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MODELISATION MULTI-ECHELLE

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Academic year: 2021

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1 2016-2017 Université Paris-Est Master de Chimie M2

MODELISATION MULTI-ECHELLE

Analyse d’une dynamique-2

Contexte

Le but de ce TP est de visualiser et analyser une trajectoire de dynamique moléculaire.

Tout d’abord télécharger le fichier (cela prend 30 min) :

http://www.amber.utah.edu/AMBER-workshop/London-2015/DNA-tutorial/include/md.nc

On fera en séance les tutoriels suivants : http://ambermd.org/tutorials/

Puis choisir les 3 tutoriels de CCPTRAJ : TUTORIAL C0: An Introduction to CPPTRAJ TUTORIAL C1: RMSD Analysis in CPPTRAJ

TUTORAL C2: Analysis of Nucleic Acid Simulations (à partir de l’étude de la trajectoire et si le temps le début)

Références

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