Les communautés fongiques de différentes guildes ont des caractéristiques écologiques dissemblables, ce qui entraîne des règles d’assemblage des communautés relatives aux guildes : voir l’ensemble des manuscrits et ladiscussion générale.
] On peux séparer la communauté des champignons saprotrophes et celle des champignons ECM en fonction des ressources limitantes partagées (par ex. la cellulose et la lignine dans un cas, le carbone de l’hôte et les nutriments pour l’autre). Par ailleurs, les feux de surface impactent la litière et la matière organique mais peu les arbres. En revanche, les feux de couronne détruisent complètement la végétation en produisant en partie de la matière organique à décomposer.
I
8 Par conséquence, on peut s’attendre à ce qu’un feu de surface affecte plus les champignonssaprotrophiques qu’ECM alors qu’un feu de couronne marque plus les communautés de champignons ECM que saprotrophiques.
] Les champignons ectomycorhiziens (chapitres III et IV) sont toujours des organismes multicellulaires, pour beaucoup de plus grande taille et avec des cycles de vie plus long que les champignons endophytiques foliaires (CEF ; manuscrit HW). On peux s’attendre à des facilités de dispersion moins fortes chez les champignons ECM que chez les CEF et donc une importance de la dispersion plus forte dans l’assemblage de ces communautés (tableauI.5).
] Le dialogue complexe de l’interaction entre la plante et les champignons mycorhiziens (Martin et coll.2001; Martin et coll.2008) milite pour une spécificité d’hôte plus forte que chez les endophytes, et donc un filtre externe (voir Fig.I.5), induit par l’hôte, plus important pour la symbiose ECM (tableauI.5).
Hypothèse alternative : Les champignons en général suivent des règles d’assemblage similaires quelles que soient leur préférences d’habitats et de ressources. Dans ce cas, il est probable que les ressemblances évoquées dans l’introductionsuffisent à rendre les différences entre guildes de champignons inconsistantes en ce qui concerne les règles d’assemblage des communautés.
Tableau I.5 – Importance hypothétique des règles d’assemblage en fonction des guildes de champignons : Les classifications des processus d’assemblage sont issues des figuresI.5(doubles flèches noires) etI.6(en gris).
I
8Avancement des travaux - Works progress
Une série de séquençage est encore en cours sur la plateforme Illumina en Allemagne. Cette série comporte tous les échantillons d’apex mycorhiziens et quelques échantillons de sol concernant la question du feu. Les résultats des
manuscritsDetGsont donc préliminaires63et incomplets64.
We are waiting for the second run of Illumina sequencing containing all samples of mycorrhizal root tips and several
soil samples of Corsican pine. DraftsDetGare therefore preliminary and incomplete.
• Publications en auteur principal (Premier ou dernier auteur) - publications in first/last author
– Manuscrit A : "Mycorrhizas: Dynamic and complex networks of power and influence" =
– Manuscrit B : "Beyond ectomycorrhizal bipartite networks: Projected networks demonstrate contrasted patterns
between early- and late-successional plants in Corsica" =
– Manuscrit K : "cati: An R package using functional traits to detect and quantify multi-level community assembly
processes" =
• Manuscrits à soumettre sous peu (dans l’ordre de soumission prévu) - Manuscripts to submit shortly (in the order of
planned submission) :
– Manuscrit F : "Review on fire effects on ectomycorrhizal symbiosis, an unachieved work for a scalding topic"
– Manuscrit I : "Xylobolus subpileatus, a hyper-specialized basidiomycete functionally linked to old canopy gaps"
– Manuscrit E : "Using ectomycorrhizal bipartite networks for the conservation of fungal diversity: an indices-based
approach"
– Manuscrit C : "Why two plant species share as many ectomycorrhizal species at regional scale? A history of
phylogeny, coexistence but not climate."
– Manuscrit H : "Finding fungi in a needle stack: contrasted α- and β-diversity of endophytic Ascomycetes in
Mountainous pine forests"
• Manuscrit en cours d’écriture, analyses terminées - Manuscript in writing, data analysis done :
– "Soil saprobic fungal community assembly: effect of fire and forest species composition" (Projet de manuscrit J)
(draft in progressin appendix)
• Manuscrits en attente de données complémentaires - Waiting for additional data :
– "Effect of fire on ECM fungal communities in soil and roots of Pinus nigra subsp. laricio (Corsica, France)" (Projet
de manuscrit G)
– "Effect of host taxonomy and coexistence on ectomycorrhizal fungal communities" (Projet de manuscrit D)
• Publications en collaboration - Publications in collaboration
– Manuscrit L : "A global meta-analysis of the relative extent of intraspecific trait variation in plant communities" =
– Manuscrit M : "Whose truffle is this? Distribution patterns of ECM fungal diversity in Tuber melanosporum brûlés
developed in multi-host Mediterranean plant communities" =
– Manuscrit N : "Into the functional ecology of ectomycorrhizal communities: environmental filtering of enzymatic
activities" =
– Manuscrit O : "Ectomycorrhizal fungi are shared between seedlings and adults in a monodominant Gilbertiodendron
dewevrei rainforest in Cameroon"
63. Il manque quelques échantillons de sol, en particulier pour la question du temps de résilience des communautés
fongiques face au feu
Échantillonnages et analyses
«
[...] je me figurais volontiers que la source devait être dans ce nom inconnu et si doux de « Champi » qui mettait sur l’enfant, qui le portait sans que je susse pourquoi, sa couleur vive, empourprée et charmante.»
Marcel Proust, Du côté de chez Swann, 1913
II
1Préambule : En ce qui concerne l’échantillonnage des endophytes du pin laricio et des champignons décomposeurs du genre Xylobolus, se référer aux manuscrits pages194et225. Merci à nos amis insulaires de Corse (CBNC) et d’Outre Manche (British Mycological Society) pour leur aide décisive sur le terrain.