La discipline de la génétique et de la génomique de la conservation a pour ligne de conduite de protéger la diversité génétique des espèces ou des populations afin de préserver le potentiel évolutif des populations pour les protéger GH O¶H[WLQFWLRQ.
Chapitre 4 Conclusion et perspectives
152
Entre autres, LOV¶DJLWGHpréserver la diversité génétique pour que les populations
SXLVVHQW V¶DGDSWHU HQ FDV GH FKDQJHPHQW HQYLURQQHPHQWDO RX de pressions anthropiques (Frankham et al., 2002; Allendorf et al., 2012). Cet objectif de conservation coïncide implicitement avec la pratique de gestion dite "patrimoniale" des peuplements de truite, qui a comme objectif de maintenir ou de rétablir des formes locales de truites présentes naturellement dans les rivières. Un autre objectif directement lié à la pêche récréative a longtemps été (et demeure toujours) d'augmenter la densité de truites "pêchables"&HWWHSUDWLTXHpWDLWjO¶RULJLQHUpDOLVpH
sans FRQVLGpUHUO¶RULJLQH des individus introduits, mais a par la suite évolué pour
répondre à une demande croissante de truites au phénotype autochtone, très prisées
par les pêcheurs. /¶LPSDFWGHFHVLQWURGXFWLRQVG¶RULJLQHVYDULpHVSHXWrWUHPHVXUp
à différentes échelles (hybridation, introgression neutre, heterosis, transfert G¶adaptations ou G¶DOOqOHV GpOpWqUHV SKpQRW\SH TX¶LO FRQYLHQW GH FRQVLGpUHU pleinement pour mettre en place des mesures de gestion en accord avec les objectifs
visés. Par exemple, O¶XWLOLVDWLRQgénéralisée G¶XQHVRXFKH SURYHQDQWG¶XQHDXWUH
lignée pour le repeuplement peut paradoxalement induire une augmentation de la diversité génétique intrapopulationnelle et une diminution de la diversité
interpopulationnelle. Cependant FRPPH QRXV O¶DYRQV pYRTXp HQ LQWURGXFWLRQ
O¶XWLOLVDWLRQ G¶XQH SRSXODWLRQ JpQpWLTXHPHQt trop éloignée peut induire de la
dépression G¶hybridation. Afin de prendre en compte ces aspects, de nombreux
programmes de conservation et de gestion sont organisés à une échelle régionale, calquée sur des populations ou unités de gestion préalablement identifiées. Par
exemple, O¶(6$ Endangered Species Act) aux États-Unis permet la définition de
populations distinctes (DPS) afin G¶DGDSWHU OD JHVWLRQ DX[ caractéristiques des
populations (Frankham et al., 2002).
'DQV QRWUH V\VWqPH G¶pWXGH Oa création G¶XQH VRXFKH GRPHVWLTXH G¶RULJLQH méditerranéenne dénote un changement de politique de gestion vis-à-vis des repeuplements. &¶HVW GDQV XQ GpVLU GH FRQVHUYDWLRQ du patrimoine génétique et phénotypique des populations sauvages locales que la fédération des pêches de O¶+pUDXOt a décidé de considérablement réduire les repeuplements avec la souche
nationale atlantique, afin G¶pYLWHUXQPpODQJHHQWUHFHVdeux lignées. La préférence
croissante des pêcheurs pour des poissons au phénotype sauvage (plus valorisants car supposés plus difficiles à capturer) explique aussi ce changement en matière de pratique de gestion. Les deux souches, Atlantique et Méditerranéenne, étant phénotypiquement différentes en terme de coloration de la robe (Aparicio et al., 2005), les pêcheurs habitués sont capables de distinguer visuellement ces deux lignées. En effet, les truites atlantiques sont facilement reconnaissables par la
4.3 Réflexions autour de la gestion et de la conservation
153 présence de points rouges auréolés de blanc, et un faible nombre de points noirs, DORUVTXHOHVWUXLWHVG¶RULJLQH méditerranéenne sont couvertes de points noirs et présentent une zébrure latérale. Face aux motivations diverses auxquelles une politique de gestion doit répondre, il convient de poser la question suivante : Que cherche-t-on à conserver à travers les pratiques de gestion ? Un phénotype local ? La diversité génétique ? La forme ancestrale naturelle du bassin ? Les éventuelles
adaptations locales ? La viabilité d¶XQH population sur le long terme ? Tous ces
objectifs ne sont pas mutuellement compatibles, et une réflexion est nécessaire pour V¶DVVXUHUTXHOHVSUDWLTXHVGHJHVWLRQVRQWHQDFFRUGDYHFOHVREMHFWLIVYLVpV 'XSRLQWGHYXHVFLHQWLILTXH5RELQ:DSOHVV¶HVWLQWpUHVVpjODTXHVWLRQ dès 1991. ,OSUpFRQLVDLWO¶DUUrWGHVUHSHXSOHPHQWVVLO¶REMHFWLIHVWXQLTXHPHQWODFRQservation GHV SRSXODWLRQV 'X SRLQW GH YXH GHV JHVWLRQQDLUHV O¶REMHFWLI SULQFLSDO HVW GH conserver une densité de poisson suffisante pour la pêche récréative tout en FRQVHUYDQW OH SDWULPRLQH JpQpWLTXH HW O¶LQWpJULWp SKpQRW\SLTXH GHV SRSXODWLRQV locales. Ainsi, à défaut de pouvoir arrêter les repeuplements pour des raisons socio-pFRQRPLTXHV O¶DFWLYLWpGHVpFORVHULHVHWGHVSLVFLFXOWXUHVSURGXLVDQWOHVSRLVVRQV destinés au repeuplement dépendant de la demande pour le repeuplement), et avant de fournir des recommandations de gestion, il est primordial de comprendre quels sont les conséquences potentielles sur les populations locales. Dans cette étude, QRXV WkFKRQV G¶DSSRUWHU XQ SRLQW GH YXH UpWURVSHFWLI GHV FRQVpTXHQFHV G¶XQ FKDQJHPHQWGHJHVWLRQjO¶pFKHOOH génomique, à savoir si ce changement a eu un LPSDFW SRVLWLI RX QpJDWLI VXU OHV SRSXODWLRQV ORFDOHV GX EDVVLQ GH O¶2UE 7RXW G¶DERUGODVRXFKHGRPHVWLTXHPpGLWHUUDQpHQQH HVW WUqVIDLEOHPHQWSRO\PRUSKH non seulement par rapport aux populations locales, mais également par rapport à la souche domestique atlantique précédemment utilisée. De plus, cette souche présente un fort déficit en hétérozygotie reflétant très probablement une FRQVDQJXLQLWp pOHYpH %LHQ TXH O¶XWLOLVDWLRQ GH FHWWH VRXFKH GRPHVWLTXH ORFDOH permette de ne pas mélanger deux lignées évolutives différentes et ainsi d'éviter G¶pYHQWXHOVHIIHWV GHGpSUHVVLRQK\EULGHVVRQXWLOLVDWLRQGDQVVRQO¶pWDWDFWXHO ULVTXHG¶DYRLUGHVFRQVpTXHQFHVQpIDVWHVVXUOHVSRSXODWLRQVVDXYDJHV(QHIIHWGH
par sDIDLEOHGLYHUVLWpHWVRQH[FqVHQKRPR]\JRWLHO¶XWLOLVDWLRQGHFHWWHVRXFKH
ULVTXH G¶DSSDXYULU OHV SRSXODWLRQV ORFDOHV HQ PrPH WHPSV TXH G¶DSSRUWHU GHV PXWDWLRQVIDLEOHPHQWGpOpWqUHVV¶DFFXPXODQWSOXVUDSLGHPHQWGDQVOHVSRSXODWLRQV de petite taille efficace et consanguines.
Au vu de ce résultat, nous pouvons parallèlement nous demander quelles sont les FRQVpTXHQFHV SRVVLEOHV GH O¶XWLOLVDWLRQ GH OD VRXFKH GRPHVWLTXH G¶RULJLQH
Chapitre 4 Conclusion et perspectives
154 DWODQWLTXH'DQVXQSUHPLHUWHPSVO¶LQWURJUHVVLRQG¶KDSORW\SHVDWODQWLTXHVGDQs les populations sauvages semble avoir un effet positif dans les premières générations G¶K\EULGDWLRQ HQ UDLVRQ GH O¶KpWpURVLV 'H SOXV OHV HIIHWV G¶KpWpURVLV VRQW SOXV PDUTXpV GDQV OHV FRPELQDLVRQV G¶KDSORW\SHV GRPHVWLTXHV DWODQWLTXHV HW
domestiques médiWHUUDQpHQVTXHGDQVOHVFRPELQDLVRQVG¶KDSORW\SHVGRPHVWLTXHV
atlantiques et méditerranéens sauvages. Ceci semble illustrer une plus forte proportion de mutations délétères associées aux haplotypes méditerranéens domestiques que sauvages, efficacement masqués pendant quelques générations par la superdominance associative apportée par les haplotypes atlantiques divergents (paragraphe 1.2.2.1 et Article IV :).
%LHQTXHO¶LQWURJUHVVLRQG¶DOOqOHVDWODQWLTXHVVHPEOHGRQFDYRLUGHVHIIHWVSRVLWLIV GDQVOHVSUHPLqUHVJpQpUDWLRQVYLDO¶KpWpURVLVTX¶HQHVW-il sur le plus long terme ? EQ HIIHW O¶LQWURJUHVVLRQ G¶DOOqOHV DWODQWLTXHV IDFLOLWpH SDU O¶KHWHURVLV SRXUUDLW VH UpYpOHUDSUqVSOXVLHXUVJpQpUDWLRQVG¶K\EULGDWLRQV DSUqVTXHO¶HIIHWG¶KHWHURVLVVH soit dissipé par recombinaison), comme un fardeau génétique pour les populations
locaOHV&¶HVWFHTXLVHPEOHrWUHOHFDVGDQVOHVSRSXODWLRQVKXPDLQHVDFWXHOOHV
FKH] TXL O¶LQWURJUHVVLRQ G¶DOOqOHV QpDQGHUWKDOLHQ LQLWLDOHPHQW IDYRULVpH SDU OD superdominance associative, entraîne un fardeau génétique toujours non purgé dans
les populations contemporaines (Harris et Nielsen, 2015) '¶XQ DXWUH F{Wp OHV
LQWHUDFWLRQVHQWUHOLJQpHVpYROXWLYHVGLIIpUHQFLpVHVWDXVVLO¶RFFDVLRQGHV¶pFKDQJHU
des « bons gènes ªFRPPHF¶HVWpJDOHPHQWOHFDVFKH]O¶KRPPHTXLDDXVVLKpULWp
G¶DOOqOHV DGDSWDWLIV DYDQWDJHX[ G¶RULJLQH QpDQGHUWKDOLHQQH RX GpQLVRYLHQQH ,O convient donc de déterminer si le flux génique entre lignées apporte au final plus G¶HIIHWV DYDQWDJHX[ RX GpOpWqUHV FH TXL UHVWH j O¶KHXUH DFWXHOOH XQH TXHVWLRQ majeure. La question reste donc ouverte en ce qui concerne les effets long terme du
repeuplement de truiWHV GRPHVWLTXHV G¶RULJLQH DWODQWLTXH GDQV OHV SRSXODWLRQV
méditerranéennes. En mixant deux lignées évolutive différentes, cette pratique va à O¶HQFRQWUH GX VHFRQG REMHFWLI GH JHVWLRQ TXL HVW OD FRQVHUYDWLRQ GHV IRUPHV
locale/ancestrales. Au niveau national O¶DUUrW GHV UHSHXSOHPHQWV HQ WUXLWH
domestique atlantique provenant de la souche nationale est préconisé pour évider G¶pFUDVHUODGLYHUVLWpJpQpWLTXHGHVSRSXODWLRQVORFDOHV En méditerranée, toutefois, les échanges génétiques entre lignées pourraient éventuellement contribuer à augmenter le potentiel adaptatif des populations locales de petites taille, soumises de façon récurrente à des crises démographiques (dues aux crues et aux périodes de
sécheresse). Mais ces échanges génétiques peuvent également êtUH O¶RULJLQH GH
4.3 Réflexions autour de la gestion et de la conservation
155 semble donc nécessaire pour déterminer quelles sont les conséquences de O¶LQWURJUHVVLRQVXUODUpVLOLHQFHGHVSRSXODWLRQVVDXYDJHVGHWUXLWH
Finalement, pour tenter de répondre à la question revient-on à « O¶pWDWVDXYDJH » si
O¶RQDUUrWHOHVUHSHXSOHPHQWV? L¶H[HPSOHGHO¶KRPPHPRGHUQHmontre que les
interactions génétiques entre O¶+RPPHPRGHUQHHWO¶+RPPHGHNeandertal laissent
des traces sur le long terme, puisque nous observons toujours entre 1,5 et 2,1% G¶DOOqOHVQpDQGHUWKDOLHQGDQVOHVSRSXODWLRQVHXUasiatiques (Prüfer et al., 2014). Sur le long terme, les gènes néanderthaliens semblent avoir été plutôt contre-VpOHFWLRQQpV SXLVTX¶RQ REVHUYH XQ GpILFLW G¶LQWURJUHVVLRQ GDQV OHV UpJLRQV fonctionnelles du génome. Cependant, certain allèles responsables de caractères adaptatifs (mais aussi délétères) sont toujours maintenus, tels que la couleur de la peau (Racimo et al., 2015).
Pour conclureVXUODJHVWLRQGXEDVVLQGHO¶2UEOHs repeuplements sont mis en place
GDQV O¶REMHFWLI GH IRXUQLU XQH GHQVLWp GH SRLVVRQV VXIILVDQWH SRXU OD SrFKH UpFUpDWLYH &HSHQGDQW LO Q¶\ D SDV HX G¶pWXGH GLUHFWH VXU O¶HIILFDFLWp GH FHV UHSHXSOHPHQWV j VDYRLU V¶LOV LQGXLVHQW RX QRQ XQH DXJPHQWDWLRQ GX nombre G¶LQGLYLGXVDX-delà de la génération des individus introduits. Par exemple, il serait HQYLVDJHDEOHGHFRPSDUHUOHVGHQVLWpVDYDQWHWDSUqVO¶DUUrWGHVUHSHXSOHPHQWVGDQV FHUWDLQHVULYLqUHVHQVXLYDQWOHVXFFqVUHSURGXFWHXUGHVLQGLYLGXVG¶RULJLQHVauvage HWGRPHVWLTXH%LHQTXHO¶HIILFDFLWpGHVUHSHXSOHPHQWVQ¶DLWSDVpWpGpPRQWUpHOHV gestionnaires doivent faire face à des pressions socio-économiques les obligeant à continuer ces pratiques. À défaut de pouvoir stopper complètement les
repeuplementVODIpGpUDWLRQGHVSrFKHVGHO¶+pUDXOWDGpFLGpGHFUpHUXQHVRXFKH
ORFDOH G¶RULJLQH PpGLWHUUDQpHQQH &HSHQGDQW FRPPH QRXV O¶DYRQV YX précédemment, cette souche est génétiquement très peu diversifiée, il semble donc SULPRUGLDOG¶DSSRUWHUGHODGLYHUVLWp génétique à cette souche avant de continuer de O¶XWLOLVHU (Q O¶pWDW DFWXHO O¶XWLOLVDWLRQ GH FHWWH VRXFKH VHPEOH DYRLU GHV conséquences néfastes sur les populations sauvages locales (réduction du SRO\PRUSKLVPH 8QH VROXWLRQ HQYLVDJHDEOH HVW O¶DSSRUW GH nouveaux individus dans le pool de géniteurs (dont la nature méditerranéenne est contrôlée génétiquement), qui par exemple, pourrait être réalisé en utilisant du sperme G¶LQGLYLGXV VDXYDJHV ORUV GHV FURLVHPHQWV 8QH DXWUH SRVVLELOLWp VHUDLW GH développer une seconde souche méditerranéenne en utilisant des géniteurs SURYHQDQWGXQHDXWUHSRSXODWLRQRXG¶XQPpODQJHGHSOXVLHXUVSRSXODWLRQVDILQGH générer une souche génétiquement diversifiée mais présentant les caractéristiques phénotypiques des truites appartenant à la lignée méditerranéenne.
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