Résultats et Interprétations :
III. Evaluation des valeurs de sensibilité & spécificité individuelles optimales permettant de déterminer des seuils décisionnels pour le mode de calcul normalisé et ainsi d’estimer
les qualités finales du test IFNγ modifié pour les deux méthodes d’interprétation, selon les conditions d’utilisation du test
III.1. Application du test IFNγ modifié dans la population générale
Les combinaisons des résultats des sensibilités relatives individuelles (Ser PPD et Ser R) avec
les résultats des spécificités absolues individuelles (Sp PPD et Sp R) ont permis de déterminer des valeurs de seuils de positivité, pour les résultats des PPD et des R obtenus avec la formule normalisée, pour lesquelles les valeurs des Ser et Sp correspondantes sont optimales.
Ainsi, la valeur du seuil décisionnel des PPD est estimée à 0,02 pour une Ser PPD de 93 %
[84-98] et une Sp PPD de 98,0 % [96,3-99,0] alors que la valeur du seuil décisionnel des R est estimée à 0,01 pour une Ser R de 97 % [89-100] et une Sp R de 95,9 % [93,8-97,5]
(Tableau II.1.13). Pour une application du test IFNγ modifié dans la population générale, les résultats obtenus montrent donc que la spécificité des R, bien que satisfaisante est inférieure à celle des PPD. A l’inverse, la sensibilité des PPD bien qu’également satisfaisante, est inférieure à celle des R.
Ensuite, les résultats finaux des deux études (sensibilité relative et spécificité absolue du test), c'est-à-dire les résultats issus de l’association des résultats des PPD et des R obtenus pour des seuils de positivité de 0,02 et 0,01 respectivement, ont permis d’évaluer la sensibilité relative et la spécificité absolue du test selon les deux méthodes d’interprétation des résultats finaux (PPDUR et PPD∩R).
Ainsi, avec la méthode d’interprétation PPD∩R, la sensibilité relative et la spécificité absolue du test IFNγ modifié ont été estimées à 90 % [82-98] et 100 % [99,2-100] respectivement (Tableau II.1.14), pour les valeurs de seuils décisionnels préalablement établis (0,01 pour les R & 0,02 pour les PPD) pour un contexte de faible prévalence de Tb et une application du test dans la population générale, en l’absence de réaction non-spécifique.
Avec la méthode d’interprétation PPDUR, la sensibilité relative et la spécificité absolue du test IFNγ modifié ont été estimées à 100 % [95-100] et 93,9 % [91,4-95,8] respectivement (Tableau II.1.14).
Nous pouvons alors proposer d’interpréter différemment les résultats finaux du test en fonction du contexte épidémiologique rencontré (favorable ou défavorable).
Un animal dans un contexte défavorable correspond à un animal appartenant à un cheptel anciennement infecté (risque de résurgence) et/ou nouvellement infecté et/ou lié épidémiologiquement à un autre cheptel reconnu infecté de Tb.
A l’inverse, un animal dans un contexte favorable correspond à un animal appartenant à un cheptel considéré comme indemne de Tb depuis plusieurs années et ne présentant aucun lien épidémiologique avec un cheptel infecté ou bien un cheptel provenant d’une zone indemne de Tb.
Ainsi, dans le cas d’animaux dans un contexte défavorable, la sensibilité du test doit être privilégiée par rapport à sa spécificité. Il est alors préférable de choisir le procédé d’interprétation PPDUR. Avec cette méthode, la sensibilité du test est donc excellente (Ser PPDUR de 100 %) et sa spécificité est satisfaisante (Sp PPDUR de 93,9 %).
Au contraire, dans le cas d’animaux dans un contexte favorable, la spécificité du test doit être privilégiée par rapport à sa sensibilité. Alors, le procédé d’interprétation PPD∩R serait le plus approprié. Avec cette méthode, la spécificité du test est donc excellente (Sp PPD∩R de 100 %) et sa sensibilité est satisfaisante (Ser PPD∩R de 90 %). D’autant que dans ce contexte
favorable, la question posée concerne l’élevage, pour lequel on peut disposer de plusieurs prélèvements : or, on sait que la sensibilité « troupeau » est bien meilleure que la sensibilité individuelle. Dans ces conditions, le choix de privilégier la spécificité aux dépens de la sensibilité peut être assumée par le gain de sensibilité collective.
Cependant, comme le test IFNγ modifié a été largement utilisé après une IDS non-négative, nous avons donc étudié la spécificité opérationnelle du test (Spr).
III.2. Application du test IFNγ sur des animaux avec une IDS non-négative
Dans cette population avec une IDS non-négative, les spécificités opérationnelles des PPD et des R, aux seuils respectifs de 0,02 et 0,01, sont respectivement de 66,5 % (Spr PPD
(Tableaux II.1.13 et II.1.15). De plus, sa spécificité finale, à ces seuils, est de 62,9 % pour la méthode d’interprétation PPD∩R (Spr PPD∩R inférieure de 37,1 % à Sp PPD∩R) et de
45,2 % pour l’autre méthode (Spr PPDUR inférieure de 48,7 % à Sp PPDUR).
Cette perte importante de spécificité nécessite donc un réajustement des valeurs des seuils décisionnels afin d’améliorer les spécificités opérationnelles individuelles et subséquemment la spécificité opérationnelle finale. Néanmoins, cela va inévitablement engendrer une diminution des sensibilités individuelles et subséquemment de la sensibilité finale.
Les combinaisons des résultats des sensibilités relatives individuelles (Ser PPD et Ser R) avec
les résultats des spécificités opérationnelles individuelles (Spr PPD et Spr R) ont donc permis
de déterminer des valeurs de seuils de positivité, pour les résultats des PPD et des R obtenus avec la formule normalisée, pour lesquelles les valeurs des Ser et Spr correspondantes sont
optimales.
Ainsi, la valeur du seuil décisionnel des PPD est estimée à 0,05 pour une Ser PPD de 83 %
[72-92] et une Spr PPD de 75,5 % [71,7-79,0] alors que la valeur du seuil décisionnel des R
est estimée à 0,03 pour une Ser R de 87 % [75-94] et une Spr R de 90,7 % [87,9-93,0]
(Tableau II.1.15). Les pertes de sensibilités individuelles sont donc de 10 % et les pertes de spécificités individuelles (opérationnelles par rapport à absolues) dues à l’application du test dans une population d’IDS non-négatives sont largement minimisées par l’adaptation des valeurs seuils de positivité (0,05 au lieu de 0,02 pour les PPD et 0,03 au lieu de 0,01 pour les R). Cet effet est plus important pour les PPD (22,5 %) que pour les R (5,2 %). Pour une application du test IFNγ modifié dans une population d’IDS non-négatives, les résultats obtenus montrent donc que la spécificité des PPD, bien qu’encore acceptable, est faible et significativement inférieure à celle des R. De même, la sensibilité des PPD bien que convenable, est inférieure à celle des R.
Ensuite, les résultats finaux des deux études (sensibilité relative et spécificité opérationnelle du test), c'est-à-dire les résultats issus de l’association des résultats des PPD et des R obtenus pour des seuils de positivité de 0,05 et 0,03 respectivement, ont permis d’évaluer la sensibilité relative et la spécificité opérationnelle du test selon les deux méthodes d’interprétation des résultats finaux (PPDUR et PPD∩R).
Ainsi, avec la méthode d’interprétation PPD∩R, la sensibilité relative et la spécificité opérationnelle du test IFNγ modifié ont été estimées à 77 % [64-87] et 94,3 % [92,0-96,1]
respectivement (Tableau II.1.16), pour les valeurs de seuils décisionnels préalablement établis (0,03 pour les R & 0,05 pour les PPD) pour un contexte de faible prévalence de Tb, en milieu présentant peu de réactions non-spécifiques et une application du test dans une population d’IDS non-négatives. La perte de sensibilité du test est alors de 7 % tandis que la perte de spécificité (opérationnelle par rapport à absolue) due à l’application du test dans ce contexte, n’est plus que de 22,7 %.
Avec la méthode d’interprétation PPDUR, la sensibilité relative et la spécificité opérationnelle du test IFNγ modifié ont été estimées à 93 % [84-98] et 71,8 % [67,9-75,6] respectivement (Tableau II.1.16). La perte de sensibilité du test est alors de 13 % tandis que la perte de spécificité due à l’application du test dans ce contexte, n’est plus que de 5,7 %.
Par conséquent, dans un contexte défavorable, le procédé d’interprétation PPDUR permettrait une bonne sensibilité (Ser PPDUR de 93 %) et une spécificité acceptable (Spr PPDUR de
71,8 %). Au contraire, dans un contexte favorable, le procédé d’interprétation PPD∩R permettrait à une spécificité satisfaisante (94,3 %) et une sensibilité convenable (77 %).
En résumé, les valeurs de sensibilité et spécificité individuelles dépendent des conditions d’application du test sur le terrain (population totale ou seulement d’IDS non-négatives). Par conséquent, les valeurs de leurs seuils décisionnels correspondants varient selon les mêmes conditions. En effet, Buddle B.M. et al. (2009) ont proposé un seuil décisionnel pour les PPD plus bas (0,07 au lieu de 0,10) lorsque le test est utilisé en parallèle à l’IDS.
Subséquemment au choix des valeurs des seuils décisionnels, les valeurs de sensibilité et spécificité finale du test dépendent de la méthode d’interprétation des résultats finaux (méthodes PPD∩R ou PPDUR) sélectionnée selon le contexte épidémiologique rencontré (favorable ou défavorable).
Conclusion :
A partir des résultats de la première étude, nous pouvons conclure qu’il est préférable d’utiliser pour ce test IFNγ Bovigam® modifié, un mode de calcul normalisé prenant en compte les variations d’absorbances liées aux conditions de l’analyse, comme le recommande la norme NF-U 47 019, afin que les résultats des analyses soient plus reproductibles et donc puissent être plus comparables intra et inter laboratoires.
De plus, pour une application du test dans la population générale, il est nécessaire de choisir un seuil décisionnel plus bas que le seuil redéfini pour le mode de calcul normalisé (redéfini par rapport au seuil proposé par Bovigam®). De surcroît, il est indispensable d’ajuster les valeurs des seuils de positivité des résultats individuels, calculés à partir des formules normalisées des PPD et des R, pour obtenir des valeurs optimales de sensibilité et de spécificité individuelles, comme le recommande l’OIE.
Ainsi, la seconde étude a permis de fixer les valeurs des seuils décisionnels à 0,02 et 0,01, pour les résultats des PPD et des R respectivement calculés avec les formules normalisées, pour une application du test IFNγ Bovigam® modifié, dans la population générale d’une région à faible à prévalence de Tb et en l’absence de réaction atypique (Tableau II.1.17). Concernant son application dans la population d’animaux avec une IDS non-négative issue d’une région à faible à prévalence de Tb et où des réactions atypiques sont possibles, les valeurs des seuils ont alors été fixées à 0,05 et 0,03, pour les PPD et les R respectivement. Pour ces valeurs-seuils, les valeurs de sensibilité et de spécificité du test sont estimées respectivement dans un contexte épidémiologique défavorable à 93 % [84-98] et 71,8 % [67,9-75,6] (en suivant la méthode PPDUR), et dans un contexte épidémiologique favorable à 77 % [64-87] et 94,3 % [92,0-96,1] (en suivant la méthode PPD∩R), (Tableau II.1.17).
Tableau II.1.17. Synthèse des principales recommandations pour une utilisation appropriée du test
IFNγ modifié en région à faible prévalence de Tb et présentant pas* ou peu** de réactions non- spécifiques (Dordogne). Valeurs de seuils décisionnels des formules “normalisées” Résultats finaux % [IC 95 %] Application du test IFNγ modifié dans la population... PPD R Contexte épidémiologique Méthode d’interprétation des résultats finaux Spécificité finale Sensibilité finale Favorable PPD∩R 100 % [99,2-100] 90 % [82-98] générale* 0,02 0,01 Défavorable PPDUR 93,9 % [91,4-95,8] 100 % [95-100] Favorable PPD∩R 94,3 % [92,0-96,1] 77 % [64-87] d’IDS non- négative** 0,05 0,03 Défavorable PPDUR 71,8 % [67,9-75,6] 93 % [84-98]
En conclusion, le test IFNγ modifié n’est pas parfait. Néanmoins, sa complémentarité vis-à- vis de l’IDS en fait un atout indéniable qui justifie notre étude mais, il faut souligner que ce test ne saurait remplacer purement et simplement tout autre dispositif.
L’adaptation des critères d’analyse aux statuts infectieux régional d’une part, c'est-à-dire une région avec une prévalence de Tb faible ou forte, des réactions non-spécifiques rares ou fréquentes (…) et aux conditions d’application du test d’autre part, c'est-à-dire pour un dépistage dans la population générale en parallèle à l’IDS ou pour une confirmation de résultats non-négatifs en IDS (…), est essentielle pour une utilisation appropriée de ce test IFNγ modifié.
Ainsi, en fonction du statut infectieux de la région étudiée et des conditions d’application du test IFNγ modifié, il est nécessaire d’étudier les sensibilités et spécificités individuelles (des PPD et des R) en fonction des seuils décisionnels afin de définir les valeurs-seuils des PPD et des R pour lesquelles les valeurs de sensibilité et de spécificité sont optimales. Ensuite, la méthode d’interprétation des résultats PPDUR doit être choisie quand une estimation élevée du risque de Tb est établie, (c’est à dire dans un contexte épidémiologique défavorable). Au contraire, la méthode d’interprétation des résultats PPD∩R est à choisir de préférence pour une estimation faible du risque de Tb, (c'est-à-dire dans un contexte épidémiologique favorable).