Evaluation de la flore microbienne de surface des carcasses des porcs abattus sur les aires d’abattages de Godomey et d’Abomey-Calavi

---

MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE

---

UNIVERSITE D’ABOMEY-CALAVI ---

ECOLE POLYTECHNIQUE D’ABOMEY-CALAVI

---

DEPARTEMENT DE PRODUCTION ET SANTE ANIMALES (PSA)

Rapport de fin de formation

THEME

9^ème promotion

Année académique : 2015-2016

Pour l’obtention du Grade de Licence Professionnelle en Production et Santé Animales

Présenté et soutenu par :

Togni Tagnon Hermann AGBAKA et Dona Francine Lucrèce KOUAKANOU

Evaluation de la flore microbienne de surface des carcasses des porcs abattus sur les aires d’abattages de Godomey et

d’Abomey-Calavi

Les membres du Jury : Président : Prof Benoît KOUTINHOUIN

Examinateur : Superviseur :

Dr. Chakirath F.A. SALIFOU Dr. Cyrille Kadoéito BOKO

Dédicaces Dédicace 1

Je dédie ce travail :

 A mon père Alphonse AGBAKA et ma mère Madeleine OTOU, qui ont bravé toutes les difficultés afin de m’assurer un avenir meilleur, à travers eux je remercie Dieu qui leur a donné cette force. Chers géniteurs, recevez ce travail comme des prémices aux fruits de vos efforts et trouvez-y, l’expression de ma profonde affection.

Dédicace 2

Je dédie ce travail :

 A mon très cher père S. Cosme KOUAKANOU, et à ma mère Marie-reine ADANVENON ; qui n’ont ménagé aucun effort pour le bien-être et la réussite de leurs enfants, que ce travail soit la réalisation de vos rêves et que Dieu, le tout puissant vous garde aussi longtemps que possible auprès de nous.

Hommages

 A notre Superviseur, Docteur Cyrille BOKO, Maître-Assistant des Universités (CAMES), Enseignant - Chercheur et Chef du Département de Production et Santé Animales (PSA) de l’École Polytechnique d’Abomey - Calavi (EPAC), pour avoir accepté de superviser ce travail. Ses précieux conseils, son appui scientifique et sa disponibilité malgré ses multiples occupations tout au long de ce temps de recherche nous ont permis de mener à bien ce travail. Nous gardons de lui le souvenir d’un maître dévoué, rigoureux, soucieux du travail bien fait. Qu’il reçoive nos sincères hommages.

 A notre président du jury, pour le grand sacrifice qu’il a fait en acceptant de présider notre jury malgré ses nombreuses occupations. Hommage respectueux.

 A tous les membres du jury, pour le grand honneur qu’ils nous ont fait en acceptant de juger ce travail et d’y apporter leurs critiques constructives malgré leurs multiples occupations. Toutes nos profondes reconnaissances et considérations.

Remerciements

Nous tenons à remercier du fond du cœur :

 Dieu Tout Puissant, Père éternel qui ne cesse de se révéler dans notre vie;

 Le Professeur Souaïbou FAROUGOU, Vice-Recteur Chargé de la Coopération Interuniversitaire, des Relations Extérieures et de l’Insertion Professionnelle, Responsable de l’Unité de Recherche en Biotechnologie de la Production et Santé Animales pour nous avoir accueillis dans son unité de recherche ;

 Le Professeur Benoît KOUTINHOUIN, Directeur-Adjoint du Centre de Pédagogie Universitaire et d’Assurance Qualité (CPUAQ) de l’Université d’Abomey-Calavi, Enseignant-Chercheur en Production et Santé Animales pour ses enseignements et conseils ;

 Le Professeur Issaka YOUSSAO, Directeur du Laboratoire de Biotechnologie Animale et de Technologie des Viandes à l’Ecole Polytechnique d’Abomey-Calavi, Enseignant-Chercheur en Production et Santé Animales pour ses enseignements et conseils ;

 Le Docteur Philippe SESSOU, Enseignant-Chercheur au département de Production et Santé Animales pour sa disponibilité et pour tout l’intérêt porté à notre travail ;

 Le Docteur P. Ulbad TOUGAN, Enseignant-Chercheur à l’Université de Parakou pour ses enseignements et ses conseils ;

 Docteur. Chakirath F.A. SALIFOU enseignant-chercheur au département de Production et Santé Animales, EPAC/UAC pour ses enseignements et ses conseils ;



 Tous les enseignants de l’Ecole Polytechnique d’Abomey-Calavi (EPAC) en particulier ceux du Département de Production et Santé Animales (DPSA) pour n’avoir ménagé aucun effort pour nous transmettre leurs savoirs ;

 Monsieur François DOSSA pour l’aide dont nous avons bénéficié durant notre travail ;

 Monsieur Eric YESSINOU, Doctorant à l’Université d’Abomey-Calavi pour son aide, sa disponibilité et ses conseils ;

 Toute l’équipe de l’Unité de Recherche en Biotechnologie de Production et Santé Animales à l’EPAC pour leur collaboration dans la réalisation de ce travail. Puisse le Seigneur les bénir ;

 Monsieur John AFFOGNON RDR du SCDA pour nous avoir acceptées sur nos lieux de stages ;

 Monsieur Noël YABI pour tous ses précieux conseils et aides au cours de notre stage ;

 madame Nadège SEVI pour avoir assuré notre encadrement au cours de notre stage sur l’aire d’abattage de Kpota

 Monsieur Narcisse TCHOKOTY pour avoir assuré notre encadrement au cours de notre stage au poste de contrôle de Godomey

 Monsieur Oscar Nestor AGUIDISSOU et Mlle Alida YAMBODE pour leur précieuse collaboration

 Tous les étudiants de la 9ème promotion de licence en Production et Santé Animales

 Tous nos frères et sœurs qui nous ont toujours soutenus financièrement et moralement ;

 Tous ceux que nous n’avons pas nommés et qui de près ou de loin ont contribué à la réalisation de ce travail.

Table des matières

Dédicaces ... i

Hommages ... ii

Remerciements ... iii

Table des matières ... v

Liste des tableaux ... vii

Liste des figures ... ...vii

Liste des sigles et abréviations... viii

Résumé ... x

Abstract ... xi

Introduction ... 1

Première partie : Généralités ... 3

1. Généralités ... 4

1.1. Contexte du stage ... 4

1.2. Présentation du SCDA ... 5

1.2.1. Historique et objectifs du SCDA ... 5

1.2.2. Activités du SCDA ... 6

1.2.3. Forces et faiblesses du SCDA d’Abomey-Calavi ... 7

1.2.4. Organigramme du SCDA d’Abomey-Calavi ... 8

Deuxième partie : ... 9

Activités menées et difficultés rencontrées ... 9

2. Activités menées ... 10

2.1. Activités menées au SCDA ... 10

2.2. Activités menées au laboratoire ... 12

2.2.1. Préparation des milieux de culture ... 13

2.2.2. Confession du frottis... 14

2.2.3. Réalisation de la coloration de Gram ... 14

3.1.2. Qualité hygiénique de la viande ... 17

3.1.3. Microflore initiale de la viande ... 17

3.1.4. Microorganismes indicateurs du respect des bonnes pratiques d’hygiène dans la filière viande ... 18

3.1.4.1. Flore Aérobie Mésophile ... 18

3.1.4.2. Pseudomonas ... 18

3.1.4.3. Enterobacteriaceae ... 19

3.1.4.4. Escherichia coli ... 20

3.1.5. Quelques microorganismes pathogènes de la viande ... 20

3.1.5.1. Staphylococcus aureus ... 20

3.1.5.2. Clostridium botulinium ... 22

3.1.5.3. Clostridium perfringens ... 22

3.1.5.4. Salmonella ... 23

3.1.5.5. Escherichia coli ... 24

3.2. Matériel et méthodes ... 25

3.2.1. Matériel ... 25

3.2.2. Méthodes ... 26

3.2.2.1. Echantillonnage ... 26

3.2.2.2. Technique de prélèvement ... 27

3.2.2.3. Préparation de la solution mère et des différentes dilutions ... 27

3.2.2.4. Ensemencement des milieux de culture ... 28

3.2.2.5. Dénombrement bactérien ... 28

3.2.2.5. Analyse statistique ... 30

3.3. Résultats et discussions ... 31

Les résultats des analyses sont récapitulés dans le tableau 4. ... 31

Tableau 4: Qualité microbiologique des échantillons analysés ... 31

Conclusion et suggestions ... 33

Liste des tableaux

Tableau 1: Récapitulation des Motifs de saisies partielles enregistrées sur l’aire d’abatage de pkota et

au poste d’inspection de Godomey... 11

Tableau 2: Répartition des jours de travail et du nombre d’échantillon par semaine ... 27

Tableau 3: Critères d’interprétation des résultats des contrôles microbiologiques ... 30

figure 1: organigramme du SCDA ... 8

Figure 2 : congestion des reins Figure 3 : tuberculose au niveau du foie ... 12

Figure 4 : ganglions hypertrophiés Figure 5 : abcès de la rate ... 12

Figure 6 : hydronéphrite Figure 7 : nodule au niveau du poumon ... 12

Liste des sigles et abréviations

ACCPA : Agent Communal de Contrôle des Produits Animales ACCPH : Agent Communal de Contrôle des Produits Halieutique

ACCQCPV : Agent Communal de Contrôle de la Qualité et du Conditionnement des Produits Végétaux

ACIPV : Agent Communal d’Inspection Phytosanitaire et Protection des Végétaux

APCPA : Agent de Poste de Contrôle des Produits d’origine Animale APCPH : Agent de Poste de Contrôle des productions d’origine

Halieutique

APCQCPV : Agent de Poste de Contrôle de la Qualité et du conditionnement des Produits Végétaux

CAGRN : conseiller en Aménagement et Gestion des ressources naturelles CARDER : Centres d’Action Régionale pour le Développement Rural CE : Commission Européenne

CeCPA : Centre Communal pour la promotion Agricole CeRPA : Centre Régional pour la promotion Agricole CPA : Conseiller en Production Animale

CPH : Conseiller en Production Halieutique CPV : Conseiller en Production Végétale E. coli : Escherichia coli

EPAC : Ecole Polytechnique d’Abomey Calavi FAO :Food and Agriculture organization FMA : Flore Aérobie Mésophile

GBH : Département de Génie de Biologie Humaine GC : Département Génie Civil

GEn : Département de Génie de l’Environnement

GIMR : Département de Génie d’Imagerie Médicale et de Radiologie GIT : Département de Génie Informatique et Télécommunication GME : Département de Génie Mécanique et Energétique

GTA : Département de Génie de la Technologie Alimentaire LMD : Licence Master Doctorat

MBH : Département de Génie de Maintenance Biomédicale et Hospitalière

PCA. : Plate Acount Agar

PSA : Département de Production et Santé Animales

RDR : Responsable du Développement Rural

SCDA : Secteur Communale pour le Développement Agricole

SS : Salmonella-Shigella

TSAGRN : Technicien Spécialisé en Aménagement et Gestion de Ressources Naturelles

TSANA : Technicien Spécialisé en Alimentation et Nutrition Appliquée TSIEC : Technicien Spécialisé en Inspection et Evaluation Coopérative TSPA : Technicien Spécialisé en Production Animal

TSPH : Technicien Spécialisé en Production Halieutique TSPV : Technicien Spécialisé en Production Végétale

TSSSE : Technicien Spécialisé en Statistique et Suivi Evaluation UAC : Université d’Abomey Calavi

VRBG : Violet Red Bile Glucose agar

Résumé

Le présent stage de fin de formation en licence professionnelle a été effectué du 20 Juin au 20 Septembre 2016 dans le Secteur Communal pour le Développement Agricole. Durant cette période, plusieurs activités ont été menées. Au nombre de celle-ci, nous pouvons énumérer, l’inspection des carcasses de bovins, caprins, ovins et porcins sur les aires d’abattage de Godomey et Calavi ; la préparation des milieux de culture et la coloration gram au laboratoire. Par ailleurs, nous avons évalué la flore microbienne de surface de 70 carcasses de porcs sur les aires d’abattages de Godomey et d’Abomey- Calavi. Il ressort de cette étude que la charge moyenne en FAM pour l’ensemble des échantillons est de 5,8log UFC/cm², 3 log UFC /cm² pour les entérobactéries, 1,1log UFC/cm² pour les staphylococcus. Sur l’ensemble des échantillons prélevés aucune présence des germes de Salmonella n’a été observée. Toutefois la charge microbienne dénombrée sur les deux sites de stage, a été pour la plupart supérieure à la norme exigée. Cette étude témoigne une négligence dans l’hygiène des procédés d’abattage et interpelle les autorités en charge des inspections sanitaires sur le problème de santé publique. Nous suggérons aux consommateurs une bonne cuisson des viandes afin d’éviter diverses infections par ces bactéries.

Mots clés : Inspection, microbiologie, porc, santé publique, hygiène

Abstract

This in tern ship of training course ending in bachelor Professional Degree was carried out from June 20^th to September 20^th, 2016 in the Communal Sector for the Agricultural Development. During this period, several activities were undertaken. Within these activities we can enumerate, the inspection of the carcasses of cattles, caprine, sheep and porcine carcasses on the surfaces of slanghering spaces of Godomey and Calavi; preparation of the culture media and colouring gram at the laboratory.In addition, we evaluated the microbial flora of surface of 70 carcasses of the pork carcase on the surfaces of slanghering spaces of Godomey and Abomey-Calavi in accordance with the specific ISO standards. It comes out from this study that the average charges in FAM for the whole of the samples is 5.8log UFC/cm², 3 log UFC/cm² for the enterobacteries, 1.1log UFC/cm² for the staphylococcus. On the whole of the taken samples no presence of the germs of Salmonella was observed. However the microbial load counted on the two sites of training course, was for the majority higher than the standard required.This study shous a negligence in hygiene to the methods of working and challenges the authorities in medical charge of samtury inspections on the problem of public health.We suggest with the consumers a good cooking of the meats in order to avoid various infections by these bacteria

Key words: Inspection, microbiology, pig, public health, hygiene

Introduction

L’élevage est l’une des principales activités menées par l’homme pour satisfaire ses besoins et contribuer à la lutte contre l’insécurité alimentaire. Il est pratiqué par 33% de la population béninoise après l’agriculture (FAO, 2010). Pour faire face aux besoins grandissants des populations africaines en protéines d’origine animale, la production des viandes est donc devenue indispensable. La production nationale en viandes est estimée à 64 968 tonnes en 2013 et la viande bovine vient en tête avec 56,68 %, viennent ensuite les volailles (19,14 %), les ovins et les caprins (12,69 %), les porcs (7,65 %), les lapins (2,89 %) et enfin les aulacodes (0,96 %), (Country STAT Bénin, 2015). Bien qu’en occupant le quatrième rang dans la production nationale en viande, le porc est très apprécié des consommateurs et joue un rôle très important dans le domaine socio-culturel surtout dans les régions du sud-Bénin. Il est accessible à tout moment de l’année, donc abattus quotidiennement dans les abattoirs, tueries ou aires d’abattage de chaque localité du pays. Plusieurs méthodes d’habillage sont utilisées lors de la préparation des carcasses du porc. Les pratiques courantes consistent à échauder ou à brûler afin de les débarrasser de leurs poils. Ainsi, les pouvoirs publics doivent encourager le contrôle des produits animaux, qui passe par une inspection dans les abattoirs et les aires d’abattage, afin de permettre aux populations de consommer des viandes saines. Toutefois, Lurette (2007) rapporte que la consommation grandissante de la viande porcine n’est pas sans danger car, elle constitue l’une des sources de Salmonellose humaine.

Cependant, les pratiques de contrôle existantes remontent souvent à plusieurs décennies et pourraient ne pas toujours offrir une protection adéquate en matière de santé publique. Ces pratiques ne conviennent donc pas toujours pour détecter les maladies d’origine alimentaire comme la salmonellose ou les infections dues à des souches virulentes d’E. Coli dans les viandes, notamment celles des carcasses des porcs seront nécessaires. L’abattoir constitue l’un des points

critiques majeurs de l’hygiène des viandes et il est considéré comme l’étape où les plus grands risques de contamination existent (Dennaïa et al, 2001 ; Collobert et al, 2002 ; Vallotton, 2004 ; Merle 2005; Beaubois 2009). Des études sur la contamination des viandes, notamment celle des carcasses des porcs seront nécessaires pour apprécier les risques spécifiques auxquels sont exposés les consommateurs de Godomey et d’Abomey Calavi. C’est dans cette logique qu’au cours de notre stage sur les aires d’abattages de Godomey et d’Abomey-Calavi, nous avons choisi d’évaluer la flore microbienne de la surface des carcasses de porcs. Afin de proposer des solutions pouvant garantir la salubrité de la viande porcine.

Les objectifs de ce stage sont de :

• renforcer nos capacités techniques en matière d’inspection sanitaire des viandes et en microbiologie (la bactériologie)

• évaluer l’hygiène à l’abattage de la viande du porc abattu sur l’aire d’abattage d’Abomey-Calavi.

Le présent document est subdivisé en trois parties :

• la première porte sur les généralités;

• la deuxième fait le point des activités menées et des difficultés rencontrées au cours de notre stage ;

• la troisième a été consacrée à l’évaluation de la flore microbienne de surface de la carcasse du porc abattu sur les aires d’abattages de Godomey et d’Abomey-Calavi

Première partie : Généralités

1. Généralités

1.1. Contexte du stage

L’état Béninois dispose de plusieurs établissements publics de formations techniques et professionnelles qui ont pour mission de former des cadres supérieurs pour le développement de la nation. Parmi ces établissements, il y a l’Ecole Polytechnique d’Abomey-Calavi (EPAC) de l’Université d’Abomey- Calavi (UAC), Créée par décret N°- 2002-551 du 16 Décembre 2002 et modifié par le décret N°-2005-078 du 25 février 2005 portant création, attributions, organisation et fonctionnement. C’est un établissement public d’enseignement supérieur, de formation technique et professionnelle, à caractère de grande école. Dotée d’une autonomie financière et d’un règlement pédagogique par Arrêté Rectoral n°81-10/UAC/SG/VR-AAIP/SEOU du 31 décembre 2010.

L’EPAC dispose de deux grands secteurs d’enseignement. Il s’agit du secteur industriel et du secteur biologique. Le secteur industriel est composé de 05 départements à savoir : Génie Civil (GC), Génie Electrique (GE), Génie Informatique et Télécommunication (GIT), Génie Mécanique et Energétique (GME) et Génie Bio-médical et Maintenance Hospitalière (MBH).Quant au secteur biologique il est composé de 05 départements a savoir : Génie d’Imagerie Médicale et de Radiobiologie (GIMR), Génie de Biologie Humaine (GBH), Génie de l’Environnement (GEn), Production et Santé Animales (PSA) et Génie de Technologie Alimentaire (GTA). Dans le souci de professionnaliser l’enseignement supérieur, les formations en Licence professionnelle et Master ont été instaurées dans le secteur biologique de l’EPAC depuis les années 2005- 2006. De nos jours, ces formations sont renforcées par les reformes en cours sur le système LMD (Licence Master Doctorat) au sein du REESAO (Réseau pour

un aux stages de fin de formation en entreprise. Au cours de la formation, des stages d’un mois sont organisés pendant les vacances universitaires. La formation en Master Professionnel à l’EPAC dure deux ans après la Licence Professionnelle. Elle est répartie en quatre semestres dont trois sont destinés aux cours théoriques, aux travaux pratiques et stage en entreprise. Le stage en entreprise est destiné aux travaux de fin de formation. Dans le cadre de l’obtention du Grade de Licence Professionnelle en Production et Santé Animales de l’EPAC, un stage pratique de 3 mois est prévu à l’étudiant afin de rédiger et soutenir un rapport. C’est dans cet optique que nous avons choisi de faire notre stage pratique de fin de formation au Centre d’Action Régionale pour le Développement Rurale (CARDER) d’Abomey-Calavi, au Secteur Communal pour le Développement Agricole (SCDA), la section de l’inspection à l’abattoir ; afin de renforcer nos connaissances acquises au cours des trois années de formation. Ce stage s’est déroulé du 20 juin au 20 septembre2016.

1.2. Présentation du SCDA

1.2.1. Historique et objectifs du SCDA

Après la mise en œuvre de la décentralisation et au regard des choix stratégiques de développement opérés par le ministère du développement rural depuis la conférence des forces vives de la nation de février 1990 ; des changements ont été nécessaires dans le monde rural (CARDER) (Kotomalè ; 2004). C’est pourquoi en conformité avec les axes prioritaires identifiés dans le plan stratégique opérationnel ; la réforme des centres d’Action Régionale pour le développement rural (CARDER) a été entreprise. Cette réforme a abouti à la mise en place par décret n° 2004-301 du 20 mai 2004 ; de nouvelles structures régionales ; que sont les Centres Régionaux pour la Promotion agricole (CeRPA). Chacune de ces structures a fait l’objet d’un arrêté portant organisation et fonctionnement des directions techniques qui le composent (Kotomalè ; 2004). Il convient de noter que l’option choisie était de renforcer les capacités d’organisation de ces centres au niveau communal par les Centres

Communaux pour la Promotion Agricole (CeCPA). Ces centres jouent le rôle de conseiller technique pour les producteurs au niveau de la commune .Il est également prévu une implication des structures et organisations de la société civile dans la promotion des activités de développement agricole et rurale, et une meilleur coordination des interventions dans le sous-secteur agricole (kotomalè, 2004). Aujourd’hui le Centre communal Pour le Développement Agricole (CeCPA) est connu sous le nom de Secteur Communal pour le Développement (SCDA). Le SCDA est l’unité opérationnelle décentralisée du CARDER autre fois CeRPA et sa zone d’intervention est la commune. Sous l’autorité du Responsable du Développement Rural, le SCDA, de la mise en structure en charge de la mise en œuvre du conseil Agricole. Il a pour mission entre autre de contribuer à l’inspection ; au contrôle, à la réglementation et au suivi du secteur agricole d’une part et de veiller à la gestion rationnelle des ressources naturelles renouvelables, notamment, les eaux ainsi que les sols d’autre part.

1.2.2. Activités du SCDA

Le SCDA a pour activités d’assurer le développement du secteur agricole au sein de la commune. Il appuie les organisations paysannes, réalise le contrôle phytosanitaire et l’aménagement des équipements ruraux. A ce titre il est chargé de :

o veiller à la mise en œuvre de la politique agricole pour améliorer l’environnement économique et sociale des exploitations agricoles ;

o Appuyer les conseils communaux et municipaux dans l’élaboration et la mise en œuvre du plan communale de développement dans les secteurs relevant du

1.2.3. Forces et faiblesses du SCDA d’Abomey-Calavi

 Forces

Les forces du SCDA d’Abomey-Calavi se situent à divers niveaux :

- Il dispose de plusieurs agents intervenant dans les domaines de la production animale et végétale ;

- il organise des séances de recyclage périodique des agents afin de leur donner une meilleure prestation ;

- il assure la prospection des activités agricoles dans la commune grâce aux services fournis par ses agents aux paysans.

- Il assure des stagiaires dans les domaines de la production animale et de la production végétale ;

- Il assure des éleveurs et agriculteurs de la commune ;

- Il assure la mise à disposition des agriculteurs, des intrants agricoles ;

- Il assure la réalisation des études statistiques en ce qui concerne l’agriculture - Il assure la participation aux interventions dans le domaine de l’agriculture

et de l’élevage

 Faiblesses

Les faiblesses du SCDA d’Abomey-Calavi sont liées à : - L’exigüité des locaux dans lesquels il est installé ;

- la vétusté du bâtiment qui l’abrite et le manque de personnels ;

- l’insuffisance des moyens matériels et financiers pour son développement ;

1.2.4. Organigramme du SCDA d’Abomey-Calavi

L’organigramme du Secteur Communal pour le Développement Agricole est constitué comme suit:

ACCPH ACCQCPV

TSPH TSANA

TSAGRN NNN

CGEA ACIPV

ACCPA

RDR

TSPA TSSSE

TSPV

CPV CPA CAGRN CPH APCQCPV APCPH APCPA

Deuxième partie :

Activités menées et difficultés

rencontrées

2. Activités menées

Au cours du stage au SCDA nous avons procédé à, l’inspection sanitaire des bovins, des petits ruminants et des porcins sur les aires d’abattages de kpota et l’analyse bactériologique de la viande du porc au Laboratoire de diagnostic vétérinaire de la Production et Santé Animales.

2.1. Activités menées au SCDA

Au SCDA nous avons participé à l’inspection sanitaire et de salubrité des viandes de bovins, de petits ruminants et de porcs sur les aires d’abattages de Godomey et d’Abomey-Calavi. Durant notre séjour au SCDA nous avons inspecté 50 bovins, 210 petits-ruminants et 549 porcs. L’inspection débute par un coup d’œil général sur la carcasse et les organes à inspecter afin de vérifier si tous les organes sont effectifs. Ensuite, on a procédé à l’incision de la rate, du foie, du poumon, du cœur, des reins, des ganglions pré-scapulaires, pré-curaux (chez les bovins) et retro mammaires (chez les bovins et les petits ruminants), de la tête (chez les bovins et le porc) à la recherche d’éventuelles pathologies. En fonction des lésions macroscopiques observées, des saisies d’organes ont été opérées. Le récapitulatif des pathologies suspectées en fonction de ces lésions ainsi que les différents organes saisies en fonction des espèces est consigné dans le tableau ci-dessous.

Tableau 1: Récapitulation des Motifs de saisies partielles enregistrées sur l’aire d’abatage de pkota et au poste d’inspection de Godomey

Espèce Affections/ Pathologies Poumons Rein Foies Rate Ganglions Intestins Gorge Cœur Mamelle

Bovins

Tuberculose 3 - 1 - 3 1 - - -

Abcès 5 - 2 - 4 - - - 2

Congestion 2 - - 1 - - - - -

Emphysème 6 - - - - - - - -

dicrocoeliose - - 12 - - - - - -

Pneumonie 2 - - - - - - - -

Néphrite - 3 - - - - - - -

Adénite - - - - - - - - -

Hydronéphrite - 2 - - - - - - -

Total 18 5 15 1 7 0 0 0 0

Ovin/

Caprin

Abcès 6 - 4 - 10 - - - -

Mammite - - - - - - - - 6

Oesophagostomose - - - - - 10 - - -

Dicrocoeliose - - 10 - - - - - -

Congestion - - - - - - - -

dicrocoeliose - - 5 - - - - - -

Emphysème 4 - - - - - - - -

Total 10 0 19 0 10 10 0 0 6

Porcin

Hydronéphrite - 6 - - - - - - -

Strongylose 151 - - - - - - - -

Congestion 20 - 5 8 - - - - -

Emphysème 6 - - - - - - - -

Cystysercose - - - - - - - 3 -

Hépatisation 2 - - - - - - - -

Total 179 6 5 8 0 0 0 3 0

Les différents cas de lésions observées au cours de notre stage sont présentés dans les figures ci-après :

Figure 2 : congestion des reins Figure 3 : tuberculose au niveau du foie

Figure 4 :ganglions hypertrophiés Figure 5 :abcès de la rate

Figure 6 : hydronéphrite Figure 7 : nodule au niveau du poumon

2.2.1. Préparation des milieux de culture

Le milieu de culture est l’ensemble de substances contenant des éléments nutritifs quantitatifs et qualitatifs pour la croissance des microorganismes mais aussi pour leur entretien. Il existe des milieux solides (gélose) et des milieux liquides (bouillon). Les milieux de cultures qui ont été utilisés sont des milieux commercialisés sous forme de milieux complets déshydratés. Ainsi pour la préparation, les milieux déshydratés ont été pesés puis mis en suspension dans de l’eau distillée avant d’être placé au bain marie porté à 100°c pour obtenir une dissolution complète. Enfin, la préparation ainsi obtenue a été stérilisée à l’autoclave à 121°C pendant 15mn. Après refroidissement les milieux de culture solides sont coulées dans des boîtes de Pétri. Les milieux préparés ont été conservés au réfrigérateur à une température de 3 à 5°C pour être utilisés ultérieurement. Il est à noter que pour la préparation du milieu SS, après cette dissolution complète au bain marie, la préparation peut être directement coulé dans les boîtes de pétri car l’eau distillée a été stérilisée au préalable conformément aux instructions du fabricant.

Les milieux qui ont été préparés sont :

 Mac-Conkey sur lequel poussent les bactéries à gram- ;

 XLD : Xylose Lysine Desoxycholate Agar pour l’isolement de Salmonella spp ;

 Rappaport Vassiliadis (RV) pour l’enrichissement des salmonelles;

 l’EPT : Eau Peptonnée Tamponnée qui est un bouillon et un milieu de revivification ;

 Le diluant pour faire les dilutions décimales ;

 Le PCA : Plate Count Agar utilisé pour la culture de la flore totale ;

 le milieu VRBG (violet cristal, rouge neutre, bile, glucose) utilisé pour la culture des coliformes fécaux ;

 Le SDA : Sabouraud Dextrose Agar utilisé pour la culture des levures et moisissures ;

 Le TSN : Milieu trypticase - sulfite - néomycine (TSN) pour la culture des spores de clostridies ;

 Bouillon nutritif et gélose nutritive qui constituent des milieux sur lesquels poussent un grand nombre de microorganismes non exigeants ;

 le Bouillon Lactosé Bilié au Vert Brillant : BLBVB pour l’identification des coliformes totaux et fécaux ;

 l’Eau Peptonnée Exempt d’Indole pour l’identification de la présence de E. coli par la présence d’indole.

2.2.2. Confession du frottis

Une goutte d’eau stérile a été déposée sur une lame porte objet puis une colonie isolée de bactérie a été ajoutée à l’aide d’une anse de platine flambée. Le mélange a été étalé puis fixé à la chaleur de la flamme du bec Bunsen. La lame séchée a été posée sur le portoir reposant sur un bac de coloration.

2.2.3. Réalisation de la coloration de Gram

La coloration de Gram est une méthode d’identification des bactéries G- et des bactéries G+. Ainsi l’étalement fixé a été coloré au violet de gentiane. Une minute après, la préparation a été rincée à l’eau distillée puis ensuite on la recouvre d’une solution de Lugol. Une minute après la solution est rejetée et la préparation est décolorée à l’alcool durant 8 secondes avant d’être rincée à l’eau distillée immédiatement. L’étalement a été recoloré par une solution de fuschine.

Une minute après, cette solution a été lavée à l’eau distillée. La lame a été séchée entre deux feuilles de papier absorbant avant son observation au microscope à l’objectif 100x avec une goutte d’huile à immersion. Il a été

2.2.4. Tests biochimiques

Pour l’identification biochimique, une mini-galerie constituée d’indol, d’urée, H2S, l’inositol, le sorbitol a été préparée. Les souches bactériennes ont été ensemencées dans ces boulions puis incubés à 37° pandant 24 h avant de procéder à la lecture.

2.3. Difficultés rencontrées

Durant notre stage, nous avons été confrontés à quelques difficultés. Il s’agit de : - inexistence d’un hall adéquat pour l’abattage ;

- mauvaise gestion des organes saisis ; - approvisionnement en eau

- les coupures fréquentes du courant électrique lors des préparations de milieux de culture

2.4. Problème identifié

Dans les aires d’abattages que nous avons fréquentées lors de notre stage, diverses pathologies ont été évoquées et des saisies de viandes ont été réalisées.

Les conditions d’abattage très peu satisfaisantes nous ont amené à nous intéresser à l’évaluation de la flore microbienne de surface des carcasses de porcs abattus sur les aires d’abattages de Godomey et d’Abomey-Calavi. Les résultats permettront de faire le point des divers germes afin de garantir à la population la sécurité sanitaire des viandes de porcs produites dans ces abattoirs et de proposer des conduites à tenir lors des traitements des viandes avant la consommation.

Troisième partie :

Evaluation de la flore microbienne de surface des carcasses des porcs abattus

sur les aires d’abattages d’Abomey-

Calavi et Godomey

3.1. Généralités sur l’hygiène de la viande 3.1.1. Concept de la viande

La viande est le produit de transformation du muscle après la mort de l’animal.

Ce muscle correspond à un terme anatomique définissant une partie précise d’un organisme ; en aucun cas, ce terme n’est utilisé pour définir un aliment, c’est le terme viande qui est alors employé (Coibion, 2008).

3.1.2. Qualité hygiénique de la viande

La qualité hygiénique de la viande est l'ensemble des propriétés et des caractéristiques de la viande qui lui confèrent des garanties de salubrité et de sécurité. Elle ne doit pas contenir des dangers pour le consommateur. Il s’agit des agents biologiques (bactéries, virus, parasites, moisissures…), biochimique (molécules, naturelles ou de synthèse) et physique (aiguilles cassées, esquilles osseuses, morceaux de bois…). Dans notre étude, seuls les agents biologiques et précisément les bactéries constituant la microflore de la viande seront abordés.

3.1.3. Microflore initiale de la viande

La microflore initiale de la viande regroupe les germes survenus de l’animal vivant jusqu’à l’obtention de la carcasse c’est-à-dire jusqu’à l’habillage, mais avant lavage (Fernandes, 2009). Ces germes proviennent soit des animaux eux- mêmes par contact direct via le cuir, les pattes, les sabots ou le tractus digestif, soit de l’eau utilisée, soit des hommes, de la méthode de travail, du milieu où soit du matériel utilisé par contact indirect ( Fernandes, 2009). L’aire d’abattage le point critique majeur de dépôt des germes sur les masses musculaires nouvellement mises à nu. Il est souhaitable de faire en sorte que les transferts des éléments pollués vers les masses musculaires soient infimes. La microflore de surface retrouvée immédiatement après abattage sur les carcasses est principalement constituée de : Micrococcus, Pseudomonas, Moraxella, Actinobacter, Staphylococcus, Streptococcus, Bacillus,

Brochothrix thermosphacta, Lactobacillus, Flavobacterium, Kurthia, les Entérobacteriaceae et les coryneformes. On retrouve aussi une diversité de levures (genre Candida) et de moisissures (genres Penicillium, Mucor, Aspergillus, Rhyzopus) (Benaissa., 2011). Les principaux indicateurs du respect des bonnes pratiques d’hygiène dans la filière viande utilisés sont la Flore Aérobie Mésophile, les Pseudomonas, les Enterobacteriaceae et E. coli (Ghafir et Daube, 2007). Dans le Règlement (CE) N° 2073/2005 de la Commission Européenne (UE, 2005), la flore aérobie mésophile (FAM), les entérobactéries et les salmonelles sont les 3 micro-organismes indicateurs d’hygiène des procédés.

3.1.4. Microorganismes indicateurs du respect des bonnes pratiques d’hygiène dans la filière viande

3.1.4.1. Flore Aérobie Mésophile

La flore aérobie mésophile regroupe des microorganismes formant des colonies dénombrables après leur multiplication dans des conditions de laboratoire définies (Bonnefoy et al., 2002). Il s’agit des germes aérobies pouvant se multiplier dans des conditions ambiantes à 30°C et ne constituant pas une famille bactérienne particulière. Cette flore regroupe des Entérobacteriaceae, des Bacillus, des staphylocoques, des Pseudomonas, des bactéries lactiques ou d’autres agents éventuellement pathogènes. Leur présence au-delà des limites définies peut signifier un défaut d’hygiène des procédés de fabrication. A titre d’exemple, si leur moyenne quotidienne sur les carcasses du porc est supérieure à 5 log ufc / cm², la qualité hygiénique du procédé d’abattage est insatisfaisante (UE, 2005).

hydrosolubles fluorescents, de couleur jaune-vert qui ont un rôle de sidérophores. La plupart des espèces sont psychrotrophes. Leur croissance est possible entre 4°C (voire moins) et 43°C (Euzéby, 2007). Les Pseudomonas sont ubiquistes et peuvent vivre dans des niches écologiques très diverses. Peu virulentes, plusieurs souches sont des pathogènes opportunistes pour l’homme et des agents d’altération des viandes, poissons et produits laitiers. Les espèces les plus fréquemment rencontrées chez l’homme sont Pseudomonas aeruginosa, P.

fluorescens, P. putida et P. stutzeri (Euzéby, 2007).

3.1.4.3. Enterobacteriaceae

Les Enterobacteriaceae ou entérobactéries appartiennent à une famille de courts bâtonnets Gram négatifs, de 0,3 à 1,0 μm de diamètre sur 1,0 à 6,0 μm de longueur, dont certains sont mobiles au moyen de flagelles péritriches et d’autres immobiles. Toutes les espèces sont anaérobies facultatives, fermentent le glucose et sont oxydases négatives. Il s’agit d’un groupe biochimiquement et génétiquement apparenté, présentant une grande hétérogénéité du point de vue écologie, hôtes et potentiel pathogène pour l’homme, les animaux, les insectes et les plantes (Ghafir et Daube, 2007). Cette famille inclut plusieurs genres et espèces de bactéries pathogènes intestinales (Shigella, Salmonella et les souches pathogènes de Yersinia et d’E.coli). Parmi les entérobactéries, les souches qui habituellement fermentent le lactose, produisent d'acide et souvent de gaz, sont appelées «coliformes» et comprennent des espèces des genres Citrobacter, Enterobacter, Escherichia et Klebsiella. Un autre sous-ensemble du groupe des coliformes comprend les «coliformes fécaux» qui fermentent le lactose à 44,5 ± 0,2°C et qui sont parfois dénommés «thermotolérants». L’espèce la plus fréquemment associée à ce groupe bactérien est Escherichia coli et, dans une moindre mesure le genre Klebsiella (Mead, 2007). Dans les denrées alimentaires d’origine animale, les entérobactéries sont d’origine intestinale ou environnementale et indiquent un défaut d’hygiène lors des processus de fabrication.

3.1.4.4. Escherichia coli

Escherichia coli fait partie de la famille des Enterobacteriaceae. Il s’agit de courts bâtonnets mobiles au moyen de flagelles péritriches, Gram négatifs, anaérobies facultatifs, non sporulés, oxydase négative, mesurant de 2 à 4 μm de long et d’un diamètre d’environ 0,6 μm. Ils sont capables de fermenter plusieurs sucres, mais leur fermentation du lactose avec production de gaz est caractéristique. La multiplication à 44°C (optimum 40°C et extrême à 45,5°C), la production d’indole et la présence d’une activité ß-glucuronidase, sont également caractéristiques. Les espèces d’E. coli sont sérotypées en se basant sur leurs 173 antigènes somatiques (O), 56 antigènes flagellaires (H) et 80 antigènes capsulaires (K) (Eslava et al., 2003). Etant l’espèce bactérienne anaérobie facultative prédominante dans l’intestin et les fèces, la présence d’E.

coli dans les aliments et l’eau est considérée comme une indication de contamination fécale et, dès lors, l’indication d’une possible présence de microorganismes pathogènes d’origine fécale. La surveillance d’E. coli représente le meilleur indicateur d’hygiène des procédés pour suivre la contamination fécale d’un aliment (UE, 2007), mais aucun critère de sécurité n’est pour le moment fixé dans la règlementation Européenne. La contamination a lieu le plus souvent lors de la production et de la transformation d’aliments crus d’origine animale, ou indirectement, via la contamination par de l’eau contaminée (Eslava et al., 2003). Dans les filières de production carnée, la principale source de contamination des denrées alimentaires par E. coli est le tractus intestinal des animaux. Leur présence indique un défaut de la technique d’abattage, ou une contamination croisée, mais peut également être due à une contamination par les personnes manipulant les denrées alimentaires.

disposé en grappe, non sporulé, coagulase positive. Cette espèce fait partie des bactéries aéroanaérobies facultatives, mais préférant le métabolisme aérobie.

C’est un germe mésophile, capable de se multiplier entre 4°C et 46°C, de manière optimale à 37°C, pour un pH allant de 5 à 9, avec un optimum de 7,2 à 7,6 et une aw de 0,86 en aérobiose et 0,90 en anaérobiose. C’est un germe halophile et xérophile car il se développe même en présence de sel et du sucre et survit dans les aliments déshydratés : sa croissance est possible jusqu’à une concentration de 18 % en sel en aérobiose (Bailly et al., 2012 ). Au total, 70-80

% des souches produisent des exotoxines (Cavalli, 2003). La toxinogénèse a lieu pendant la phase exponentielle de croissance, pour une température comprise entre 10°C et 45°C (avec un optimum de 40 à 45°C), un pH compris entre 5 et 8, une teneur en NaCl inférieure à 10%, une aw supérieure à 0,86 (Fosse et Margas, 2004). Staphylococcus aureus est un germe commensal de la flore cutanée des animaux et un agent possible de mammite chez les femelles en lactation (le plus souvent sub-clinique chez la vache, pouvant évoluer vers une forme gangréneuse chez la chèvre et la brebis) (Cavalli, 2003). Chez l’homme, il vit dans la cavité nasale, dans les glandes sébacées et sudoripares, dans les bulbes pileux. Le principal site pour les mains est le bout des doigts (en relation avec l’habitude de se gratter le nez). La contamination des viandes est donc possible au moment du dépeçage, de l’ablation de la mamelle et surtout chaque fois qu’il y a un contact direct entre l’homme et la carcasse. Les troubles (nausées, vomissements, diarrhées) peuvent apparaître chez les consommateurs après ingestion d’un aliment contenant les toxines. La dose minimale à ingérer pour provoquer les premiers symptômes reste mal définie. L’entérotoxine staphylococcique étant très stable à la chaleur, la simple cuisson reste inefficace pour assurer la destruction de la toxine et assainir en toute sécurité un produit de viande contaminé. Il va falloir éviter la contamination ou s’opposer à la multiplication du germe et à la sécrétion de la toxine en ne traversant pas la zone dangereuse (20°C- 50°C) ou en n’y résidant que fort peu de temps (ne jamais

3.1.5.2. Clostridium botulinium

Clostridium botulinum est un bacille Gram positif de 4 à 6 μ de longueur, aux extrémités arrondies, mobile (ciliature péritriche), anaérobie strict et sporulé.

Les souches de C. botulinum sont très hétérogènes d'après leurs caractères culturaux, biochimiques et génétiques et elles sont divisées en quatre groupes (I à IV). C’est une bactérie mésophile pouvant se multiplier significativement à 15°C (Fernandes, 2009). Les spores ont une résistance de 20 min à 110°C. Il est un agent d’intoxination et d’intoxication alimentaires humaine ou animale. Les toxines botuliniques se divisent en 7 types (A à G) selon leurs propriétés immunologiques, chacune étant neutralisée par un sérum spécifique. La toxine botulique est le poison le plus puissant qui existe. La toxine botulique A est la plus active. Le réservoir de C. botulinum, comme des autres Clostridium est l'environnement : sol, poussière, sédiments marins ou d'eau douce, eaux souillées, lisiers et occasionnellement le contenu digestif de l'homme et des animaux sains. L’homme ou l’animal s’infecte en ingérant d’aliment contaminé (notamment conserves et semi-conserve mal stérilisées, jambons crus secs, produits de boucherie et fourrages). La durée d’incubation est de 1 à 10 jours, le plus souvent 1 à 3 jours. La maladie se manifeste par des paralysies flasques (oculaires et cardio-respiratoires), des troubles digestifs (nausées, vomissements, diarrhées ou constipations dysphagie) et urinaires, un tarissement de toutes secrétions (et surtout des sécrétions salivaires). La maladie, plus ou moins grave, peut être mortelle en absence de traitement.

3.1.5.3. Clostridium perfringens

Clostridium perfringens appartient au groupe II du genre Clostridium et à la

50°C. Les spores thermosensibles de C. perfringens résistent 5 minutes à 100°C et produisent l’entérotoxine qui est responsable des intoxications alimentaires (Fosse et Margas, 2004). Le seuil au-dessus duquel il y a intoxication est 10⁵ ufc/g (AFSSA, 2006b). Ce germe ubiquiste est un hôte normal du tube digestif des animaux et de l’homme. La viande peut être contaminée au moment de l’éviscération si du contenu de l’intestin entre en contact avec la carcasse (Cavalli, 2003). L’homme se contamine en ingérant des aliments, notamment des produits carnés, contenant des bactéries. Les denrées incriminées sont les préparations à base de viande et en général cuites, conservées à l’abri de l’air (masses importantes, immersion dans un liquide, emballage étanche), refroidies lentement puis réchauffées lentement, ce qui favorise la multiplication des bactéries et la production de toxines (AFSSA, 2006b). Les symptômes apparaissent entre 6 et 24 h, généralement 10 à 12 h, après l’ingestion du repas contaminé. Ils se traduisent surtout par la diarrhée et de violents maux de ventre, parfois de nausées. Le plus souvent, cette affection guérit spontanément en 2-3 jours.

3.1.5.4. Salmonella

Les bactéries du genre Salmonella appartiennent à la famille des Enterobacteriaceae. Genre regroupant de petits bacilles, Gram négatif habituellement mobiles par des cils péritriches, mais des mutants immobiles peuvent exister et S. gallinarum est toujours immobile. Ces bactéries mesurent 0,7 à 1,5 μm de diamètre, pour 2 à 5 μm de longueur et sont aéro-anaérobies facultatives, oxydase négative et nitrate réductase positive. Elles sont mésophiles, capables de se développer à des températures comprises entre 5,2°C et 47°C (Fosse et Margas, 2004). Au sein de la sous espèce Salmonella enterica enterica, il existe plus de 2400 sérotypes différents parmi lesquels certains sont potentiellement pathogènes pour l’homme. Il s’agit de sérotypes ubiquistes qui peuvent être hébergés dans le tube digestif de l’homme, des animaux domestiques et sauvages, des animaux de compagnie et plus particulièrement

des volailles pour S. enteritidis. En ce qui concerne la viande bovine, S. dublin est également souvent incriminée. Cette dernière peut être hébergée dans le tube digestif des bovins et de l’homme. Les intoxications à salmonelles dues aux viandes sont sérieuses tant par le nombre de malades que par la gravité des symptômes. L’ingestion de 10¹ à 10¹¹ cellules de Salmonella peut déclencher une infection se manifestant par une fièvre à 39°C–40°C, des douleurs abdominales, des nausées, des vomissements et un syndrome diarrhéique caractérisé par des selles liquides et fétides (AFSSA, 2002). Salmonella non typhoïdienne provoque des abcès dans différents tissus, voire une septicémie.

Ces germes résistent au pH acide de l’estomac, entrent en compétition avec la flore normale de l’intestin grêle et franchissent la barrière épithéliale pour proliférer dans les plaques de Peyer et envahir les ganglions mésentériques (Hanes, 2003).

3.1.5.5. Escherichia coli

Les germes E. coli sont normalement présents parmi la microflore digestive de l’homme et de nombreux animaux à sang chaud, comme par exemple les bovins.

La plupart des E. coli sont sans danger pour l’homme et l’animal. Cependant, certaines souches sont pathogènes pour l’homme, à l’exemple de Escherichia coli entérohémorragiques ou EHEC (entero-hemorrhagic E. coli), dont la plus connue est E. coli O157:H7 et ayant un lien épidémiologique assez étroit avec le bœuf (Bailly et al., 2012). La principale maladie qu’elles provoquent chez l’homme est la colite hémorragique. Outre la colite hémorragique, les EHEC peuvent causer de la diarrhée, le syndrome hémolytique et urémique (SHU) principalement chez le jeune enfant ou le microangiopathie thrombotique

contaminée et insuffisamment cuite, mais peuvent également être dues à la consommation d’eau, de lait cru, de fruits, de légumes, à des baignades et à des contacts entre personnes (Feng, 2001).

3.2. Matériel et méthodes 3.2.1. Matériel

Le matériel utilisé dans la présente étude est constitué du matériel biologique, du matériel de prélèvement et de conservation et le matériel de laboratoire

 Matériel biologique

Le matériel biologique est constitué des échantillons de viandes prélevées sur des portions de carcasses du porc.

 Matériel de prélèvement

Le matériel pour le prélèvement des échantillons de viande est constitué essentiellement :

 d’une tenue vestimentaire adéquate (blouse, calot, bottes et tabliers blancs et propres);

 des manches de bistouris et des pinces à préhension réparties en jeux et des emporte- pièces d’une surface de coupe de 5 cm²;

 des lames de bistouris stériles à usage unique;

 d’un flacon d’alcool absolu à 99,9° pour aseptiser les instruments ;

 d’une boîte d’allumettes pour réaliser le flambage ;

 des sachets stomachers stériles où sont déposés aseptiquement les échantillons prélevés ;

 d’une glacière avec des carboglaces pour la conservation des échantillons jusqu’au laboratoire

 Matériel de laboratoire

Le matériel de laboratoire est constitué d’une balance de précision pour quantifier les échantillons et les milieux de culture, deux autoclaves, deux fours

pasteurs de marque Memmert et un bec bunsen, trois étuves de marque MEMMERT utilisées pour l’incubation des différents germes recherchés selon les conditions de températures adéquates, un bain-marie utilisé pour régénérer et aussi pour fondre les milieux de culture afin de les couler dans les boîtes de Pétri et les tubes à essai, anses de platine pour les ensemencements, un vortex utilisé pour homogénéiser le contenu des tubes, des verreries tels que des pipettes Pasteur, les pipettes graduées, des éprouvettes graduées, des boites de pétri, des flacons de 500 ml, utilisés pour réaliser les analyses microbiologiques. Les milieux de culture utilisés sont : Maximum Recovery Diluent (IVD CM0733), Nutrient Agar (IVD OXOID CM0003), Agar Bacteriological, (IVD OXOID CM0007), MacConkey Agar (IVD OXOID CM0007), Plate Count Agar (OXOID CM0325), Baird Parker Agar Base (OXOID CM0275), Violet Red Bile Agar (OXOID CM0107), Eau peptonée tamponnée (OXOID CM0509), Eau peptonée simple (OXOID CM0009), XLD Medium (OXOID CM0469), Salmonella Shigella Agar (OXOID CM0099).

3.2.2. Méthodes

3.2.2.1. Echantillonnage

L’analyse microbiologique a été réalisée sur des échantillons de viande provenant de 70 carcasses de porc. Les prélèvements ont été faits un jour par semaine pendant 7 semaines et conformément à la norme ISO 17604 (ISO, 2003). Le jour de l’échantillonnage a varié chaque semaine afin que les résultats soient représentatifs de toute la semaine (Tableau 2). Par jour de prélèvement, 10 échantillons ont été prélevés.

Tableau 2: Répartition des jours de travail et du nombre d’échantillon par semaine

Semaine Jour Nombre d’échantillon

1 Lundi 10

2 Mardi 10

3 Mercredi 10

4 Jeudi 10

5 Vendredi 10

6 Samedi 10

7 Dimanche 10

3.2.2.2. Technique de prélèvement

Conformément à la Décision 2001/471/CE du 8 Juin 2001 de la Commission des communautés Européennes, trois prélèvements d’une superficie de 25cm² au total ont été effectués par carcasse et sur dix carcasses, provenant de dix animaux différents. Les sites de prélèvement ont été: cou, cuisse, épaule. A l’aide d’un emporte-pièce de 3,5 cm de diamètre, d’une pince et d’une lame à usage unique montée sur un manche de bistouri, les échantillons ont été prélevés après habillage par la méthode d’excision (méthode destructive). Les 3 prélèvements ont été déposés de manière aseptique dans un sachet stomacher, refermé et déposé dans une glacière dont la température a été maintenue entre 0 et 4°C. Après le prélèvement, les échantillons ont été ramenés au laboratoire du Département de Production et Santé Animales de l’EPAC pour les analyses bactériologiques. Ces analyses ont été réalisées aussitôt après le prélèvement.

3.2.2.3. Préparation de la solution mère et des différentes dilutions

La préparation de la solution mère et des différentes dilutions a été faite conformément à la Décision 2001/471/CE du 8 Juin 2001. Les solutions mères ont été préparées en versant aseptiquement 100 ml d’eau peptonée tamponnée dans les sachets stomachers contenant chacun les trois prélèvements par carcasse. L'ensemble a été broyé pendant 2 à 3 min dans le stomacher. Le

1ml de la solution mère (10⁰) a été prélevé après homogénéisation et dilué au dixième dans 9 ml de Maximum Recovery Diluent. Cette solution a permis l’ensemencement à la dilution 10^-1 et la préparation de la dilution 10^-2 par dilution décimale. Pour obtenir la solution 10^-3, 1 ml de la solution 10^-3 a été ajouté à 9 ml de Maximum Recovery Diluent stérile.

3.2.2.4. Ensemencement des milieux de culture

L’ensemencement des milieux de culture a été immédiatement réalisé après chaque série de dilution et conformément à la norme ISO spécifique à chaque germe.

o FAM: ISO 4833, 2003;

o Salmonella: ISO 6579, 2002;

o Entérobactéries: ISO 21528-2, 2004.

o Staphylococcus aureus: ISO 6888-1, 1999 ; 3.2.2.5. Dénombrement bactérien

Le dénombrement a été fait sur des colonies bactériennes développées et conforme à la norme ISO spécifique à chaque germe. Les résultats ont été exprimés en log10 UFC/cm² de surface de carcasse prélevée pour les recherches quantitatives et en absence ou présence de germes pour les recherches qualitatives. Le nombre N de micro-organismes présents dans l'échantillon pour essai, en tant que la moyenne pondérée à partir de deux dilutions successives a été calculé à l'aide de la formule :

où

d V

N C

* 1 , 1

*

 

Pour obtenir le nombre D de micro-organismes présents dans l'échantillon pour essai par cm² de surface de la carcasse, il a été appliqué la formule suivante :

Avec:

N= nombre d’Unité Formant Colonie obtenu par millilitre de l’échantillon, V= Volume de la solution initiale ;

S= Surface totale de l’échantillon.

Les résultats ont été affectés aux critères d’appréciations suivants : satisfaisant, acceptable, et non satisfaisant conformément au Règlement N°2073/2005 de l’Union Européenne (Tableau 3)

S

V

D  N *

Tableau 3: Critères d’interprétation des résultats des contrôles microbiologiques

Porcins

Germes Interpretation Limite Méthode

de

référence

Stade

d’application Minimum Maximum

Flore totale

Résultat inférieur au

minimum : satisfaisant

4,0 log ufc/cm² log moyen

quotidien

5,0 log ufc/cm² log moyen

quotidien

ISO 4833

Après habillage mais avant ressuage

Entérobactérie

Résultat entre minimum et

Maximum :

acceptable 2,0 log ufc/cm² log moyen

quotidien

3,0 log ufc/cm² log moyen

quotidien ISO 21528- 2

Après habillage mais avant ressuage Résultat

supérieur au Maximum : non

satisfaisant

Salmonelle

Jusqu’à 2 analyses sur 50

positives : satisfaisant

Absence EN/ISO

6579

Après habillage mais avant ressuage Plus de 2

analyses positives : non

Satisfaisant

Source: Règlement (CE) N° 2073/2005 3.2.2.5. Analyse statistique

Le logiciel Statistical Analysis System (SAS, 1991) a été utilisé pour les analyses statistiques. La moyenne et la déviation standard de la FAM et des