Tables des Matières
Table des matières
A. INTRODUCTION
... 1A.1. La régulation de l’expression génique
... 1Les acteurs de la régulation transcriptionnelle
... 1A.1.1. La chromatine... 2
A.1.1.1. Les modifications covalentes du nucléosome ... 3
L’acétylation et la désacétylation des histones ... 3
La phosphorylation des histones... 5
La méthylation des histones ... 6
Ubiquitinylation et sumoylation des histones ... 7
A.1.1.2. Les modifications non covalentes du nucléosome... 8
A.1.1.3. La méthylation de l’ADN ... 9
A.1.2. La machinerie basale de transcription ...10
A.1.3. Les facteurs régulateurs de la transcription ...11
A.1.3.1. Les domaines fonctionnels des facteurs de transcription ... 11
Les domaines de liaison à l’ADN ... 12
Les domaines régulateurs ... 13
A.1.3.2. Modulation de l’activité des facteurs de transcription... 14
Les modifications post-traductionnelles... 14
Les cofacteurs transcriptionnels ... 16
Les co-activateurs transcriptionnels... 17
Les co-répresseurs transcriptionnels... 17
A.2. Les facteurs de transcription de la famille ETS
... 19A.2.1. Phylogénie de la famille... 19
A.2.2. Les facteurs de transcription Ets : des protéines aux domaines multiples... 20
A.2.2.1. Le domaine ETS ... 21
Tables des Matières
A.2.2.2. Les domaines modulateurs de la transcription... 22
A.2.3. Rôles biologiques... 23
Les facteurs de transcription du groupe PEA3... 24
A.2.4. Organisation génétique et évolution au sein des espèces... 24
A.2.5. Des activateurs transcriptionnels aux domaines conservés... 25
A.2.6. Modulation du potentiel régulateur des facteurs de la famille Ets... 26
A.2.6.1. Partenaires protéiques et régulation transcriptionnelle ... 26
A.2.6.2. Modifications post-traductionnelles des membres du groupe PEA3 : Implication sur la régulation transcriptionnelle ... 27
A.2.7. Rôles biologiques des facteurs de transcription du groupe PEA3 ... 29
A.2.7.1. Implication dans l’embryogenèse et la morphogenèse... 29
A.2.7.2. Expression chez l’adulte... 31
A.2.7.3. Les gènes cibles ... 31
A.2.7.4. Implication dans l’oncogenèse... 32
Dans les cancers de la cavité buccale ... 33
Dans le cancer du poumon... 33
Dans les cancers gastro-intestinaux ... 34
Dans les cancers « gynécologiques » ... 34
Réarrangements chromosomiques et leur implication dans le cancer ... 36
A.2.8. Les membres du groupe PEA3 : des protéines régulatrices de la transcription régulées transcriptionnellement... 36
B. OBJECTIFS DE CE TRAVAIL
... 39C. RESULTATS
... 40C.1. Etude de la structure et des modifications post-traductionnelles de la protéine Erm
... 40C.1. Expression, purification et prédictions structurelles du facteur de transcription Erm... 40
C.1.1.1. Contexte... 40
Tables des Matières
C.1.1.2. Stratégie... 40
C.1.1.3. Article... 42
C.1.1.4. Résultats complémentaires... 52
C.1.2. L’ubiquitinylation de Erm induit sa dégradation et régule positivement son pouvoir transactivateur... 55
C.2.1. Contexte... 55
C.2.2. Stratégie... 56
C.2.3. Article... 57
C.1.3. Conclusion, discussion et perspectives... 67
C.2. Identification de nouveaux gènes cibles des facteurs de transcription Erm et Er81
... 71C.2.1. Contexte... 71
C.2.2. Stratégie... 71
C.2.3. Résultats... 72
Diminution de l’expression de erm et er81 par shRNA... 72
Résultats de l’analyse par micro-array (1)... 72
Confirmation des différentiels d’expression par RT-PCR ... 73
Résultats de l’analyse par micro-array (2)... 74
Confirmation des différentiels d’expression par RT-PCR (2) ... 75
C.2.4. Conclusion, discussion et perspectives... 75
C.3. Régulation de l’expression de Erm par la voie cPKC dans les cellules lymphoblastiques Molt4
... 77C.3.1. Contexte... 77
La famille des protéines kinases C (PKC)... 77
C.3.2. Stratégie... 84
C.3.3. Résultats... 85
Identification de la région du promoteur de erm sensible à l’activation de la voie des PKCs conventionnelles... 85
Tables des Matières
AP-1 n’est pas l’ « acteur » principal impliqué dans l’augmentation
de l’expression de erm suite à l’activation de la voie des cPKCs... 87
Sites de liaison potentiels de facteurs de transcription se liant à la région – 344 et -321 du promoteur de erm ... 89
C.3.4. Conclusion, discussion et perspectives... 91
D. Annexes
... 96D.1. Article Annexe
... 96D.2. Protocoles Annexes
... 107D.2.1. RT-PCR... 107
D.2.2. Oligonucléotides utilisés lors des amplifications par RT-PCR... 108
D.2.3. Marquage et purification de la sonde pour retard sur gel... 110
D.2.4. Préparation des extraits nucléaires... 111
D.2.5. Retard sur gel... 112
D.2.6. Mutagenèse dirigée... 113
D.2.7. Oligonucléotides utilisés lors de la mutagenèse dirigée... 114
D.3. Résultats Annexes
... 115D.3.1. Micro-array après diminution de l’expression de erm et er81 dans des cellules MDA-MB-231... 115
D.3.2. Sites putatifs de liaison de facteurs de transcription dans la région du promoteur de erm comprise entre -420 et +95 pb... 121
D.3.3. Sites putatifs de liaison de facteurs de transcription après mutagenèse dirigée ... 123
