La détermination des espèces indicatrices

3.2.1 La méthode IndVal

Les espèces indicatrices sont caractéristiques de groupes de sites. A partir des

différents groupes de l’ARM, la méthode IndVal (Dufrêne & Legendre 1997) a été appliquée.

Les calculs ont été effectués à partir des abondances relatives et non avec une matrice de

présence-absence. Une espèce sera d’autant plus indicatrice qu’elle appartient à un seul

groupe (spécificité=A) et si elle est présente sur les sites de ce groupe (fidélité=B). La valeur

indicatrice, IndVal, est le produit de A par B. A est la moyenne de l’abondance de l’espèce

considérée dans le groupe considéré divisée par la somme des valeurs moyennes de tous les

groupes. B est la fréquence relative d’occurrence de l’espèce dans le groupe considéré. De

Càceres (2009) préfère l’emploi des termes de contribution pour A et de bioindication pour B

pour éviter les confusions avec les termes employés en phytosociologie. Une espèce est

d’autant plus bio-indicatrice quand elle a une bonne valeur prédictive (A élevée) et qu’elle

peut être facilement trouvée (B élevée).

Les résultats IndVal concernant les 11 groupes définis par l’ARM sont regroupés dans le

tableau suivant. 124 espèces sont considérées comme espèces indicatrices par cette méthode

(Tableau 10). La valeur IndVal.g correspond à la racine carrée de la valeur IndVal.

Les taxons avec l’IndVal le plus élevé pour chacun des groupes ont été choisis pour montrer

leur distribution selon différents paramètres. Les exemples des paramètres altitude et

concentration en calcium (figures 29 et 30) montrent bien une répartition plus ou moins

étendue (notion d’ubiquité) selon les taxons appartenant aux différents groupes.

99

Tableau 10. Les espèces indicatrices (méthode IndVal) des 11 groupes finaux retenus par l’ARM.

Cod e

tax on A B Indval Indval.g p.value ^{C ode} _{t axo n} A B Indval Indval.g p.value ^{Co de} _{ta xo n} A B Indval Indval.g p.value ^{Co de} _{ta xon} A B Indval Indval.g p.value ^{Cod e} _{tax on} A B Indval Indval.g p.value RHIR 0,460 1,000 0,460 0,678 0,001 PTLA 0,602 0,800 0,482 0,694 0,001 BBRE 1,000 1,000 1,000 1,000 0,001 NINC 0,702 0,846 0,594 0,771 0,001 ECP1 0,999 0,857 0,857 0,926 0,001 GMMI 0,721 0,556 0,401 0,633 0,002 GBBO 0,566 0,700 0,396 0,629 0,010 CRCD 1,000 1,000 1,000 1,000 0,001 ADEG 0,796 0,692 0,551 0,742 0,001 ADNA 0,599 1,000 0,599 0,774 0,001 NCPR 0,449 0,889 0,399 0,631 0,001 GMAS 0,535 0,600 0,321 0,566 0,029 EMIN 0,994 1,000 0,994 0,997 0,001 CMEN 0,804 0,615 0,495 0,704 0,001 ADBE 0,601 0,857 0,515 0,718 0,001 GCLE 0,342 1,000 0,342 0,585 0,003 KBEB 0,992 1,000 0,992 0,996 0,001 NAS8 0,685 0,615 0,422 0,649 0,002 ADCT 0,814 0,571 0,465 0,682 0,001 NTRO 0,338 1,000 0,338 0,581 0,001 STB1 0,973 1,000 0,973 0,987 0,001 GPAS 0,910 0,462 0,420 0,648 0,002 FRA2 0,433 0,857 0,371 0,609 0,003

C ode

t axo n A B Indval Indval.g p.value EEXI 0,998 0,833 0,832 0,912 0,001 MAPE 0,835 0,462 0,385 0,621 0,028 NNOT 0,494 0,714 0,353 0,594 0,002 GBRA 0,804 1,000 0,804 0,897 0,001 CHS1 0,992 0,833 0,826 0,909 0,001 NSN1 0,985 0,385 0,379 0,616 0,001 EUN2 1,000 0,286 0,286 0,535 0,004 Cod e

tax on A B Indval Indval.g p.value EADN 0,782 1,000 0,782 0,884 0,001 ESTI 1,000 0,667 0,667 0,817 0,001 NMIC 1,000 0,308 0,308 0,555 0,005 FRA3 0,392 0,714 0,280 0,529 0,019 NSTS 0,641 0,978 0,627 0,792 0,001 GARB 0,687 0,800 0,550 0,742 0,001 FCRS 1,000 0,667 0,667 0,817 0,001 CATO 0,992 0,308 0,305 0,552 0,006 GSCL 0,404 0,571 0,231 0,480 0,021 CAEX 0,493 0,711 0,350 0,592 0,004 NXX5 0,847 0,600 0,508 0,713 0,001 CSBM 1,000 0,500 0,500 0,707 0,001 FSAP 0,546 0,538 0,294 0,542 0,016

NDIS 0,647 0,533 0,345 0,588 0,003 CEUG 0,356 1,000 0,356 0,596 0,001 FRU4 1,000 0,500 0,500 0,707 0,001 NVEN 0,910 0,308 0,280 0,529 0,008

DVUL 0,544 0,489 0,266 0,516 0,019 GAGV 0,865 0,400 0,346 0,588 0,003 EBOT 0,999 0,500 0,500 0,707 0,001 NRIE 0,908 0,308 0,279 0,529 0,006 ^{Cod e} _{tax on} A B Indval Indval.g p.value NTPT 0,389 0,578 0,225 0,474 0,013 COC1 0,856 0,400 0,342 0,585 0,003 EBI2 0,999 0,500 0,499 0,707 0,001 FPYG 1,000 0,231 0,231 0,480 0,008 HGHA 0,794 0,857 0,681 0,825 0,001 NFON 0,446 0,489 0,218 0,467 0,022 PRS1 0,321 1,000 0,321 0,566 0,010 FRU6 0,980 0,500 0,490 0,700 0,001 KAAM 1,000 0,231 0,231 0,480 0,007 NAS3 0,994 0,571 0,568 0,754 0,001 ECIL 0,950 0,222 0,211 0,459 0,020 NCRX 0,756 0,400 0,302 0,550 0,011 EUN9 0,978 0,500 0,489 0,699 0,001 NBRL 1,000 0,231 0,231 0,480 0,008 NZBO 0,502 1,000 0,502 0,709 0,001 CPED 0,501 0,378 0,189 0,435 0,038 NZS9 0,572 0,400 0,229 0,478 0,020 NUP1 1,000 0,333 0,333 0,577 0,002 NGRT 1,000 0,231 0,231 0,480 0,007 HVEN 0,986 0,429 0,423 0,650 0,002 GOM6 1,000 0,200 0,200 0,447 0,026 EBI1 0,989 0,333 0,329 0,574 0,002 NNYS 1,000 0,231 0,231 0,480 0,007 SMN1 0,962 0,429 0,412 0,642 0,001 FRA6 0,949 0,200 0,190 0,436 0,035 FRU1 0,902 0,333 0,301 0,548 0,004 NZSU 0,988 0,231 0,228 0,477 0,017 TDEB 0,920 0,429 0,394 0,628 0,002 Cod e

tax on A B Indval Indval.g p.value NZY2 0,878 0,200 0,176 0,419 0,024 ENS1 0,758 0,333 0,253 0,503 0,010 NUMB 0,981 0,231 0,226 0,476 0,010 NFIC 0,830 0,429 0,356 0,596 0,004 CSMU 1,000 0,167 0,167 0,408 0,048 NZX0 0,971 0,231 0,224 0,473 0,023 APED 0,346 1,000 0,346 0,588 0,002 EUN8 1,000 0,167 0,167 0,408 0,048 STHE 0,933 0,231 0,215 0,464 0,013 DSUN 1,000 0,286 0,286 0,535 0,002 C ode

t axo n A B Indval Indval.g p.value EUNZ 1,000 0,167 0,167 0,408 0,049 DPUE 0,925 0,231 0,214 0,462 0,009 NSLC 0,642 0,429 0,275 0,525 0,006 Cod e

tax on A B Indval Indval.g p.value PRBU 0,864 0,867 0,749 0,865 0,001 FRU5 1,000 0,167 0,167 0,408 0,048 ESBM 0,620 0,308 0,191 0,437 0,036 NJUA 0,951 0,286 0,272 0,521 0,010 EORU 0,556 0,933 0,519 0,720 0,001 CTRO 0,745 0,489 0,364 0,604 0,021 NXX3 1,000 0,167 0,167 0,408 0,049 ACOP 0,822 0,231 0,190 0,436 0,035 SPIN 0,611 0,429 0,262 0,512 0,013 GMIN 0,511 0,867 0,443 0,665 0,001 MVAR 0,371 0,867 0,322 0,567 0,009 CHS3 0,957 0,167 0,160 0,399 0,040 TAPI 0,571 0,308 0,176 0,419 0,030 GSC2 0,863 0,286 0,246 0,496 0,009 NESC 0,542 0,667 0,362 0,601 0,004 AMUS 0,490 0,578 0,283 0,532 0,012 EUN5 0,833 0,167 0,139 0,373 0,047 NXX1 1,000 0,154 0,154 0,392 0,043 NZS7 0,785 0,286 0,224 0,474 0,012 NCRY 0,452 0,667 0,301 0,549 0,012 EOMI 0,279 1,000 0,279 0,528 0,015 FMER 0,992 0,154 0,153 0,391 0,042

NGRE 0,359 0,800 0,287 0,536 0,017 ESLE 0,830 0,333 0,277 0,526 0,005 NVDA 0,489 0,533 0,261 0,511 0,029 ARPT 0,387 0,689 0,266 0,516 0,023 NSOL 0,477 0,533 0,254 0,504 0,028 NAS2 0,493 0,444 0,219 0,468 0,049 FRA1 0,334 0,733 0,245 0,495 0,021 NQDJ 0,733 0,244 0,179 0,423 0,046 CDMN 0,847 0,267 0,226 0,475 0,019 NIPF 0,947 0,200 0,189 0,435 0,013 Groupe 12 Groupe 4 Groupe 5 Groupe 8 Groupe 15 Groupe 7 Aucun Groupe 16 Groupe 19 Groupe 20 Groupe 21 Groupe 11

3. Les communautés

100

Figure 29. Les espèces indicatrices (IndVal le plus élevé) de chaque groupe et leurs répartitions selon l’altitude. Entre parenthèses est

indiqué le numéro du groupe auquel appartient le taxon (code).

BBRE (15)

EADN (20)

ECP1 (16)

NSTS (5)

GBRA (20)

GMMI(4)

PTLA (19)

RHIR (4)

PRBU (21)

EORU (8)

NINC (11)

ADEG (11)

HGHA (12)

101

Figure 30. Les espèces indicatrices (IndVal le plus élevé) de chaque groupe et leurs répartitions selon la concentration en Calcium. Entre

parenthèses est indiqué le numéro du groupe auquel appartient le taxon (code).

BBRE (15)

EADN (20)

ECP1 (16)

NSTS (5)

GBRA (20)

GMMI(4)

PTLA (19)

RHIR (4)

PRBU (21)

EORU (8)

NINC (11)

ADEG (11)

HGHA (12)

3. Les communautés

102

3.2.2 Une extension de la méthode originale IndVal (De Càceres, 2010) – « IndVal

multipattern »

L’analyse des espèces bio-indicatrices peut être améliorée en considérant l’ensemble

des combinaisons possibles entre les groupes de sites et ainsi pouvoir sélectionner la

combinaison pour laquelle certaines espèces seront de meilleures indicatrices (De Càceres

2010). Cette méthode prend en compte le fait que la taille de la niche écologique varie selon

les espèces (Tsiripidis et al. 2009). Ainsi, certaines sont inféodées à un groupe alors que

d’autres peuvent être associées à plusieurs groupes. Une classification des sites peut être trop

rigide pour indiquer les préférences de niches des espèces du groupe. Cette méthode considère

toute la structure de la classification du niveau le plus élevé jusqu’aux groupes finaux. Pour

chaque espèce, la combinaison qui sera retenue et testée, avec une signification statistique, est

celle qui a l’association la plus forte.

103

Tableau 11. Les espèces indicatrices selon la méthode « IndVal multipattern ».

(les lignes grisées indiquent les changements de combinaisons de regroupement)

C o de

ta x on A B Indval Indval.g p.value Appartenance au Groupes

Eolimna minima EOMI

0,999 0,761 0,761 0,872 0,001 5+7+8+11+12+16+19+20+21

Appartenance à 9 groupes

C o de

ta x on A B Indval Indval.g p.value Appartenance au Groupes

Cocconeis euglypta CEUG

0,993 0,979 0,972 0,986 0,001 4+5+7+8+16+19+20+21

Appartenance à 8 groupes

Co d e

t a xo n A B Indval Indval.g p.value Appartenance au Groupes

Navicula cryptotenella NCTE

0,991 0,680 0,674 0,821 0,001 4+5+7+8+16+19+21

Rhoicosphenia abbreviata RABB

0,949 0,492 0,467 0,683 0,028 5+7+8+12+19+20+21

Fragilaria vaucheriae FVAU

0,984 0,576 0,567 0,753 0,001 5+7+8+16+19+20+21

Appartenance à 7 groupes

C o de

ta x on A B Indval Indval.g p.value Appartenance au Groupes

Rhopalodia hirundiniformis RHIR

0,942 0,799 0,752 0,867 0,001 4+5+7+8+19+20

Nitzschia palea NPAL

0,961 0,388 0,373 0,611 0,015 4+5+8+11+12+21

Appartenance à 6 groupes

C o de

ta x o n A B Indval Indval.g p.value Appartenance au Groupes

Nitzschia tropica NTRO

0,974 0,899 0,876 0,936 0,001 4+5+7+8+19

Gomphonema clevei GCLE

0,953 0,845 0,805 0,897 0,001 4+5+7+8+19

Amphora pediculus APED

0,955 0,562 0,537 0,733 0,001 4+5+8+11+12

Geissleria mascarenicensis GMAS

0,891 0,536 0,477 0,691 0,001 4+8+16+19+20

Gomphonema pumilum var.

rigidum ^GPRI

0,860 0,564 0,485 0,696 0,014 5+8+12+20+21

Nitzschia sp. n°36 NZBO

0,952 0,866 0,824 0,908 0,001 7+8+12+19+21

Navicula gregaria NGRE

0,969 0,543 0,526 0,725 0,001 7+8+12+19+21

Achnanthidium subhudsonis ADSH

0,976 0,559 0,546 0,739 0,002 7+8+16+19+21

Planothidium rostratum form. 1 PRS1

0,937 0,633 0,593 0,770 0,001 8+12+16+20+21

Geissleria bourbonensis GBOB

0,851 0,544 0,463 0,680 0,005 8+12+16+20+21

Appartenance à 5 groupes

Co d e

t a xo n A B Indval Indval.g p.value Appartenance au Groupes

Nitzschia fonticola NFON

0,941 0,337 0,317 0,563 0,006 4+5+8+19

Ulnaria lanceolata ULAN

0,778 0,500 0,389 0,624 0,009 4+16+20+21

Caloneis fontinalis CFON

0,947 0,321 0,304 0,552 0,04 5+8+12+21

Eolimna ruttneri EORU

0,898 0,589 0,529 0,727 0,001 7+8+12+21

Gomphonema bourbonense GBBO

0,938 0,588 0,551 0,742 0,001 7+8+19+20

Sellaphora seminulum SSEM

0,847 0,516 0,437 0,661 0,005 8+11+19+21

Achnanthes rupestoides ARPT

0,881 0,595 0,524 0,724 0,001 8+12+16+21

Melosira varians MVAR

0,896 0,875 0,784 0,885 0,001 8+16+20+21

Fragilaria sp. n°2 FRA2

0,959 0,625 0,600 0,774 0,001 8+16+20+21

Fragilaria sp. n°1 FRA1

0,799 0,611 0,488 0,699 0,001 8+16+20+21

Appartenance à 4 groupes

3. Les communautés

104

Tableau 12. Les espèces indicatrices selon la méthode « IndVal multipattern » (suite).

Co d e

t a xo n A B Indval Indval.g p.value Appartenance au Groupes

Navicula capitatoradiata NCPR

0,845 0,710 0,600 0,775 0,001 4+5+8

Navicula tripunctata NTPT

0,829 0,493 0,408 0,639 0,001 4+5+8

Cocconeis pediculus CPED

0,982 0,377 0,370 0,608 0,001 4+5+8

Nitzschia soratensis NSTS

0,873 0,932 0,814 0,902 0,001 4+5+19

Diadesmis confervacea DCOF

0,935 0,397 0,371 0,609 0,006 8+11+21

Navicula escambia NESC

0,950 0,567 0,539 0,734 0,001 8+12+21

Adlafia muscora AMUS

0,898 0,508 0,456 0,675 0,001 8+16+21

Navicula sp. n°2 NAS2

0,895 0,425 0,380 0,617 0,006 8+19+21

Diadesmis contenta DCOT

0,937 0,375 0,351 0,593 0,019 8+19+21

Mayamaea permitis MAPE

0,924 0,425 0,393 0,627 0,048 11+12+19

Achnanthidium sp. n°4 ADNA

0,914 0,807 0,738 0,859 0,001 16+20+21

Appartenance à 3 groupes

Co d e

t a xo n A B Indval Indval.g p.value Appartenance au Groupes

Cymbella excisa CAEX

0,935 0,685 0,641 0,800 0,001 4+5

Diatoma vulgaris DVUL

0,892 0,500 0,446 0,668 0,002 4+5

Gomphonema minutum GMIN

0,783 0,567 0,444 0,666 0,003 5+8

Nitzschia dissipata NDIS

0,871 0,467 0,406 0,638 0,001 5+8

Fistulifera saprophila FSAP

0,939 0,328 0,308 0,555 0,012 5+11

Staurosirella aff. pinnata SP I N

0,956 0,318 0,304 0,552 0,007 8+12

Cymbella tropica CTRO

0,892 0,467 0,416 0,645 0,01 8+21

Navicula aff. cryptocephala NCRY

0,795 0,517 0,411 0,641 0,002 8+21

Navicula vandamii NVDA

0,878 0,417 0,366 0,605 0,008 8+21

Nitzschia inconspicua NINC

0,980 0,700 0,686 0,828 0,001 11+12

Achnanthidium exiguum ADEG

0,913 0,700 0,639 0,800 0,001 11+12

Navicula salinicola NSLC

1,000 0,350 0,350 0,592 0,003 11+12

Achnanthidium palmeti sp. nov. ADBE

0,985 0,923 0,909 0,953 0,001 15+16

Gomphonema afrhombicum GARB

0,960 0,667 0,640 0,800 0,001 16+20

Navicula notha NNOT

0,848 0,667 0,565 0,752 0,001 16+20

Fragilaria sp. n°3 FRA3

0,723 0,583 0,422 0,650 0,001 16+20

Appartenance à 2 groupes

105

Tableau 13. Les espèces indicatrices selon la méthode « IndVal multipattern » (suite).

Taxo n ^{C ode}

tax on A B Indval Indval.g p.value Appartenance au Groupe

Gomphoneis minuta G MMI 0,721 0,556 0,401 0,633 0,004 4

Cyclotella meneghiniana C MEN 0,804 0,615 0,495 0,704 0,002 11

Navicula sp. n°8 N AS8 0,685 0,615 0,422 0,649 0,002 11

Gomphonema parvulum f.

saprophilum ^{G PAS} 0,910 0,462 0,420 0,648 0,001 11

Nitzschia sp. n°37 N SN1 0,985 0,385 0,379 0,616 0,001 11

Nitzschia microcephala N MIC 1,000 0,308 0,308 0,555 0,006 11

Cyclotella atomus C ATO 0,992 0,308 0,305 0,552 0,008 11

Halamphora ghanensis H GHA 0,794 0,857 0,681 0,825 0,001 12

Navicula sp. n°3 N AS3 0,994 0,571 0,568 0,754 0,001 12

Halamphora veneta H VEN 0,986 0,429 0,423 0,650 0,001 12

Seminavis sp. n°1 S MN1 0,962 0,429 0,412 0,642 0,001 12

Tryblionella debilis T DEB 0,920 0,429 0,394 0,628 0,002 12

Nitzschia conferta N FIC 0,830 0,429 0,356 0,596 0,002 12

Brachysira brebissonii B BRE 1,000 1,000 1,000 1,000 0,001 15

Crucicostulifera bebourensis sp.

nov. ^{C RCD} 1,000 1,000 1,000 1,000 0,001 15

Eunotia minor E MIN 0,994 1,000 0,994 0,997 0,001 15

Kobayasiella bebourensis K BEB 0,992 1,000 0,992 0,996 0,001 15

Stenopterobia sp. n°1 S TB1 0,973 1,000 0,973 0,987 0,001 15

Eunotia exigua E EXI 0,998 0,833 0,832 0,912 0,001 15

Chamaepinnularia sp. n°1 C HS1 0,992 0,833 0,826 0,909 0,001 15

Encyonema stigmoideum E STI 1,000 0,667 0,667 0,816 0,001 15

Frustulia crassinervia F CRS 1,000 0,667 0,667 0,816 0,001 15

Craticula submolesta C SBM 1,000 0,500 0,500 0,707 0,001 15

Frustulia sp. n°4 F RU4 1,000 0,500 0,500 0,707 0,001 15

Eunotia botuliformis E BOT 0,999 0,500 0,500 0,707 0,001 15

Eunotia bilunaris form. 2 E BI2 0,999 0,500 0,499 0,707 0,001 15

Frustulia sp. n°6 F RU6 0,980 0,500 0,490 0,700 0,001 15

Eunotia sp. n°9 E UN9 0,978 0,500 0,489 0,699 0,001 15

Nupela sp. n°1 N UP1 1,000 0,333 0,333 0,577 0,001 15

Eunotia bilunaris form. 1 E BI1 0,989 0,333 0,329 0,574 0,001 15

Frustulia sp. n°1 F RU1 0,902 0,333 0,301 0,548 0,003 15

Encyonopsis palmeti sp. nov. E CP1 0,999 0,857 0,857 0,926 0,001 16

Achnanthidium catenatum A DCT 0,814 0,571 0,465 0,682 0,002 16

Planothidium lanceolatum P TLA 0,602 0,800 0,482 0,694 0,001 19

Gomphonema brasiliense subsp.

pacificum ^{G BRA} 0,804 1,000 0,804 0,897 0,001 20

Epithemia adnata E ADN 0,782 1,000 0,782 0,884 0,001 20

Navicula sp. n°15 N XX5 0,847 0,600 0,508 0,713 0,001 20

Gomphonema angustivalva G AGV 0,865 0,400 0,346 0,588 0,001 20

Cocconeis sp. n°1 C OC1 0,856 0,400 0,342 0,585 0,003 20

Navicula aff. crassulexigua N CRX 0,756 0,400 0,302 0,550 0,010 20

Planothidium robustius P RBU 0,864 0,867 0,749 0,865 0,001 21 Appartenance à 1 groupe

106

95 espèces sont considérées comme espèces indicatrices en appliquant cette méthode. Une

sélection a été faite en ne gardant que celles dont l’IndVal était supérieur à 0,3. L’ARM est

une analyse permettant des prédictions et les informations obtenues sur les groupes de stations

peuvent alors s’appliquer aux espèces indicatrices caractéristiques de ces groupes. Plus un

groupe est floristiquement différent d’un autre, moins il existe de combinaisons avec un autre

groupe. Plus un groupe possède d’espèces indicatrices plus son degré d’unicité est élevé. Un

nombre élevé d'espèces indicatrices pour une combinaison de sites peut indiquer que les traits

écologiques de ces espèces sont particulièrement importants en tant que descripteur de ces

sites, et contribue également à distinguer ces sites des autres (Vilches 2013).

Le groupe 15 se démarque assez nettement des autres. 18 espèces indicatrices (Tableau 13) lui

sont inféodées comme Brachysira brebissonii ou Crucicostulifera bebourensis sp. nov.

(soumis). Ces espèces indiquent donc une eau avec un pH acide et très peu minéralisée avec

une concentration en Carbone Organique Dissous non négligeable. Une seule espèce,

Achnanthidium palmeti, est commune avec le groupe 16. Cette dernière se rapproche donc des

espèces de milieux plutôt acides, mais présente cependant une tolérance accrue à

l’augmentation de valeur des paramètres chlorure, calcium, sodium, conductivité et surtout

pH.

Le groupe 11 comme vu précédemment est composé de stations présentant des conditions

physico-chimiques qui la différencient bien des autres groupes. Elle présente 6 espèces

indicatrices qui lui sont propres : Cyclotella meneghiniana, Navicula sp. n°8, Gomphonema

parvulum f. saprophilum, Nitzschia sp. n°37, Nitzschia microcephala et Cyclotella atomus. De

nombreux taxons appartenant à ce groupe sont aussi reliés à d’autres groupes, et semblent

donc aussi indiquer une résistance notamment pour les concentrations élevées en ions

chlorures, calcium et sodium. Ils peuvent donc résister à des conductivités élevées, ainsi qu’à

des charges en azote (azote Kjeldahl élevée). C’est le cas d’Achnanthidium exiguum,

Amphora pediculus, Diadesmis confervacea, Eolimna minima, Fistulifera saprophila,

Mayamaea permitis, Navicula salinicola, Nitzschia palea, N. inconspicua et Sellaphora

seminulum.

Les espèces indicatrices du groupe 12 renseignent sur la présence en concentration non

négligeable des ions chlorure et sodium, mais d’un niveau quand même plus faible que le

groupe 11. Le groupe 12 se caractérise aussi par des valeurs en nitrates plus élevées que tous

les autres groupes. 6 taxons appartiennent exclusivement à ce groupe : Halamphora

ghanensis, H. veneta, Navicula sp. n°3, Nitzschia conferta, Seminavis sp. n°1 et Tryblionella

107

debilis. Certains taxons sont en commun à ce groupe et à d’autres et indiquent donc les

perturbations décrites plus haut. Il s’agit notamment d’Achnanthes rupestoides,

Achnanthidium exiguum, Amphora pediculus, Caloneis fontinalis, Eolimna minima, E.

ruttneri, Gomphonema bourbonense, G. pumilum var. rigidum, Mayamaea permitis, Navicula

escambia, N. gregaria, N. salinicola, Nitzschia inconspicua, N. palea, N. sp. n°36,

Planothidium rostratum form. 1, Rhoicosphenia abbreviata et Staurosirella aff. pinnata.

Encyonopsis palmeti sp. nov. (soumis) et Achnanthidium catenatum sont indicatrices du

groupe 16 et sont donc caractéristiques de milieux avec un pH neutre à faiblement basique et

peu minéralisés. Cocconeis sp. n°1, Epithemia adnata, Gomphonema angustivalva, G.

brasiliense subsp. pacificum, Navicula aff. crassulexigua et Navicula sp. n°15 sont

caractéristiques du groupe 20 et ont les mêmes préférences que les deux taxons

caractéristiques du groupe 16 avec une tolérance très légèrement plus forte aux ions calcium

et sodium. Gomphonema afrhombicum, Navicula notha et Fragilaria sp. n°3 appartiennent à

ces deux groupes.

Planothidium lanceolatum est la seule espèce appartenant au groupe 19 et est donc

caractéristique d’eaux à pH légèrement basique, faiblement à moyennement minéralisées avec

une conductivité d’environ 70 à 100 µS.cm^-1. Planothidium robustius est l’unique taxon

caractéristique du groupe 21, dont les préférences écologiques recoupent celles de P.

lanceolatum, mais se retrouvent sur des relevés de plus basse altitude et avec des

concentrations en chlorures un peu plus élevées.

Gomphoneis minuta est indicatrice du groupe 4 et se retrouve donc dans des eaux

minéralisées avec un pH fortement basique.

Aucun taxon indicateur n’appartient spécifiquement aux groupes 5, 7 et 8.

Les espèces indicatrices, exclusion faite de celles liées aux groupes décrits précédemment,

renseignent sur les paramètres du milieu selon leur appartenance aux différents groupes.

Eolimna minima, se retrouve dans tous les groupes à l’exception du 4 et du

15 c’est-à-dire ceux dont le pH est soit trop élevé, soit trop faible. Cette

espèce possède un spectre écologique assez large (euryèce) et est donc

tolérante aussi bien aux perturbations anthropiques (Azote Kjeldahl et

Nitrates) qu’à la minéralisation de l’eau.

108

Cocconeis euglypta se retrouve dans tous les groupes à l’exception des

milieux acides (groupe 15) ou présentant notamment des concentrations en

azote plus élevées (groupe 11 et 12). Elle s’accommode bien des conditions

modérément minéralisées caractéristiques des substrats de lave basaltique,

très représentées à la Réunion.

Navicula cryptotenella présente les mêmes caractéristiques que l’espèce

précédente tout en étant absente aussi du groupe 20, qui diffère des autres

par son altitude plus élevée.

Rhoicosphenia abbreviata suit le même schéma que Cocconeis euglypta

mais est absente du groupe 16, ce qui semble indiquer une sensibilité aux

concentrations les plus faibles en calcium et en sodium.

Fragilaria vaucheriae ne se retrouve pas indicatrice des groupes 15, 11 et

12, comme C. euglypta, mais est aussi absente du groupe 4, ce qui semble

indiquer qu’elle n’apprécie pas les pH les plus basiques.

Rhopalodia hirundiniformis est indicatrice de milieu dont le pH n’est pas

acide et où la concentration en azote est plutôt faible. Elle est peu sensible à

la minéralisation de l’eau en dehors des plus fortes valeurs mesurées sur les

relevés des groupes 11 et 12.

Nitzschia tropica et Gomphonema clevei se retrouvent dans des eaux plutôt

minéralisées avec des conductivités allant de 70 à 300 µS.cm^-1 environ et un

pH légèrement à très basique.

Geissleria mascarenicensis se retrouve dans des milieux avec un pH

basique à fortement basique et est tolérant vis-à-vis de la minéralisation de

l’eau.

Achnanthidium subhudsonis se retrouve dans les groupes indiquant des eaux

moyennement minéralisées avec une conductivité allant de 25 à

150 µS.cm^-1 et un pH de 7,3 à 8,5 environ.

Nitzschia fonticola est tolérante par rapport au pH à l’exception des pH trop

acides, et à la minéralisation de l’eau. Elle ne se retrouve pas dans les

groupes dont l’altitude est supérieure à 400 m.

109

Ulnaria lanceolata a les mêmes exigences physico–chimiques que Nitzschia

fonticola, mais se retrouve aussi à des altitudes plus élevées.

Geissleria bourbonensis se retrouve dans des milieux faiblement à

moyennement minéralisés avec une conductivité de 40 à 150 µS.cm^-1 avec

un pH plutôt basique.

Melosira varians, Fragilaria sp. n°1, F. sp. n°2 ont des caractéristiques

écologiques proches de Geissleria bourbonensis, mais se retrouvant dans

des eaux encore moins minéralisées.

Navicula capitatoradiata, N. tripunctata et Cocconeis pediculus préfèrent

les eaux plutôt fortement basiques et semblent tolérants à des eaux

minéralisées avec une conductivité de 100 à 300 µS.cm^-1.

Navicula sp. n°2 et Diadesmis contenta sont notamment assez tolérants à

des concentrations en chlorures non excessives et se retrouvent dans des

eaux avec une conductivité de l’ordre de 100–150 µS.cm^-1.

Achnanthidium sp. n°4 se retrouve plutôt dans des eaux avec un pH

légèrement basique et des conductivités variant de 30 à 120 µS.cm^-1.

Cymbella excisa et Diatoma vulgaris sont inféodés à des eaux plutôt

fortement basiques et minéralisées. Elles se retrouvent à des altitudes entre

200 et 400 m.

Gomphonema minutum et Nitzschia dissipata sont indicatrices d’eaux

minéralisées avec un pH supérieur à 8, mais inférieur à 9, ainsi qu’un TAC

de 5 à 13 °f.

Cymbella tropica, Navicula aff. cryptocephala et N. vandamii se trouvent

plutôt sur des sites de basses altitudes, dans des eaux basiques avec une

conductivité de 60 à 150 µS.cm^-1 et semblent avoir une certaine tolérance à

la concentration en ion chlorure en restant dans des gammes de valeurs non

excessives.

110

Dans le document Diatomées épilithiques des cours d’eau pérennes de l’île de la Réunion : taxinomie - écologie (Page 99-111)