Le virus de l'hépatite C (VHC, HCV) est un problème majeur du système de santé mondial. En 2018, l'OMS estime que jusqu'à 3% de la population mondiale est infectée par le virus, ce qui équivaut à plus de 170 millions de porteurs de VHC dans le monde entier, dont 71 millions atteints d’hépatite chronique. En 2015 seulement, il y a eu 1,75 million de nouvelles infections à VHC à l’échelle mondiale (soit 23,7 nouvelles infections à VHC pour 100 000 habitants).
Dans cette estimation générale, la variabilité de la prévalence de l’infection est considérable[20]. La séroprévalence du VHC dans les États-Unis représente 1,8% dans une population adulte non sélectionnée [21], alors que des taux allant jusqu'à 25% ont été signalés en Egypte. Au Royaume-Uni, on estime qu'au moins 200 000 adultes portent le virus, dont la plupart sont ignorants de leur infection [22]. Les estimations de l’OMS classent le Maroc dans une zone de prévalence moyenne (1–2.5 %) pour le virus de l’hépatite C (Figure n°15).
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De ces individus exposés au VHC, 80% deviennent infectés de façon chronique, et jusqu'à 30% d'entre eux développent progressivement des maladies du foie, y compris la cirrhose et le carcinome hépatocellulaire (HCC), principales causes de décès dus à l’hépatite C [23, 24]. En effet, l'infection par le VHC est maintenant la cause sous-jacente de la majorité des cas de maladie hépatique, et la raison principale de transplantation du foie. Aux Etats-Unis, sur les patients atteints d'une insuffisance hépatique au stade terminal en attente d'une greffe du foie, 35% sont atteints du VHC [25]. Par conséquent, le VHC est déjà un défi majeur des services de santé à travers le monde, et est susceptible de devenir un fardeau encore plus important au cours des deux prochaines décennies.
On note une hétérogénéité génétique importante du VHC par rapport, par exemple, au virus de l'hépatite B (VHB) et au virus de l’immunodéficience humaine (VIH). Les isolats de VHC ont été regroupés en sept génotypes (1-7, ~ 30% de divergence de séquence) et un certain nombre de sous-types (a, b, et ainsi de suite, ~ 20% de divergence de séquence)[26]. Des différences distinctes sont observées dans la distribution géographique, avec une prédominance du génotype 1 en Amérique (70% des cas), au Japon (75%) et en Europe (50-70%); les génotypes 2 et 3 sont également répandus dans ces régions. Les génotypes 3 et 6 sont répandus en Asie du Sud et du Sud-Est, et les génotypes 4 et 5 sont les plus communs en Afrique, mais commencent à se propager en Europe. Le génotype 7 a récemment été trouvé chez quelques patients d'Afrique centrale, mais jusqu'à présent, il n'a pas d’importance clinique majeure (Figure n°16)[27].
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Figure 16: Distribution géographique des génotypes du VHC
Le VHC est un petit virus à ARN enveloppé qui a été attribué à un genre unique, Hepacivirus, au sein de la famille des Flaviviridae (Figure n°17). Les virions de l’HCV sont de 45-65nm de diamètre. Il infecte spécifiquement les hépatocytes, entrant dans les cellules par endocytose [28]. L'attachement viral implique les deux glycoprotéines d'enveloppe E1 et E2, les apolipoprotéines présentes à la surface, les lipoviroparticules et plusieurs molécules de surface cellulaire.
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Figure 17: Virus de l’hépatite C en microscopie électronique
Les glycosaminoglycanes et le récepteur LDL semblent être impliqués dans la liaison cellulaire initiale de faible affinité. Alors, E1-E2 interagit avec le récepteur CD81 et le récepteur Scavenger classe B membre 1 (SRB1)[29]. Le génome du VHC est une molécule d'ARN simple brin de polarité positive, et contient un seul cadre de lecture ouvert avec un potentiel lui permettant de coder une protéine de 3000 acides aminés. Ce cadre de lecture ouvert est flanqué de régions non codantes (extrémités 5’ et 3‘), chacune contenant des structures d'ARN conservées, essentielles pour la traduction de la protéine virale et réplication du génome. La région non codante (RNC) de 5’ contient quatre domaines d'ARN conservés et un site d’entrée interne de ribosomes.
Une fois entré dans la cellule hôte, le génome viral de 9,6 kb subit une traduction cytoplasmique en un seul polypeptide, qui est ensuite clivé en 10 protéines virales – trois structurales et sept non-structurales. Les protéines structurales comprennent le noyau, qui forme le virus, la capside, et les glycoprotéines d'enveloppe E1 et E2. Les
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protéines structurales sont séparées des protéines non-structurales (NS) par un court peptide, et sont clivées à partir du précurseur par les peptidases de la cellule hôte. Les protéines NS sont désignées NS2 à NS5. NS4 et NS5 sont composées chacune de deux sous-unités, A et B (Figure n°18).
Figure 18: Le génome de l’HCV
NS2 est ensuite libérée suite à l’action de la NS2-NS3 métalloprotéase qui autocatalyse le clivage de la jonction NS2-NS3. NS3 contribue à la synthèse de la NS2-NS3 protéase et contient une protéase à sérines séparée qui agit avec le cofacteur NS4A pour libérer les protéines NS restantes. La région C-terminale de NS3 contient une ARN hélicase et une nucléotide triphosphatase dont l’activité est requise pour la réplication du virus. NS5B est l’ARN polymérase ARN dépendante (RdRp). Les fonctions de NS4B et NS5A dans le cycle de vie du virus sont inconnues. La RNC 3’ contient une série de structures tige-boucle d'ARN stables et un tractus polypyrimidine qui sont essentiels à la réplication du génome.
La réplication de l'ARN se produit au niveau des sites du réticulum endoplasmique de la cellule hôte ; l'ARN à brin positif est utilisé pour synthétiser un ARN à brin négatif, qui agit ensuite comme matrice pour l'ARN à brin positif pour de nouvelles particules virales (ainsi que d’autres polyprotéines). Les particules virales mûrissent dans l’appareil de Golgi [30] et peuvent être exportées des hépatocytes par la même machinerie que les lipoprotéines de très basse densité (vLDL) (Figure
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Figure 19: Cycle viral du VHC