Les tenants de la science positive oscillent entre deux opinions sur l'être. Pour les uns, la nature des choses, le réel dernier, l’être en soi, resteront à jamais cachés et ne peuvent faire l'objet d'une étude scientifique. (C’est la position agnostique d’inspiration kantienne). Seuls les phénomènes et les rapports qu'ils entretiennent entre eux sont connaissables. La réalité scientifique est la réalité concrète, celle dans laquelle se produisent les faits observables. La position du positivisme est de ne s'intéresser qu'aux données d'expérience, aux faits et de délaisser volontairement l'arrière-plan ontologique.
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Leur positivisme poussa Ernst Mach, Pierre Duhem et Marcellin Berthelot à récuser la théorie atomique, car l'existence de l'atome constituait un a priori ontologique inacceptable. Ils insistaient pour que les lois de la chimie reposent exclusivement sur des faits d'observation à l'échelle macroscopique afin que la chimie reste une science expérimentale. On voit ainsi la limite de l'attitude positiviste excessivement empirique qui est efficace et protège des spéculations invérifiables, mais interdit de progresser vers l'abstraction, si elle implique des suppositions sur le réel (l'existence des atomes).
JUIGNET Patrick. Le positivisme scientifique. Philosophie, science et société [en ligne]. 2015.
https://philosciences.com/Pss/philosophie-et-science/methode- scientifique-paradigme-scientifique/115-positivisme-scientifique