LA DIAGEN ` ESE PR ´ ECOCE 13

que cette suite de r´eactions id´eales et ces zones se chevauchent tr`es souvent (Canfield et al., 1993). L’origine et la r´eactivit´e de la MO influencent la vitesse des r´eactions, des processus de transport et de m´elange tr`es vari´es peuvent apparaˆıtre et de ce fait, les s´ediments cˆotiers sont tr`es h´et´erog`enes.

Les processus diag´en´etiques ont une influence majeure sur le syst`eme des carbonates, notam-ment sur la production ou consommation de DIC et TA et sur le pH. Le tableau 1.1 regroupe les r´eactions diag´en´etiques principales, leur effet sur le ratio TA/DIC produit et leur impact sur le pH et Ω.

1.3.4 Processus a´erobiques

L’oxyg`ene est l’oxydant qui fournit le maximum d’´energie aux organismes par la min´erali-sation de la mati`ere organique (Froelich et al., 1979; Glud, 2008; Canfield and Thamdrup, 2009; Burdige, 2011). Par cons´equent, l’oxyg`ene est consomm´e `a la surface du s´ediment, soit directement par min´eralisation oxique, soit en r´e-oxydant des esp`eces r´eduites produites pen-dant la diagen`ese ana´erobique. Par ce fait, la consommation de l’oxyg`ene est un bon proxy pour estimer la quantit´e de MO min´eralis´ee si tous les oxydants r´eduits par la min´eralisation ana´erobique sont r´eoxyd´es par l’oxyg`ene dans le s´ediment (Glud, 2008).

Dans les s´ediments cˆotiers, la profondeur de p´en´etration de l’oxyg`ene (OPD) dans le s´ediment n’est que de quelques millim`etres, ce qui n´ecessite des techniques de mesure de tr`es haute r´esolution. L’emploi de micro´electrodes d’oxyg`ene a men´e `a la d´ecouverte d’une couche diffu-sive (diffudiffu-sive benthic boundary layer) au dessus de la surface du s´ediment `a travers laquelle la concentration d’oxyg`ene commence `a d´ecroitre. L’´epaisseur de cette couche d´epend de la rugosit´e de la surface du s´ediment et de l’agitation de l’eau `a sa surface. Sa hauteur d´epasse rarement 1 mm, mais sa pr´esence diminue l’amplitude des flux diffusifs de 5 `a 30 %(Glud, 2008).

La respiration oxique consomme de l’O2 et produit du DIC, ce qui entraine une baisse du pH (tableau 1.1, R3). Par contre, la production de TA par la respiration oxique est nulle (si on fait abstraction de loxydation des acides amin´ees). La r´eoxydation des esp`eces r´eduites (R4-7) diminue encore plus le pH des eaux interstitielles, seulement en pr´esence de bact´eries ´electrog`enes (cable bacteria), les pH peut augmenter dans la couche oxique (Rao et al., 2016). Il a ´et´e d´emontr´e que le pH atteint une valeur minimale `a la base de la couche oxique (Cai

14 CHAPITRE 1. INTRODUCTION

et al., 1995; Wenzh¨ofer et al., 2001). Cette baisse de pH diminue fortement Ω et peut entrainer la dissolution des carbonates de calcium (Mucci et al., 2000; Burdige et al., 2008, 2010). Si la dissolution des carbonates se produit, elle entraine la production de TA qui contribue `a tamponner le pH de l’eau de mer.

CaCO₃+ H₂O + CO₂ ⇋Ca²⁺+ 2HCO⁻₃ (1.6)

Dans les s´ediments cˆotiers, l’oxyg`ene disponible est souvent insuffisant pour min´eraliser la totalit´e de la MO pr´esente. Ainsi, la respiration ana´erobique prend une place importante dans la min´eralisation benthique de ces r´egions.

1.3.5 Processus ana´erobiques

Les processus ana´erobiques produisent `a la fois du DIC et du TA et leur influence sur le pH peut ˆetre multiple. Juste en dessous de la couche oxique se trouve la couche de r´eduction des nitrates, o`u la min´eralisation par d´enitrification domine. Pour une mole de carbone min´eralis´e, la d´enitrification produit une mole de DIC et 0.8 mole de TA, ce qui entraine une l´eg`ere baisse de pH et de Ω (R8). En revanche, la min´eralisation de la MO par r´eduction du mangan`ese-III,IV (R9) et du fer-III (R10) augmente le pH de mani`ere significative (Cappellen and Wang, 1996).

La voie m´etabolique ana´erobique dominante dans les s´ediments cˆotiers est la sulfato-r´eduction (R11) par le fait que la concentration de sulfates dans l’eau de mer est tr`es importante par rapport aux concentrations de nitrates, oxides de fer et de mangan`ese. La sulfato r´eduction produit autant de DIC que de TA (Ben-Yaakov, 1973; Gaillard et al., 1989; Burdige, 2006; Krumins et al., 2013). L’impact de la sulfato-r´eduction sur Ω est sujet de discussion, car th´eoriquement elle entraine une baisse de pH et devrait ainsi faire diminuer Ω (Jourabchi et al., 2005; Soetaert et al., 2007). N´eanmoins, des mesures montrent que la sulfato-r´eduction est souvent accompagn´ee par la pr´ecipitation de carbonates de calcium (Gaillard et al., 1989; Mucci et al., 2000; Burdige, 2011; Mackenzie et al., 2011).

1. 3. LA D IA G E N `E S E P R ´E C O C E 15

Table 1.1 – R´eactions diag´en´etiques et leur effet sur le syst`eme des carbonates

Reaction ∆ TA/∆ DIC ∆pH ∆Ω

Chimie des carbonates

R1 Dissolution et dissociation du CO₂ CO₂ + H₂O↔ H2CO₃ ↔ HCO⁻3 + H⁺ ↔ CO²⁻3 + 2H⁺ -

-R2a Dissolution des carbonates CaCO₃ + H₂O + CO₂ → Ca2+ + 2HCO⁻₃ 2/1 + +

R2b Precipitation des carbonates Ca²⁺ + 2HCO⁻₃ → CaCO3 + H2O + CO2 -2/-1 -

-Min´eralisation a´erobique et r´eoxydation d’esp`eces r´eduites

R3 Min´eralisation aerobique CH₂O + O₂ → HCO⁻3 + H⁺ 0/1 -

-R4 Nitrification NH⁺₄ + 2O₂ → NO⁻3 + H₂O + 2H+ -2/0 -

-R5 Oxydation du fer-II 4Fe²⁺ + O2 + 10H2O → 4Fe(OH)3 + 8H⁺ -8/0 -

-R6 Oxydation du manag`ese-II 2Mn2+ + O₂ +2H₂O → 2MnO2 + 4H+ -4/0 -

-R7 Oxydation des sulfures HS⁻ + 2O2 → SO²⁻4 + H⁺ -2/0 -

-Min´eralisation ana´erobique

R8 D´enitrification CH2O + 0.8NO⁻₃ + 0.8H⁺ → CO2 + 0.4N2 + 1.4H2O 0.8/1 -

-R9 R´eduction du mangan`ese-IV CH₂O +2MnO₂ + 3H+ → HCO⁻3 + 2Mn2+ + H₂O 4/1 + +

R10 R´eduction du fer-III CH2O + 4Fe(OH)3 + 7H⁺ → HCO⁻3 + 4Fe²⁺ + 10H2O 8/1 + +

R11 R´eduction des sulfates CH₂O + ¹₂SO²⁻₄ → HCO⁻3 + ¹₂HS− + ¹₂H⁺ 1/1 - +

R12 Oxydation du m´ethane anaerobique CH4 + SO²⁻₄ → HS⁻ + HCO⁻₃ + H2O 2/1 + +

R13 M´ethanogen`ese CH₂O → ¹₂CH₄ + ¹₂CO₂ 0/0.5 -

-Pr´ecipitation des sulfures de fer

R14 Pr´ecipitation de FeS Fe²⁺ + HS− → FeS + H⁺ -2/0 -

-R15 FeS pr´ecip. + SO²⁻₄ recylc. 8Fe(OH)3 + 9HS⁻ + 7H⁺ → 8FeS + SO²⁻4 + 20H2O -2/0 + + R16 Pr´ecipitation de pyrite 8Fe(OH)₃ +15HS− + SO²⁻₄ + 17H⁺ → 8FeS2 + 28H₂O 2/0 + +

16 CHAPITRE 1. INTRODUCTION

La cl´e de ce d´ebat se trouve dans la mani`ere dont les produits s´econdaires de la sulfato-r´eduction (HS−) sont ´elimin´es et de l’´etat d’oxydation de la MO. Plus la MO est r´eduite, plus le rapport TA/DIC produit sera elev´e. Le cas extrˆeme est l’Oxydation Anaerobique du M´ethane (AOM ; R12) qui provoque une forte production de TA et une augmentation importante de Ω (Burdige and Komada, 2011). Les sulfures peuvent `a leur tour r´eagir avec du fer-II, III et pr´ecipiter sous forme de sulfures de fer-II (R14-16). Cette pr´ecipitation peut aussi d´eclencher la pr´ecipitation de carbonates (Gaillard et al., 1989; Mucci et al., 2000).

La pr´ecipitation des esp`eces r´eduites dans les couches anoxiques du s´ediment permet l’´etablissement d’un fort gradient de TA, ce qui maintient un flux de TA vers les eaux qui est `a l’origine de la pompe ana´erobique (Thomas et al., 2009).

1.4 L’´etat d’oxydation de la mati`ere organique

Le POC dans les s´ediments peut d´ej`a ˆetre partiellement r´eduit avant d’ˆetre min´eralis´e dans le s´ediment par les bact´eries. On peut d´efinir une valeur ox pour exprimer l’´etat d’oxydation de la mati`ere organique ou l’exc`es en ´electrons du carbone. Si ox = 0, les atomes de carbone sont completement oxid´es et si ox = -4 ils sont enti`erement r´eduites (cas du m´ethane). Cet ´etat d’oxydation impacte les bilans des r´eactions diag´en´etiques du tableau 1.1. Par exemple Burdige and Komada (2011) ont montr´e que ox est directement li´e `a la quantit´e ∆SO²⁻₄ de sulfates necessaires pour m´etaboliser de la MO par r´eduction des sulfates et donc produire ∆DIC : −^∆DIC ∆SO²⁻₄ ·^D_D^C S = ⁸ 4 − ox ^(1.7)

avec D_S/C le co´efficient de diffusion de DIC ou SO²⁻₄ dans le s´ediment corrig´e par rapport `

a la tortuosit´e.

1.5 Interactions entre l’acidification des oc´eans et la diagen`ese pr´ecoce

Selon Jourabchi et al. (2005), le pH est une variable principale de la diagen`ese pr´ecoce et ce param`etre contrˆole les ´equilibres thermodynamiques du syst`eme des carbonates. On peut donc s’attendre `a une variation des processus li´ee au pH dans les s´ediments si le pH varie dans les eaux de fond. En mˆeme temps, les s´ediments contiennent des stocks importants de