Les phagemides de chaque clone ont été purifiés à l’aide du kit QIAGEN Plasmid Maxi Kit (Qiagen, #12162) selon le protocole du fournisseur. Les plasmides purifiés ont été envoyés pour séquençage à MWG-Eurofins (Ebersberg, Allemagne), en utilisant des amorces s’hybridant directement sur le vecteur phagique pAK100, en amont et aval du scFv, et dont les séquences sont respectivement :
pAK100back: 5’ TGT AGC GCG TTT TCA TCG GC 3' pAK100for: 5’ GGA TAA CAA TTT CAC ACA GG 3'
Séquences des 5 scFv possédant des domaines VH ou VL non fonctionnels :
Les début et fin de la séquence sont marqués en violet. En vert, la séquence de la région variable de la chaine légère (VL), en rouge la séquence du linker, en bleu celle de la région variable de la chaine lourde (VH), * indique un codon stop, et enfin les nucléotides résiduels provenant du vecteur pAK100 lors du clonage de la banque sont représentés en noir.
I-9.a- Séquences nucléotidi que et protéique du scFv SOKMa montrant une VH non fonctionnelle
ATG GCG CTG GCC GAA ATT CTT CTC TCC CAG TCT CCA GCA CTC ATG GCT GCA TCT CCA
M A L A E I L L S Q S P A L M A A S P GGG GAG AAG GTC ACC ATG ACC TGC AGT GCC AGC TCA AGT CTA AGT TAC ATG TCC TGG G E K V T M T C S A S S S L S Y M S W TAC CAG CAG AAG CCA GGA TCC TCC CCC AGA CTC CTG ATT TAT GAC ACA TCC ATC CTG Y Q Q K P G S S P R L L I Y D T S I L GCT TCT GGA GTC CCT GCT CGC TTC AGT GGC AGT GGG TCT GGG ACC TCT TAC TCT CTC A S G V P A R F S G S G S G T S Y S L ACA ATC AGC CGA ATG GAG GCT GAA GAT GCT GCC ACT TAT TCC TGC CAG CAG TAT CAT T I S R M E A E D A A T Y S C Q Q Y H AGT TAC CCA CGG ACG TTC GGT GGA GGC ACC AAG CTG GAA ATC AAA CGT GGT GGT GGT S Y P R T F G G G T K L E I K R G G G
GGT TCT GGT GGT GGT GGT TCT GGC GGC GGC GGC TCC GGT GGT GGT GGA TCC CAG GTC G S G G G G S G G G G S G G G G S Q V
CAA CTG CAG CAG CCT GAC ATC TGA GGA CTC TGC GGT CTA TTT CTG TGC AAG ACA AGA
Q L Q Q P D I * G L C G L F L C K T R
CAC CTC AGG CTT TGC TTA CTG GGG CCC AGG GAC TCT GGT CAC TGT CTC TGC GGC CTC H L R L C L L G P R D S G H C L C G L GGG GGC CGA ATT CGA GCA GAA GCT GAT CTC TGA GGA AGA CCT GTA GGG TGG TGG CTC G G R I R A E A D L * G R P V G W W L TGG TTC CGG TGA TTT TGA TTA TGA AAA GAT GGC AAA CGC TAA T
9
I-9.b- Séquences nucléotidique et protéique du scFv SOKMc1 montrant une VL non fonctionnelle
CTT ATC AGA CCG TTT CCC GCG TGG TGA ACC AGG CCA GCC ACG TTT CTG CGA AAA CGC L I R P F P A W * T R P A T F L R K R CGG CCA TGG CGC TGG CCG AAA TTG TTC TCA CCC AGT CTC AAA AAT TCA TGT CCA CAT
R P W R W P K L F S P S L K N S C P H CAG TAG GAG ACA GGG TCA GCG TCA CCT GCA AGG CCA GTC AGT ATT CAT GGT ACT CAT Q * E T G S A S P A R P V S I H G T H TTA ATG CAC TGG TAC CAA CAG AAA CCA GGA CAG CCA CCC AAA CTC CTC ATC TAT CTT L M H W Y Q Q K P G Q P P K L L I Y L GCA TCC AAC CTA GAA TCT GGG ATC CCT GCC AGG TTC AGT GGC AGT GGG TCT AGG ACA A S N L E S G I P A R F S G S G S R T GAC TTC ACC CTC ACC ATT AAT CCT GTG GAG GCT GAT GAT GTT GCA ACC TAT TAC TGT D F T L T I N P V E A D D V A T Y Y C CAG CAA AGT AAT GAG GAT CCT CCG ACG TTC GGT GGA GGC ACC AAG CTG GAG CTG AAA
Q Q S N E D P P T F G G G T K L E L K CGT GGT GGT GGT GGT TCT GGT GGT GGT GGT TCT GGC GGC GGC GGC TCC GGT GGT GGT
R G G G G S G G G G S G G G G S G G G GGA TCC GAG GTC CAA CTG CAG CAG CCT GGG GCT GAG GTT GTG AAG CCT GGG GCT TCA
G S E V Q L Q Q P G A E V V K P G A S GTG AAG GTG TCC TGC AAG GCT TCT GGC TAC ATC TTC ACC AGC TAC TGG ATG CAC TGG V K V S C K A S G Y I F T S Y W M H W GTA AAA CAG AGG CCC GGA CAA GGC CTT GAA TGG ATC GGA GTG ATT GAT CCC TCT ACT V K Q R P G Q G L E W I G V I D P S T AAT CAT ACT AAC AAC AAT CCA AAA TTC AAT GAC AAG GCC ACA TTG ACT GTA GGC ACA N H T N N N P K F N D K A T L T V G T TTC TCC AGC ACA GCC TAC ATG CAG CTC AGC AGC CTG ACA TCT GAG GAC TCT GCG GTC F S S T A Y M Q L S S L T S E D S A V TAT TAC TGT GCA AGA TGG GGC ACT ACG GAG GGC TTT GCG TAT TGG GGC CAA GGG ACT Y Y C A R W G T T E G F A Y W G Q G T
CTG GTC ACT GTC TCT GCG GCC TCG GGG GCC GAA TTC GAG CAG AAG CTG ATC TCT GAG
L V T V S A A S G A E F E Q K L I S E
GAA GAC CTG TAG GGT GGT GGC TCT GGT TCC GGT GAT TTT GAT TAT GAA AAG ATG GCA E D L * G G G S G S G D F D Y E K M A AAC GCT AAT AA
N A N
I-9.c- Séquences nucléotidique et protéique du scFv SOKMc2 montrant une VH non fonctionnelle
ATG GCG CTG GCC GAA ATT CTT CTC TCC CAG TCT CCA GCA CTC ATG GCT GCA TCT CCA
M A L A E I L L S Q S P A L M A A S P GGG GAG AAG GTC ACC ATG ACC TGC AGT GCC AGC TCA AGT CTA AGT TAC ATG TCC TGG G E K V T M T C S A S S S L S Y M S W TAC CAG CAG AAG CCA GGA TCC TCC CCC AGA CTC CTG ATT TAT GAC ACA TCC ATC CTG Y Q Q K P G S S P R L L I Y D T S I L GCT TCT GGA GTC CCT GCT CGC TTC AGT GGC AGT GGG TCT GGG ACC TCT TAC TCT CTC A S G V P A R F S G S G S G T S Y S L ACA ATC AGC CGA ATG GAG GCT GAA GAT GCT GCC ACT TAT TCC TGC CAG CAG TAT CAT T I S R M E A E D A A T Y S C Q Q Y H AGT TAC CCA CGG ACG TTC GGT GGA GGC ACC AAG CTG GAA ATC AAA CGT GGT GGT GGT
S Y P R T F G G G T K L E I K R G G G GGT TCT GGT GGT GGT GGT TCT GGC GGC GGC GGC TCC GGT GGT GGT GGA TCC CAG GTC
G S G G G G S G G G G S G G G G S Q V CAA CTG CAG CAG CCT GAC ATC TGA GGA CTC TGC GGT CTA TTT CTG TGC AAG ACA AGA Q L Q Q P D I * G L C G L F L C K T R CAC CTC AGG CTT TGC TTA CTG GGG CCC AGG GAC TCT GGT CAC TGT CTC TGC GGC CTC H L R L C L L G P R D S G H C L C G L GGG GGC CGA ATT CGA GCA GAA GCT GAT CTC TGA GGA AGA CCT GTA GGG TGG TGG CTC G G R I R A E A D L * G R P V G W W L
TGG TTC CGG TGA TTT TGA TTA TGA AAA GAT GGC AAA CGC TAA TAA C
10
I-9.d- Séquences nucléotidique et protéique du scFv SOKMc4 montrant une VH non fonctionnelle
ATG GCG CTG GCC GAA ATT CTT CTC TCC CAG TCT CCA GCA CTC ATG GCT GCA TCT CCA
M A L A E I L L S Q S P A L M A A S P
GGG GAG AAG GTC ACC ATG ACC TGC AGT GCC AGC TCA AGT CTA AGT TAC ATG TCC TGG G E K V T M T C S A S S S L S Y M S W TAC CAG CAG AAG CCA GGA TCC TCC CCC AGA CTC CTG ATT TAT GAC ACA TCC ATC CTG Y Q Q K P G S S P R L L I Y D T S I L GCT TCT GGA GTC CCT GCT CGC TTC AGT GGC AGT GGG TCT GGG ACC TCT TAC TCT CTC A S G V P A R F S G S G S G T S Y S L ACA ATC AGC CGA ATG GAG GCT GAA GAT GCT GCC ACT TAT TCC TGC CAG CAG TAT CAT T I S R M E A E D A A T Y S C Q Q Y H AGT TAC CCA CGG ACG TTC GGT GGA GGC ACC AAG CTG GAA ATC AAA CGT GGT GGT GGT
S Y P R T F G G G T K L E I K R G G G
GGT TCT GGT GGT GGT GGT TCT GGC GGC GGC GGC TCC GGT GGT GGT GGA TCC CAG GTC
G S G G G G S G G G G S G G G G S Q V
CAA CTG CAG CAG CCT GAC ATC TGA GGA CTC TGC GGT CTA TTT CTG TGC AAG ACA AGA
Q L Q Q P D I * G L C G L F L C K T R
CAC CTC AGG CTT TGC TTA CTG GGG CCC AGG GAC TCT GGT CAC TGT CTC TGC GGC CTC H L R L C L L G P R D S G H C L C G L GGG GGC CGA ATT CGA GCA GAA GCT GAT CTC TGA GGA AGA CCT GTA GGG TGG TGG CTC G G R I R A E A D L * G R P V G W W L TGG TTC CGG TGA TTT TGA TTA TGA AAA GAT GGC AAA CGC TAA TA
W F R * F * L * K D G K R *
I-9.e- Séquences nucléotidique et protéique du scFv SOKMc6 montrant une VH non fonctionnelle
ATG GCG CTG GCC GAA ATT CTT CTC TCC CAG TCT CCA GCA CTC ATG GCT GCA TCT CCA M A L A E I L L S Q S P A L M A A S P GGG GAG AAG GTC ACC ATG ACC TGC AGT GCC AGC TCA AGT CTA AGT TAC ATG TCC TGG G E K V T M T C S A S S S L S Y M S W TAC CAG CAG AAG CCA GGA TCC TCC CCC AGA CTC CTG ATT TAT GAC ACA TCC ATC CTG Y Q Q K P G S S P R L L I Y D T S I L GCT TCT GGA GTC CCT GCT CGC TTC AGT GGC AGT GGG TCT GGG ACC TCT TAC TCT CTC A S G V P A R F S G S G S G T S Y S L ACA ATC AGC CGA ATG GAG GCT GAA GAT GCT GCC ACT TAT TCC TGC CAG CAG TAT CAT T I S R M E A E D A A T Y S C Q Q Y H AGT TAC CCA CGG ACG TTC GGT GGA GGC ACC AAG CTG GAA ATC AAA CGT GGT GGT GGT
S Y P R T F G G G T K L E I K R G G G GGT TCT GGT GGT GGT GGT TCT GGC GGC GGC GGC TCC GGT GGT GGT GGA TCC CAG GTC G S G G G G S G G G G S G G G G S Q V
CAA CTG CAG CAG CCT GAC ATC TGA GGA CTC TGC GGT CTA TTT CTG TGC AAG ACA AGA
Q L Q Q P D I * G L C G L F L C K T R
CAC CTC AGG CTT TGC TTA CTG GGG CCC AGG GAC TCT GGT CAC TGT CTC TGC GGC CTC H L R L C L L G P R D S G H C L C G L GGG GGC CGA ATT CGA GCA GAA GCT GAT CTC TGA GGA AGA CCT GTA GGG TGG TGG CTC G G R I R A E A D L * G R P V G W W L TGG TTC CGG TGA TTT TGA TTA TGA AAA GAT GGC AAA CGC TAA TAA
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