentaires propres aux éleveurs adhérents à Capgènes
Des données complémentaires propres aux adhérents de Capgènes nous ont également été fournies. Ces données informent sur la pratique de traitements lumineux pour la reproduction des chèvres, le nombre d’inséminations réalisées dans le troupeau (ce qui a permis de calculé le taux d’IA), la vente de reproducteurs. Pour cette dernière variable, les modalités possibles sont les suivantes :
-beaucoup : les éleveurs vendent tous les ans des mâles et des femelles destinés à la reproduction, les ventes représentent environ 20% des naissances du cheptel ;
-peu : les éleveurs vendent quelques mâles ponctuellement (souvent inférieur à 5%) et ne vendent pas de femelles pour la reproduction ;
-groupement : les éleveurs vendent beaucoup de mâles mais ces derniers ne sont pas élevés sur l’élevage, ils sont vendus par l’intermédiaire de groupement d’éleveurs ;
-pas : les éleveurs ne vendent pas de reproducteurs.
iiii) Données fournies par l’Agence Bio
L’Agence Bio a fourni la liste des éleveurs en agriculture biologique. Cette donnée est disponible pour la campagne de 2014 uniquement. Parmi les 1224 éleveurs retenus dans le fichier pour cette campagne, 57 sont en agriculture biologique.
iiiii) Détermination des bassins laitiers
En concertation avec des représentants de Capgènes et des représentants des réseaux d’élevage (Chambre d’Agriculture), des bassins laitiers ont été déterminés sur la base des anciennes régions administratives françaises. 7 bassins ont été déterminés : Poitou-Charentes, Limousin, Auvergne / Rhône-Alpes / Bourgogne, Centre Val de Loire, Bretagne / Pays de la Loire, Aquitaine / Midi-Pyrénées, PACA / Languedoc-Roussillon. Les régions n’ayant pas été assimilées à des bassins sont des régions où il y a peu d’élevages de chèvres et apparaissent sous l’appellation « autre » pour la variable région (figure 6).
c)- Index et effets de milieu
i) Modèle d’évaluation génétique des caractères de production
La valeur génétique des animaux est calculée à partir des performances mesurées directement sur l’animal, des performances mesurées sur ses apparentés et des informations de pedigree. L’index est la valeur génétique la plus probable que possède un animal. L’estimation de la valeur génétique ou index des animaux est calculée au travers des évaluations génétiques. Les évaluations génétiques estiment le potentiel génétique qu’un animal va transmettre à ses descendants. L’index d’un animal indique le niveau génétique de celui-ci par rapport à un groupe d’animaux de référence, la valeur de l’index moyen de ce groupe de référence étant de 0. Le groupe de référence est actualisé tous les ans, les index sont donc calculés à partir d’une « base mobile ». La base mobile est déterminée par race : une base mobile pour les chèvres de race Saanen et une base mobile pour les chèvres de race Alpine. La base mobile des chèvres de race croisée est la même que celle des chèvres de race Saanen (Clément et al., 2015).
L’évaluation génétique utilise la méthode BLUP (Best Linear Unbiased Predictor (Meilleur prédicteur linéaire non biaisé)) modèle animal. Cette méthode permet d’obtenir simultanément la valeur génétique additive des animaux et la valeur des effets fixés du milieu. Cette méthode permet de corriger l’influence des effets de milieu qui ont pu être identifiés. De plus, elle prend en compte à la
17 fois les performances de l’animal et tous les liens de parentés (ascendants, descendants, collatéraux). Les index, calculés à partir de cette méthode, autorisent une comparaison objective des animaux quels que soient leur race, leur sexe leur région d’origine et offrent également une bonne vision du progrès génétique réalisé.
Les performances d’un animal sont expliquées par la génétique et par les effets d’environnement que subit l’animal : état physiologique, conditions climatiques, logement, conditions sanitaires, pratiques de l’éleveur (Institut de l’élevage, 2012).
Les performances d’un animal sont expliquées par quatre groupes de facteurs : -la valeur génétique de l’animal ;
-la valeur de l’animal non transmissible ou « effet d’environnement permanent », cette valeur provient d’effets non identifiés propres à l’animal qui se répètent à chaque lactation effectuée. Cet effet d’environnement permanent permet de distinguer l’environnement commun pour les différentes performances d’un animal ;
-les effets de milieu identifiés ; -un résidu inexpliqué.
L’estimation de la valeur génétique est obtenue en modélisant la performance P à travers le modèle : P=G+E+e
P= performance
G= valeur génétique comprenant la valeur génétique additive et les effets d’interactions entre gênes E=effets de l’environnement
e=valeur résiduelle
Les évaluations génétiques sont basées sur l’évaluation des performances tout en prenant en compte des effets génétiques et des effets d’environnement. Les modèles actuels d’évaluation génétique ne prennent pas en compte de possibles interactions entre la valeur génétique de l’animal et son milieu. Ainsi on considère aujourd’hui qu’un animal avec un meilleur niveau génétique dans un milieu donné aura un meilleur niveau génétique que les autres animaux quel que soit le milieu.
Les effets de milieu connus sont :
-le troupeau, décliné selon la campagne et le rang de lactation (1, 2, 3 et plus) ;
-le mois de mise-bas, en fonction de la région, de la campagne et du rang de lactation (1, 2, 3 et plus) ; -l’âge à la mise bas, décliné par région campagne et par rang de lactation pour les trois premières lactations et selon le rang de lactation pour les lactations de rang supérieur à 3 ;
-la durée de tarissement précédent pour les chèvres en 2ème et 3ème lactation et plus, déclinée par
région et par campagne (Clément et al., 2015).
ii) Effets élevages issus de l’indexation
Les effets « élevage » sont calculés pour chaque caractère à chaque évaluation génétique. Les différents caractères pour lesquels sont calculés des effets d’élevage sont : le lait, la quantité de matière grasse, la quantité de matière protéique, le taux butyreux, le taux protéique, les cellules somatiques.
Pour ce projet, nous nous sommes servis des effets d’élevage issus de l’indexation de janvier 2017. Les effets « élevage » sont disponibles dans la base de données depuis la campagne 1980. Initialement,
