La tuberculose bovine est un des fléaux majeurs de l’élevage : en l’absence de lutte organisée, cette maladie infectieuse et contagieuse touche un pourcentage élevé d’élevages et d’animaux, ce qui engendre des conséquences économiques et hygiéniques très importantes. Elle est transmissible à l’Homme : sans mesure de prévention adaptée, elle peut être responsable d’une proportion notable des cas de tuberculose humaine (jusqu’à 30%).
En France, elle a fait l’objet d’un plan de lutte dirigé par l’Etat à partir de 1955 et le pays a été reconnu officiellement indemne de tuberculose bovine en 2001 par l’Union Européenne. L’incidence annuelle de l’infection en France est actuellement très basse puisque le nombre total de cheptels bovins infectés est de l'ordre de quelques dizaines (58 en 2005, soit 2,5 p. dix mille), alors qu’il était autrefois de plusieurs centaines de mille.
L’objectif en France, comme dans de nombreux pays, est de parvenir à son éradication. En l’absence de mesures médicales efficaces, la lutte est exclusivement sanitaire. Celle-ci repose, d’une part, sur la détection des élevages infectés par tuberculination des animaux et sur l’inspection systématique des carcasses à l’abattoir, et, d’autre part, sur la mise en œuvre des mesures de maîtrise des facteurs de risque d’infection des élevages reconnus indemnes. Même si le taux de prévalence est faible, l’éradication des derniers foyers se heurte aux limites actuelles des moyens de dépistage conventionnels, tests tuberculiniques en prophylaxie et inspection de salubrité en abattoir (complétées en cas d’observation de lésions par l’histologie et la bactériologie) (Badin de Montjoye et al., 2004). En effet, les cas de tuberculose étant rares, toutes ces méthodes sont responsables d’erreurs de diagnostic par excès, avec une proportion élevée de résultats faussement positifs. Il est néanmoins nécessaire de détecter l’infection le plus précocement possible, pour en éviter sa propagation. Ces deux objectifs contradictoires sont incompatibles avec les méthodes de détection en usage jusqu’à récemment.
Bien que la France ait été reconnue indemne de tuberculose bovine en 2001, l’incidence de l’infection a augmenté de façon préoccupante dans certains départements comme la Dordogne à partir de 2004 (2003 : 3 foyers, 2004 : 9, 2005 : 13, 2006 : 29), laquelle est apparue en 2006 comme le département le plus infecté de France. Les répercussions de cette évolution étaient donc inquiétantes d’un point de vue sanitaire (source de contamination pour les cheptels indemnes et pour l’Homme) mais également économique et commercial dépassant les seuls élevages abattus (vendeurs de reproducteurs touchés par l’image de « région infectée » ; impact sur le commerce international des bovins de boucherie).
Face à cette recrudescence et du fait de l’insuffisance des méthodes d’intervention classiques, il était nécessaire de tester en complément des tests conventionnels, de nouveaux outils disponibles, le test de dosage d’interféron gamma (IFNγ) Bovigam® et une méthode PCR en temps réel basée sur la détection de la séquence d’insertion IS6110, dont les qualités intrinsèques (sensibilité et spécificité) n’étaient pas suffisamment connues ni leurs valeurs prédictives en situation de faible prévalence actuelle.
L’objectif de ce travail était d’adapter et d’évaluer ces outils pour le diagnostic de la tuberculose bovine en Dordogne, par rapport aux techniques actuelles, et de définir leurs conditions d’emploi dans le dispositif de lutte déjà en place. Il s’agissait ensuite de réaliser un bilan de l’intégration de ces deux tests dans les schémas décisionnels en vue d’une éventuelle validation règlementaire.
Ce travail de thèse a été effectué à temps plein au Laboratoire Départemental d’Analyse et de Recherche de la Dordogne (LDAR24). Il a été codirigé par Monsieur Jean-Jacques Bénet, Professeur à l’Ecole Nationale Vétérinaire d’Alfort (ENVA) dans l’unité Epidémiologie des Maladies Animales Infectieuses (unité Epi-MAI, ex unité des Maladies Contagieuses) et, Monsieur Bruno Garin-Bastuji, Chef de l’unité des Zoonoses Bactériennes du Laboratoire d’étude et de recherche en pathologie animale et zoonose (Lerpaz) de l’Agence française de sécurité sanitaire des aliments (Afssa)•. De plus, ce travail de thèse a été suivi régulièrement par Madame María-Laura Boschiroli, en charge de l’équipe Mycobactéries de l’unité des Zoonoses Bactériennes de l’Afssa-Lerpaz et par Monsieur Jean-Louis Moyen, Directeur du LDAR 24.
Cette thèse a été financée par l’intermédiaire d’une Convention Industrielle de Formation par la Recherche (CIFRE), établie entre l’Association Nationale de Recherche Technique (ANRT) et le Conseil Général de la Dordogne pour le LDAR24. Ce projet a été également subventionné par l’Europe (le FEDER) et la région Aquitaine.
Ce manuscrit est divisé en deux parties. Une revue de la littérature, concernant l’état des connaissances sur la tuberculose bovine est présentée dans la première partie, elle-même également scindée en deux chapitres.
• Depuis le 1er juillet 2010, l’AFSSA est devenue l’ANSES (Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de
l’alimentation, de l’environnement et du travail) et le Lerpaz a été renommé Laboratoire de Santé Animale de Maisons-Alfort.
Le premier chapitre fait état de la maladie (étiologie, pathogénie, aspect zoonotique, épidémiologie), des techniques conventionnelles de dépistage et diagnostic et des nouveaux outils non règlementés.
Le second chapitre présente l’organisation de la lutte contre la tuberculose bovine en France et décrit plus particulièrement le dispositif règlementaire et la situation épidémiologique de cette infection en France jusqu’à la fin d’année 2006 ainsi que les stratégies adoptées pour renforcer la lutte notamment par la mise en place en Dordogne de deux nouveaux outils supplémentaires à partir de la campagne prophylactique 2006-2007.
Notre travail de recherche est exposé dans la seconde partie du manuscrit. Il est organisé en trois chapitres.
Les deux premiers correspondent à l’évaluation des deux nouveaux outils de diagnostic pour renforcer la lutte contre la tuberculose bovine ; le premier étudié est le test de dosage d’IFNγ et le second la méthode PCR IS6110 en temps réel.
Le dernier chapitre présente le bilan de l’intégration des deux techniques dans le dispositif de lutte ainsi que les nouveaux textes règlementaires appliqués en 2010.