LA BIOLOGIE DANS LES SCIENCES

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Sommaire

LA BIOLOGIE DANS LES SCIENCES 1

L’image de l’arbre dans les sciences . . . . 1

La place de la biologie dans les sciences. . . . 1

QU’EST-CE QU’UN VIVANT? 1 Le De anima d’Aristote . . . . 1

[texte] Aristote : Exploration des espèces de vivants/âmes . . 1

[texte] Aristote : L’âme comme forme d’un corps naturel qui a la vie en puissance . . . . 3

Approche par les propriétés . . . . 3

Propriétés des vivants . . . . 3

Insistance sur l’autonomie . . . . 3

Insistance sur l’information. . . . 3

Définitions . . . . 3

[texte] Bernard (Claude) : Définition d’un vivant . . . . 3

[texte] Bichat : La vie : ce qui résiste à la mort . . . . 3

[texte] : Définition systémique d’un vivant . . . . 3

MÉCANISME ET FINALISME 3 [texte] Descartes : Le corps comme machine . . . . 3

[texte] Leibniz : Le vivant comme « machine divine » . . . . 4

[texte] Kant : Un être vivant n’est pas seulement une machine 4 [texte] Leibniz : Finalisme et mécanisme, critique de Descartes au passage . . . . 4

Solution élégante de Leibniz . . . . 7

[texte] Thom (René) : Connaître n’est pas réduire en pièce (version longue) . . . . 7

LA VIE ET LA SYSTÉMIQUE 7 [texte] Cuvier (Georges) : Toutes les parties d’un corps vivant sont liées . . . . 7

[texte] Bichat : La vie et la mort : différence entre les lois vitales et les lois physiques . . . . 8

[texte] Bernard (Claude) : La vie c’est la création . . . . 8

[texte] Von Bertalanffy (Ludwig) : La vie... basée sur des relations irréversibles . . . . 9

[texte] Von Bertalanffy (Ludwig) : Équilibre dynamique . . . 9

DU TRANSFORMISME AUX MUTATIONS DE LA THÉORIE DE L’ÉVOLUTION 9 De la classification au phylum . . . . 9

Une vieille idée . . . . 9

[texte] Anaximandre : L’homme naquit d’autres êtres vivants 9 [texte] Maupertuis (Pierre-Moreau) 1698-1759 : L’évolution par essai et erreur . . . . 10

[texte] Lamarck (Jean-Baptiste) 1744-1829 : Les espèces ne sont invariables que temporairement . . . . 10

L’enjeucolon ; le concept d’espèce . . . . 10

Lamarck . . . . 10

Darwin . . . . 10

Et l’oeil ? . . . . 11

La génétiquecolon ; la clé de la variabilité . . . . 11

Mais ce n’est pas si simple . . . . 11

L’épigénétique . . . . 11

Dawkins - le gène égoïste (1976) . . . . 12

Les mutations neutres. . . . 12

DES BOUCLES 13 Le code génétique et sa traduction . . . . 13

[texte] Monod (Jacques) : Le mystère de l’origine du code génétique . . . . 13

Le cercle des sciences. . . . 13

[texte] : Le cercle des sciences . . . . 13

L’homme est un être dont la connaissance comprend le monde qui le contient . . . . 14

[texte] Alquié : L’homme est un être dont la connaissance comprend le monde qui le contient . . . . 14

De drôles de questions . . . . 14

Un exemple d’arbre en biologie. . . . 1

Classification des sciences de Bacon . . . . 1

L’arbre des sciences chez Descartes. . . . 1

Classification des sciences dans l’Encyclopédie . . . . 1

Classification des sciences d’Ampère . . . . 1

L’ordre des sciences . . . . 2

Généralité et complexité dans les sciences . . . . 2

L’homme dans l’univers. . . . 2

La chimie, science pivot. . . . 2

Carte de Bergstrom . . . . 2

Boite noire . . . . 7

Feedback . . . . 7

Rétroaction (feedback) . . . . 7

Échappement dans une montre . . . . 7

Régulateur de Watt . . . . 8

Rétroaction dans le métabolisme . . . . 8

Rétroaction et sous-systèmes . . . . 8

Classification dichotomique. . . . 9

Le loup chez Linné (1707-1778) . . . . 9

Classification de Cuvier (1769-1832) . . . . 9

Exemple d’homologie. . . . 10

Homologie et convergence fonctionnelle . . . . 10

Phylogénèse et ontogénèse . . . . 10

Structure vestigiale . . . . 10

Charles Darwin (109-1882) . . . . 11

Premier dessin d’arbre par Darwin . . . . 11

Seule illustration de l’Origine des espèces . . . . 11

Evolution de l’oeil. . . . 11

Arbre phylogénétique de Haeckel (1866) . . . . 12

Arbre phylogénétique de Woese (1990) . . . . 12

Arbre phylogénétique de Lecointre-Le Guyader (2006) . . . 12

Représsentation circulaire de l’arbre avec indication de la taille du génome (2017) . . . . 12

La double hélice de l’ADN . . . . 13

Le cercle des sciences de Piaget. . . . 14

%

L

Un exemple d’arbre en biologie

Classification des sciences de Bacon

La place de la biologie dans les sciences

avecphilo-labo

L’arbre des sciences chez Descartes

Classification des sciences dans l’Encyclopédie

Q

’

-

’

?

Le De anima d’Aristote

1 Nous posons donc, comme point de départ de notre enquête, que l’animé diffère de l’inanimé par la vie. Or le terme « Vie » reçoit plusieurs acceptions, et il suffit qu’une seule d’entre elles se trouve réalisée dans un sujet pour que nous disions qu’il vit : que ce soit,

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par exemple, l’intellect, la sensation, le mouvement et le repos selon le lieu, ou encore le mouvement de nu- trition, le décroissement et l’accroissement. C’est aussi pourquoi tous les végétaux semblent bien avoir la vie, car il apparaît, en fait, qu’ils ont en eux-mêmes une

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faculté et un principe tel que, grâce à lui, ils reçoivent accroisse ment et décroissement selon des directions locales contraires. En effet, ce n’est pas seulement vers le haut qu’ils s’accroissent, à l’exclusion du bas, mais c’est pareillement dans ces deux directions ; ils se déve-

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loppent ainsi progressivement de tous côtés et continuent à vivre aussi longtemps qu’ils sont capables d’absorber

Classification des sciences d’Ampère

L’ordre des sciences

Généralité et complexité dans les sciences

la nourriture. Cette faculté peut être séparée des autres, bien que les autres ne puissent l’être d’elle, chez les

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L’homme dans l’univers

La chimie, science pivot

êtres mortels du moins. Le fait est manifeste dans les

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végétaux, car aucune des autres facultés de l’âme ne leur appartient. C’est donc en vertu de ce principe que tous les êtres vivants possèdent la vie. Quant à l’animal, c’est la sensation qui est à la base de son organisation même, en effet, les êtres qui ne se meuvent pas et qui

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ne se déplacent pas, du moment qu’ils possèdent la sensation, nous les appelons des animaux et non plus

Carte de Bergstrom

seulement des vivants. Maintenant, parmi les différentes sensations, il en est une qui appartient primordialement à tous les animaux : c’est le toucher. Et de même que la

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faculté nutritive peut être séparée du toucher et de toute sensation, ainsi le toucher peut l’être lui-même des autres sens (Par faculté nutritive, nous entendons cette partie de l’âme que les végétaux eux-mêmes ont en partage ; les animaux, eux, possèdent manifestement tous, le sens

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du toucher). Mais pour quelle raison en est-il ainsi dans chacun de ces cas, nous en parlerons plus tard.

Pour l’instant, contentons-nous de dire que l’âme est le principe des fonctions que nous avons indiquées et qu’elle est définie par elles, savoir par les facultés mo-

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trice, sensitive, dianoétique, et par le mouvement. Mais chacune de ces facultés est-elle une âme ou seulement une partie de l’âme, et, si elle en est une partie, l’est-elle de façon à n’être séparable que logiquement ou à l’être aussi dans le lieu ? Pour certaines d’entre elles, la solu-

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tion n’est pas difficile à apercevoir, mais, pour d’autres, il y a difficulté. Ce qui se passe dans le cas des plantes, dont certaines, une fois divisées, continuent manifeste ment à vivre, bien que leurs parties soient séparées les unes des autres (ce qui implique que l’âme qui réside en elles

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est, dans chaque plante, une en entéléchie, mais multiple en puissance), nous le voyons se produire aussi, pour d’autres différences de l’âme, chez les insectes qui ont été segmentés. Et, en effet, chacun des segments possède la sensation et le mouvement local ; et, s’il possède la

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sensation, il possède aussi l’imagination et le désir, car là où il y a sensation il y a aussi douleur et plaisir, et là où il y a douleur et plaisir, il y a aussi nécessairement appétit. Mais en ce qui touche l’intellect et la faculté théorétique, rien n’est encore évident pourtant il semble

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bien que ce soit là un genre de l’âme tout différent, et que seul il puisse être séparé du corps, comme l’éternel, du corruptible.

ARISTOTE

De l’âme, I 2 2

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Mais, parmi les corps naturels, les uns ont la vie, cependant que les autres ne l’ont pas ; et par vie, nous voulons dire la propriété de par soi-même se nourrir, croître et dépérir. Si bien que tout corps naturel, ayant la vie en partage, peut être substance, une substance, ce-

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pendant, comme on l’a dit, composée(1). Mais, puisque c’est précisément un corps qui a cette propriété, c’est- à-dire possède la vie, le corps ne saurait être l’âme. Le corps, en effet, ne se range pas dans les réalités qui se disent d’un sujet, mais se présente plutôt comme sujet

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ou matière.

Il faut donc nécessairement que l’âme soit sub- stance comme forme d’un corps naturel qui a potentielle- ment la vie. Or cette substance est réalisation. Donc, elle est la réalisation d’un tel corps.

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(1) D’une matière et d’une forme

ARISTOTE

De l’âme, II, 1, trad. R.Bodéüs. Ed. Flammarion, coll. GF, 1993, pp. 135-136.

Approche par les propriétés

Propriétés des vivants

• Milieu intérieur (d’où l’importance des interfaces, membranes, peaux. . . )

• activité autonome

• Reproduction

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• plusieurs stratégies : (à l’identique ou sexuée, etc.)

• Assimilation

• Régénération

Insistance sur l’autonomie

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• Auto-conservation

• Auto-reproduction (auto-conservation de l’espèce)

• Autorégulation

Insistance sur l’information

• Stocker l’information

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• Transformer l’information

• L’exploiter

• La transférer

Définitions

• Claude Bernard

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• Bichat

• Une définition systémique

3 (. . . ) délimitant, au sein du milieu cosmique, un milieu intérieur.

BERNARD (CLAUDE) 4 La vie est un ensemble de fonctions qui résistent à

la mort.

BICHAT

5

Un système de rétrocontrôles négatifs inférieurs subordonnés à un rétrocontrôle positif supérieur.

M

6 Je suppose que le corps n’est autre chose qu’une statue ou machine de terre, que Dieu forme tout exprès, pour la rendre la plus semblable à nous qu’il est possible : en sorte que, non seulement il lui donne au dehors la couleur et la figure de tous nos membres, mais aussi

5

qu’il met au dedans toutes les pièces qui sont requises pour faire qu’elle marche, qu’elle mange, qu’elle respire, et enfin qu’elle imite toutes celles de nos fonctions qui peuvent être imaginées procéder de la matière, et ne dépendre que de la disposition des organes.

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Nous voyons des horloges, des fontaines artifi- cielles, des moulins, et autres semblables machines, qui n’étant faites que par des hommes, ne laissent pas d’avoir la force de se mouvoir d’elles-mêmes en plusieurs di- verses façons ; et il me semble que je ne saurais imaginer

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tant de sortes de mouvements en celle-ci, que je suppose être faite des mains de Dieu, ai lui attribuer tant d’artifice, que vous n’ayez sujet de penser, qu’il y en peut avoir encore davantage. . .

DESCARTES

Traité de l’homme 7 Ainsi chaque corps organique d’un vivant est une espèce de Machine divine, ou d’un Automate naturel, qui surpasse infiniment tous les automates artificiels. Parce qu’une Machine, faite par l’art de l’homme, n’est pas Machine dans chacune de ses parties. Par exemple : la

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dent d’une roue de laiton a des parties ou fragments, qui ne nous sont plus rien qui marque de la machine par rapport à l’usage, où quelque chose d’artificiel et non plus la roue était destinée. Mais les machines de la nature, c’est-à-dire les corps vivants sont encore des machines

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dans leurs moindres parties, jusqu’à l’infini. C’est ce qui fait la différence entre la Nature et l’Art, c’est-à-dire entre l’art Divin et le nôtre

LEIBNIZ

Monadologie§64 8 Dans une montre, une partie est l’instrument qui fait se mouvoir les autres ; mais un rouage n’est pas la cause efficiente qui engendre les autres ; une partie, il est vrai, existe pour l’autre, mais non par cette autre. La cause efficiente de ces parties et de leur forme n’est pas

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dans la nature (de cette matière) mais au-dehors, dans un être qui peut agir en vertu d’idées d’un tout possible par sa causalité. C’est pourquoi, dans une montre, un rouage n’en produit pas un autre et encore moins une montre d’autres montres, en utilisant (organisant) pour cela une

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autre matière ; elle ne remplace pas d’elle-même les

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parties dont elle est privée et ne corrige pas les défauts de la première formation à l’aide des autres parties ; si elle est déréglée, elle ne se répare pas non plus d’elle-même, toutes choses qu’on peut attendre de la nature organisée.

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Un être organisé n’est pas seulement une machine - car celle-ci ne détient qu’une force motrice -, mais il possède une énergie formatrice qu’il communique même aux matières qui ne la possèdent pas (il les organise), énergie formatrice qui se propage et qu’on ne peut expliquer

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uniquement par la puissance motrice (le mécanisme).

On dit trop peu de la nature et de son pouvoir pour des productions organisées, quand on l’appelle un analogue de l’art ; on imagine alors l’artiste (un être rai- sonnable) en dehors d’elle. Elle s’organise au contraire

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elle-même dans chaque espèce de ses produits organisés ; dans l’ensemble, il est vrai, d’après un même modèle, mais avec les modifications convenables exigées pour la conservation de soi-même suivant les circonstances.

(. . . ) Pour préciser, l’organisation de la nature n’offre

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rien d’analogue avec une causalité quelconque à nous connue.

KANT

Critique de la faculté de juger 9 18. La distinction de la force et de la quantité de mouvement est importante entre autres pour juger qu’il faut recourir à des considérations métaphysiques séparées de l’étendue afin d’expliquer les phénomènes des corps.

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Cette considération de la force distinguée de la quantité de mouvement est assez importante non seule- ment en physique et en mécanique pour trouver les véritables lois de la nature et règles du mouvement, et pour corriger même plusieurs erreurs de pratique qui se

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sont glissées dans les écrits de quelques habiles mathé- maticiens, mais encore dans la métaphysique pour mieux entendre les principes, car le mouvement, si on n’y consi- dère que ce qu’il comprend précisément et formellement, c’est-à-dire un changement de place, n’est pas une chose

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entièrement réelle, et quand plusieurs corps changent de situation entre eux, il n’est pas possible de déterminer par la seule considération de ces changements, à qui entre eux le mouvement ou le repos doit être attribué, comme je pourrais faire voir géométriquement, si je m’y voulais

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arrêter maintenant. Mais la force ou cause prochaine de ces changements est quelque chose de plus réel, et il y a assez de fondement pour l’attribuer à un corps plus qu’à l’autre ; aussi n’est-ce que par là qu’on peut connaître à qui le mouvement appartient davantage. Or cette force

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est quelque chose de différent de la grandeur de la figure et du mouvement, et on peut juger par là que tout ce qui est conçu dans le corps ne consiste pas uniquement dans l’étendue et dans ses modifications, comme nos modernes se persuadent. Ainsi nous sommes encore

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obligés de rétablir quelques êtres ou formes, qu’ils ont bannis. Et il paraît de plus en plus, quoique tous les phé- nomènes particuliers de la nature se puissent expliquer

mathématiquement ou mécaniquement par ceux qui les entendent, que néanmoins les principes généraux de la

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nature corporelle et de la mécanique même sont plutôt métaphysiques que géométriques, et appartiennent plutôt à quelques formes ou natures indivisibles comme causes des apparences qu’à la masse corporelle ou étendue.

Réflexion qui est capable de réconcilier la philosophie

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mécanique des modernes avec la circonspection de quelques personnes intelligentes et bien intentionnées qui craignent avec quelque raison qu’on ne s’éloigne trop des êtres immatériels au préjudice de la piété.

19. Utilité des causes finales dans la physique.

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Comme je n’aime pas de juger des gens en mau- vaise part, je n’accuse pas nos nouveaux philosophes, qui prétendent de bannir les causes finales de la physique, mais je suis néanmoins obligé d’avouer que les suites de ce sentiment me paraissent dangereuses, surtout quand

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je le joins à celui que j’ai réfuté au commencement de ce discours, qui semble aller à les ôter tout à fait comme si Dieu ne se proposait aucune fin ni bien, en agissant, ou comme si le bien n’était pas l’objet de sa volonté.

Et pour moi je tiens au contraire que c’est là où il faut

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chercher le principe de toutes les existences et des lois de la nature, parce que Dieu se propose toujours le meilleur et le plus parfait. Je veux bien avouer que nous sommes sujets à nous abuser quand nous voulons déterminer les fins ou conseils de Dieu, mais ce n’est que lorsque nous

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les voulons borner à quelque dessein particulier, croyant qu’il n’a eu en vue qu’une seule chose, au lieu qu’il a en même temps égard à tout ; comme lorsque nous croyons que Dieu n’a fait le monde que pour nous, c’est un grand abus, quoiqu’il soit très véritable qu’il l’a fait

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tout entier pour nous, et qu’il n’y a rien dans l’univers qui ne nous touche et qui ne s’accommode aussi aux égards qu’il a pour nous, suivant les principes posés ci-dessus.

Ainsi lorsque nous voyons quelque bon effet ou quelque perfection qui arrive ou qui s’ensuit des ouvrages de

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Dieu, nous pouvons dire sûrement que Dieu se l’est proposée. Car il ne fait rien par hasard, et n’est pas sem- blable à nous, à qui il échappe quelquefois de bien faire.

C’est pourquoi, bien loin qu’on puisse faillir en cela, comme font les politiques outrés qui s’imaginent trop

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de raffinement dans les desseins des princes, ou comme font des commentateurs qui cherchent trop d’érudition dans leur auteur ; on ne saurait attribuer trop de réflexions à cette sagesse infinie, et il n’y a aucune matière où il y ait moins d’erreur à craindre tandis qu’on ne fait

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qu’affirmer, et pourvu qu’on se garde ici des propositions négatives qui limitent les desseins de Dieu. Tous ceux qui voient l’admirable structure des animaux se trouvent portés à reconnaître la sagesse de l’auteur des choses, et je conseille à ceux qui ont quelque sentiment de piété et

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même de véritable philosophie, de s’éloigner des phrases de quelques esprits forts prétendus, qui disent qu’on voit parce qu’il se trouve qu’on a des yeux, sans que les yeux aient été faits pour voir. Quand on est sérieusement dans ces sentiments qui donnent tout à la nécessité de la

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matière ou à un certain hasard (quoique l’un et l’autre doivent paraître ridicules à ceux qui entendent ce que nous avons expliqué ci-dessus), il est difficile qu’on puisse reconnaître un auteur intelligent de la nature.

Car l’effet doit répondre à sa cause, et même il se

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connaît le mieux par la connaissance de la cause et il est déraisonnable d’introduire une intelligence souveraine ordonnatrice des choses et puis, au lieu d’employer sa sagesse, ne se servir que des propriétés de la matière pour expliquer les phénomènes. Comme si, pour rendre

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raison d’une conquête qu’un grand prince a faite en prenant quelque place d’importance, un historien voulait dire que c’est parce que les petits corps de la poudre à canon étant délivrés à l’attouchement d’une étincelle se sont échappés avec une vitesse capable de pousser

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un corps dur et pesant contre les murailles de la place, pendant que les branches des petits corps qui composent le cuivre du canon étaient assez bien entrelacées, pour ne se pas disjoindre par cette vitesse ; au lieu de faire voir comment la prévoyance du conquérant lui a fait

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choisir le temps et les moyens convenables, et comment sa puissance a surmonté tous les obstacles.

20 Passage remarquable de Socrate chez Platon contre les philosophes trop matériels.

Cela me fait souvenir d’un beau passage de So-

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crate dans le Phédon de Platon, qui est merveilleusement conforme à mes sentiments sur ce point, et semble être fait exprès contre nos philosophes trop matériels. Aussi ce rapport m’a donné envie de le traduire, quoiqu’il soit un peu long ; peut-être que cet échantillon pourra donner

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occasion à quelqu’un de nous faire part de quantité d’autres pensées belles et solides qui se trouvent dans les écrits de ce fameux auteur. « J’entendis un jour, dit-il, quelqu’un lire dans un livre d’Anaxagore, où il y avait ces paroles qu’un être intelligent était cause de toutes

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choses, et qu’il les avait disposées et ornées. Cela me plut extrêmement, car je croyais que si le monde était l’effet d’une intelligence, tout serait fait de la manière la plus parfaite qu’il eût été possible. C’est pourquoi je croyais que celui qui voudrait rendre raison pourquoi les

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choses s’engendrent ou périssent ou subsistent devrait chercher ce qui serait convenable à la perfection de chaque chose. Ainsi l’homme n’aurait à considérer en soi ou en quelque autre chose que ce qui serait le meilleur et le plus parfait. Car celui qui connaîtrait le plus parfait

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jugerait aisément par là de ce qui serait imparfait, parce qu’il n’y a qu’une même science de l’un et de l’autre.

Considérant tout ceci, je me réjouissais d’avoir trouvé un maître qui pourrait enseigner les raisons des choses : par exemple, si la terre était plutôt ronde que plate, et

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pourquoi il ait été mieux qu’elle fût ainsi qu’autrement.

De plus, je m’attendais qu’en disant que la terre est au milieu de l’univers, ou non, il m’expliquerait pourquoi cela ait été le plus convenable. Et qu’il m’en dirait autant du soleil, de la lune, des étoiles et de leurs mouvements.

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Et qu’enfin, après avoir montré ce qui serait convenable à chaque chose en particulier, il me montrerait ce qui

serait le meilleur en général. Plein de cette espérance, je pris et je parcourus les livres d’Anaxagore avec grand empressement ; mais je me trouvai bien éloigné de mon

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compte, car je fus surpris de voir qu’il ne se servait point de cette intelligence gouvernatrice qu’il avait mise en avant, qu’il ne parlait plus de l’ornement ni de la per- fection des choses, et qu’il introduisait certaines matières éthériennes peu vraisemblables. En quoi il faisait comme

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celui qui, ayant dit que Socrate fait les choses avec intelligence, et venant par après à expliquer en particulier les causes de ses actions, dirait qu’il est assis ici, parce qu’il a un corps composé d’os, de chair et de nerfs, que les os sont solides, mais qu’ils ont des intervalles ou

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junctures, que les nerfs peuvent être tendus et relâchés, que c’est par là que le corps est flexible et enfin que je suis assis. Ou si voulant rendre raison de ce présent discours, il aurait recours à l’air, aux organes de voix et d’ouïe, et semblables choses, oubliant cependant les

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véritables causes, savoir que les Athéniens ont cru qu’il serait mieux fait de me condamner que de m’absoudre, et que j’ai cru, moi, mieux faire de demeurer assis ici que de m’enfuir. Car ma foi, sans cela, il y a longtemps que ces nerfs et ces os seraient auprès des Béotiens et

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Mégariens, si je n’avais pas trouvé qu’il est plus juste et plus honnête à moi de souffrir la peine que la patrie me veut imposer, que de vivre ailleurs vagabond et exilé.

C’est pourquoi il est déraisonnable d’appeler ces os et ces nerfs et leurs mouvements des causes. Il est vrai que

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celui qui dirait que je ne saurais faire tout ceci sans os et sans nerfs aurait raison, mais autre chose est ce qui est la véritable cause et ce qui n’est qu’une condition sans laquelle la cause ne saurait être cause. Les gens qui disent seulement, par exemple, que le mouvement des

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corps à l’entour soutient la terre là où elle est, oublient que la puissance divine dispose tout de la plus belle manière, et ne comprennent pas que c’est le bien et le beau qui joint, qui forme et qui maintient le monde. » Jusqu’ici Socrate, car ce qui s’ensuit chez Platon des

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idées ou formes n’est pas moins excellent, mais il est un peu plus difficile.

21. Si les règles mécaniques dépendaient de la seule géométrie sans la métaphysique, les phénomènes seraient tout autres.

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Or, puisqu’on a toujours reconnu la sagesse de Dieu dans le détail de la structure mécanique de quelques corps particuliers, il faut bien qu’elle se soit montrée aussi dans l’économie générale du monde et dans la constitution des lois de la nature. Ce qui est si vrai

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qu’on remarque les conseils de cette sagesse dans les lois du mouvement en général. Car s’il n’y avait dans les corps qu’une masse étendue, et s’il n’y avait dans le mouvement que le changement de place, et si tout se devait et pouvait déduire de ces définitions toutes seules

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par une nécessité géométrique, il s’ensuivrait, comme j’ai montré ailleurs, que le moindre corps donnerait au plus grand qui serait en repos et qu’il rencontrerait, la même vitesse qu’il a, sans perdre quoi que ce soit

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de la sienne : et il faudrait admettre quantité d’autres

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telles règles tout à fait contraires à la formation d’un système. Mais le décret de la sagesse divine de conserver toujours la même force et la même direction en somme, y a pourvu. Je trouve même que plusieurs effets de la nature se peuvent démontrer doublement, savoir par la

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considération de la cause efficiente, et encore à part par la considération de la cause finale, en se servant par exemple du décret de Dieu de produire toujours son effet par les voies les plus aisées et les plus déterminées, comme j’ai fait voir ailleurs en rendant raison des règles

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de la catoptrique et de la dioptrique, et en dirai davantage tantôt.

22. Conciliation des deux voies par les finales et par les efficientes pour satisfaire tant à ceux qui expliquent la nature mécaniquement qu’à ceux qui ont recours

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à des natures incorporelles.

Il est bon de faire cette remarque pour concilier ceux qui espèrent d’expliquer mécaniquement la for- mation de la première tissure d’un animal et de toute la machine des parties, avec ceux qui rendent raison

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de cette même structure par les causes finales. L’un et l’autre est bon, l’un et l’autre peut être utile, non seulement pour admirer l’artifice du grand ouvrier, mais encore pour découvrir quelque chose d’utile dans la physique et dans la médecine. Et les auteurs qui suivent

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ces routes différentes ne devraient point se maltraiter.

Car je vois que ceux qui s’attachent à expliquer la beauté de la divine anatomie, se moquent des autres qui s’imaginent qu’un mouvement de certaines liqueurs qui paraît fortuit a pu faire une si belle variété de membres,

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et traitent ces gens là de téméraires et de profanes. Et ceux-ci au contraire traitent les premiers de simples et de superstitieux, semblables à ces anciens qui prenaient les physiciens pour impies, quand ils soutenaient que ce n’est pas Jupiter qui tonne, mais quelque matière qui

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se trouve dans les nues. Le meilleur serait de joindre l’une et l’autre considération, car s’il est permis de se servir d’une basse comparaison, je reconnais et j’exalte l’adresse d’un ouvrier non seulement en montrant quels desseins il a eus en faisant les pièces de sa machine, mais

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encore en expliquant les instruments dont il s’est servi pour faire chaque pièce, surtout quand ces instruments sont simples et ingénieusement controuvés. Et Dieu est assez habile artisan pour produire une machine encore plus ingénieuse mille fois que celle de notre corps, en

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ne se servant que de quelques liqueurs assez simples expressément formées en sorte qu’il ne faille que les lois ordinaires de la nature pour les démêler comme il faut afin de produire un effet si admirable ; mais il est vrai aussi que cela n’arriverait point, si Dieu n’était pas auteur

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de la nature. Cependant je trouve que la voie des causes efficientes, qui est plus profonde en effet et en quelque façon plus immédiate et a priori, est en récompense assez difficile, quand on vient au détail, et je crois que nos philosophes le plus souvent en sont encore bien éloignés.

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Mais la voie des finales est plus aisée, et ne laisse pas

de servir souvent à deviner des vérités importantes et utiles qu’on serait bien longtemps à chercher par cette autre route plus physique, dont l’anatomie peut fournir des exemples considérables. Aussi tiens-je que Snellius

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qui est le premier inventeur des règles de la réfraction aurait attendu longtemps à les trouver, s’il avait voulu chercher premièrement comment la lumière se forme.

Mais il a suivi apparemment la méthode dont les anciens se sont servis pour la catoptrique, qui est en effet par

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les finales. Car cherchant la voie la plus aisée pour conduire un rayon d’un point donné à un autre point donné par la réflexion d’un plan donné (supposant que c’est le dessein de la nature), ils ont trouvé l’égalité des angles d’incidence et de réflexion, comme l’on

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peut voir dans un petit traité d’Héliodore de Larisse, et ailleurs. Ce que M. Snellius, comme je crois, et après lui (quoique sans rien savoir de lui), M. Fermat ont appliqué plus ingénieusement à la réfraction. Car lorsque les rayons observent dans les mêmes milieux la même

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proportion des sinus qui est aussi celle des résistances des milieux, il se trouve que c’est la voie la plus aisée ou du moins la plus déterminée pour passer d’un point donné dans un milieu à un point donné dans un autre. Et il s’en faut beaucoup que la démonstration de ce même

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théorème que M Descartes a voulu donner par la voie des efficientes, soit aussi bonne. Au moins y a-t-il lieu de soupçonner qu’il ne l’aurait jamais trouvée par là, s’il n’avait rien appris en Hollande de la découverte de Snellius.

290

LEIBNIZ

Discours de métaphysique, §§18-22

Solution élégante de Leibniz

• Le mécanisme sert àexposerle fonctionnement

• Le finalisme sert àtrouverle fonctionnement

Boite noire

10 Des deux points de vue traditionnellement opposés en Biologie, le point de vue vitaliste et le point de vue réductionniste, c’est, contrairement à l’opinion courante, le point de vue réductionniste qui est métaphysique, car il postule une réduction des faits vitaux à la pure Physico-

5

chimie qui n’a jamais été établie expérimentalement. Au contraire, le vitalisme s’appuie sur l’ensemble impres- sionnant des faits de régulation et de finalité qui couvrent la presque totalité des activités vitales.

La querelle est au fond assez vaine : bien des

10

propriétés, physico chimiques, de la matière nous sont

avecphilo-labo

encore inconnues ; le vieux rêve atomiste, reconstruire notre univers et toutes ses propriétés qualitatives par le seul jeu de la combinatoire des particules élémentaires et de leurs interactions n’est qu’un programme à peine

15

amorcé (rappelons, par exemple, qu’il n’existe aucune théorie acceptable de l’état liquide de la matière. . . ). Le biologiste, s’il veut progresser et comprendre les pro- cessus vitaux, ne peut attendre que le physico-chimiste lui offre une théorie complète de tous les phénomènes

20

locaux rencontrés dans la matière vivante. Il s’efforcera seulement de construire un modèle localement compa- tible avec les propriétés connues du milieu, et de dégager la structure géométrico-algébrique qui assure la stabilité du système sans s’efforcer d’atteindre à une description

25

exhaustive du métabolisme vital.

Ce point méthodologique va à l’encontre de la philosophie dominant actuellement, qui fait de l’analyse d’un système en ses ultimes constituants la démarche première à accomplir pour en révéler la nature. Il faut

30

rejeter comme illusoire cette conception primitive et quasi cannibalistique de la connaissance, qui veut que connaître une chose exige préalablement qu’on la ré- duise en pièces, comme l’enfant qui démolit une montre et en éparpille les rouages pour en comprendre le méca-

35

nisme.

THOM(RENÉ) Stabilité structurelle et morphogenèse, Interéditions, 1972, p. 158

L

Feedback

Rétroaction (feedback)

11

Échappement dans une montre

Régulateur de Watt

Rétroaction dans le métabolisme

Toutes les parties d’un corps vivant sont liées : vouloir en séparer une de la masse, c’est la reporter

avecphilo-labo

Rétroaction et sous-systèmes

dans l’ordre des substances mortes, c’est en changer entièrement l’essence.

CUVIER(GEORGES) 12 En considérant sous ce rapport les lois vitales, le premier aperçu qu’elles nous offrent, c’est la remar- quable différence qui les distingue des lois physiques.

Les unes, sans cesse variables dans leur intensité, leur énergie, leur développement, passent souvent avec ra-

5

pidité du dernier degré de prostration au plus haut point d’exaltation, s’accumulent et s’affaiblissent tour à tour dans les organes, et prennent, sous l’influence des moindres causes, mille modifications diverses. Le som- meil, la veille, l’exercice, le repos, la digestion, la faim,

10

les passions, l’action des corps environnant l’animal, etc., tout les expose à chaque instant à de nombreuses révolutions. Les autres, au contraire, fixes, invariables, constamment les mêmes dans tous les temps, sont la source d’une série de phénomènes toujours uniformes.

15

Comparez la faculté vitale de sentir à la faculté physique d’attirer, vous verrez l’attraction être toujours en raison de la masse du corps brut où on l’observe, tandis que la sensibilité change sans cesse de proportion dans la même partie organique et dans la même masse de matière.

20

BICHAT

Recherches physiologiques sur la vie et la mort 13 S’il fallait définir la vie d’un seul mot, qui, en exprimant bien ma pensée, mît en relief le seul carac- tère qui, suivant moi, distingue nettement la science biologique, je dirais : la vie, c’est la création. En effet, l’organisme créé est une machine qui fonctionne né-

5

cessairement en vertu des propriétés physico-chimiques de ses éléments constituants. Nous distinguons aujour- d’hui trois ordres de propriétés manifestées dans les phénomènes des êtres vivants - propriétés physiques, propriétés chimiques et propriétés vitales. Cette dernière

10

dénomination de propriétés vitales n’est, elle-même, que provisoire ; car nous appelons vitales les propriétés or- ganiques que nous n’avons pas encore pu réduire à des

considérations physico-chimiques ; mais il n’ est pas douteux qu’on y arrivera un jour. De sorte que ce qui

15

caractérise la machine vivante, ce n’est pas la nature de ses propriétés physico-chimiques, si complexes qu’elles soient, mais bien la création, de cette machine qui se développe sous nos yeux dans les conditions qui lui sont propres et d’après une idée définie qui exprime la nature

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de l’être vivant et l’essence même de la vie.

Quand un poulet se développe dans un œuf, ce n’est point la formation du corps animal, en tant que groupement d’éléments chimiques, qui caractérise essen- tiellement la force vitale. Ce groupement ne se fait que

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par suite des lois qui régissent les propriétés chimico- physiques de la matière ; mais ce qui est essentiellement du domaine de la vie et ce qui n’appartient ni à la chimie, ni à la physique, ni à rien autre chose, c’est l’idée directrice de cette évolution vitale. Dans tout germe

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vivant, il y a une idée créatrice qui se développe et se manifeste par l’organisation. Pendant toute sa durée, l’être vivant reste sous l’influence de cette même force vitale créatrice, et la mort arrive lorsqu’elle ne peut plus se réaliser.

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BERNARD(CLAUDE) Introduction à l’étude de la médecine expériementale, 1865 14 Comment se fait-il qu’en dépit de l’incessant re- nouvellement de ses matériaux constitutifs, l’organisme reste approximativement semblable à lui-même et se manifeste, non pas dans un état d’équilibrefondé sur des relations réversibles, mais un état stationnaire ayant pour

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base des processus irréversibles.

VONBERTALANFFY(LUDWIG) 15 Nous appelons « fermé » un système lorsqu’aucun matériel n’y entre « de l’extérieur » et qu’aucun matériel n’en sort « vers l’extérieur ». Un système ouvert est un système dans lequel se produit un import et un export de matériel « avec l’extérieur ».

5

Les formes de l’organique ne sont qu’extérieure- ment durables et constantes ; elles sont en réalité l’ex- pression d’un continuel flux d’événements. Elles ne sont pas, elles deviennent. (. . . ) Ce Meurs et deviens [Stirb und werde] de l’organisme se produit à une vitesse qu’on

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était loin de soupçonner. (. . . ) L’organisme vivant est un système ouvert qui importe et exporte continuellement des composants de et vers l’extérieur, et qui néanmoins se maintient ou tend par ce changement perpétuel vers un état stationnaire ou plutôt, comme nous préférons

15

l’appeler, un équilibre de flux.

Un système organique quelconque n’est essen- tiellement autre qu’un ordre hiérarchique de processus stationnaires en équilibre dynamique.

L’opposition entre structure et fonction, morpholo-

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gie et physiologie, repose sur une conception statique de l’organisme [. . . ] Ce que la morphologie constate en tant que forme et structure signifie

avecphilo-labo

en fait une coupe temporelle dans un flux spatio- temporel d’événements [. . . ] Un organisme vivant est un

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objet se conservant par un flux ordonné d’événements, où la persistance de chaque système apparaît comme l’expression d’un changement des systèmes subordonnés [. . . ] Ainsi les structures de l’organique ne doivent- elles pas être jugées statiquement, mais dynamiquement

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[. . . ] Ce qui se maintient ultimement, ce n’est pas une structure durable, mais la loi d’un processus stationnaire.

VONBERTALANFFY (LUDWIG)

D

’

De la classification au phylum

Classification dichotomique

Une vieille idée

16 L’homme, tout d’abord, naquit d’êtres vivants d’une autre sorte puisque, au contraire des animaux qui peuvent rapidement se mettre à chasser, il demande des soins prolongés durant sa prime enfance. S’il avait commencé dans cet état, il n’aurait pu survivre.

5

ANAXIMANDRE

17 Chaque degré d’erreur aurait fait une nouvelle es- pèce ; et à force d’écarts répétés serait venue la diversité infinie des animaux que nous voyons aujourd’hui.

MAUPERTUIS(PIERRE-MOREAU) 1698-1759 Notions historiques 18 De l’espèce parmi les corps vivants, et de l’idée que nous devons ttacher à ce mot. Qu’il n’est pas vrai que les espèces soient aussi anciennes que la nature, et qu’elles aient toutes existé aussi anciennement les unes que les autres ; mais qu’il l’est qu’elles sesont formées

5

successivement, qu’elles n’ont qu’une constance relative, et qu’elles ne sont invariables que temporairement.

LAMARCK(JEAN-BAPTISTE) 1744-1829

Le loup chez Linné (1707-1778)

Classification de Cuvier (1769-1832)

Exemple d’homologie

avecphilo-labo

Homologie et convergence fonctionnelle

Phylogénèse et ontogénèse

L’enjeucolon ; le concept d’espèce

Au dela de l’opposition au créationisme, c’est le concept d’espèce qui est en jeu.

• Ce que l’esprit classe n’est qu’un moment dans un mouvement

Lamarck

Philosophie zoologique (1809)

• La fonction crée l’organe, la disparition de la fonc- tion atrophie l’organe

• Hérédité des caractères acquis par les individus (transmission)

• Du simple au complexe

Structure vestigiale

Charles Darwin (109-1882)

Darwin

L’évolution des espèces (1859)

• Observe de fortes différences intraspécifiques

• Sélection naturelle (observation de la sélection arti- ficielle des éleveurs)

• loi de Malthus (1838) “Struggle for life”, lutte pour l’existence

• “Le pouvoir de la sélection, d’accumulation que possède l’homme, est la clef de ce problème ; la hature fournit les variations successives, l’homme

avecphilo-labo

les accumule dans certaines directions qui lui sont utiles.”

• Existence de variabilité (confirmée par la génétique)

Premier dessin d’arbre par Darwin

Seule illustration de l’Origine des espèces

Et l’oeil ?

• Comment a pu se développer un organe complexe ?

• Il faudrait un “Intelligent Design”

• en fait, on dispose de modèles pour expliquer qu’en 400.000 générations, l’oeil peut apparaître

Evolution de l’oeil

Arbre phylogénétique de Haeckel (1866)

Arbre phylogénétique de Woese (1990)

La génétiquecolon ; la clé de la variabilité

• Travaux du moine et botaniste Mendel (1822-1884)

• La double hélice (Watson et Crick, 1953)

• Jacques Monod (1965) ARN Messager pour pro- duire les protéines

avecphilo-labo

Arbre phylogénétique de Lecointre-Le Guyader (2006)

Représsentation circulaire de l’arbre avec indication de la taille du génome (2017)

Mais ce n’est pas si simple

L’épigénétique

Domaine qui étudie les mécanisme qui influent sur l’expression des gènes

• 1970 Stephen Jay Gould montre que l’évolution accélère parfois et stagne (alors que Darwin pensait que l’évolution était lente et continue).

• certains “caractères acquis” semblent se trans- mettent (par exemple l’inhibition de certains gènes due à des facteurs extérieurs à l’organisme). . . La- marck ?

La double hélice de l’ADN

• il y a rôle de la culture (transmise par le groupe) dans l’accès ou non à la reproduction

• Le “mécanisme” pour expliquer l’adaptation au mi- lieu est loin d’être intégralement compris

Dawkins - le gène égoïste (1976)

• On pense toujours à l’évolution d’un organisme, mais peut-être est-il l’instrument de l’évolution de ses composants !

• Les gènes peuvent se reproduire aux frais de l’orga- nisme

Les mutations neutres

• travaux de Motoo Kimura

• La majeure partie de l’évolution pourrait être du à une “dérive génétique” indépendante de l’adaptation au milieu

• la “sélection positive” serait négligeable, les deux moteurs de l’évolution seraient la dérive génétique et la sélection négative

• les bactéries peuvent transformer leur hôtes et pro- duire des évolutions brutales et massives

D

Le code génétique et sa traduction

19 Le système vivant le plus simple que nous connais- sions, la cellule bactérienne, petite machinerie d’une complexité comme d’une efficacité extrêmes, avait peut- être atteint son état actuel de perfection il y a plus d’un milliard d’années. Le plan d’ensemble de la chimie de

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cette cellule est le même que celui de tous les autres êtres vivants. Elle emploie le même code génétique et la même

avecphilo-labo

mécanique de traduction que les cellules humaines, par exemple. (. . . )

Mais le problème majeur, c’est l’origine du code

10

génétique et du mécanisme de sa traduction. En fait, ce n’est pas de « problème » qu’il faudrait parler, mais plutôt d’une véritable énigme.

Le code n’a pas de sens à moins d’être traduit.

La machine à traduire de la cellule moderne comporte

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au moins cinquante constituants macromoléculaires qui sont eux-mêmes codés dans l’ADN : le code ne peut donc être traduit que par des produits issus de la traduc- tion. C’est l’expression moderne deomne vivum ex ovo.

Quand et comment cette boucle s’est-elle fermée sur elle-

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même ? Il est excessivement difficile de l’imaginer. » MONOD(JACQUES) Le hasard et la nécessité, 1970, Points, Seuil, 1973, p. 181 et 182.

Le cercle des sciences

20 On conçoit d’habitude la classification des sciences sous la forme de la série : mathématique –> phy- sique –>biologie –> psychologie ou psycho-sociologie, et assurément c’est bien selon cet ordre que les sciences se sont développées historiquement. mais il semble clair,

5

dans l’état actuel des recherches, non pas seulement épistémologiques, mais propres aux disciplines psycho- sociologiques, et mathématiques en elle-mêmes, que les deux extrémités de cette série tendent à se rapprocher en une sorte de cercle (. . . )

10

Or, loin d’être surprenante, l’existence d’un tel cercle est, d’une part, fort explicable et comporte d’autre part, des conséquences acceptables en ce qui concerne les deux directions essentielles de la pensée scientifique.

Pour ce qui est de son explication, elle tient au cercle

15

du sujet et de l’objet, inévitable en toute connaissance et sur lequel Höffding a profondément insisté : l’objet n’est jamais connu qu’à travers la pensée d’un sujet, mais le sujet ne se connaît lui-même qu’en s’adaptant à l’objet.

Ainsi l’univers n’est connu de l’homme qu’au travers de

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la logique et des mathématiques, produit de son esprit, mais il ne peut comprendre comment il a construit les mathématiques et la logique qu’en s’étudiant lui-même psychologiquement et biologiquement, c’est-à-dire en fonction de l’univers entier. Or c’est bien là le vrai sens

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du cercle des sciences : il aboutit à la conception d’une unité par interdépendance des diverses sciences, telles que les disciplines opposées, dans cet ordre cyclique, soutiennent entre elles des relations de réciprocité. C’est ainsi qu’entre les mathématiques et la biologie il existe

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les plus curieuse complémentarités (au sens courant du terme).

La mathématique, en tant que discipline scienti- fique, utilise au maximum l’activité du sujet, puisque cette science est essentiellement déductive et recourt de

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moins en moins (envisagée en son évolution) à l’expé- rience elle-même. la biologie réduit au contraire aumi-

nimuml’activité du sujet puisqu’elle est essentiellement expérimentale et n’utilise qu’avec une circonspection extrême les procédés déductifs ou constructifs de l’esprit.

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Mais tout en procédant de l’activité du sujet, la mathéma- tique s’applique essentiellement aux objets extérieur et les assimile aux cadres de notre pensée jusqu’à devancer parfois l’expérience par des anticipations surprenantes ; elle tend donc à réduire l’objet aux schèmes d’activité

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du sujet, et elle y parvient dans une large mesure. In- versement, si la biologie est essentiellement, et presque passivement, soumise à son objet, cet objet de ses études, c’est-à-dire l’être vivant, n’est autre chose que le sujet comme tel ou du moins le point de départ organique

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d’un processus qui, avec le développement de la vie mentale, aboutira à un sujet capable de construire les ma- thématiques elles-mêmes. Or ce sujet vivant et agissant n’est conçu par la biologie qu’en relation avec la réalité matérielle et par conséquent en fonction de l’objet ; si

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la mathématique cherche à réduire l’objet au sujet, la biologie effectue donc au contraire ou tend à effectuer la réduction inverse (. . . ).

Ainsi le cercle des sciences aboutit en fin de compte à mettre en évidence ce que l’analyse de chaque

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connaissance particulière souligne d’emblée mais à des dosages divers, l’interdépendance étroite du sujet et de l’objet. Selon qu’elle est située à l’un ou l’autre pôle, la science parle par conséquent un langage plus idéaliste ou plus réaliste. Laquelle de ces deux langues est-elle

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la vraie ? Le jour où la biologie sera, s’il elle y par- vient, entièrement mathématisée, nous verrons bien si les équations du protoplasme, et lui-même par conséquent, résultent de notre esprit, ou si notre esprit avec ses équations du protoplasme.

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Psychologie et épistémologie, Gonthier, 1970.

Le cercle des sciences de Piaget

L’homme est un être dont la connaissance com- prend le monde qui le contient

21 L’homme est un être dont la connaissance com- prend le monde qui le contient

ALQUIÉ

La découverte de l’homme métaphysique chez Descartes

avecphilo-labo

De drôles de questions

• La vie produit des êtres capables de connaître leur propre fonctionnement !

• Y a-t-il un avantage évolutif à cela ?

• Les “boucles étranges” de Douglas Hofstadter

• auteur de Gödel, Escher, Bach, les brins d’une guirlande éternelle(1979)