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MODELISATION MULTI-ECHELLE

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Academic year: 2021

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Université Paris-Est Master de Chimie M2

MODELISATION MULTI-ECHELLE

TP QM/MM amber

Faire le tutorial: http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial2/

En suivant les instructions suivantes:

Ne pas utiliser xleap mais tleap

La commande Edit de xleap ne marche pas.

Pour les commandes dans tleap ou xleap:

les fichiers sont

leaprc.tip3p et non leaprc.water.tip3p leaprc.ff14SB et non leaprc.protein.ff14SB Pour faire la relaxation, dans tleap : Select NMA

Relax NMA

Pour visualiser ce qu’on a créer:

Savepdb NMA NMA-solvate.pdb

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