Os cabanos foram à Fortaleza da Barra, libertaram Félix Antônio Clemente Malcher e o convidaram a assumir a Presidência da Província. Na posse de Malcher, deixavam claro que desejariam mantê-lo no cargo até a maioridade de D. Pedro II, ou seja, demonstravam sua inteira insatisfação com o menosprezo que a Regência dava à Província.
Os primeiros atos de Félix Antônio Clemente Malcher foram: demitir os funcionários públicos, substituindo-os por outros de sua confiança; reintegrar funcionários que Bernardo Lôbo de Souza tinha suspendido; nomear Francisco Vinagre para o comando das armas; ordenar a prisão do juiz de paz José Honorato por ter
matado Manuel Vinagre; tentar conter as vendas de gêneros de primeira necessidade para o exterior e pedir, aos cabanos, que depusessem armas.
Um ato arbitrário de repercussão diplomática foi tomado pelo Presidente cabano da Província, trata-se de um incidente que ocorreu por parte de Félix Clemente Malcher que tendo informação de que na residência do Cônsul francês Diniz Crovan encontravam-se escondidos muitos inimigos de seu governo, mandou o capitão Varela cercar a casa do Cônsul, invadi-la e revistá-la, o que ocorreu sobre protestos do representante do governo francês, que se retirou para um navio de sua nacionalidade e comunicou ao governo de Barbados a atitude do Presidente da Província. Apesar dos soldados não encontrarem nenhum dos procurados, o incidente diplomático teria consequências, mais tarde, no governo de Francisco Vinagre.
O relacionamento de Félix Antônio Malcher com Francisco Vinagre não durou muito tempo. RAIOL (1970, p. 560) relata que:
“Corria como certo que Vinagre patrocinava os cidadões que eram
indigitados como inimigos do govêrno, e usava de artíficios para salvá-los escondendo-os em lugares insuspeitos e fazendo-os depois sair para fora da província, como sucedeu com Camecran, que ele levou fardado como seu ordenança até o pôrto de embarque, e com muitos outros que diziam ter êle feito seguir para o Maranhão na escuna americana Arpa. (...) Malcher era informado de tudo e em muitos casos ja obrava sem intervenção de Vinagre, não obstante invadir o comando das armas, como na busca procedida no consulado francês em que empregou tropa sem o seu conhecimento”.
Fato é que Francisco Vinagre, provavelmente, tinha intenção de assumir o Governo da Província no lugar de Félix Clemente Malcher e, buscava, ingenuamente, apoio nos inimigos do governo. Apesar disso, as atitudes de Francisco Vinagre tiveram boa repercussão entre a população, o que aumentava sua popularidade, tanto com as tropas quanto com a população e com alguns de seus adversários por ele salvos. É este
motivo que levariam Félix Clemente Malcher a ter receio de depor Francisco Vinagre do cargo de comandante das armas.
Todo e qualquer governo está sujeito a sátiras que geralmente surgem pelos grupos políticos de oposição, e, quando isto surge do próprio grupo político que teria posto o mandatário no cargo, indicam que o governo esta muito mal. No Governo de Félix Clemente Malcher começavam a surgir novamente os famosos pasquins, e, por razões de boato ou suspeitas, o Presidente cabano da Província acreditava que estes eram incentivados por Francisco Vinagre e editados por Vicente Ferreira Lavor Papagaio, antigo editor de um dos pasquins que perturbavam o sossego de Bernardo Lôbo de Souza.
Para tentar diminuir a panfletagem, Félix Clemente Malcher manda prender e deportar o então suspeito da autoria das edições dos pasquins, Vicente Ferreira Lavor Papagaio. Atitude errônea, pois quando o povo se manifesta contra uma autoridade que eles mesmos puseram no poder, não é punindo um ou dois culpados que se eliminam os problemas, principalmente, os cabanos que muitas vezes demonstraram que não necessitavam de líderes para enfrentarem os governos de déspotas, pois suas lutas eram pelos direitos mais básicos dos seres humanos, ou seja, o direito à cidadania e à liberdade. RAIOL (1970, p. 564) afirma que: “... a prisão e deportação de Lavor Papagaio por ordem de Malcher justificava plenamente o arbítrio que Lôbo de Souza quis tomar por idêntico motivo; Condenava a resistência que lhes fizeram; enfraquecia a causa eficiente da revolta”.
Félix Clemente Malcher era tenente-coronel, fazendeiro, portanto, com ligações fortes com a elite burguesa da Província. Sua atitude somente demonstrava que o poder
daquela elite mudara de Bernardo Lôbo de Souza para ele, mas a forma de governar oprimindo o povo era a mesma.
Os confrontos entre Félix Antônio Clemente Malcher e Francisco Vinagre se acirraram ainda mais quando o Presidente cabano, no dia 19 de fevereiro de 1835, manda prender os amigos de Vinagre e combatentes na guerrilha: Eduardo Angelim e seus irmãos Geraldo Francisco Nogueira e Manuel. A prisão foi muito tumultuada pelos seguintes motivos: Angelim foi um dos cabanos que mais lutou para depor Bernardo Lôbo de Souza e tinha o respeito de boa parte daqueles que beligeraram contra as forças legalistas, o que iria enfraquecer e causar desconfianças da população quanto às intenções de governo de Félix Antônio Clemente Malcher. Para se entregar, Angelim impôs a condição de falar com o Presidente cabano da Província, o que foi feito seguido de uma longa e forte discussão entre os dois. A situação da própria forma da discussão iria chegar à população e, logicamente, Francisco Vinagre ficou sabendo e buscou esclarecimentos com Félix Antônio Clemente Malcher, o que se transforma em discussão entre os dois.
A prisão de Eduardo Angelim seria a gota d‟água para que Félix Antônio Clemente Malcher perdesse o resto de apoio que a população ainda lhe dava. Em vista disto, percebendo a gravidade da prisão de Eduardo Angelim, o Presidente cabano manda prender Francisco Vinagre, que, quando toma conhecimento do fato prepara um grupo para combate. Naquele momento, começou uma nova batalha que duraria do dia 19 a 21 de fevereiro de 1835, em que, de um lado, estava Francisco Vinagre que tinha apoio da população e de grande parte das forças de terra e, do outro, Félix Antônio Clemente Malcher, com o apoio da Marinha de Guerra que, inclusive, no dia 20 de fevereiro de 1835, bombardeou a Cidade de Belém. Naquela mesma noite, amotinaram- se os navais passando para o lado de Francisco Vinagre. A luta foi vencida pelos
combatentes de Francisco Vinagre e Félix Antônio Clemente Malcher foi deposto do cargo e, quando transportado para a Fortaleza da Barra, foi abordado por um grupo em uma canoa, recebendo um tiro mortal de Quintiliano Barbosa. Francisco Vinagre foi aclamado como sendo o segundo Presidente cabano da Província do Grão-Pará.