CHAPITRE 4 - INFECTION POTENTIELLE DE L’AVIFAUNE DOMESTIQUE PAR L’AVIFAUNE
B. T RANSMISSION VIA LA CHASSE TRADITIONNELLE
3. De nouvelles méthodes pour la mesure et la prise en compte des paramètres de transmission
La variation des paramètres inclus dans le taux d’infection peut avoir des
conséquences majeures sur la dynamique épidémiologique, il est donc important de pouvoir
les distinguer et les mesurer séparément. Or les nouvelles méthodes d’analyses et
technologies à notre disposition peuvent nous permette d’estimer directement ces paramètres,
que ce soit à l’échelle de l’individu ou de la population (cf Table 8).
Paramètre Niveau d'étude Méthodes de mesures
Taux de contact Individu Télémétrie (GPS, ARGOS, RFID)
Distance écologique Population Modélisation de la niche écologique par télédétection Probabilité de
transmission Individu Infections expérimentales
Distance génétique Population Phylogénie, Génétique des populations, Immunogénétique
Table 8 Méthodes de mesures des paramètres d’infection d’une maladie
Le développement de nouvelles technologies permettent d’utiliser ces méthodes de
mesures directes sur une plus large gamme d’hôtes et à moindre frais. La mesure du taux de
contact entre individus, nécessitant une grande précision (e.g. GPS) était jusqu’à récemment
limitée aux animaux suffisamment lourds pour supporter le poids d’une balise. Quelques
études du taux de contact entre individus ont été menées sur des Ongulés (Richomme et al.,
2006) ou des Canidés (Courtenay et al., 2001). Mais le coût, tant matériel que logistique, pour
obtenir les informations nécessaires à l’évaluation des paramètres de transmission, a freiné
l’utilisation de ces méthodes. Le développement des puces RFID (Radio Frequency
Identification) va probablement révolutionner la mesure des taux de contacts entre individus.
Cette technologie permet d’équiper à bas coût des animaux ne pesant qu’une dizaine ou une
quinzaine de grammes. Des études récentes montrent comment cette technologie permet
d’estimer les réseaux structurant les contacts entre rongeurs (Clay et al., 2009).
Le développement de l’utilisation de ces méthodes va permettre de fournir des
données plus précises sur les mécanismes d’infection. Afin de prendre en compte ces
différentes informations, le développement de nouveaux modèles épidémiologiques et de
nouvelles méthodes d’analyse sont nécessaires, tels que les modèles individus-centrés (Linard
et al., 2009) et l’analyse des réseaux sociaux (Meyers, 2007). En effet les modèles
compartimentés de type SIR sont limités par leurs hypothèses d’homogénéité et sont moins
performants que, par exemple, les graphes (Bansal et al., 2007). Ces derniers permettent de
prendre en compte la structure des réseaux d’hôtes qui sont essentiels à la compréhension de
la propagation d’un pathogène. En effet, dans la majorité des cas, peu d’individus (ou peu de
groupes d’individus) contribuent à la majorité des contacts d’un réseau, on parle de la règle
des 20-80 qui veut que 20% des individus contribuent à 80% des contacts du réseau (Volkova
et al., 2010). Des méthodes d’analyse permettant de discriminer le rôle de différents facteurs
dans un systéme complexe sont également en cours de développement. Ainsi la comparaison
statistiques entre matrices combinant les différents éléments du système (e.g., espèces,
variables environnementales, sites, traits de vie) permet d’analyse les interactions entre
structure phylogénétique, histoire biogéographique, et filtre environnemental expliquant la
composition de métacommunautés (Leibold et al., 2010). Le même type d’analyse peut être
envisagé en construisant notamment les matrices de distance génétique et de distance
écologique entre les différentes espèces d’hôtes d’une communauté, ainsi que les matrices des
différents paramètres environnementaux et de transmission à tester.
Les méthodes de mesure directe des paramètres épidémiologiques permettront de
concevoir et d’alimenter ces nouveaux modèles épidémiologiques. Cela permettra une
meilleure compréhension et une meilleure représentation des mécanismes de circulation et
d’évolution des maladies infectieuses. Dans un contexte de changements globaux, facteurs
d’émergence de nouvelles maladies infectieuses, ces avancées permettront la mise en place de
systèmes de surveillance et de mesures de contrôle mieux adaptées et plus performantes.
Postface
Ces trois années de thèses auront été particulièrement riches à différents points de vue.
Il y a évidemment en premier lieu l’immersion dans le monde de la recherche et la conduite
d’un projet de recherche sur le moyen terme. Ce sont les résultats de ce projet que j’ai essayé
de restituer de manière cohérente dans ce manuscript.
Au-delà de cet aspect scientifique, la gestion de la composante avifaune sauvage du
projet Gripavi au Mali m’a permis de me former sur la gestion d’un projet et des relations
avec les partenaires, avec les autorités d’un pays étranger, et avec les populations de cultures
très différentes à la mienne. En parallèle de ma thèse, j’ai donc également participé à établir
des budgets, à négocier et à établir des conventions avec nos partenaires, ainsi qu’à gérer une
équipe multidisciplinaire de 5 à 10 personnes dans des zones reculées et difficiles d’accès. Cet
autre aspect du métier de chercheur, probablement renforcé dans le cas d’une thèse faites au
CIRAD, apporte une composante humaine enrichissante.
Enfin, en marge de la question du comment travailler sur le H5N1 au Mali, la question
du pourquoi travailler sur le H5N1 au Mali n’est jamais loin. On se pose forcément des
questions lorsque l’on déploit des balises satellites à 5000$ pièce dans des villages maliens,
dans le but de traquer un virus qui est loin d’être une priorité pour les populations locales,
mais qui l’est pour les bailleurs internationaux. A chacun de trouver ce qu’il peut apporter à
son niveau dans le système de la recherche pour le développement.
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