1. Distinction BMR/BHRe

Les BHRe :

Bactéries Hautement Résistantes émergentes

Dr C. JOST Microbiologiste CHR Metz-Thionville

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23 novembre 2018

M^me S. CANIVEZ

Technicien bactériologie Hôpital Robert Debré, Paris

PARTIE 1 : Généralités

1. Distinction BMR/BHRe

BMR

!

Bactérie e Multi ti Résistante

!

Résistance à un certain nombre d’antibiotiques habituellement utilisés en thérapeutique

!

Réservoir : peau, muqueuses / tube digestif…

!

Voies transmission : aérienne, orale, fécale, manuportage, matériel, environnement

!

Staphylococcus aureus résistants à la méticilline (SARM)

!

Entérobactéries produisant des

!"lactamases à spectre étendu (BLSE)

!

…

1. Distinction BMR/BHRe

BMR

!

Bactérie e Multi ti Résistante

!

Résistance à un certain nombre d’antibiotiques habituellement utilisés en thérapeutique

!

Réservoir : peau, muqueuses / tube digestif…

!

Voies transmission : aérienne, orale, fécale, manuportage, matériel, environnement

!

Staphylococcus aureus résistants à la méticilline (SARM)

!

Entérobactéries produisant des

!"lactamases à spectre étendu (BLSE)

!

…

BHRe

!

B B B actérie ac ac ie H autement nt R ésistante

é mergente

!

Résistance à la plupart des ATB

!

Résistance transférable entre bactéries

!

Réservoir : tube digestif…

!

Voies transmission : mains, matériel et environnement (transmission +++ si diarrhée/incontinence fécale)

!

Problème majeur de santé publique

!

Encore émergentes en France

!

Entérobactéries productrices de carbapénémases (EPC)

!

Entérocoques résistants

aux glycopeptides (ERG)

2. Evolution des BMR/BHRe

SARM, 2016

2. Evolution des BMR/BHRe

3. Impact BMR, BHRe

! Responsables

◦ d’infections : symptomatologie clinique _! ATB

◦ de colonisations : présence de bactéries sur un prélèvement à visée diagnostique (ECBU, ECBC…), sans signe d’infection ! PAS d’ATB

◦ de portages sains : présence de bactéries sur un

prélèvement de dépistage (écouvillon rectal ou nasal),

peut persister plusieurs mois ! PAS d’ATB

4. Émergence BMR/BHRe liée à …

! Transmission croisée ! hygiène, séjour à l’étranger, hospitalisation

! Pression de sélection par les ATB ! bon usage des ATB

!

! Bactérie Hautement Résistante aux antibiotiques

!

émergentes (BHRe) (HCSP, 2013)

= Bactéries « multirésistantes » aux antibiotiques

= Sensible à seulement 1 ou 2 classes d’antibiotiques

1. Bactéries commensales du tube digestif

2. Résistantes à de nombreux antibiotiques

3. Mécanisme de résistance transférable entre bactéries

- Gène de résistance porté par plasmides, transposons - Risque épidémique accru, transmission croisée

4. Emergentes selon l’épidémiologie connue

- Ayant diffusé en France sous un mode sporadique ou épidémique limité - Pression de colonisation : lien avec un pays étranger

5. Définition BHRe

Ne sont pas des BHRe :

! Acinetobacter baumannii (ABRI) + Pseudomonas aeruginosa multi-résistants aux ATB

" saprophytes non commensales du tube digestif, peu de risque

de diffusion communautaire, diffusion dans les services à risque

! Bacilles Gram négatif résistants aux carbapénèmes sans production de carbapénèmases

! BMR :

- SARM, GISA sensibles aux glycopeptides - Entérobactéries BLSE

-Enterococcus faecalis résistants aux glycopeptides

" E. faecalis rarement impliqué dans les épidémies, a gérer

comme une BMR

#

# Entérobactéries es Productrices de e Carbapénèmases = = EPC

#

#

# Enterococcus faecium m Résistants aux x Glycopeptides = = ERG

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5. Définition BHRe

Ne sont pas des BHRe :

! Acinetobacter baumannii (ABRI) + Pseudomonas aeruginosa multi-résistants aux ATB

" saprophytes non commensales du tube digestif, peu de risque

de diffusion communautaire, diffusion dans les services à risque

! Bacilles Gram négatif résistants aux carbapénèmes sans production de carbapénèmases

! BMR : - SARM

- Entérobactéries BLSE

-Enterococcus faecalis résistants aux glycopeptides

" E. faecalis rarement impliqué dans les épidémies

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5. Définition BHRe

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! Entérobactéries résistantes à la colistine porteuses du gène mcr-1

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5. Définition BHRe

!

! Entérobactéries es Productrices de e Carbapénèmases = = EPC

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6. Epidémiologie des BHRe

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Données Ile de France

7. Impact des BHRe à l’hôpital

!

Précautions complémentaires de type contact / bionettoyage

!

Sectorisation / personnel dédié / dépistage des cas contacts

◦ Patient contact

" Patient hospitalisé à la même période que le patient porteur et entré en contact

physique avec la même équipe médicale et soignante que le patient porteur

" Indemne de portage si 3 écouvillons négatifs faits à 1 semaine d’intervalle

!

Epidémie = cas index + au moins 1 autre cas (cas secondaire)

8. Stratégie face à l’émergence des BHRe

!

Sensibiliser professionnels + public

!

Réduire utilisation ATB + encadrer utilisation des carbapénèmes

!

Retarder l’évolution vers une situation endémique

! Identifier tous les cas hospitalisés

! Limiter la transmission croisée

!

Dissémination :

◦ Locale : mains des professionnels + objets contaminés

◦ À distance : patients transférés (intra- et inter établissement)

◦ Retour étranger, tourisme médical

9. Détection des BHRe

Prélèvement clinique : patient infecté/colonisé : antibiogramme Dépistage des BHRe

!

Recherche d’un portage digestif

! Prélèvement par écouvillonnage rectal (ER)

! Prélèvement de selles

◦ E-Swab ou écouvillon sec

◦ Qualité du prélèvement +++

◦ Conservation avant analyse

◦ Renseignements cliniques : ATCD d’hospitalisation à l’étranger / pays

!

Ensemencement sur des géloses sélectives appropriées

◦ Durée incubation 24 à 48 heures selon les milieux

!

Qui et quand dépister ?

o Tout patient rapatrié ou hospitalisé à l’étranger dans les 12 mois précédents o Patient « contact BHRe »

o Porteur de BHRe

o A l’admission ou en consultation avant l’hospitalisation programmée o A Répéter en cas de forte suspicion (notamment si prise ATB)

!

Facteurs de risque ?

-

- Traitement antérieur par ATB (céphalosporine/ glycopeptide)

- Séjour hospitalier : durée, séjour multiples, certains services (soins intensifs, néphrologie, dialyse, gériatrie, hématologie …)

- Isolement possible dans les selles de personnes n’ayant jamais été hospitalisées ou reçu d’ATB récemment

!

Durée de portage : plusieurs semaines ou mois…

10. Patients à risque de portage

!

Qu

de

ui et quand d ui et qu

BHRe

dépister ? dépister

?

PARTIE 2 :

Enterococcus faecium Résistants aux

Glycopeptides (ERG)

!

2 espèces majeures

◦ Enterococcus faecalis +++

◦ Enterococcus faecium

!

Réservoir : commensal du tube digestif (Homme et animaux)

!

100% de porteurs - flore sous dominante ^{(< 10}

/g de selles)

!

Bactérie très peu pathogène (patients hospitalisés, fragilisés)

◦ Infections urinaires (<10%)

◦ Infections sur cathéter (<10%)

◦ Endocardites (<10%)

!

Transmission

- Croisée +++ : mains, matériel, environnement proche du porteur - Facilitée par la diarrhée, l’incontinence fécale et les suppurations - E. faecium = 5

rang des infections associées aux soins 2010

!

Survie dans l’environnement : > 1 semaine

1. Les entérocoques (rappels)

!

Entérocoque : R naturelle à de nombreux ATB : céphalosporines, SXT…

!

Glycopeptides (GP) :

actif sur les Gram + ! inhibiteur de la synthèse du peptidoglycane

!

ERG : R non naturelle à au moins un GP

!

Pouvoir pathogène faible = souches sensibles

!

Rôle important de la pression de sélection antibiotique

!

Plusieurs gènes de résistance

! Modification de la cible : synthèse de précurseurs modifiés du peptidoglycane de faible affinité

2. Les entérocoques résistants

!

Entér

aux

rocoque : R naturelle à de nomb rocoque

glycopeptides

breux ATB : céphalos breux

(ERG)

Van C Van A Van B Van D Van E

Résistance

Intrinsèque Acquise

Bas niveau Haut niveau Variable Moyen Bas

Espèces

E. gallinarum, E. cassiliflavus,

E.flavescens

E. faecium, E. faecalis, … E. faecium,

E. faecalis E. faecalis

Expression Chromosomique Plasmidique, inductible et transférable par conjugaison

!

Apparition ERV en 1986 (UK), 1987 (France)

◦ Origine communautaire

!

Epidémies hospitalières à partir des années 2000

◦ France : 2004

3. Un peu d’histoire…

En Europe

Aux USA

!

Diffusion endémique ERV +++

◦ < 1% (1989) ! 28% (2008) en unité de soin intensif

◦ Liée à une mise en œuvre tardive des mesures de prévention

!

!

!

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4. Epidémiologie ERG en France

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4. Epidémiologie ERG en France

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4. Epidémiologie ERG en France

!

Type d’établissements de santé ayant effectué au moins 1 signalement ERG

(n=486), France, juillet 2001-juin2015

5. Epidémiologie E. faecium résistant à la vancomycine en Europe

2011

5. Epidémiologie E. faecium résistant à la vancomycine en Europe

!"

2016

2011

Maghreb, Moyen Orient, Afrique noire: ????

6. Epidémiologie ERG dans le monde

Risques :

◦ Evolution en infection si portage digestif prolongé (risque infectieux faible)

◦ Difficulté thérapeutique en cas d’infection

◦ Ecologique : très épidémiogène

◦ Transmission des gènes de R à d’autres espèces (SARM)

7. Détection des ERG ?

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!

Milieu sélectif et chromogène

◦ Mélange ATB/ATF : inhibition de la plupart des bactéries Gram -/+, levures/moisissures

" Gélose chromID VRE^TM (bioMérieux) : 8 mg/L de vanco

" Gélose CHROMagar VRE^TM (Chromagar) : 6 mg/L de vanco

" Brillance VRE (Oxoid) : vanco

!

(Milieu non chromogène + ATB)

7. Détection des ERG ?

Milieu à ensemencer

Mode opératoire

!

Décharger écouvillon sur un bord de la gélose + isolement à l’öse

!

Incuber à 37°C en aérobiose

!

Lecture à 24-48 H

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Gélose VRE + : colonies suspects

Interprétation

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Gélose VRE + : colonies suspects

STOP

Interprétation

E. faecium, E. faecalis

Autres

Gélose VRE + : colonies suspects

STOP

Teico et Vanco S STOP

Teico et/ou Vanco R

Diamètre < 12 mm ou contours flous, >24h

+/- PCR (gènes vanA et B)

+/- envoi CNR pour recherche des gènes vanA, vanB, épidémio (typage si épidémie)

CMI Vanco > 4 mg/L ; CMI Teico > 2 mg/L

ERG

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Interprétation

Autres

Gélose VRE + : colonies suspects

Identification (MALDI) de l’espèce d’entérocoque I

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Iddddddddddddddddeeeeeeeeeeeeeeeennnnnnnnnnnnnnnntttttttttttttttiiiiiiiiiiiiiiifffffffffffffffiiiiiiiiiiiiiiiiccccccccccccccccaaaaaaaaaaaaaaatttttttttttttttiiiiiiiiiiiiioooooooooooooonnnnnnnnnnnnnn (((((((((((((MMMMMMMMMMMMMMMMMAAAAAAAAAAAAALLLLLLLLLLDDDDDDDDDDDDDDDDDIIIIIIIIIII))))))))))))))) ddddddddddddddddeeeeeeeeeeeeeeee llllllllllll’’’’’’’’’’’’’’eeeeeeeeeeeeeeeesssssssssssssssspppppppppppppppèèèèèèèèèèèèèèèèccccccccccccccceeeeeeeeeeeeeeee dddddddddddddddd’’’’’’’’’’’’’’eeeeeeeeeeeeeeeennnnnnnnnnnnnnntttttttttttttttéééééééééééééééérrrrrrrrrrrrrrrrooooooooooooooccccccccccccccccooooooooooooooqqqqqqqqqqqqqqquuuuuuuuuuuuuuuueeeeeeeeeeeeeeee

STOP

Teico et Vanco S

STOP

Teico et/ou Vanco R

Diamètre < 12 mm ou contours flous, >24h

+/- PCR (gènes vanA et B)

+/- envoi CNR pour recherche des gènes vanA, vanB, épidémio (typage si épidémie)

CMI Vanco > 4 mg/L ; CMI Teico > 2 mg/L

ERG

Interprétation

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p

Ecouvillon rectal

E. faecium, E. faecalis Autres

!

Durée de colonisation : longue et imprévisible

◦ En moyenne à 3 mois, 60 % des patients restent porteurs

◦ Probablement favorisée par les antibiotiques…

!

Transmission

◦ Survie de ERV sur les surfaces inertes jusqu’à 4 mois

◦ Mais sensible aux désinfectants usuels et PHA

8. Questions diverses…

Quizz ???

! Mr H, 55 ans

! Retour séjour en Grèce

! Hospitalisation pour infection urinaire à E.coli (en Grèce)

! Dépistage BHRe ! gélose ERG +

" Que faites vous ?

1. ERG : prévenir l’équipe d’hygiène

2. Identification (maldi)

3. Dépistage négatif (teicoplanine sensible)

PARTIE 3 :

Entérobactéries productrices de

carbapénémases (EPC)

1. Entérobactéries

!

Bacilles Gram négatif (BGN)

!

Réservoir

◦ Commensales du tube digestif (Homme, animaux)

◦ Environnement (eau, aliments, surfaces, plantes…)

!

Inf nosocomiales respiratoires, urinaires, bactériémies, ISO…

◦ Escherischia coli +++, Klebsiella, Serratia, Enterobacter, Proteus…

!

Transmission

◦ Croisée (manuportage)

◦ Indirecte par l’environnement

!

Survie de plusieurs jours dans l’environnement

!

ATB

2. Résistance des entérobactéries aux carbapénèmes

!

Différents mécanismes

◦ Différents niveaux de résistances

◦ Caractère épidémiogène différent

!

3 mécanismes de résistance aux carbapénèmes

◦ Hyperproduction de céphalosporinase chromosomique naturelle ou plasmidique (AmpC) + imperméabilité

◦ !"lactamase à spectre étendu (BLSE) + imperméabilité (porine/efflux)

◦ Expression d’une !"lactamase hydrolysant les carbapénèmes = carbapénèmase

" Classes A, B et D

3. Epidémiologie EPC en France

Données Ile de France

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! Depuis 2009, 2048 épisodes signalés soit 48% des épisodes totaux proviennent de l'Ile-de-France

◦ 2513 cas

◦ 151 épidémies de 2 à 15 cas

3. Epidémiologie EPC en France

Données Ile de France

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3. Epidémiologie EPC en France

Données PACA

4. Epidémiologie EPC en France

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3. Epidémiologie EPC en France

3. Epidémiologie EPC en France

4. Epidémiologie en Europe

E.Coli R carbapénémes, 2016 K.pneumoniae R carbapénémes, 2016

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5. Entérobactéries productrices de carbapénèmases (EPC)

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6. Les carbapénémases

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6. Les carbapénémases

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6. Les carbapénémases

7. Epidémiologie des

carbapénémases en France

France, 2015

2014-2015

8. Epidémiologie des

carbapénémases en Europe

9. Epidémiologie des

carbapénémases dans le monde

7. Détection des EPC ?

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Milieux additionnés de carbapénèmes

!

Gélose sélective chromogène

◦ CHROMagar KPC (Chromagar) : méropénème forte concentration, non recommandé

◦ ChromID Carba (bioMérieux) et Brilliance CRE (Oxoid) +++

◦ ChromID OXA-48 (bioMérieux)

!

Milieu non commercial

◦ SUPERCARBA medium (erta/cloxa) ! extemporanée

!

Milieu sélectif BGN

+ disque erta

7. Détection des EPC ?

Milieu sans ATB

Milieux additionnés de C3G

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!

Gélose sélective BLSE

◦ ChromID ESBL (bioMérieux)/CHROMagar ESBL (Chromagar)/Brilliance ESBL (Oxoid)

Milieux additionnés de carbapénèmes

!

Gélose sélective chromogène

◦ CHROMagar KPC (Chromagar) : méropénème forte concentration, non recommandé

◦ ChromID Carba (bioMérieux) et Brilliance CRE (Oxoid) +++

◦ ChromID OXA-48 (bioMérieux)

!

Milieu non commercial

◦ SUPERCARBA medium (erta/cloxa) ! extemporanée

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!

Diffusion en milieu solide

◦ Toute souche de SENSIBILITE DIMINUEE (I/R) à au moins l'un des carbapénèmes

◦ Ertapénème +++

◦ Certaines EPC (OXA-48) ! CMI S mais production carbapénèmase (détection par tests biochimiques)

7. Détection des EPC ?

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D ff l l d

Tests phénotypiques

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Diffusion en milieu solide

◦ Toute souche de SENSIBILITE DIMINUEE (I/R) à au moins l'un des carbapénèmes

◦ Ertapénème +++

◦ Certaines EPC (OXA-48) ! CMI S mais production carbapénèmase (détection par tests biochimiques)

!

Algorithme faropénème-témocilline

◦ CAT-ID, Mast Diagnostic

7. Détection des EPC ?

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ff l l d

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Tests phénotypiques Algorithme CASFM/EUCAST 2018 v2 g g g g

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7. Détection des EPC ?

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Tests phénotypiques

!

Diffusion en milieu solide

!

MALDI-TOF

!

Tests biochimiques

o Tests colorimétriques

o Carba NP test (home test)

o Rapidec Carba NP (Biomérieux) et Rapid Carb Screen (Rosco)

o !-Carba test (Biorad)

o Test immunochromatographique (Coris)

!

Tests phénotypiques d’inhibition

! KPC, MBL & OXA-48 confirm kit, ROSCO

!

Test de Hodge modifié (abandonné)

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7. Détection des EPC ?

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Tests phénotypiques

!

Diffusion en milieu solide

!

MALDI-TOF

!

Tests biochimiques

o Tests colorimétriques

o Carba NP test (home test)

o Rapidec Carba NP (Biomérieux) et Rapid Carb Screen (Rosco)

o !-Carba test (Biorad)

o Test immunochromatographique (Coris)

!

Tests phénotypiques d’inhibition

! KPC, MBL & OXA-48 confirm kit, ROSCO

!

Test de Hodge modifié (abandonné)

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7. Détection des EPC ?

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Tests phénotypiques

!

Diffusion en milieu solide

!

MALDI-TOF

!

Tests biochimiques

o Tests colorimétriques

o Carba NP test (home test)

o Rapidec Carba NP (Biomérieux) et Rapid Carb Screen (Rosco)

o !-Carba test (Biorad)

o Test immunochromatographique

o Coris, Resist 3,4 ou 5

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7. Détection des EPC ?

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Tests phénotypiques

!

Diffusion en milieu solide

!

MALDI-TOF

!

Tests biochimiques

!

Tests phénotypiques d’inhibition

! KPC, MBL & OXA-48 confirm kit, ROSCO

!"#$%&'%"()*+"#%,123/4/+&"51'+'6*/"0"5717+'/-

7. Détection des EPC ?

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Tests phénotypiques

!

Diffusion en milieu solide

!

MALDI-TOF

!

Tests biochimiques

!

Tests phénotypiques d’inhibition

!

CIM test et dérivés

!

CIM

!

mCIM (modified)

!

rCIM (rapid)

!

Test de Hodge modifié (abandonné)

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7. Détection des EPC ?

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Tests moléculaires

!

PCR

!

Kits commerciaux

! Xpert® Carba-R, (Cepheid)

! Amplidiag® CarbaR+VRE/MC (Mobidiag)

! Check Direct CPE on BD MAX™ (Check- Points)

! Eazyplex® SuperBug CRE (OptiGene)

! Carbaplex® IVD PCR (Brucker)

! CRE ELITe MGB® Kit (ELITech)

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7. Détection des EPC ?

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Tests moléculaires

!

PCR

!

Kits commerciaux

Xpert Carba-R, Cepheid

! Test qualitatif

! 5 classes de gènes de R : KPC, NDM, VIM, IMP-1 et OXA-48 dont OXA-

181/OXA-232

! Durée 48 min

! Ecouvillon rectal ou souche (0,5Mac F, 10µL)

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7. Détection des EPC ?

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CNR de la résistance aux antibiotiques

Entérobactéries : résistance aux carbapénèmes (carbapénèmases) Service de Bactériologie-Virologie -

CHU de Bicêtre- Paris

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Quizz ???

! Mr H, 55 ans

! Retour séjour en Grèce

! Hospitalisation pour infection urinaire à E.coli (en Grèce)

! Dépistage BHRe ! gélose ERG + EPC

" Que faites vous ?

1. Tests complémentaires

2. Envoi CNR

3. Dépistage négatif

Test négatif

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PARTIE 4 :

Entérobactéries résistantes à la colistine porteuses du

gène mcr-1

1. Entérobactéries résistantes à la colistine porteuses du gène mcr-1 : définition

!

Détectée pour la 1

fois en Chine fin 2015

◦ Résistance à la colistine

" Plasmidique

!

Colistine = rare antibiotique encore actif sur les EPC

2. Entérobactéries résistantes à la colistine porteuses du gène mcr-1 : épidémiologie

!

Recherche rétrospective dès l’alerte nationale, par le CNR :

◦ 4 cas à partir de collections de souches isolées en 2012, 2013 et 2014

" 2 souches en Nouvelle-Calédonie

" 1 souche à Marseille

" 1 souche à Angers

!

Après l’alerte (2016)

◦ 4 souches / 4 patients hospitalisés / 4 établissements de santé de France métropolitaine

◦ 4 dépistages digestifs, pas d’infection

! 2 cas confirmés en région Auvergne- Rhône-Alpes

" Klebsiella pneumoniae BLSE et mcr-1 +, ∅ de voyage, ∅ hospitalisation à l’étranger

" Escherichia coli BLSE et mcr-1 + , ∅ de voyage, ∅ hospitalisation à l’étranger

! 2 cas confirmé en région Ile-de-France

" E. coli NDM-1 et mcr-1 +, hospitalisé en Côte d’Ivoire

" E. coli OXA-48, KPC et mcr-1 +, hospitalisé au Portugal

3. Entérobactéries résistantes à la colistine porteuses du gène mcr-1 : détection

!

Milieu chromogène

◦ ChromID colistine (Biomérieux)

◦ …

!

Méthode de dilution en milieu liquide

◦ Mauvaise diffusion en milieu solide

◦ UMIC, Biocentric

◦ …

Conclusion

! Détection rapide primordiale

◦ Pour éviter la diffusion

◦ Adapter l’antibiothérapie si infection

! Conséquences d’un portage à BHRe

◦ Précautions complémentaires coûteuses

◦ Fermeture possible de secteur

◦ Risque d’infection : impact sur la morbi-mortalité et durée hospitalisation

! Prévenir rapidement le service / EOH pour mettre en place les mesures permettant de limiter la

transmission + adapter ATB !

Merci pour votre attention