L’environnement des animaux

Les litières

Différents matériaux comme la paille, la sciure, les copeaux de bois ou le papier, peuvent être utilisés comme litière. Comme nous l’avons indiqué précédemment, des différences de concentration microbienne ont été mises en évidence selon la nature de la litière. Ainsi, Rendos et al. (1975) ont montré que la paille présentait des niveaux en streptocoques et en staphylocoques 10 à 100 fois plus élevés que ceux dénombrés sur la sciure ou les copeaux de bois. Les niveaux de coliformes sont supérieurs pour la sciure à ceux des copeaux de bois et de la paille (tableau 14). La source des microorganismes est mal définie. Ces microorganismes peuvent provenir des matériaux utilisés comme litière ou d’autres sources de contamination comme les déjections ou la peau des animaux.

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Tableau 14 : Répartition des microorganismes dans les litières (ufc.g-1) et les trayons de vaches (ufc/trayon) après 1 à 3 semaines d’utilisation des litières (Rendos et al., 1975)

Sciure Copeaux de bois Paille

C ol if or m es T ot aux _{Litières 5,2.10} 7 6,6.10 6 3,1.10 6 Trayons 127 12 8 S tr ept oc oque s dont e nt ér oc oque s Litières 5, 3.107 1,1.107 8,6.106 Trayons 2064 717 383 S ta phyl oc oque s (dom na nc e S C N ) Litières 2, 2.109 3,1.108 4,9.107 Trayons 9064 7218 1366

61 D’après Reboux et al. (2001), la paille renferme entre 104 et 105 log10 ufc.g-1 de moisissures et d’actinomycètes. Parmi les 27 espèces de moisissures recensées par ces auteurs, Absidia corymbifera, Eurotium amstelodami, Wallemia sebi, Aspergillus fumigatus et Aspergillus nidulans constituent les 5 espèces les plus représentées avec quatre espèces de lactobacilles hétérofermentaires facultatifs (Lactobacillus coryniformis, L. curvatus, L. paraplantarum et L. plantarum). Comme on peut le constater, certaines de ces espèces ne sont pas majoritairement retrouvées au niveau des laits et fromages (notamment les moisissures), démontrant un tropisme particulier de certains microorganismes de l’environnement.

Les résultats de Ménard et al. (2004) indiquent que la contamination de la litière paillée, après utilisation, est supérieure à celle des bouses. Ceci suppose le développement microbien en surface des aires paillées, notamment pendant les douze premières heures de paillage. Il semble donc qu’un paillage biquotidien soit à privilégier pour limiter le développement des microflores d’altération ou potentiellement pathogènes.

Ainsi, les niveaux des populations en coliformes, streptocoques (dont entérocoques) et staphylocoques augmentent avec des taux pouvant aller de 10 à 106 selon les matériaux utilisés et les microorganismes (Rendos et al., 1975 ; Ménard et al., 2004 ; Zdanowicz et al., 2004).

Les substrats d’alimentation

Tout comme la paille, le foin contient des populations de moisissures et d’actinomycètes comprises entre 104 et 105 ufc.g-1 (Reboux et al., 2001). Les espèces majoritaires sont celles rencontrées dans la paille. Le niveau moyen des bactéries se situe autour de 103 ufc.g-1. On trouve essentiellement des bacilles Gram positif appartenant aux genres Bacillus et Corynebacterium, ainsi que des coques Gram positif. Parmi la microflore Gram positive, des lactobacilles hétérofermentaires facultatifs (L. amylovorus, L. coryniformis, L. curvatus, L. johnsonii. L. paracasei, L. paraplantarum, L. plantarum) et des bactéries propioniques (P. freudenreichii) ont été détectés (Bouton et al., 2007 ; Bouton, communication personnelle).

Dans les prairies de Normandie, des niveaux importants de Pseudomonas (106 à 108 ufc.g- 1

de végétaux) et d’entérobactéries (104 à 107 ufc.g-1 végétaux) ont été retrouvés. Parmi les microflores d’intérêts, les bactéries corynéformes (103 à 107 ufc.g-1) ainsi que des levures (103 à 106 ufc.g-1) étaient bien représentées, alors que les bactéries lactiques l’étaient

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moins. Seul, le génotype Lactococcus lactis subsp. lactis a été retrouvé sur les végétaux. Bouton et al. (2007) ont détecté plusieurs espèces de lactobacilles (L. paracasei, L. plantarum, L. paraplantarum) dans des échantillons d’herbe et de betterave fourragère après stockage.

L’air et la poussière

L’air peut être un vecteur potentiel des flores des litières et ensemencer le lait pendant la traite.

Dans les étables de vaches laitières, c’est la flore fongique ainsi que les actinomycètes qui dominent. Les niveaux des populations varient entre 103 et 106 ufc.m-3 d’air (Reboux et al., 2001 ; Sudre et al., 2009). Les principaux genres recensés sont Eurotium, Wallemia, Aspergillus, Penicillium, Absidia et Mucor. Des levures pigmentées (Rhodotorula) et non pigmentées (Candida spp., Cryptococcus spp., et Debaryomyces spp.) ont également été retrouvées dans l’air des étables.

Des bactéries se retrouvent également dans l’air, mais à des niveaux moindres (niveau de la microflore aérobie revivifiable de 104 ufc.m-3 en moyenne). Ces bactéries sont majoritairement des bactéries Gram positif (75 à 90%). Les bacilles Gram négatif sont sous-dominants (10 à 25%). Les espèces appartenant aux genres Staphylococcus spp, Corynebacterium spp., Bacillus spp. représentent plus de 70% des espèces recensées (Normand et al., 2009, Sudre et al., 2009). Parmi les diverses bactéries identifiées dans l’air ou la poussière sédimentée, nombreuses sont celles retrouvées à la surface des fromages : Staphylococcus equorum, S. xylosus, Brachybacterium spp., Corynebacterium spp., Curtobacterium spp. (Denis et Desmasures, 2005 ; Normand et al., 2009 ; Sudre et al., 2009).

Pratiques influençant les populations microbiennes de l’environnement des animaux

L’entretien de la litière a une influence sur le niveau des microflores. Ainsi, Ménard et al. (2004) ont montré qu’un paillage biquotidien comparé à un paillage quotidien diminuait le niveau de contamination des E.coli et des entérocoques à la surface des litières. Pour des densités animales moyennes, l’utilisation de produits asséchants des litières comme la bentonite (0,5kg.m-2), associée à un renouvellement des litières toutes les 4 semaines, diviserait en moyenne par 3 la teneur en germes totaux et les flores dites d’altérations (levures et moisissures, psychrotrophes) des laits crus (Sévi et al., 2002). Ceci est

63 également valable pour les fromages associés, les aptitudes technologiques des laits étant également améliorées.

Albenzio et al. (2005) ont montré qu’une augmentation du taux de renouvellement d’air de l’aire de couchage des animaux diminuait significativement le niveau de flores d’altérations des laits : le passage d’un taux de renouvellement de 30 m3.h-1 à 70 m3.h-1 permet d’obtenir des niveaux de flores d’altérations (coliformes et psychrotrophes) 10 à 100 fois inférieurs.

La composition de l’air varie en fonction des différents substrats manipulés. Ainsi, il a été observé une augmentation du nombre des moisissures et des actinomycètes dans l’air au moment de la distribution de foin (Reboux et al., 2006, Sudre et al., 2009). Par contre, aucun lien entre la flore bactérienne aérobie mésophile de l’air et les pratiques d’affouragement n’a été constaté (Sudre et al., 2009). Le foin ne semble donc pas être la source majeure de bactéries.

La bibliographie montre que la nature de la litière, son entretien ainsi que le renouvellement d’air de l’aire de couchage influencent les niveaux des microflores des laits. D’autre part, des études ont pu mettre en évidence quelques souches identiques dans l’environnement des animaux (substrats d’alimentation, poussières, bouses) et dans le lait (Denis et Desmasures, 2005 ; Bouton et al., 2007 ; Kagkli et al., 2007). Ces données renforcent l’hypothèse que l’environnement des animaux est une source d’ensemencement en microorganismes des laits. Cependant, d’autres études nécessitent d’être menées afin de préciser les espèces microbiennes concernées, leur mode éventuel de transfert vers le lait, leur tropisme pour le lait (toutes ne s’y installent pas) et l’enchaînement des pratiques influençant ce transfert.