I. INTRODUCTION
I.2.4 Profilage génomique dans la MW
L’émergence de nouvelles techniques comme l’hybridation génomique comparative de haut débit sur puces (CGH Arrays) a permis une analyse pangénomique des variations du nombre de copies et d’identifier des micro anomalies non détectables par les techniques de cytogénétiques conventionnelles dans la MW (42, 231, 247). Les puces à SNP (Single Nucleotide Polymorphism) combinent l’allélotypage à la détection de perte et gain de matériel génomique (CNA) (116, 224). Cette approche permet donc la mise en évidence de nouveaux mécanismes oncogéniques telles que les pertes d’hétérozygotie (LOH) sans variation de nombre de copie (disomies uniparentales acquises ou UPD). Deux types d’événements peuvent être associés aux LOH :
- les événements de type gain de fonction : o mutation activatrice
o effet de dosage génique ayant un impact sur la transcription o autre mécanisme dedérégulation positive de l’expression - les événements de type perte de fonction :
o délétion
o LOH et mutation avec dérégulation négative de l’expression o effet de dosage génique avec haplo insuffisance
o méthylation.
Les disomies uniparentales se définissent par la duplication partielle ou totale d’un chromosome homologue issu d’un même parent. Si une cellule tumorale est porteuse d’une mutation possédant un avantage prolifératif à l’état hétérozygote, le clone porteur de l’UPD présentera un aspect homozygote de la mutation et sera susceptible de devenir le clone dominant au cours de l’évolution (Figure 7) (116, 224).
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Figure 7 : Mécanismes génomiques associés à une perte d’hétérozygotie, adapté de (116) et (226) : 1 : Classification des types de perte d’hétérozygotie (LOH) sans variation du nombre de copie (CN-LOH). Les CN-LOH peuvent être classées selon leur origine ou leur localisation. Elles peuvent être acquises (disomie uniparentales acquises ou UDP), clonales ou constitutionnelles. Les CN-LOH non clonales peuvent résulter d’un événement mitotique embryonnaire, conduisant à une mosaïque ou être constitutionnelle. Elles peuvent être numériques ou segmentaires. Les CN-LOH segmentaire dérivant d’un crossing over sont télomériques ; ces anomalies peuvent aussi impliquer un chromosome entier. 2 : Mécanismes mitotiques de formation des CN-LOH. A : Les CN-LOH peuvent apparaitre comme le résultat d’une recombinaison mitotique entre chromosomes homologues et survenir dans une cellule fille durant la mitose. B : Une CN-LOH peut être la conséquence d’une délétion suivie d’une recombinaison avec le chromosome homologue. 3 : Mécanismes pathogéniques des LOH : Les CN-LOH peuvent entrainer la duplication d’un variant germinal ou d’une mutation somatique ce qui peut conduire à une augmentation d’expression par la perte d’un marqueur soumis à empreinte génétique ou à une diminution d’expression du gène par la duplication d’un marqueur à empreinte génétique. Une délétion (Del) peut avoir un impact sur le niveau d’expression du gène : une augmentation d’expression peut être observée par perte d’un allèle soumis à empreinte génétique, une diminution d’expression peut être observée par perte de l’allèle exprimé ou haploinsuffisance.61
Dans la MW, l’étude d’une cohorte de 42 patients par CGH arrays (CGHa) a montré la présence d’anomalies dans 83% des cas (38). L’étude d’une cohorte de 31 patients a permis d’établir la première cartographie génomique par puces à SNP (248). Au total, 61 anomalies chromosomiques ont été observées, 58 CNA (33 gains, 25 délétions) chez 58% des patients. De nouvelles anomalies cryptiques ont été ainsi caractérisées par CGHa ou puces à SNP comme les délétions 1p36, les gains en Xq ou les délétions en 6p (38, 247, 248). Une médiane d’environ 3 anomalies par patient est observée. Ces études ont permis la définition des régions minimales altérées des principales anomalies génomiques de la MW.
La plus fréquente des anomalies observée est la délétion totale ou partielle du bras long (q) du chromosome 6 (30-40% des cas). Cette délétion 6q est associée à un gain en 6p dans environ 12% des cas (38). Quatre régions minimales délétées (MDR) en 6q ont été caractérisées dans la MW par la première étude par CGHa (38). Les MDR les plus fréquentes sont celles en 6q21 se situe le gène PRDM1 impliqué dans la différenciation plasmocytaire et en 6q23 où est localisé le gène TNFAIP3 qui code pour A20, un régulateur de la voie NFκB (38, 309). Braggio et al. ont également mis en évidence des délétions bialléliques ou des inactivations par mutation de deux gènes inhibiteurs de la voie NFκB : TRAF3 et TNFAIP3 chez, respectivement, 5,3 et 4,2 % des patients atteints de MW (38, 309). En outre, les délétions monoalléliques de TNFAIP3 sont associées à une diminution de l’expression de TNFAIP3, ce qui suggérerait un phénomène d’haploinsuffisance. La MDR en 13q14 comprend les miARN 15 et 16. L’activation constitutive de la voie NFκB observée dans la MW pourrait donc être associée à la présence d’altérations génomiques de régulateurs essentiels de la voie NFκB (168).
D’autre part, les études par puces à SNP ont permis d’identifier la présence de CN-LOH/UPD principalement dans le groupe des MW symptomatiques. Ce type d’anomalie est observé dans moins de 15% des cas (231, 247). Les UPD sont de tailles variables. Des régions chromosomiques récurrentes ont été observées (3p,..). Des UPD du locus de MYD88 ont été ainsi mises en évidence ce qui conduit à un profil homozygote de la mutation MYD88L265P (131, 246). De même, des UPD récurrentes en 17q affectant le locus du gène du CD79B impliqués dans la transduction du signal du BCR ont été rapportées (248). En conclusion, une variation de charge mutationnelle de certains variants jouant un rôle essentiel dans la physiopathologie pourrait être associée à la présence d’UPD dans la MW.
Une complexité génomique plus importante chez les patients MW symptomatiques a été mise en évidence (248). En effet, une fréquence plus élevée de plus de 3 CNA ou d’UPD est observée dans le groupe des patients symptomatiques, ce qui suggérait l’existence d’une instabilité génomique plus importante (248). Plus récemment, l’équipe de B Paiva a confirmé, dans une cohorte de 26 patients, la fréquence plus élevée d’altérations chez les pateints symptomatiques (231). L’existence d’anomalies de processus de réparations de l’ADN pourrait être évoquée dans la MW. En effet, des mutations
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affectant des gènes impliquées dans les mécanismes de réparation de l’ADN ont été rapportées (299). De rares cas de chromothripsis ont été aussi identifiés dans la MW (données non publiées, 131). Des délétions et des gains de moins de 5 mégabases ont été observés dans la MW par les études par puces à SNP (231, 248). De micro-variations de nombre de copies ont été rapportées par l’étude du séquençage du génome complet dans le MW (131). Ainsi, des microdélétions en 6q de différents gènes et impliqués dans la régulation de la voie NFκB ou de la différenciation plasmocytaire ont été décrites (131). Leur fréquence reste à valider dans des cohortes plus larges par d’autres techniques. Dans la MW, une diminution du niveau d’expression d’une protéine impliquée dans les processus de réparation de l’ADN, Ku70, avait été observée par des études en protéomique (233). Ces données pourraient suggérer l’existence d’un « génome instable » dans la MW. Le rôle de ces anomalies additionnelles au sein du clone muté MYD88L265P reste toutefois à évaluer lors de la progression tumorale de la maladie.
En conclusion, les études de profilage génomique à haut débit ont permis de mieux caractériser les principales anomalies génétiques initialement décrites par le cytogénétique, d’identifier de nouvelles anomalies cryptiques et de mettre en évidence des phénomènes de CN LOH/UPD dans la MW. Différents voies de signalisations essentielles pourraient être modulées par l’ensemble de ces anomalies additionnelles (Figure 8).