2.1. Milieu d’étude
La présente étude a été réalisée dans la commune de Nikki, durant la période du 1er Juin 2016 au 30 Novembre 2016. Située à environ 530 Km de Cotonou (capital économique du Bénin), la commune de Nikki est localisée dans le département du Borgou. Elle est limitée au Nord par la commune de Kalalé, au Sud par celle de Pèrèrè et à l’Ouest par les communes de Bembéréké et de N’Dali. Sur sa façade Est, cette commune sert de frontière au Bénin avec la république Fédéral du Nigéria, comme beaucoup d’autres communes du département du Borgou tels que Tchaourou, Pèrèrè et Kalalé (figure 1).
De type soudano-guinéen, le climat de la commune de Nikki se caractérise par une grande saison de pluies (avril à octobre) et une grande saison sèche (novembre à mars). Cette localité du département du Borgou dispose d’un relief accidenté composé de plaines et collines. Les principaux types de sols sont ferrugineux tropicaux. Ce sont des sols ayant une profondeur plus ou moins importante ; leur perméabilité et leur porosité sont généralement bonnes.
La végétation est composée de savanes boisées, arborées et arbustives. On y rencontre de forêts claires par endroits. Mais l’action de l’homme y a provoqué de profonds bouleversements, faisant naître une végétation « humanisée » caractérisée par la disparition de nombreux ligneux et des ressources fauniques.
Sur le plan hydrographique, la commune de Nikki est très peu arrosée en cours d’eau. On y distingue deux cours d’eau qui sont des affluents du fleuve Ouémé auxquelles s’ajoutent de nombreuses sources qui ne résistent pas à la saison sèche.
Figure 1 : Localisation de la zone d’étude.
Source : Houngnihin, 2006.
2.2.Choix du milieu d’étude
Dans la commune de Nikki, l’élevage est une activité en pleine expansion. Les ressources en la matière se composent de bovins, de volailles, de caprins, d’ovins et de porcins. La forte concentration du cheptel national, les possibilités de transformation, la forte demande en viande, l’existence d’un cadre institutionnel pour les éleveurs et les revenus qu’il procure font de l’élevage un secteur d’avenir dans cette région (Houngnihin, 2006). Ainsi, compte tenu de la forte concentration du cheptel national dans cette région, nous avons orienté notre recherche dans la commune de Nikki.
2.3.Choix des élevages
Les élevages identifiés, sont des élevages au sein desquels il y a des veaux âgés de moins d’une semaine, de vaches gestantes perceptibles à l’œil nu et où les agents vétérinaires observent le plus souvent les cas de diarrhées néonatales. Ainsi, 29 troupeaux ont été choisis au total, 7 par localité (Biro, Nikki centre et Ouénou) excepté Tasso où 8 troupeaux ont été choisis.
2.4.Choix des veaux
Le veau est normalement appelé nouveau-né pendant la période qui s’étend de la naissance au sevrage, période préparant l’individu à sa vie autonome. C’est une période d’adaptation au milieu extérieur avec une pathologie particulière. Dans le cadre de notre étude, nous nous sommes limités au veau de 0 à 2 mois d’âge. En effet c’est pendant cette période où le veau est le plus fragile, où sa résistance est la plus faible.
2.5. Matériel de travail 2.5.1. Matériel biologique
Le matériel biologique est représenté par: les déjections diarrhéiques de 33 veaux âgés de 0 à 2 mois.
2.5.2. Matériels techniques 2.5.2.1.Matériels de terrain
Les matériels utilisés sur le terrain dans le cadre du prélèvement étaient constitués d’écouvillons stériles, de gans de fouille, de glacière, de marqueurs, de conservateurs de froid et de fiches de suivi.
2.5.2.2.Matériels de laboratoire 2.5.2.2.1. Milieux de culture
Chaque écouvillon a été ensemencé à la fois sur une boite de gélose au sang et une boîte de gélose Mac Conkey. Puis incubé à 37°C durant 24h. Ensuite les colonies ayant poussé sont purifiées avant d’être repiquées sur une gélose nutrient pour subir le test d’orientation (coloration de Gram, mobilité, oxydase). En fin la grande galerie commerciale (Analytical Profil Index (API)) a été utilisée pour l’identification des bactéries.
2.5.2.2.2. Matériels de coprologie
Pour l’analyse coprologique des matières fécales, nous avons utilisé : un microscope photonique, un réfrigérateur, un mortier, un bécher de 100 ml, un tamis en métal à mailles de
150µm, une balance de précision d’une capacité de 220g et d’une précision de 10-4, des gants de fouille, du chlorure de sodium (sel de cuisine), pipette, cellules de McMaster.
2.6. Méthode de travail 2.6.1. Collecte de données
L’étude a porté sur des veaux présentant une diarrhée néonatale, âgés de 0 à 2 mois. Les prélèvements de matières fécales ont été réalisés dans 29 troupeaux au total. Ces prélèvements ont été faits selon la tranche d’âge des veaux comme suit : 0 à 15 jours ; 15 à 30 jour ; 30 à 45 jours et 45 à 60 jours. Le passage dans chaque exploitation s’est fait deux fois par semaine à partir de la naissance du veau. Deux types de prélèvements ont été réalisés. Le premier se fait à partir de l’écouvillon stérile qu’on introduit dans le rectum des veaux qui présentent des signes de diarrhée pour y récupérer la matière fécale du veau en vue d’une analyse bactériologique. Le second consiste à introduire les gans de fouille dans le rectum du veau pour y prélever sa matière fécale destinée aux analyses coprologiques (pour la recherche de protozoaires et d’helminthes). Chaque type de prélèvement ainsi réalisé est conservé dans une glacière muni de carbo-glace, puis acheminé au Laboratoire de Diagnostic Vétérinaire et de Séro-surveillance de Parakou (LADISERO) pour analyse.
Au total 33 prélèvements de matières fécales ont été réalisés, dont 8 à Biro, 11 à Nikki centre, 7 à Ouénou et à Tasso. Lors des prélèvements, certaines informations sont notées : l’âge du veau au moment du prélèvement, l’état général de l’animal, à travers la fiche de suivi (annexe1).
2.6.2. Analyse de laboratoire 2.6.2.1. Observation microscopique 2.6.2.1.1. Ensemencement sur gélose
Les prélèvements faits à l’aide des écouvillons sont ensemencés sur la gélose au sang et sur la gélose Mac Conkey puis incubés à l’étuve à 37 °C pendant 24 heures. A partir de cet instant, les colonies de bactéries qui ont poussé sur la gélose sont utilisées pour réaliser le Test d’orientation (mobilité, catalase, oxydase, coloration de Gram).
2.6.2.1.2. Identification
L’identification des souches de bactéries isolées a été faite par les méthodes classiques décrites par Barrow et Feltham (1993) :
Pré identification à l’aide de mini galerie (Maltose, salicine, lactose, indol, H2S).
Identification par la grande galerie commerciale API20E suivant les instructions du fabricant.
2.6.2.1.3. Examen coprologique des matières fécales
La numérisation des œufs a été faite par la méthode de McMaster (Thienpont et al., 1995) (protocole en annexe 2).
L’identification des œufs de parasites a été faite en se basant sur les caractéristiques morphologiques décrites par Beugnet et al., 2004.
2.6.3. Analyses statistiques
Les données collectées ont été analysées avec le logiciel Statistica. Les fréquences ont été comparées deux-à-deux par le test bilatéral de Z. Pour chaque fréquence relative, un intervalle de confiance ICP à 95% a été calculé selon la formule: ICP=1,96*√ où P est la fréquence relative et N la taille de l’échantillon.