Analyse de la région ITS-2 de l'ADN ribosomique au sein du genre Trichostrongylus (Nematoda: Trichostrongylidae)

HAL Id: hal-02705689

https://hal.inrae.fr/hal-02705689

Submitted on 1 Jun 2020

HAL is a multi-disciplinary open access archive for the deposit and dissemination of sci- entific research documents, whether they are pub- lished or not. The documents may come from teaching and research institutions in France or abroad, or from public or private research centers.

L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est destinée au dépôt et à la diffusion de documents scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, émanant des établissements d’enseignement et de recherche français ou étrangers, des laboratoires publics ou privés.

Analyse de la région ITS-2 de l’ADN ribosomique au sein du genre Trichostrongylus (Nematoda:

Trichostrongylidae)

R.B. Gasser, N.B. Chilton, Herve Hoste, S. Mallet, I. Beveridge

To cite this version:

R.B. Gasser, N.B. Chilton, Herve Hoste, S. Mallet, I. Beveridge. Analyse de la région ITS-2 de l’ADN

ribosomique au sein du genre Trichostrongylus (Nematoda: Trichostrongylidae). Veterinary Research,

BioMed Central, 1994, 25, pp.580-613. �hal-02705689�

Les profils d’amplification étaient très complexes, pour ^la plupart ^des espèces, quelle que soit l’amorce utilisée. Cependant,

il était possible, ^{avec toutes les amorces,}

de trouver des marqueurs spécifiques per- mettant l’identification des diverses espèces.

Ces marqueurs étaient les mêmes chez les adultes et chez les larves de troisième stade.

Les distances (indice de Jaccard [Jac- card, 1908] ^ont été estimées entre indivi- dus testés sur un même gel :

-

les distances infraspécifiques ^{étaient tou-} jours inférieures à 0,6 (excepté pour Coope-

ria : 0,68) ;

-

les distances entre morphes (d’une ^même espèce) ^{variaient entre} 0,6 ^et 0,7 ;

-

les distances interspécifiques ^{variaient entre} 0,8 ^et 0,9 ^à l’exception ^de celle observée entre les 2 espèces appartenant ^{au même} genre (Trichostrongylus), qui ^{était de} 0,73.

Cette étude a donc révélé que ^{la RAPD} permettait l’identification des parasites ^aussi bien sur les adultes _que sur le troisième stade larvaire, ^ce qui ^était impossible ^chez

ces espèces jusqu’à présent. ^{En revanche,}

cette technique ^ne peut être utilisée pour des analyses phylogénétiques, les distances entre espèces appartenant ^{à des} genres différents étant toujours ^très importantes ^et

peu variables.

Références

Jaccard P (1908) Nouvelles recherches sur la distribu- tion florale. Bull Soc Vaudoise Sci Nat 44, ^223-270 Welsh J, McClelland M (1990) Fingerprinting genomes

using ^{PCR with} arbitrary primers. Nucieic Acids Res 18, 7213-7218 ⁸

Williams JGK, ^Kubelik AR, Livak KJ, Rafalski JA, Tingey SV (1990) ^DNA polymorphisms amplified by ^arbi- trary primers ^{are useful as} genetic markers. Nue/eie Acids Res 18, ^6531-6535

Analyse ^{de la} région ITS-2 de l’ADN ribo-

somique ^{au sein du} genre Trichostron-

gylus (Nematoda: Trichostrongylidae).

RB Gasser NB Chilton H Hoste 2 S Mallet I Beveridge ( ! Department ^of

Vetetinar

l Science, University ^of Melboume, Parkville, ^Victoria 3052, Australia; ^{2 INRA-} Tours, ^{station de} pathologie aviaire et de

parasitologie, F37380, Nouzilly, France)

La région ^{ITS-2 de l’ADN} ribosomique ^{a été} analysée ^{chez les} Tüchostrongylidae, ^Néma-

todes parasites ^des ruminants, ^{afin d’en éva-}

luer les potentialités ^{dans les études} phylo- génétiques ^{et comme} support de nouvelles méthodes de diagnostic. ^Les séquences ^ont

été définies après amplification génique par PCR (Gasser ^{et al,} 1993). Le travail initial, décrit ici, a porté ^{sur des} espèces ^du genre

Trichostrongylus ^{et a eu} pour but d’évaluer les niveaux de variation interspécifique ^et intraspécifique (Hoste ^et al, 1993).

Pour déterminer le niveau de variation

interspécifique, ^les séquences ^{de la} région

ITS-2 ont été comparées ^{chez 4} espèces

de Trichostrongylus, parasites ^{de Mammi-}

fères (T ^{vitrinus, T} colubriformis, T axei, ^T retortaeformis) ^{et 1} espèce parasite

d’oiseaux (T tenuis). ^Les différences obser- vées variaient de 1,3 ^à 7,6%. L’espèce para- site d’oiseau présentait plus ^de différences

avec les autres espèces que ^ne le mon- traient les 4 espèces ^de mammifères entre elles. De plus, certaines des variations obser- vées affectaient les sites d’enzymes ^{de res-}

triction. Le niveau de variation intraspéci- fique ^{a été} apprécié ^en comparant, ^{au sein}

de l’espèce Tcolubriformis, ^des populations divergentes par ^leur origine géographique (Australie, France, Grande-Bretagne) ^ou par leur caractéristique biologique (résistantes

ou sensibles aux anthelminthiques). ^Aucune

différence n’a été décelée entre ces sous-

populations. ^D’autre part, pour ^les espèces

T retortaeformis, ^T colufriformis et T vitrinus, les séquences de l’ITS-2 ont été examinées chez des individus différents. De _nouveau,

aucune différence n’a été décelée.

Le niveau de variation interspécifique supérieur à la variation intraspécifique

confirme les potentialités ^{de la} région ^ITS-2

comme outil moléculaire en phylogénie.

D’autre part, ^la présence de différences

interspécifiques touchant des sites de res-

triction d’endonucléases paraît prometteur pour l’application ^en diagnostic (Gasser ^et al, 1994). Toutefois, l’absence de variation

intraspécifique ^{détectée semble} indiquer que ^cette région ^{de l’ADN} ribosomique pré-

sente peu d’intérêt pour déceler ^la résis- tance aux anthelminthiques.

Références

Gasser RB, Chilton NB, ^Hoste H, Beveridge I (1993) Rapid sequencing of rDNA from single ^{worms and} eggs of parasitic helminths. Nucleic Acids Res 21, 1 , 2525-2526

Gasser RB, Chilton NB, Hoste H, Stevenson LA (1994) Species identification of trichostrongyle ^nematodes by PCR-linked RFLP. lnt J Parasitoi (sous presse) Hoste H, Gasser RB, ^Chilton NB, Mallet S, Beveridge ¹

(1993) ^{Lack of} intraspecific ^{variation in the second} internai transcribed spacer (ITS-2) of Trichostron- gylus colubriformis ribosomal DNA. lnt J Parasitoi 23, 1069-1071

Typage par RAPD de souches de Trichi- nella. J ^J Dupouy-Camet 1 Dupouy-Camet 1 , ^{F Robert F Robert} 1 , ^{C C}

Soulé

2 ! ! ^L aDoratoire ae paraslrologle, ^owU Cochin, 27, rue du Fbg-Saint-Jacques,

75014 Paris; ² Laboratoire central de recherches vétérinaires, CNEVA, ⁹⁴⁷⁰³ Maisons-Alfort, France)

Le typage des isolats de Trichinella repose actuellement sur l’analyse ^de plusieurs sys- tèmes isoenzymatiques. ^Ces techniques

sont longues ^et nécessitent de grandes quantités ^de protéines, mais elles ont permis

de définir récemment 5 espèces ^{dans le}

genre Trichinella (T spiralis, ^{T nelsoni, T} pseudospiralis, ^{T nativa, T} britovi) ^{et 3} types isoenzymatiques (Trichinella ^{T5, T6 et} T8) n’ayant pas rang d’espèce (Pozio ^{et al,} 1992). ^Les techniques d’analyses géno- miques conventionnelles des isolats soit nécessitent l’emploi ^de grandes quantités

d’ADN et de sondes marquées (restriction fragment length polymorphism), ^{soit ne sont}

pas suffisamment résolutives (polymerase

chain reaction).

Nous rapportons ici l’utilisation d’une

technique dérivée de la PCR, ^le RAPD, pour étudier 18 souches de Trichinella typées

par analyse isoenzymatique ^comme appar- tenant aux 5 espèces mentionnées ci-des-

sus et au type ^{T5. Les ADN ont été extraits}

par ^une technique classique ^et amplifiés après adaptation ^{de la} technique ^RAPD

décrite par Williams et al (1990). ^{Avec cer-}

tains oligonucléotides, plusieurs fragments

d’ADN amplifiés ^ont été obtenus et ont per- mis de définir des profils caractéristiques d’espèce (Dupouy-Camet ^{et al,} 1993). ^La comparaison ^des différents profils ^{a été}

effectuée par ^{le calcul} des coefficients de similitude.

Cette technique rapide, simple, ^utilisant

de très faibles quantités d’ADN, ^{est donc}

une méthode d’avenir pour le typage ^des

isolats de Trichinella. Elle autorise l’analyse génomique ^{de larves} uniques : ^{cela a} permis de montrer la présence ^{de 2} espèces sym- patriques ^{sur le même hôte} (Bandi ^{et al,} 1993) ^et d’identifier sur une biopsie ^mus-

culaire l’agent causal de la récente épidémie

de trichinellose d’origine équine ^comme

étant T spiralis (Dupouy-Camet ^{et al,} 1994).

Références

Bandi C, ^{La Rosa} G, ^Comincini S, ^Damiani G, ^{Pozio E} (1993) ^Random amplified polymorphic ^{DNA tech-} nique for the identification of Trichinella species.

Parasitology 107, 419-424

Dupouy-Camet J, Robert F, Soulé C (1993) ^{RAPD in} the genus Trichinella. Parasitol Today9, 463-464 Dupouy-Camet J, ^Soulé C, ^{Ancelle T} (1994) ^Recent

news on trichinellosis: another outbreak due to hor- semeat consumption ^{in France in} 1993. Parasite 1, 99-103

Pozio E, La Rosa G, ^Murrell KD, Llchtenfels JR (1992) Taxonomic revision of the genus Trichinella. J Para- sitol78, 654-659

Williams JGK, Kubelik AR, ^Livak KJ, Rafalski JA, Tingery SV (1990) ^DNA polymorphisms amplified by ^arbi- trary primers ^{are useful as} genetic markers. Nucleic Acids Res 18, 6531-6535

ADN satellites : structure, ^{fonction et}

évolution. Y Y Bigot(Institut biocénotique Bigot (Institut biocénotique