Les tests de diagnostic de l'hépatite C peuvent être répartis selon le type de marqueurs recherchés en deux catégories,
Diagnostic sérologique dit indirect, détectant les anticorps anti-virus de l'hépatite C (Ac anti-HCV) dans le sang total. Un test positif permet de déterminer si la personne est infectée le moment de l’analyse (IgM) ou a été en contact avec le VHC (IgG). Toutefois, un test peut être négatif si effectué lors de la fenêtre sérologique, période suivant la contamination pendant laquelle les Ac ne se sont toujours pas développés, ou se sont développés en quantité insuffisante pour être détectés.
Diagnostic moléculaire, regroupant des examens directs qualitatifs et/ou quantitatifs des marqueurs directs de l’infection, généralement l'ARN du VHC (détectable 11-12 jours après la contamination), mais aussi l’antigène de capside, ou le génotype viral, paramètre crucial déterminant l’approche thérapeutique.
Les tests sérologiques ont été subdivisés en tests de dépistage d’anticorps anti-VHC, tels que le dosage immunoenzymatique (EIA), et des tests complémentaires tels que le dosage d'immunoblot recombinant (RIBA). Les tests immuno-enzymatiques (ELISA) permettant de détecter des anticorps anti-VHC reposent sur la capture des anticorps spécifiques par les antigènes (protéines recombinantes ou de peptides synthétiques) correspondants fixés sur support solide. La présence des anticorps est révélée par une réaction colorimétrique enzymatique. Les tests ELISA de troisième génération utilisés aujourd'hui permettent la détection d'anticorps dirigés contre la protéine de capside et plusieurs protéines non structurales dans les 4 à 10 semaines suivant le début de l'infection. La sensibilité et la spécificité des tests de 3e génération sont comprises entre 97 et 100% dans les populations à haut risque d'infection par le VHC (hémodialysés et personnes présentant des marqueurs d'une maladie chronique du foie). Cependant, dans les populations à faible risque, il existe des faux positifs,
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révélant un défaut de spécificité du test. Des faux négatifs sont également fréquemment obtenus avec des patients immunodéprimés, incluant par exemple des patients co-infectés par le VIH ou des patients atteints de cryoglobulinémies mixtes associées à l'infection par le VHC.
La détection d'anticorps anti-VHC représente le premier test de dépistage pour sa facilité d'utilisation et son faible coût. Cependant un résultat positif nécessite une confirmation par détection d'antigènes et/ou du génome viral. La protéine de capside du VHC peut également être détectée dans le sérum par ELISA. Dans ce cas, des anticorps anti-capsides sont fixés sur support solide et permettent la fixation des capsides virales circulantes. L'antigène de capside apparaît dans le sérum peu après l'ARN viral, bien avant la séroconversion anti-VHC, et son taux sérique est corrélable à la virémie. Il a été établi que 1 pg/mL d'antigène de capside correspondait à environ 16 000 copies d'ARN du VHC/mL. Ainsi, il représente un marqueur indirect de la réplication virale. Sa détection et sa quantification par ELISA sont parfois utilisées pour poser le diagnostic de l'hépatite C, mais aussi pour assurer le suivi virologique pendant le traitement antiviral. Ce test est en effet d'un coût moins élevé que la PCR et évite les problèmes de contamination. Toutefois, la limite de détection de ce test reste assez élevée (environ 40 000 copies d'ARN du VHC/mL).
Les tests moléculaires restent les outils de référence de détection notamment des faibles virémies, et de la détermination de la charge virale avant et pendant le traitement. La présence de l'ARN viral, qui signe l'infection, peut être détectée dans le sérum après seulement 1 à 2 semaines d'infection. Trois techniques principales permettent sa détection mais aussi sa quantification. Une première technique utilise l'ADN ramifié (bDNA ; quantiplex HCV RNA 2.0 (Bayer AG)) pour amplifier et quantifier la charge virale. Cette technique repose sur l'hybridation de sondes oligonucléotidiques spécifiques avec l'ARN viral suivie d'une amplification du signal par branchement d'ADN sur la sonde hybridée. L'ADN branché est ensuite détecté et
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permet la quantification. Cette technique est moins sensible que les deux autres techniques (détection de charge virale > 500 Ul/mL), mais présente une excellente reproductibilité ainsi qu'une large fenêtre de linéarité.
Une deuxième technique, développée plus récemment, repose sur l'amplification du signal médiée par transcription (TMA), dont le principe consiste à amplifier le signal par synthèse/transcription d'ARN par élongation de primers spécifiques du VHC. Les ARN ainsi produits sont quantifiés. Ce test est très sensible, puisqu'il permet la détection d'une charge virale aussi faible que 5 à 10 Ul/mL, et il est par ailleurs plus facile et plus économique que les méthodes par PCR. Ce test n'est pas encore utilisé en routine.
La troisième technique repose sur la production d'ADN complémentaire par transcription inverse (RT) à partir de l'ARN viral sérique, suivie par une amplification du signal par réaction polymérase en chaîne (PCR). La RT-PCR peut être appliquée dans le cadre de tests qualitatifs ou quantitatifs de la charge virale. Les tests par RT-PCR qualitative permettent de déterminer, suite à un test positif de détection d'anticorps anti-VHC, s'il y a une infection en cours. Cette technique est très sensible (détection de charge virale jusqu'à 50 Ul/ml) et spécifique (97-99 %), mais nécessite une grande technicité à cause des contaminations possibles. Elle permet de détecter l'ARN viral après seulement 1 à 2 semaines d'infection. La positivité consécutive de ce test à quelques mois d'intervalle établit le caractère chronique de l'infection. Depuis quelques années, des tests par RT-PCR quantitative qui permettent de mesurer de manière précise la charge virale du patient infecté ont été développés et optimisés. La quantification est réalisée à l'aide de sondes fluorescentes spécifiques du VHC sur le produit d'amplification par PCR.
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La quantification de l'ARN viral n'est pas nécessaire dans le diagnostic de l'hépatite C, mais est indispensable avant le traitement et pour suivre la réponse au traitement antiviral. La concentration de virus dans le sang est en effet corrélée à la concentration intra-hépatique du virus et la virémie reflète donc la réplication du VHC dans le foie [45].
La charge virale se définit comme étant la quantité de virus dans le sang. Elle est exprimée en copies/mL, UI/mL ou en log UI/mL. Sa détermination, en plus du génotype, est indispensable pour l’initiation du traitement. Elle est utile pour distinguer une infection active (présence d’antigène VHC et d’Ac anti-VHC) d’une infection guérie (présence d’Ac anti-VHC et absence d’antigène viral), évaluer l’efficacité du traitement, et 3 mois après la fin de ce dernier, identifier les rechutes, ou le cas échéant, les réponses virales soutenues.
Un autre volet d’examens, comme le taux de transaminases, et l’évaluation de l’élasticité du foie ou la biopsie hépatique, permettent d’évaluer le degré de fibrose hépatique, et la gravité de l’inflammation du foie, respectivement.
Des tests moléculaires ont également été mis au point pour classer le VHC en génotypes distincts [46].
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